科研者之家分子对接教程

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今天看到一篇文章，零基础的小白可以五分钟完成分子对接。首先我们打开 pdb， 随便下载一个蛋白的三 d 结构，选择下载这种 pdb 格式的，然后我们再抛 com 数据库，随便下载一个分子的 sdf 结构，最后打开我们的主角工具。 cb doctor 上传蛋白和分子，很快就可以看到对接结果了，而且准确率高达百分之八十五点九，真是小白都能够实现分子对接。 多亏豆包啊，看到这篇文章的时候，我都懒得看了，我直接打开了豆包拍照实图，他就给我讲了大致的内容。 一看这工具好啊，我立马接着提问了更多的信息，，这工具怎么用？？具体操作的流程，激动的我都用语音输入了，大家都赶紧用起来吧！完全免费不限使用次数的豆包评论区下载体验吧！！

嗨，大家好，本期视频小桃带大家一起熟悉一下分子对接软件 autodogvna。 本次内容主要包括三个部分，数据准备、分子对接结果分析。 第一部分，数据准备。本次实操以 p d l。 一和其抑制剂康胖的时期进行演示。首先打开蛋白数据库， r c s b。 在搜索框里输入蛋白名字 p d l。 一， 可以不区分大小写。选择期刊来源较权威、分辨率较好的晶体结构。本次实验选择的晶体结构 p d b i d 七 d y 七， 点击 download files， 选择 pdb 格式下载。同时我们也可以浏览一下对应的网页，查看一下相关信息。 用拍帽观察蛋白结构直接将下载好的 pdb 结构拖入拍帽中就可以观察旧版本拍帽可以通过 file open 打开。点击 a remove water， 剔除掉结构中的水分子。点击 axtract to new object， 将化合物单独保存成一个新的 object。 点击 file export molecule， 将蛋白和小分子分别保存成七 d y 七，点 p d b 和 ligan 的点 p d b。 选择相应的格式，输入对应的名字，点击保存。 通过 open bubble 将化合物进行格式转换，由 p d b 格式转成 p d b q t 格式。 打开 autodoctrus 进行蛋白的处理。点击 file read molecule， 导入小分子， 选择 edit hydrogen's ad 对蛋白进行加轻操作。 选择 great micro molecule， 选择七 d y 七为授题， 导入刚刚转换的 p b b q t 小分子，这里会显示小分子相关信息。绿色极为小分子 legand open， 打开 great 的模块，指定小分子配题 great set map types choose legand 打开 great box， 这里会弹出对接盒子的设置信息，盒子框起来的区域及指定的对接位置。 great great box 以小分子为中心设置盒子位点，如果不方便观察小分子是否被盒子包裹起来，可以将盒子设置为现状。可以根据自己需求在对话框中进一步优化对接盒子的长宽、高以及盒子的空间坐标。 space in 表示对接格点的精度，精度乘以格点数及盒子实际长度。在文件夹中新建一个文本文档，用来记录对接的读取信息。将文本中的参数修改成刚刚设置的对接盒子参数，长宽高级为四十乘零点五的精度等于约二十 i。 cpu 迭代数以及输出构像可以根据自己需求调整。至此，我们已经准备了对接所需要的所有材料，包括受体蛋白和配体。小分子的 p， d， b， q t 格 是文件，以及一个 c o n f 点 t x t 对接信息文件。要注意这三者务必放在同一间目录下。 第二部分，分子对接首先需要编译好环境变量，找到 vna 点 exe 程序的目录，复制该路径，搜索电脑的环境变量，点击环境变量，点击 pass。 编辑新建粘贴刚刚复制的 vina 点 exc 路径，确定当前设置 键盘敲击 win。 加二，输入 c m d， 调出 c m d 指令框，这里对接文件夹在桌面，所以这里输入 c d desktop， 再输入 c d v idol， 进入准备素材的路径，输入 vina config c o， n， f 点 t， x， t 运行命令正常运行进度 调结束，对接结果也在 shell 里显示出来。 第三部分，结果，查看对接分数都可以在结束的命令框中得到。将输出结果拖入到拍帽视图中，老版本的拍帽需要转换成 sdf 格式才可以调整自己习惯的显示效果。 这里绿色表示小分子的晶体构形，蓝色是本次对接的结果，结果以亲和力由低到高排序观察对接结果 由于可旋转键较多，导致即兴集团在构像上发生部分偏移，在疏水结构上几乎完全附现晶体分子的构像， 还可以简单进行清溅的作用分析。这里点击小分子的 a find polar contacts to any items， 到这里我们就完成了分子对接的整个过程，大家可以根据自己的知识判断并选取合理的结果进行进一步分析。 以上就是本期的全部内容，在接下来的视频中，我们还将为大家演示 如何使用拍帽做出精美漂亮的作用图，以及如何操作蛋白与蛋白的对接等等教程。视频中所需要的软件可以关注 top 的帽官方公众号，私信领取，喜欢的小伙伴们别忘 忘了点赞、投币加收藏，最重要的是点一个大大的关注，你们的支持是我们更新的最大动力！