gromacs使用教程

呃，在就是学 pro max 之前的话一定要先了解一下这个分什么叫分子动物，熊猫也不要太深入，就是说去了解一些大概的意思，然后清楚到底什么是什么，然后它的一个计算的一个流程， 这个呢是会比较重要的，因为这样的话大家心里会有一个比较清楚的一个认知，这样的时候就是就相当于你去做实验一样的， 你得清楚你到底要做什么东西，然后呢这上面的东西的话跟你有多大关系？然后，呃你会涉及到哪些东西？这一系列东西的话就是对于大家来说还是有帮助的。好，我们现在就去聊一下。呃，什么是震动的声母音啊？都怎么说呢？ 呃什么很专业的这种解释的话我就懒得去说了，这里面的话涉及到的话就是一个统计学的这么一个东西，动力学，统计学，对吧？从分子动物学模拟的这个字面的话呢，我们最近去了解的话就是 分子运动的这么一个学术性的一个模拟。呃，那么他怎么运动？这就是我们要去关注的这个点。呃，因为我们都知道分子呢其实之间会有一个相互作用力，对不对啊？ 他的这个项目作用呢？因为你会运动，运动之后呢，你会跟周边的这个环境发生一系列的这个变化，他分子之间的这个作用力啊， 他也就发生变化，这个时候的话你的受力是存在的一个变化，对不对啊？那么 就是怎么说呢？你一开始就受到这个力，然后呢你会发生一个移动，随着你不停的移动呢，你受到这个 呃位置、速度各个方面他都会有一个移动，这个呢就是为什么分子动物学魔力呢？他不像做地心原理一样的，就是会出现一个词叫做收敛 啊，就是说我缩短到一定结构了之后呢？稳定了，我这个就不自进行去往下做了。呃，分子动作学模拟的话，你是给他设置时间，他会不停的往下这个进行去做计算，就是你设置让他跑一 那秒，跑一优秒对不对？呃，跑一千优秒都可以，就是你吃饱了没事，你愿意这么跑他都行，他他都能一直往下自己用去计算，一直跑。嗯，他是说的这个力会自己用去移动， 然后呢？我们其实是对他所有的这个运动的这个轨迹啊之间去做一个叫做统计分析，你知道吗？我们去分析他所有的这个平均的这样一个效果，就是采用的是这种东西。 呃，并且证明的话，他的这个所有的主运动啊，其实他都是一种概率性的一个行为， 他跑到这个地方，他跑到那一个地方，对吧？就是他有很多东西他都是这种概率性， 他不是，这也是跟大家讲清楚。呃，跑做分子动物学模拟呢？嗯，首先第一点记住就是他反映的是一个叫做概率性的一个行为，他不是叫做， 呃，固定的，对吧？像做 d f t 一样的，就是它是按照这一个东西，它就是就是自己去收敛的。 分子动物学呢，他本身他就是为了去反映一些问题，然后呢只能去通过这种统计，嗯，就是从基底学的这种角度之间去考虑他这个统计下来，然后再进行去测试， 这里面的话我们就是去最后去分析的这个是一些乐理学性质，还有一些宏观学，就是这种乐理学性， 还有些动力学性质，然后这进去延展对标这一个宏观的这个现象。在这里的话，大家一定要记住，就是你发文章啊，你发文章为主啊，因为你发文章的话，说实话， 呃，你就需要考虑的就是这个热理学性质和动力学性质能否反映出你宏观的这一个东西，如果反映不了啊，你就别去写， 免得麻烦这个东西，因为因为有些东西的话不是分子模拟呢，能把所有的这个无关的东西全部给你，反映的你宏观现象 都准，当然就是说你有可能是实验会出现问题，如果你对你的实验觉得还是比较相信的话，那你就不要这些东西吧，这些东西写出来。说实话经常有人 会问啊，我做这个分子模拟，呃，我有部分的东西呢，能够跟实验资金对的上，有些东西跟时间对不上，那我该怎么办呢？ 就去罚你的那一个能对上实验的，你不要再进去傻乎乎的把所有东西都全放上去，放上去的话， 嗯，会这个很，就这个省导流问你那边，你说你解释不清楚啊，就很头疼。这个也是为什么大家这经常去看文章的时候，能够自己去做出跟有些东西不太对的东西， 文章啊，发出来的东西，从来没有人是把所有的东西全部给你发出来，而是会挑选出一大部分比较好的数据，因为这个东西没有办法了， 然后怎么去理解这个就是怎么说呢？证，然后反正我大量的资金去写，就是以自己口语化的这个形式资金去描述了。呃，证明的话就是 概率还是指一个概率，然后正点的话，分子模拟的话就是把所有这个微观体系当中呢，他所出现的这种概率性的这种东西，他进行去这种便利性就是把所有大概可能的概率他全部是进去。 好，反正就是他尽可能跑的这种东西呢，会多，所以说，嗯， 在这里的话也会提到，就是你模拟的时间会跟你模拟时间会跟你的体系都有关系吗？对吧？嗯，这后面的话也会聊一下，就是当你的 其实小了，你有很多的概率东西，对吧？你就可能出现不了，然后呢你如果模拟的时间短了，你有些概率呢？你也可能测不到。 这这些东西的话都是基于这个分子动物学模拟来的，他跟你这个软件操作他没有太多关系，他是跟你的起就是说跟你的这个测试设置他有比较大的这关系，因为他是一个便利的行为，把干就行，这个就是便利的一个行为。 呃，它的这个基本原理呢？呃，它的基本原理的话其实就是怎么说呢？就是分子动物学就是 f 等于 f a 就是牛顿力学，对吧？它是这么一个东西，这个也是，为什么是说它是基于求解牛顿方程来确定 一直运动状态啊？如果说我知道每个例子的初始位置，速度、质量还有受力，那么我就能去获得这个轨迹，对不对？这句话的话就已经讲的很清楚了， 每个例子的初始位置，这就是我们后续要谈的这个什么建模的问题啊？速度的话，对吧？我们 都知道这个分子的话会有速度，当然你也可以考虑不设置，对吧？然后他会有一个速度，然后呢？他会有一个质量，对吧？你 f 等于 m a 嘛？这个质量的话你肯定要有，他有一个受力，就是 f 嘛， 对吧？受到这个分子间的这个作用力，嗯，这些系列的话这东西都会有。当然了他有两个限制条件，就是有限的观测时间，有限的系统大小。呃，这一系列 这个东西呢就会引出一个概念，叫做细中，对吧？我们等会也会在后面直接去讲，说白了主要的一个原因就是因为我们的计算机啊，他没有办法这进行去 能完成，对吧？就比如说你像量子号称是说反正能模拟几十个亿，对吧？啊？几十个亿？你想想看这一系列分子才多少呢？比如说你一模二的物质， 你印摩尔的物质是六点零二乘以十到二十三次方，你这个数量级，你说你相差多少，对不对？这有很多东西就是受限于此， 并且你那跑几十个亿的话也是怎么说？你要的这个挺大的，就是说你的服务器械 要很好的，后跑的时间的话也会很长。呃，这个基本原理的话，反正就是告诉大家的话啊，要有速度，要有力，对吧？然后呢？还要有环境， 呃，环境的话就是包含了温度还有压力，然后呢你还得去告诉他怎么去运动，对吧？你，你有你的这个运动方程，因为我们所有的这个东西啊，他是一个 在这里的话，就是为什么会去设置一个运用方程啊？这个大家这一定要记住啊，就是 我们的这个计算，他不是这种你给到电脑的话，你比如说你看到这个完美的一个曲线啊，正常来说的话，我们的希望当然是一个很完整的一个曲线，实际上呢 它不是一个曲线，它是一个点一个点一个点一个点的。就是大家在这个去学这个位积分的时候啊，我们在机场能看到那个一条曲线啊，怎么去求的话，它是一条一条的这个东西，就是这个地方这一条， 比如说球的这个积分，对吧？那么是一条一条一条一条的，对吧？这个大家的话都会有印象，其实，呃，做这个分子中学模拟的话，其实他为什么的话会有个这个运动方程， 他有的时候把这个东西变成一条一条的一条的，他这样的话就能得到一个很有这种光滑性的，就是相对而言光滑性的这么一条这个运动位置。然后这个计算流程的话就给大家说一下。呃 呃，计算流程的话是这样的，首先呢就根据刚刚说的原理，我们这进行的话去搭建这个结构，就是告诉他位置在这个地方的话，大家一定要注意一下，一定要在这个平衡附近搭建这个就是说 不是指的这个平衡构型啊，就是说，呃，一个结，结果很平衡的这个地方，我是根据里面想研究的这个东西，他开始这个尽量的这个结构的这个稳定的吧，就怎么说呢？ 不是指在那个啊已经达到平衡了，当然了你可以研究的是他这个平衡的这个过程，呃，比如说大家去研究这个剧集，对吧？自主装啥的，呃，你可能是研究他自主装之后的这个结果 啊，他会达到一个稳定，然后呢你可能是研究他的一个自主装的一个聚集的一个过程，那么我分析这个过程的当中呢，我可能是希望这个东西，这尽量离我的这个梦想中的这个结构，这尽量的达到这个 相近，对吧？比如说你要研究的这个东西，呃，比如说这个制装出来的材料，对吧？像以前我说的这个棒棒的这个东西， 你要答应的是一个尽量完整的，因为你不能去指望他这个聚集行为成为了一个棒，然后再进入分析，因为这样的话可能就会拖得很长很长，达不到你们想到的这个结果。因为我只分析这一个这个材料的这个稳定性，那我就需要他这题聚集到 一起，如果只是说呃研究这个要怎么去聚集，当然了你要研究怎么聚集的话，你可能就是一个比较随机的这个东西，但是呢你随机的话你也不能去乱搭啊，比如说对吧？比如说我这边， 呃，我随机插入进去，然后我这个地方的话，我再给他这个再拿个真空出来，然后呢就远离你自己的这个意义了，其实就是你意研究意义的这个旁边，好吧？就是之后呢我们可能要去优化一下这个结构， 在这里面的话去优化结构的话，这就是会缩变到这个立场的，就会涉及到这个立场。呃，在这里面的话后续会给大家讲一下什么叫立场，就是符合这 一个立场的一个模型，就因为比如说我们搭建的时候啊，他的这个角角度啊，比如说这一些之前聊的就这个的话，他可能会连在一起，这个时候呢就不符合实际，然后呢因为你连在一起啊，就是 它是属于一个不稳定的结构，不稳定呢就能量会很高，这个也叫做能量优化， 他优化完了之后的话就也会告诉电脑啊，这个到底谁跟谁是成见呢？到底谁跟谁是啊？这样的话，对吧？他就会把这个资金去优化出来，如果能量 这个量很大的话，就会叫做爆炸。画完了之后的话可以得到一个相对平稳的一个结构，就是符合这个立场 模型的这么一个结构。比如说符合我们参数的这个结构之后呢，我们可能会去给他一个速度，分子中有什么，我们可能会给到他一个速度，然后呢在设置温度环境、压力环境，然后呢可能 还要给格力这个力呢？当然了你可以是磁场，也可以是电场，对吧？这还还有呢，比如说你施加一个拉力， 这一系列的力看都在这里，就是额外的这一个力，你可以给到他，同时呢他这个力呢还有一个立场的一个内比，就是分子间的这个相互作用力啊， 之后呢就相当于是我把这个结构呢设置为了一个参数，这个时候的话我要考虑的是啊，还有一个边界的问题，就是我现在是把 这个东西设置完了，对不对？那我要考虑一个参数，就是说装在哪就是我建模的时候呢，我可能会已经有一个盒子， 相当于有了一个容器，但是这个容器呢只是目前先装进来，但是呢我要最近就是反应，对吧？我先把这个东西先装进来，装进来只是装到一个杯子里， 但是呢这个地方的话，我要做进去反应的时候呢也会有一个容器，这个容器呢我到底是要让他成为一个周期性的呢？上下左右无限变大的，还是说我这个地方去设置一条边，我让他不动， 对吧？我弄另一条边洞，对吧？就是有各种各样的这种形式都会存在，然后呢把这些东西设置完了， 然后这就是后面怎么去求解，求解的话我肯定是需要告诉电脑王一个算法，怎么自行去求解这个牛顿力学方程，对吧？在这里面的话我们又会提到是一个叫做原子运动的一个精度，一个不长， 后面的话也会给大家起就是原子运动的一个精度，因为什么个说啊？就是球的话是一个这种平滑的这种曲线，当我取的很大的时候，比如说取这一个桥状的话，取的很大的时候，这个这个地方的话可能误差就大了吧，对吧？ 那我可能是在一个进度范围内，这个就可以，然后呢就会输出帧数，帧数的话就是因为这个截取的这个东西啊， 这个针数跟不长是不一样的，因为我要统计的话，我不可能每一针的话我觉得都统计，因为这样的话 这时候的话我就要去输出一个人数，然后保证去统计分析，然后呢时长，对吧？就是我大概需要跑多久，大概需要便利大概多久的这个时长，然后呢可以分析得到一个结构，就是离我自己 所需要的这个目标当中啊便利多长时间啊？能把我的这个东西好了，然后呢过去如果觉得还不够，然后呢还可以资金去沿着这继续跑，这个时候呢就是把这个速度啊 东西啊全部给到电脑，这就能修复好。这个地方呢会有两个词，一个 叫做预平衡，一个叫采药平衡，这个就是整个计算的一个流程当中的这两步大家一定要去做一下。预平衡呢指的是因为我前面使的是能量优化，能量优化是指这个单个分子 它的这个结构达到一个相对合理的一个结构，但是与平衡呢我是希望能够达到一个我理想中的一个状态，把里面的有一些东西呢 再进去更加进一步的这个优化有进一步优化的一个功能。然后呢还有的话就是，呃， 在这个玉平衡当中呢，我能让这个结构强达到一个相对稳定。我把后续的这个东西呢，我能这就 去做采样，因为我初次的这个结构有因为有很多东西要去对比，一旦和这个前期很粗糙的这个东西对比啊，然后相差的东西会很大，因此这个东西呢就会去做两步，一步叫做预平衡，当然了有些预平衡的话他可能做两次， 做三次当都见过。呃，最后一步的话就是采用平衡，采用平衡的时间的话肯定会比这个前面一平衡的平衡的这个时间会长很多。 最后的话就是把这个轨迹，这个动画这些东西记录下来，记录下来之后呢我们就进行去分析， 嗯，就是可以达到一个稳定之后的这个结构，因为我们大部分的话都是分析这种稳定之后的这个结构，然后制定去分析他的三 单位结构。就是前面说的这个二等奖啊，这一系列的角角呢？什么分布啊？还有他的一些乐理学性质，还有一些动力学性质，这个的话就是一个大致的一个计算的一个流程。 呃，后面的话就会再给大家把这个每个流程的一些东西再给大家自行去讲解一下，反正呃后期的话都会按照这种形式一点一点的给大家自己去讲解吧，有啥问题的话啊，大家可以联系我。

ok， 开始了。嗯，然后从今天开始呢，我会陆续的发布一些关于歌 max 的一些那个小白的教程。 嗯，然后关于做麦克斯软件的那个一些信息呢，大家也可以看我往期的一些视频， 我相信大家就是点开这个视频的目的也是想要学会个 max。 嗯，但是可能对于新手来说会遇到一些问题，所以我就 我因为我的水平也很一般，所以我就也从我以过来人的身份去讲一下这个国外这个学习。然后第一步呢，今天我们就是要安装格外， 这个就是学习歌 max 的第一步。然后对于之前没有装过软件的同学来说，这一步可能是一个比较难的一步。然后我之前都是用那个右斑图的时候，就用那个 那个 apt get 一次到直接装他默认的版本，但是那个版本有可能是很旧的了。嗯。然后今天我们是要在汕头 os 上安装个 max， 然后今天请到了 计算机领域的大神来为我们演示一下如何装个 max 哦。开始吧。 好的，来介绍一下安装和 max 呢。我们找找一个目录， 我们把临时文件都放在这个一点六七到 那个摩托在哪呢啊？在这里 感应上。嗯，在一个目录里把格尔麦克斯的安装文件先把它下载到 嗯，最新的和你想要的版本的。这个链接可以代购 max 文档 官网的文档页面查找到这里呢。我们下载二零年五月份的版本。 对，然后这一步其实是也可以去购买其他官网，去找你相应想要下载的版本就可以。 这边网络很快，四兆每秒已经下载完了。下载完之后去编一个 max 的可执行文件， 每把下载的文件我们解压，用踏去解压这个压缩包 能看到已经解压好了。最后在迈克斯圆满目录里创建一个单独的必有的目录，用用来构建这一次的工程。我们进去做变异，做做 mac， 做各种准备 啊。之后进到这个目录里。 好，已经我们把这个分一下屏吧。 我们要进到目录中去 安装格 max 过程变异的时候呢，他要用到 f f t 库这样一个做福利夜变换的数学库。在三套 s 里，通过安装 ipht w 里边的包， 可以装上需要的这些库。之后可以选择自己喜欢的 gcc 版本，默认的三百五十八里，现在是八点四，那咱们就先也用八点四版本的就好了。 之后去执行这样一条新 mace 做出来整个工程的 max flay， 也就是这个变异的配 地址文件，这里指定几个红变亮，几个环境变亮。我们通过这些杠 d 的发现参数，告诉他，我们在构建的过程中要用的 gpu， 而且是英伟达的 gpu， 所以是酷的。 那另外，我们在创建这个工程变异可知性文件的时候，我们的 f f t w 并不是要去用格尔麦克斯自带的这个相对低效的 f f t w 库，所以这里配上 out。 然后根据自己的硬件，这里再去配置酷打的 sm 和 cutut。 这个能这个设备的硬件呢，他的 能力，他对应的这个 sm 和 ctrl 的数值可以在英伟达的网站，网站上能查的到啊，那一个的哇，这个网络他有点慢。 搜索的关键字是扩大 ctrl cd 目要看你的那个 gpu， 根据你 gpu 的版本去设置是吗？是的，要看你用的是什么硬件。在扩大 ctrl 的这里， 酷打 ctrl 的这个酷打 gpu 页面能找到各个硬件 对应的这个 ctrl 的数值。其实这里也可以不配。如果不配的话呢呢？他变异的 过程会时间比较长，因为他针对所有的硬件都会变异代码就是把所有的都变异上。是的，就是咱们这这台主机用得着的和用不着的代码他都变异出来，这样就耗时间， 费时间。所以主要那个前面就这个，这个鸡皮油等于裤带。写了的话，就是后面我们用鸡皮油的时候就可以用起来了是吧？ 是的，他在运行的时候就会检查有没有扩大环境，如果有扩大环境的话就加在一起扩大的这些运行库 之后去在 gpu 上做运算，非常的快。嗯，但是那个只有英尾答的是等于 还是说所有所有公司的 gpu 都是负的，只有，因为答的是等于负的。如果是 amb 的显卡呢？这里就要等于 officel。 嗯， 所以对于需要那个用 gpu 计算的同学，就需要在这一步要注意了。 就是那个 gpu 等于裤带。这一个要加上。如果你是英伟达的 gpu。 是的，而且如果你是其他的 gpu， 在这里从 cmac 的开始，也就是刚才咱们 mac 这个过程中的开始，能看到 max gpu 的这些可选项。也可以在瑞丽就是这个 说明文档里。 说明文章里没有。那那应该就在硬道里 可以看到可选的这些项目。嗯， gpu 等于二的时候，哥 max 可以配置成使用库拉，也可以使用 amd 或者其他通用 opponcl 设备的 oppo cl 加速 就是咱们看到的这这这行配置质量啊。这里总算打开了扩大 gpu， 因为咱们用的是三零八零游击卡，所以击 bost 可以看到三零八零整个三千系列，他的计算能力都是八点六， 所以这里那是八十六哦。反正这这两个都是可以省略掉。对，如果是不省略掉的话呢，就是代码会变异的比较多，会相对费时间。 然后咱们执行一个 mac， 认识到就把格外麦克删装好了。那后面呢？这个 这个是我们生成的格麦克斯可执行文件把它放在哪里？这里咱们放在了这个 当前用户加目录的一个字幕下，就是签名叫哥们，你可以在这里加上版本号什么的都可以，比方说你说 然后在那个在那个运行这个命令就可以开始安装了， 他就变异，现在看到到了百分之九十七。其实这都是在生成文件的过程。最后一步他把这个生成好的文件放到咱们指定这个目录里， 他就是完成了最后的安装了。好了，这里这里已经生成了文件，之后去做这些链接。放到了可以看到放到了后面 uzr 的面手力跟 max 下就是咱们刚才指定的这个 bfx。 所以说对于那个如果电脑是三头 os 的同学来说，这些明明就是 可以直接使用的。然后注要注意的是就确认你的 gpo 是什么版本的 是吧？还有就是这个地方就要确认一下你的那个 gpo 版本的问题，然后如果你的 gpo 是因为打假的，但是你不确定版本，也可以把这两条删掉，然后就会安装所有的版本 是吧？是的哦。 ok， 但是那样会比较费事。然后对于比如说前期用那个右斑图来做的话，可能就是那个这个 fpw 酷的安装需要用那个 app 盖着说 对 abt 因四号 fpw 杠第一杯就可以了。嗯，然后就 那其他的就是运。就是其他的时候会出现什么样的报错呢？ 就有遇到过报错的情况，如果是报错的话就换一个歌麦克斯版本就好了啊，对， 早的或者晚一些时间的都可以。对，因为我们发现就是我们在安装二零二一版本的时候就会有报错，然后就可能你的那个硬件跟他这个软件有一些不匹配，所以就可以尝试一下换旧版本的再试一下。 是的。另外这个安装好了之后呢，你们应该过去检查一下，能看到生产好的时候，麦克斯就在这里用那个 gms 回车去 检查，看有没有可以看到他的这些需要的运行中的库，都可以在系统中找到，所以他可以正常的运行。那时候麦克斯我们去检查一下他的版本信息，也就是刚才咱们编译的这些信息， 能看到这个界面非常的友好，他会声明啊，那直接放大了看吧。 他会上面一些信息。 前面先说作者的信息，然后这是 两千年五月份版本，开挖团队很很很长，之后从这开始 这信息都比较有用。两千年五月份可执行文件放在并下面 放在哥们视频一下，我们刚才输入的对他的配费也能看到。在这里我们当前的执行目录也是我听短腿是这个病烂。我们输入了这样的一条指令。行。 这一次的版本是二零二零点五才上啊。这是编译出来的呢。我们没有指定双镜度，所以他是单镜度的版本。 呃，他是运行在六十四位主机上，所以慢慢给冒走，是六十四位。呃，在刚才的变异过程中没有去指定 mvpi 酷，所以他用十二代 mpi opps pot。 因为配置了因为系统， 然后有 opmpopmp 酷，所以他这里开启了 opmp 支持。要注意这里 opmp 最多现成六十四。如果你用的是 amd 的那种 特别核心多的呃，那种 cpu 呢？你还要把这个麦克斯瑞的把它改大。 cpu 方面用的是酷的。 呃， cpu 的新高音刷身吧台最大指令。这里使能的是 avs 二，因为这是一个一五为四的一个一个 cpu。 如果你在新的这些 印特尔各种类客上，你会看到这个 smb， 他会是更高能力的 avs 五。幺二 这样的进口印刷什么的。这套指定题啊。 f f d 库。我们用的是 s s e a b x， 也就是刚才装的那个 iphone tw 的。玩了 pro。 这里要注意。并没有，只能 hellow kit ok。 选这一个可以增加这个算法在计算平台上。这个 应该怎么讲？叫硬件亲和的这种纺车优化。所以如果感兴趣的话，后面尽量在这个 cmak 的时候把。还是 hwlok 把它使能 啊。还能看到变异过程中使用的 c 变异器版本。我们 用的是 gcc 的八点四点一。呃，如果系统中有 gcc 九， gcc 十，也可以在新 max 里边去把它使能。后边怎么拍的，这里用的是。 这会看不到版本信息。再啊，再往下一行，看到了这是酷打十一点三里的完美信息， 酷拉肯派乐的 flag。 我们刚才添的 gpu 加购信息就在这里可以看到。我们去单独变异的三零八零三零系列的 支持。后来 vivo 呢，指的是系统里安装的这个 vivo 和轮胎都是十一点三，就是你变异之后尽量去检查一下，理解一下，在这边每一行就可以用了。好的，然后后面如果用的话，就直接那个西雅麦克后面加命令 你就可以了。然后我后面会在详细的讲解如何用更麦克做蛋白模拟，还有那个蛋白小分子的模拟。嗯，然后今天的内容基本上就是这样了， 就是讲解了一下格 max 在三头 s 上的安装。然后特别的就是关于那个如果有 gpu 的话就如何吧， 鸡皮油边也在里边。嗯，然后还有一些之前经常有一些小伙伴问我关于那个如果我要做个麦克斯应该买什么样的电脑的问题。 呃。然后根据我们的经验来说，就是如果你一开始想学习的话，可以在自己的笔基本上装一个那个双系统的右边图或者虚拟积蓄 学习一下。但是后面如果实际那个实际操作起来做实验的话，还是需要比较高的配置，特别是 gpu。 gpu 加速可以，就是加快就是计算了速度。然后大哥要不要给一些关于那个如果买那种叫什么 图什么图形工作站，就是那种台式机的话，那个配置有没有一些推荐 啊。不太需要。如果是自己想玩一下的的话呢，就去点洋垃圾就可以了。呃，比方说你可以装一个双炉一五洋，垃圾。 就像这样啊，五二六八零 v 三，或者是自己的家用机就足够了。然后显卡呢？就 矿卡就可以。比方说啊，算了，就不在这收了。好吧。嗯，就是什么便宜搞什么就行。先先玩一下，其实只要有显卡就跟没有显卡，他的 加速差距还是挺多的。对，不用特别好的显卡。等后边你想要生产实践的时候，再去买那种三千块钱左右，两千块钱左右的显卡就足够了。对，所以做个 max 的话，显卡是非常重要的。好，今天 感谢大哥为我们讲解了那个格外 max 的安装，然后后面有什么，如果小伙伴遇到问题的话，也可以随时私信我。呃。然后最后就是再做一下广告，我的微信公众号可以搜 说我的微信公众号名，我要打一下 生活可言。好了，今天就到这里。

呃已经有一段时间好像没有跟大家聊这个教程了，然后扯了 e w 其他的，呃我们今天接着聊吧，就是聊这个 go to max 教程，然后主要聊下这个镜像分布函数，嗯是这样的，就是之前呢有很多人 问我要了资料对吧？然后就是那些资料呢？是因为有很多呢是我比较早，这之前的有四点五版本的，有五点零版本的，全部是归纳在一起， 呃，因为我现在在用二零，二零的时候呢，其实我发现啊原来的资料呢，有很多东西其实都已经更新过了，但是我这边的东西没有去更新，然后大家如果有需要这个资料对吧？你就跟我说，然后我就发你。呃我这边 边的，呃。这边的话打算先把分析的东西先跟大家讲。呃前面的生产立场啥的，这个东西的话，呃之前的话简单跟大家提供嘛，然后分析的东西的话我就尽量的 呃还是按照原来的方式就是给大家进行预测，呃相当于就是把每一个命令的所有的这个内容啊给大家详细的过一遍，好吧。呃这个 g、 m、 s、 r、 d、 f 呢？是处理这个进行分布函数对吧？能分析啥呢？ 有的时候就是大家算一下这个配位数对吧？比如说我这个分子对吧？比如说他们做那个锂电池的这个锂离子，这个外面围绕几个 这个龙记对不对？这因此来说用到这个 g、 m、 x、 r、 d、 f 就可以自己进行去处理。呃插座里面的话其实可以输入的是杠 f、 杠 s 对吧？杠 n 这些是常用的，然后呢杠 o、 杠 c n、 杠 b、 杠 e， 呃这一系的话其实大家简单的看一点就行了。好，我们聊下面的 啊，它呢有一个词叫做我先跟大家把这个迹象分布函数讲一下， 印象分布函数呢？其实就是怎么说呢？我假设在这个深红色的这个地方，我要去检索检索其他的 这个原子或者说粒子，或者是说各种孙子还是什么遗传跟这个之间的这个分布镜像，呃，就是求对不对？ 我们就理解为球跟随着这个半径的这一个分布，相当于就是，呃会去找概率。 呃，为什么会是说是去概率呢？因为之前聊分子动力学的时候其实就讲过，呃，我们得到的很多轨迹啊，其实他就是一个概率性的问题。呃，如果你单纯的对你 真，对吧？就是对这一个结构字进去分析，呃，那实际上的话也是可以的，只不过可能等会 大家看的话会有一定的这个区别啊。呃实际上就是这样的，我们呢其实检索的时候呢是用这个 dr 对吧？就是这一个分子在这个 dr 内的啊，我们就默认为 看啊，就是就会被记录下来，是这样的，就是这个 r 呢，其实我们等会会看它是沿着这个东西从零开始，这一直到啊我们设定的这个阶段半径， 它它会相当于就是从这个地方不断的扩，不断的扩，然后加上这个，然后通过这里面的东西资金去检索啊，就是 这么去理解吧。好，那么看到这个图的话其实就知道啊，我们是不是需要先找到一个点 点，对吧？就是找到这一个点，然后呢我们还需要去计算什么？因此的话就设置为叫做一个参考位置级，还有一个就是其实这个的话叫做，呃计算级，怎么说呢？计我们需要去计算哪些物质？ 呃这个参考位置呢？你可以是一坨的东西，也可以是一个的，呃都可以，对吧？当然了就是在这个地方的话， r e f s e l 的话，其实是这样的，看到没有？这个地方的话叫做怎样选，对吧？就是我其实我不太愿意去去直接输入这个东西啊，我宁愿就是一个一个的做选择，对吧？ 它弹出来，然后我们这进去选择，这就行了。呃，然后呢这上面的话又提到了一个杠 x y， 对吧？然后呢这还有一个这个刚病呢，其实就是前面说的这个镜像的这个 d r， 然后还有一个字 cat， 就是这个 r， 就是我们设置到多大，呃是这样， 然后呢这里面的话其实还会涉及到的就是一个关于循菌粒子密度的这么一个东西，以及还有涉及到的话就是，呃关于皈依化的这么一个问题 啊。这上面的话就是跟大家简单的去描述一下这东西，因为最好还是以实际的操作跟大家讲一下。 呃关于这个文件呢，其实我们输入的话，我们通常习惯性的去输入杠 f 和杠 s 这两个，然后呢我们处理的时候呢？呃通常其实是选择这个 x t c 轨迹文件，或者说 t r 文件。呃输入进去，然后呢选这个单独选择这个胶的其实会比较少，等会我演示给大家看一下， 然后呢杠 s 我们习惯性的通常是什么？什么就是对应的这个 t p r 文件啊，通常来说关于我们的这个计算，其实 啊怎么说呢？使用这个缸盗，恩，就是用这个锁引其实也会挺多的。呃，但是怎么说呢，就是经常会有很多人 呃，他可能不太愿意去用这个东西，因为做这个所以呢其实会比较麻烦。 呃，主要是很多人如果对这个键锁影的话，他不太了解的话，他其实不愿意去做。呃，如果咱们这里面就是可以识别出来的这个锁影文件呢，大家可以直接去用啊，这个杠 o 呢一定要做去输输出啊， 这个杠 c n 呢叫做累计 r d f， 呃，累计 r d f 呢？其实就是一个叫做 关于就是我们的这个计算，其实它就是一个求涉及到一个求基础的这么一个概念性的一个东西，它呢其实就是一个 应该叫累积，在这个地方写它是累积数 r d f 距离 r 内离子的平均数 等会大家就是看一下。呃，这么的话还有几个东西呢？这个杠 b 杠 e 呢？其实， 呃是我们这个比较常见的，呃，怎么说呢？就是大家很多时候呢喜欢去跑，就是跑这个结果会跑的很长， 对吧？就是我们呢通常会去截取后续平衡的平衡较好的一段，这里去分析， 因为如果我们诊断去分心呢，其实可以去看到他前面的话，可能还有一定的小的一个波动，或者说这波动还比较大， 如此来说我们经常会去用钢臂钢翼啊，这个用去处理，当然让你因为就是说你偷懒去用这个也行，好吧。然后杠 d t 呢，就是跳帧数， 对吧？就是本来这上面的话是每一针都会去做计算，这个呢相当于是我输，比如说输入一个二，就是每两针 去做一次这个计算。那我们 tu 呢，就是我们生成的这个单位，对吧？就是时间的这个单位呢，实际上是有这几个秒自定义构成的。 呃，这个 f group 呢，也是就是我们自己手中去输入的，但是这个东西呢，它是用来表述 这个存储在轨迹中文件的这个原则，让 x 为 g 呢，就是我们生成文件的这个格式，就是跟 o 的。 呃，这两个的话大家可以去了解一下。那 r m， p， b， c 呢？它默认的是 yes 啊，我今天其实也在做的时候呢，其实也老犯错，错的原因呢是我忽略了这两个东西呢，其实我们不输入的话，他是默认的，就是默认的他会给你带上去啊， m p， b， c 以及跟 p b c 这两个东西的话，他会默认带上去， 因此来说呢，我们这就会出现错误。呃，就是我或许会讲到我的理解上的一个错误。一开始，呃，这个上面的话就是刚 ppc 呢，其 就是使用周期边界条件的经去处理，然后这个的话就是保证每一个真的分子会完整。哦，怎么说？就是我们很多的同学啊，初学者在做的时候 经常会来问哦，昨天的话也有一个同学做这一个组装的，然后他的那一个纳米胶塑跑到了边界上出现了分裂，他一直在跟我说，为什么我的东西呢会分裂啊？ 实际上因为周期性的问题，他会默认为就是初学者，他会认为像是分裂了。呃。后面的话会给大家演示一下这两个，这个东西 呢，大家也要注意一下， tom 呢是是默认的，就是默认的原则，呃，这个呢就是残疾的 com 呢就是日新 c o g 呢，就是几何中心，大家的话，呃，就是学过这个数学的话应该能了解到，就是自心，对吧？跟几何中心呢，其实是有区别的，然后这后面的话有 world， 还有这个 part， 还有 d y n 等会话我们后面讲一下，这个呢就是选择参考位置， 这个呢就是我们输出位置，相当于就是指的是计算，这个 是参考组的，这个呢是计算组。然后并呢其实就是前面是提到 d r， 对吧？应该叫规范化，应该叫做归一化。这个呢是杠 x y 呢是使用距离的 x y 的分量， cat 呢就是考虑的最远距离，呃，杠 r m 零 max 的话，就是这个是最大距离，然后这个是参考表面这两个号其实就跟大家说了啊，无所谓， 这地方的话跟大家讲清楚，就是 word 的意思呢，就是你选中一个分子或者残疾的一部分，他会去计算整个分子或者残疾的这个字星。 d y n 呢，就是你选中多少算多少。比如你用距离选中了一批原则， 但是有的残疾他只选中了一半，那么 d y n 呢，他就只去算了一半，这就是相当于是我们前面说的用的那个 d r 的这个距离，这进行去检索，检索多少算多少。 pass 呢？意思是交举。比如你选的在一个残疾里 就选这个残疾，你选的一个分子里就选中整个分子啊。 pat 和 d y n 只有动态选取才有区别啊，否则 pat 和就是 d y n 啊，这个东西呢 大家就了解一下。呃，我这上面的话就找了一个六 p 的水模型，然后之前做的，然后简单的测试了一下，呃，到时候大家需要的话就是我上面的话，就是相当于是把我上面所有的测试的命令全部给大家资金去演示了一遍 啊，这这个结果的话大家能够看得到这个一些的话，我都是放在 orange 的图啊，你们可以打开直接去看数据啊，第一个呢就是这个 rdf 啊，我们可以看到这上面的话就是很长，对吧？ 这个是红色的啊，你看这个的话，其实就是我们大家这经常会提到的 r d f 规划，这个是农业才会规划，经常 有人来问为什么我的体系他不是规划的，没有办法去运营，因为他的不是农业，他是一些乱七八糟的这个东西，反正什么表面的，对吧？也在问 为什么我的表面不是这一个，呃，皈依的，还有这个什么高分子材料的，这个研究一坨的这个东西，研究一坨的胶塑，在这里也是问为什么不是皈依化的 这个归音呢？曲径音呢？指的是这个龙叶，为什么这两个会有区别呢？给大家看一下输入的命令， 这个呢，如果不输入自新选择自新，就会造成这样的结果， 因为是这样的，就是如果我们不去给他考虑这个字型去，他相当于就是默认全部是以原子出现，这样的话，其实我们会把这上面的原子啊全部考虑进去， 就相当于是我选择水分子，对吧？那么我就会把水分子上面所有含的原子全部考虑进去，而不是考虑这个水分子，因此是这样的，所以说他会多出很多很多东西出来。 这个的话大家看到啊，这就是氧 cn 的这个累积的这个结构，就是这个 通过这个积分，对吧？这定向积分证，然后得到这个数据，然后 会越来越多。然后这里面的话我就跟大家说一下，这个地方的话，就是我出现了一个问题，因为这个杠啊， m p b c 和 p b c 啊， 我是今天写的时候我自己忘了这两个东西呢，实际上的话它是默认的，所，所以说会出现这种结果，然后我们可以直接跳到后面来看。呃， 大家看吧，这个的话其实我是用的这个体系啊，用的这个也是一个，就是一个聚集的一个体系。呃，大家可以看到 我这地方输入是 no i am p b c， no i am p b c no p b c no p p c， 你知道吗？就是这个东西呢，你不用就是默认的，你写了这个 r m p p c， 它本身就是默认的，你就看这个五七八九，对吧？ 你看到这个八黑色的就是说明啊，他还是不会重叠这东西呢，大家需要这个注意一下，反正就是这个默认的。然后大家的话其实我觉得也无所谓了，记与不记的话其实真没有太大差别啊， 真的就是这个东西我其实他没有太大差别。然后这两个的话就是大家去听前面说的这个概念，就是这个母乳制新，对吧？就这个分子制新，如果 你没有写那个 were， 其实跟写不写的话其实都是一样的。这两个呢， 其实它也是有一定的，这一个其实也是差不多的这个东西， 然后我们再看上面的， 呃，这个呢，就是 rdf 啊，这个的话就是你使用 no， 就是那个规划，后面输了一个就是这个规划，这个 你先看这个吧，这个二八就是这个结论距离， 呃，结论距离呢？就是你那个 d r， 就那个病，对吧？病的话我 我默认的话实际上是零点零二，我这个时候调到零点零一，其实大家看的话， 其实大家看上去他的长度是一样的，就是他的长度是一样的，但是呢其实他得到的数据其实是会少很多， 因为你的那个并越大，对吧？然后呢你的就是数据的间隔宽度，他也会有变化，这因此来说的话，他整体的趋势其实是一样的， 但是因为你的这个检索的间隔越大呢，指的你计算得到的这个经络其实没有那么大，就是说会没有那么好精彩。说这个词啊，大家没啥必要的话，就调成默认的用他的零 零点零啊，那如果你想更加精确，你可以缩小，但是我觉得就没有必要试着去放大， 这样的话明显能够看到说你看这个疤明显往这边偏了，对吧？数字还矮了一些，然后这个呢就是九啊，九十二，九十啊，我们再看一下这个二九十呢，其实大家可以看一下啊， 就是这个关于这个密度的，还有一个不设置的，因此来说大家看到哈就是这个，这就是不设置的，会不断的上涨。 这个黑色的话，这就让我们全部看到那个规划的那个数据啊，就是 d f 的 g i， 但实际上的话这个东西的话它 啊是不一样的，这个这一坨红色的呢，实际上是关于密度的，关于密度的这个变化就是，呃，关于这块公式大家可以看一下，了解一下。看 x y 呢，其实就是没有去分析，这它相当于是 这个就是 on， 请问看到没有？我在这边第一个方的话，相当于就是这个配位数吧，大家理解的配位数，然后这个东西区域一对吧，然后 x y 这个东西话就是设定 x y 的话，相当于 大家可以看到明显缩短了，实际上的话它其实是去分析这个平面的，它不像原来的它是分析怎么求，然后就是二 十二、十三十四啊，这是一个总的图，大家其实可以看到这个二呢，是这样的十二十三，因为这个地方的话我是设置的他从一开始的就是这个值，我们看一下，看一下 刚 cat， 对吧？就是它从一开始这进行去处理， 因此它的这个分析的话，它是在这里我们找到这个字，一分析，相当于说是前面 这一坨全部归零，从这地方发现，因此这段数据跟这段数据是一样。然后还有的话就是这种三看到没有？我最多减少到三， 就是我最大距离解锁的这个范围是到三，前面的话是保持重复，对吧？这段是跟这里是一样的，然后这地方的话就趋近于零了。 当如果我使用这个十三十四啊，就是我去设置了一个最软的，然后到一个最大的求这个中间的这个范围，相当于是这段是 里面的不计算，对吧？这个呢是多少最多啊？我都计算的，这因此他们之间的这个交集，这就会形成这样的这么一个状况， 其实说白了这段都是零，这这一段后期就是分析的这段数字啊，这个呢就是这个 cat 跟那一个 r max 的这个 mini 的这个使用，然后呢就是十五十六， 呃，十五十六的话大家也可以去看一下吧。十五十六，呃，这一个的话就是一关于一个表面的这个选择，然后呢这一个就是排除的，呃，这个东西话就大家看一下反正榨汁的效果吧。 这是十五十六啊，对吧？其实因为太小了，那个排除的话相当于是会删除一部分，就是排除掉一些，因此他的这个峰值肯定是是长成这个 样子。那个十五的话相当于是我是考虑表面啊，这应该说，哦，那个数字的话，你可能会计算的特别特别大，因为你要去考虑那个接触，就是说计算出来的那个值啊会特别大，然后后续的这个的话， 这个讲过了啊，这个我就懒得删了。然后还有这个是否处理轨迹周期的话，其实也是一样的，他是会有区别的，是因为那个东西是默认的这个导致我没有去 解释说明。呃，还有这个关于智星的，还有几何中心的，像六 p 的水这里，然后跟大家说一下，呃，六 p 的水的话，其实他是有些虚拟危点的，然后虚拟危点的话，呃，他是不考虑这个几何中心的，他本身他 呃有的也没有质量，他是分一些电核，对吧？这英才说的话，哦，其实这个东西的话基本上算是相符的。 然后我们再看下这个输入结构的，因为这个地方的话，我可以对应一针，这进去输入 一针，自己连续输入时候啊，关于这个几何中心的啊，就会有区别了，他就会有一定的区别。就是怎么说呢？我输入的这就是说我参考的几何中心和字形 他是有关系的，如他会有一定的区别，但是跟你去计算这个自行和几何中心的时候，其实 啊都没有太大的差别啊。这一块呢就是告诉大家的话，就是我们为什么要去分析轨迹啊？尽量这个帧数稍微多些，这样的话就会得到一个相对 相对好看的这种图形，不然的话你得到一针的话就是，嗯，像像这种一竖一竖的， 甚至这一个数值他也会偏高。整体来说的话我们其实用的是轨迹，这用于处理。这里刚话就跟大家说一下，尽量去用轨迹吧， 这样轨迹这个的话其实就是分析结构的时候，嗯，分析你后续的这个结构的时候，你回去考虑用这一个输，输入一个结 结构就是我们如果去分析整个动态过程的时候的话，我们最好是用平衡后之后的啊资金去分析啊，然后就没了，就这样吧，来。

哦，在这边的话，我先跟大家说句抱歉啊，因为最近一段时间的话，可能要去处处理一些，就是工作上的事情，因为 那是的话，不是我的本职工作，也跟我本职工作的话不设计。呃，这因此这个东西呢，本身也就是 一个因为。就怎么说呢，因为确实之前有个朋友一直想让我去呃整一套 go max 的这个教程，然后啊，希望我去弄什么培训这玩意儿。我说实话我不是很喜欢去弄这个东西。 呃，我觉得吧，就是很多东西呢。嗯，我从我从来自始至终认为去收割学生。 呃，这个费用的话，我觉得其实是一件很很无聊的一件事情。嗯，要赚钱就是去朝企业这去要钱。我觉得啊，这是我可能的这种 哦，价值观吧。但是这东西呢，妨碍就是别的，只是我个人的一个感觉。然后这个 max 的教程的话，我是就是我都是抄的，目前抄了将近八百页。然后 呃，整体的这个逻辑框架的话，就是根据一个初学者，然后 从学习到里面的使用，然后到呃分析，然后到这个数据处理。嗯，再到最后的一个总结啊，就是我的一个逻辑的 一个框架。呃，这里面的话就是我的最终目的的话，还是想就是做成一份四点四的这个东西啊， 啊，就是会有一份这个文本呢，大家就是便于是翻阅吗？因为很多时候大家都知道，就是去网上找素材的话，确实呃可能会投入太多的这个精力，会浪费很多的这个精力， 对吧，耽误时间。我其实是很希望大家能够把这个文字模拟的很多东西能学会吧。 呃，因此这个手册的话，我是打算朝着页数，呃比较多啊，想朝的是两千两千亿的这个方向资金去发展。 呃，我会把大部分的东西抄的详细一些。然后呢，同时呃，后期的话会自己去做一些批注吧。嗯，在批注的话可能就是 其实就是想有助于咱们的这一些。呃，初学者能对于这一个 glomax 的很多东西啊，这里有一定的初步的一些了解。呃，这样的话便于大家这个理解。呃，在这边的话也跟就是我这边抄的这些作者，因为也没也没打招呼， 呃，确实超了你们的这东西。然后呢，如果你们觉得有侵权，然后我这边的话，在这边啊，就是给你们先说句抱歉。呃，就到时候你们可以联系我，我这边留了我电话。然后 哦，我会自定去啊。这个处理。好吧。然后反正我也是希望使用者呢，能够去多看一下那个原文的这个链接 哦，给那个原文的链接作者啊，你们去关注关注人家，因为人家会时不时的有些更新的东西，而你们关注我呢。我我是一个属于很随性的一个人，我很多东西的话，其实 哦，可能对于你们的帮助来说的话，会乱七八糟的啊，你关注他们是会有要链接，我也是希望你们去多给人家多点赞。 呃，就是去关注人家去多点赞。呃，该给别人 就是非常的你们去给一下啊这个东西。这就是我个人的这个想法吧。因此的话，我每页的话，其实呃我都会有一个标注吧。 呃，在这边的话也跟大家说一下吧，就是反正七月中旬的话，呃，就是六月底吧，六月底，或者说七月份，七月中旬的话，我可能会再更新一个版本。呃，这个版本的话，如果大家有需要的话可以找我。然后呢，反正你们都私信， 你们就微信私信加我吧。然后，呃，我这边的话会发给你们。 呃，至于里面现在写了一些什么的话，反正就是可以快速的过一遍嘛。嗯，这就是了解分子动物学模拟的一个 东西。呃，就是一个简单的一个理解吧。这个的话全部是分了我个人的理解。然后 green max 的一个安装，然后有大神就之前说了用 w s， l 的一个安装方法，我觉得挺好的。呃， 然后还抄了一些多 max 的一些编译的一些东西。呃，这块的话我可能就先放着吧，确实没时间这进去弄。就是这个常见的建模软件的话，我是打算 啊，就是说下我的想法，我会说每个软件的话放个十来页的样子，这进去供大家这进行去学习吧。然后放了软件的话可能会比较多。然后这里面的话就是这一个软件的一个， 就是这个命令的一个。这个解读吧，这个解读的话也是超难，最主要是超绿。要是那边的一个翻译的东西。 然后呢，就还有一些常见的数据库是有哪些。呃，这临时的话我会大部分的话都放上去，后期的话，我会那个数据库怎么操作的这个东西吧，我会大概去写一下吧， 这样的话便于大家自己去学习。然后建模的体系的话也会，后期这尽量会多写一些。目前就只放了这个模体系的，呃，其他体系的话就会偏慢一些。 嗯，就是怎么说呢，你们如果是需要那些案例的话，你可以找我，然后那我再给你发。 呃，因为这里面的话很多的，这个东西我还没有自己去写上去啊。然后这里面的话有 p d b 的这个解读，然后还有这个标文件的一个解读， 然后还有立场测做分析的，就是这个 top 的立场的话，我现在还没去写，本来想着今天写的，但是明天有事啊，一大早得走。 呃，然后就是这些软件的这个，这升升器的话也后续的话会自己去啊弄。 然后这边的话是呃， soft top 的。这然后呢，我也是给给摘录下来了，就是大家最好去看一下原文，去看一下原文。然后这里面的话还有 之前提到的一个奥特 f f 五整这么一个立场，你们可以去试一下，因为这个软件是新出来的。然后呃里面的很多参数的话，我是这么想的，就是你们去验证一下。 呃，因为这个东西呢，虽然说我做了视频是去给大家分享这个东西呢，因为我是觉得哎，相对而言比较好用吧， 但是我没有去做测试，因此发出来的话也是希望大家能够去测试一下。呃，这里面的参数的这个问题，因为我不确定，但是我觉得确实如果参数上了没有问题的话，我觉得我觉得是一个非常好用的这么一个软件吧，毕竟现在是免费的，但是我不知道为 未来是不是免费的。因此大家有用的话，这局需用啊，你们实在不行的话，你 我们去把人家的这个这这数据库拔下来，这这都没问题。然后这就是 m d p 的这一个解读参数的解读。解读完了之后的话就是就是去做这个 锁引，怎么去见锁引啊，为什么这方话会去提及锁引这个问题， 就是你建完模对吧，然后就去设置参数。然后呢，你为什么需要去尽力，所以是因为有些体系的话，呃，你要分析的这个能量可能是拆开的。然后呢，有可能是温度，温度的这个伤身啊， 他也是有变，也也会出现不一样的。这因此就是你们需要提前尽力。所以 然后就是跑平衡，平衡这个东西的话，就是轻便的一个平衡呢，对吧？比如说固定他，那就是这个碳骨架，就是让这个轻电把它平衡。当然还有一些可能就是，呃，比如说一些表面的这东西你要去做固定的 哦。我只能是先大致讲解一下，因为从明天开始，我可能会有一大段的时间可能会去弄电池类的东西啊。呃，因此的话，有些东西的话可能确实比较慢。然后这个平衡标准啊， 因为我觉得大神这边讲的比较清楚，然后我就把它摘录下来了。 呃，然后就是采样，采采样的话就是怎么去采样的问题，然后续考轨迹处理 of， 然后系统自带的哪一些这一个分析的这一个平平衡，我这个还没有去写，目前现在现在就是一个大众的一个框架了。 然后这个基本上的话，大部分的话也是在抄那一个李老师的那上面的这东西。然后就是一些脚本的一些应用嘛， 因为有像 d d s s p 的话，这个算是 pro max 这个 style 吧，它算是一个新的一个脚本。然后 m n m p b s a 的话，这个我还没确认到。然后就是数据处理，呃，目前主要写的话就是 orange 的 这数据处理。然后就是啊，一些做图的一些东西吧，也是抄的，抄的别人测试狗的。你们当然了，最好去看一下人家的这个文章链接，然后去给别人点个赞吧。 然后就是图片的制作。然后是就是 v m d 拍末这一系列的这个制作。然后最后就是 v m d 和拍末的这个动画我们制作。 最后呢，提提了一下这个 martini 啊。 martini 的话，呃，有当年自己写的一些东西吧，就是比较丑陋的这个东西啊。 呃，局后面吗， tiny 又在抄了这几篇文章，我还没来得及看呢，只只顾着在抄。因为 喂。呃，我一直想的是先把内容先做的丰满，然后再不断的资金去优化吧。呃，这只是个人想法， 然后就是常见问题的。这这总结。现在还没有时间去整去整理。呃，就是如果你们 像那个朋友一样的，他急着需要啊，然后就先发了。然后反正你们急着要的话，你们就私信我吧。好吧。呃，反正这个这个就这么多。

呃，我们今天这个聊下这个 gremax 的这个教程，然后呢，我们前两天其实已经把那个涉及到的那个建模的一个命令啊，就是 gremax 自带的建模的命令已经给大家这讲过了。嗯，这里面的话有人会在说，就是，呃， 好像只有一个大概的演示，然后呢？没有这进行一个像真正那样的，就是说去建立我所需要的这个模型。 呃，是这样的，我觉得对于大家来说，尤其是对咱们初学者来说，我们其实是对于所有的软件需要抱着一个敬畏之心，其实每一个软件呢，他都会有优势和劣势，对吧？ 因此来说，我们遇到问题的时候，我们可可能需要好几种 软件资金，同时资金去解决一个问题啊，这因此来说的话，大家的话就需要对于软件大概的东西要有所了解。 你不能说比如说我知道拍莫了，对吧？我拍莫了能够处理一下这个东西，但是呢拍莫也有些东西上不一定方便自己去做，对不对？那然后呢？比如说你用 wester 对吧？ wester 这边去建模对吧？他擅长建筑 对吧？然后呢但是他去处理一些其他的，这又不好处理。那么这个可能是大家最喜欢公用的一个软件呢，叫 m s， 对吧？但是 m s 里面他也会涉及到一些建模他不好建的问题，可能你就会使用到其他的软件这进行去 建模，所有的软件他都有优势和劣势。呃，这因此来说，大家的话一定要有一个敬畏之心，就是说慢慢的去了解各种各样的软件。 呃，所有的软件呢？对吧？我们今天的话重点的话就先讲下这个 afghadlo， 这是一个开源的一个软件，个人认为算是一个比较好用的一个软件。呃，他的软件最大的一个问题是什么呢？就是他没办法去计算一个比较大的一个工作， 呃，他这门的话就是里面很多的功能他其实都有，甚至他有生成这一系列的这一个就是书，就是说比如说你要做量化，对吧？你还需要去做其他的，其实是 会有一个可生成的一个输入文件，就是软件的一个输入文件。 然后这英才说的话，我个人还是比较好，就是比较喜欢用这个软件。然后这里面的话就涉及到的是 get 的话，它有一共是有两个版本，呃，这个带一的跟这个带二的，带二的不知道为什么，反正功能少了很多。 呃，这我就不去打开给大家看了。然后这里面的话其中有一个就是他最大的一个优势啊，就是他能够跟 vmd， 就是怎么说呢？跟做这个生物的， 呃，它的识别度的话会比较一致啊。呃，因为我不知道大家有没有用 m s， 这均就是说你画了一个文件之后，对吧？画一个， 有的时候画了一个相对复杂的还是什么？就是说存成一个 pdb 啊，因为你用个 max 的话，这里面画会用到 pdb 的这个格式，对不对？好，你一画之后呢？然后他没办法这里去识别， 就是 m s， 它识别 ok 没问题，但是用 v m d， 对吧？识别的话它会有一个问题。这英才说的话，其实我们怎么去处理？如果遇到这种问题的话， m s 我们可以先保存成 m o l two 的这个格式，然后再由 fgadlo 再进行去转成 pdb。 呃，我之前试过就是用遇到这种问题的话，用 fgadlo 的话处理这种 ms 导出识别性的这个差异的问题，用 f galer 是做的最好的，因为我不小心把这个案例删掉了，因为他是有 有的时候他能够遇到这种问题，呃，就是说这是同样的一个，呃，这个打开看的话，然后呢你看到 vmd 啊和这个 pd 就是说 pdb 格式 vmd 打开看的话，他的这个显示的话是完全不一样的。 呃，当然有人会问，就是说这个好像这个怎么全是菜啊？这个是 vmd 的显示，这个地方就是一个绿啊，呃，就是说他们的显示是不一样的，显示的颜色是不一样的，但是就是识别之后的这个键呢，经常性的会出错， 就是这个识别，你看这个就全乱了。同同样的，其实你会发现使用 m s 和 f galer 的这个就是怎么说呢？你可以看到他这两个，对吧？识别是一致的。呃， 中的 vmd 的话，它是不识别双键和三键的，这种的话大家是注意一下，就是因为有的时候为什么是说大家用 f f galer 这个进行去处理的时候是比较好的，因为它可以看到双键，你知道吧？ 就是，呃，尤其像你处理一些，比如说一些生物上的一些这东西，呃，可能会比较关注，就比如说你这个地方呢，对吧？到底是应该是个什么界？因为有的时候呢，我们可能人为的希望就是说去把这个清泉补齐， 对吧？或者说要去修正一个这个所谓的叫做残疾，这个因此来说，呃，我们很多时候如果看到的是这样的话，呃你就不清楚了，对不对？这时候的话 ufgel 的话，你就可以很明显的看得出来这到底是哪一个，呃，打开了之后的话，它会出现这种格式的问题，对吧？那就，呃我们得怎么处处理呢？因为有的时候我们可能人为的比较喜欢用 m s 这种优化， 你 m s 画完之后用这个 m o l two 的这个格式啊，对吧？然后呢使用 ab getd roll 保存为这个 p d b， 这个时候 v m d 打开的话，这就是和这个东西或者等就是一样的了。 呃，然后呢我们讲一下这个 f galo 怎么去画图？呃，这个画图啊？ f galo 这个画图呢？其实说实话他有一点的话，他不太好画的一个点是什么？他不好处理还。呃这里的话我先教大家一下这个怎么去 跨， 我们教大家一下怎么去画，比如说打开之后呢？这个地方是画的一定要点到画笔啊。 呃，他跟那个 ms 他不太一样的就是，呃，你的旋转他是单独分开的，就是他旋转就是旋转，画图就是画图，测量就是测量，那证明画的话他默认的话是你看这个是 呃碳，对吧？然后呢是单键，这里面自动补漆清，呃，演示一下就是比如说你点击一个之后他就会就生成，对吧？当然了就是我可以先也可以点中这个，然后呢往前拖， 然后呢这个地方的话就会一样的是生成是一样的，就是我可以替代。然后呢这里面的话这生成很多个这个，对吧？然后呢如果我现在觉得画的比较难看，我可以采用这个能量优化， 就是这个是几能量优化的这个工具可以这进行自动优化啊，这个也是为什么 iphone 这我觉得个人是觉得很喜欢的一个原因，是什么呢？大家可以看一下，你把这个 光标啊移过去啊，对吧？你能跟我看到有有一个解释说明这个东西到底是什么？然后呢你可以怎么去操作， 对吧？这上面的话他都有。呃，真实来说的话，我觉得这是一个非常不错的一个软件。呃，因为我个人的话比较喜欢点点 这个，因为这个是就是我们前面之前说过的这个几何优化，对吧？然后这边的话其实也可以给大家看一下 啊， beauty 的公司的，对吧？这还有 o 卡的，这里面的话，你比如说你要生成 o 卡的这个输入工具， 呃，他这里面的话他可以提供的就是，呃，你可以在这里面进行去调试啊，当然了你们要去处理的话，你们可以把这个软件，对吧？ 开源的，你们可以把它再更加丰富一下。然后呢我们接着聊一下，就是选择的时候呢，有的时候大家可能点击这个的话，他没办法自动的去使用，那是因为我用多了。呃，你们没办法用的时候呢？先点击一下这个，呃，点击分子滤选设置一下立场，因为有的时候会提示你没有 设置立场啊，比如说设置 def 的软，然后呢我们按照这个大概的做到最小的这个日出下降法的这个优化，然后呢点击好确定，然后就选选择好立场，然后我们就使用这个 好，这个时候的话，大家的话这就能够看到点击这个，这就可以这进行旋转，然后呢点击这个的话就是这个角度， 角度这个，这个都，这个都会有啊，是，对吧？你们可以就是说这进去看角度啊、面啊， 这个呢就是拖动啊啊，你可以拖动这个原则，拖动某一个原则。然后呢这个东这个的话就是选中，选中完了之后呢他会套一层球。嗯，这个东西话，就比如说这个邻居插入 的时候，你可能会用到点击左键，然后一拉就可以选中，然后你想取消的话点击右键点一下子就行了。这东西的话就是旋转 啊，你比如说你点一个 x 啊，它可以自自动旋转，你可以自自己选，然后呢需要调完之后就调为零，对吧？这就可以了。然后我们再讲讲下那个处理双键啊，处理双键的时候你选择好双键， 点击一下就变成双键，当你再点击的时候他又变成了这三键，再点击一下就单键，他是这样的，就是说你然后这边去双击双击，这边去处理啊，然后呢想换元素，其实一样的啊，对吧？这地方的话有元素周期表啊，其他的话 这都一样的，比如说我要换成氧，呃，氧连连到这个 自动换新的话，他就可以把这个东西啊这边去处理掉，对吧？就是这是这么一个工具，然后这里面话如果画环，呃，画环，说实话我没有看到这上面有一个比较好的画环的工具，然后我就给大家演示一下，如果你成天要去画环， 呃，你先把这个点掉去啊，呃，这一点的话确实它是一个很弱的一项，就是画的烦你把先把这个取掉，取消掉。呃。先单击一下，点一下，左键点一下，点一下，再点一下， 再点一下，再点一下，再点一下。好，你现在是把六个点画出来了就画本环吗？对吧？然后呢 我这个时候的话点击这一个球拖啊，因为我这地方是开了双键啊，然后我们可以先看下单键啊，拖拖拖拖再拖， 然后呢再把这个双键调出来，呃点击他一下，点击他一下，对吧？然后这里面的话这自动加清啊，是在，呃在这啊， 加轻一点。好，这轻加出来了这个地方显示这个紫色的旧环，然后呢我们再几何优化一下，这就是画好的这个本环啊，这就是画本环的这个东西。 嗯然后呢我们看下手上我也有点忘该讲些啥了。好，这里面的话这还有一个就是处理生物上的。 呃处理生物上的话经常是有人问， 呃我的这个 ph 值怎么去调？有的时候我是挺服了大家的 调 ph 值你通常你给我用什么调呢？用氢离子，氢氧根离子调，调完了之后呢？蛋白不助变性的，这这不是就是你蛋白上面的这个氨基酸的那一个，对吧？你这个口子这些从来不调的， 有些就出，就真的就是明明就是这个在这个 ph 的情况下这个氨基酸这个都不对啊，你们也拿着去算，这算了一通之后，哦吼，结果不对， 呃。我现在这就打开一个氨基酸的给你们看一下， 先把这个这个白框的话，你们因为白框的话是就是说他默认这是一个这个晶，这个机器里面呢有个盒子，我们啊这个应该是可以把这个盒子去掉的啊，把这个盒子去掉， 对吧？就是好，我们现在看一下啊，我们现在针对于这个，我们这就用去调调节这个 ph 值，打开， 我调到九点四 p h 看一下，大家就是不要闭上眼，因为这个东西我没看到就跟你们吵， 我们只能够看到瞬间的那个突然变化，好吧，看到没有，他一定是有一个变化，上面所有的氨基酸都会有一个变化，这进行去处理， 我们接着调，我们调成这个酸性的，调成二，你看这个地方的清该出来的出来，对吧？就是是这样的，就说这个东西呢，大家的话啊，用，用来处理你的那个蛋白， 不过证明这最大的问题是什么？就是你太大的那个蛋白啊，他打不开，你知道吧？就是因此你们这个要注意一下，就是 他太大的东西啊，他搞不定，你知道吧？他只能处理这个小的，我这个东西也是找了一个小的，因此来说我也挺希望就是说有谁能够把这个跟把这个 处理的更加好一些，因为说实话它的建模其实它上面带的一些东西啊，确确实蛮好的。然后比如说你像我们像 ms 当中的，这不是有些功能吗？ 对吧？哦，重新调一下， 就是它会有一些这种功能好，然后呢就是我们经常会遇到这个插入的问题，就是说这边去替代一个片段的问题，选中它 右键是取消，左键是选中，选中好，现在这个地方要替替换音色的啊，找到这个片段 我随便找一个你一样的，好，这个地方的话你就可能看到，选的话，啊，对吧？你看到这个地方添加了一个这玩意，这进来的，知道吧？一定是要先用这一个选中一个，然后再进行插入， 刚刚呢，像有的时候大家习惯就是用不同的软件习惯不一样，我个人喜欢点左键点空白，哎，怎么没取消？你取右键你知道吧？呃，然后证明的话，这还有就是什么， 呃，这几个的话，大家话就可以自己去尝试看一下，比如说这个测量的啊，顺便讲一下吧， 这地方的话这就有显示，然后呢你再点击啊，这个距离的这个显示啥的，这个都有， 然后呢可能还有你的这个箭脚，就是说他能显全部显示在这里，呃，关于这个画图呢，我们，呃再看下这还有，哦对，这还有一个，这处理高分子啊，嗯，你们这个有些这个要变高分子的人， 这这个玩意是一个挺好的一个工具，就是把这个青啊变成假机，点一下，你看变出来了，我还可以再变，对吧？就变成一坨了，就是说这个玩意，这个是一个比较好用的一个工具， 好，我们关掉。呃，然后这里面的话我们再讲一下这个处理，呃，这个地方建 tender me 管，哦，这个 tender me 管的话也给大家再演示一下，在这 建建这个管，是吧？这是 n， 这是 m， 你们这个应该是清楚的，这个建成这个周期的 也这个是否需要封端，嗯？是否找什么双键，你们自己看就行。点击 bud 出来了， 这个时候，呃得选择这个，这就去拖转，这就建出了这个碳动笔管，长度 这是纳米，然后呢这做做气性的，然后这地方呢还有其他的可供选择，你们自己看，我看不懂， 呃，你们看这个东西如果全是球，然后呢？他是宣表示 全选中啊，这个时候再点一下这个，把它取消掉，这时候你们就方便看，这个时候这就是标准的碳纤维管， 对吧？这个东西的话大家就看一下，然后呢画这个蛋白 dna 的多肽的，呃，确确实，大家的话可以再进去看一下， 怎么说呢，就是他能够去处理这个东西，但是确实有点的话，他们也不一定好用啊，比如说画这个 dna 的 a g， c t on double， 它会自动识别，然后呢我们就不画长吧，然后呢调调整这个也行，对吧？ 嗯，自己去看一下啊，设置一下。卧槽，这个数字自律已经画出来了， 画完之后说实话弄那么一丢丢卡，哎，就是这果干也是这么画的，你们就这个画出来，然后画这个多肽啊，也是一样的， 你画画画，为什么我要单独把这个多汗再给你们讲一下呢？你们是练几周都可以， 你们画完之后这就会发现有问题，看到没有？ 这个问题出现在这个关灯产上面，你们觉得这个东西如果是要去靠优化，自己去做的时候，这个也会有问题，说实话这有很多的，这个 就是这个的话我倒不是特别建议大家用，如果大家使用去优化，优化完了之后呢，你看上去，其实呦感觉好像很规整的，实际上的话全全是错的，你知道吗？就是他画这个 enrna 其实蛮好的，但是他画这个多嗨啊， 错误蛮多的，我跟你讲就是总说呢，请你不要去用这个东西画多太啊。 呃，然后呢这里面的话就是，呃，就这个就先给大家讲一下，然后呢 这边的话这还有一个其他的这个工具，他当然了他能够这么全面的话，就是他能去处理这个晶体的啊，比如说我现在找一个这个晶体的给大家看一下， 看好了这个东西的话这是一个晶体，对吧？ 然后呢这地方话是有这个金包的这个参数，然后呢这金包的这个一系列这个东西，因为你既然可以去做到 一些量化的软件，还有即兴原理的软件，说明他一定是能处理这个金包的，然后呢你要建超包呢？是用这个， 嗯，当然了就是你们不用去处理菜价，处理菜 太大的话是不需要我跟你讲，当然了你们要去接入表面使用这个工具啊， 对吧？建立这个，然后呢这个你去调，然后就去建啊，这因为这个东西它我这电脑比较挫，这然后呢没办法，然后呢你们可以去调节这个一系列这个东西啊，就是说你这些东西话你们都可以自己去处理， 对吧？然后呢你们其实可以看这个显示的，然后你看坐标这一系列，然后这个显示的单位，然后这个啊这个地方的话全部显示，然后就关于这个对称性啊，这个一系列这个东西啊， 显示的这个编辑的这个东西啊，对吧？这个这个参数信息，呃，他都能够这进行去提供。 然后呢这里的话这还有这个你们可以看看这里面还有哪些工具啊？可以在进去打开这个借电使用的啊？怎么说呢，就是在这边的话就是给大家自己去演示一下这个 该着我的这一个东西啊，然后顺顺便把我再给那个大家再把这个上面的这个演示一下啊？猫 pro 的，对吧？深层，当然了它上面小了，它上面能够带的这个东西其实很少。 呃，插到不是一个软件啊，它只是一个生成器，就是一个输入文件的一个生成器。呃，这里面画 laps 的话，其实它也有 很多他都有，你知道吧？就是说大家的话，呃，可以直接去使用一下这个 东西，然后呢他确实只是处理这种大型的这东西，他有点不是特别好使，但是对于我们去画啊，去画一个结构啥的，简单的去处理一下这这东西的话，其实是一个蛮方便的一个这东西吧， 那么你还可以再进去给大家比如说再展示一下，比如说我可以先画个金包，然后呢我这金包的话我可以画画出来之后呢，然后我在这里面去添加一些东西。 呃，这里面单位的话他已经调了啊， 其实就你们可以看就是他是有蛮多这种工具啊，这进行去处理的， 你知道吗？就是你要去画金包，去画其他的，对吧？ 他都是可以的搞定的，就是你可以去画这个，呃，金包，然后呢你去把这个水溶液再加进去，说实话啊，你既然用个 max 的话就不要去用这个，我只是告诉你可以有这么个东西，但是他不是最优的选择。好吧，今天的话我们就先聊到这么多。

呃，这今天接着跟大家聊一下，就是这一个 grow max 的这个教程。呃，这里面的话就是昨天也说了，就是关于这个流程对吧？然后呢，第一个的话就是我们得需要知道什么是构建的这个初始模型。 呃，因为其实有很多初学者的话，其实不是很能理解什么叫做初始构型。呃，就比如说我们有的时候能在文章当中能够看到的有有很多的这种图形吧。 呃，因为可能有些文章呢，它的图呢是就是有这种绘图绘出来的。然后呢，还有一种呢，可能是做模拟的图。然后很多时候 大家可能没有特别仔细的去看，就认为上面所有的图，他都是可以这进行通过模拟计算得到的。 实际上的话，他有些图的话，他是做不出来的，就是分子模拟的话，你没办法自己去实现。呃，比如说这张图， 呃，曾经有人跟我聊，就是说能不能帮忙去做两优米的碳纳米管，他说呃，我现在我是做实验呢，呃，用的是最短的是两优米的碳纳米管。呃，钱呢，投了很多，他说你能不能按照这个实验的这个尺度给我直接去算。 呃，不过后面跟他沟通了之后呢，他决定用下场子去模拟，但是他要模拟的这个内容呢，又是属于 呃低性原理，或者是说分子分子模拟可以直接去了解的，因为他他想得到微观的数据，但是他想模拟的尺度呢，又是属于那种特别大的。这因此来说，这种构型号是没有办法制定去实现的。呃， 通常来说我们用 glomax 来做的话，呃，尺寸的话，尽量不要去超过十五纳米，呃，超过十五纳米之后的话，可能就不一定能跑得动，有可能太大了。 呃，那么大家可以回去试下看，比如说自己建个盒子十五浪，然后呢，里面充满了水，然后大家可以看一下大概有多少个原子，呃，如果我们记错的话，应该差不多有有一百来万个，呃，确实。 呃，如果大家用 gpu 来算的话啊，这没有问题。但是我们很多时候的话，肯定是希望大家资金于闯荡特别大啊，除非你的体系特别特殊，对吧？然后证明的话，就涉及到这个问题， 怎么去搭建我的这个初始构型，因为我不能把宏观的这种东西当成这种微观的。你像这个图， 他是把宏观的拆成啊，这一小节我只模拟这一节，这一节当中呢，我在模拟这一节，哎，这一节能够体现就是说有这节微观的这种 现象，这进行去反映这一节，这一节再反映这一节。他就是之前说了分子模拟的话，他是通过去便利这种微观的 种细细节性的东西。比如说在这围观当中呢，我能够去通过这种一系列的轨迹，能够把这个宏观当中大部分可能出现的结果， 这进行全部通反应出来。反应出来之后呢，我根据这种平均的这种东西，然后这进去反映宏观的这种现象，就是这种性质，他是这样的。因此大家在做的时候 就可以这进行去拆分。我大概要建立多大的一个体系，能够去反映这个 东西。好，我们等会会在后面再聊一下。然后呢，这种的话，你可就是说你可以再进去搭建了，就是因为这种如果是科研绘图这种做出来的，对吧？你有这个气泡什， 那你可以通过自己的这种手段，就是怎么让他这个鼓起来啊，对吧？这一系列的东西的话，实际上都是有方法进行去处理的。呃，当然了，我们得先知道什么是他的一个基本的一个原理是这样的， 我们这经常看，就是说对于我们很多初学者来说，我们通常认为的这个构型，比如说我这个地方是帮，就是搭建了一个这个膜， 对吧，这个膜的话，大家看上去啊，这是一个图，认为这个图才是这个构型啊。实际上这个图它并不是一个真正以上的一个构型， 它是一个显示，但实际上的话，它内核的话，它是一个数据。呃，对吧。原子名称，原子类型。然后呢排序就是说序 号，然后以及它的 x y， z 的这个坐标，当按照这一个具体的一个格式。呃， glomax 当中呢，常用的是 g r、 o 格式，还有 p、 d、 b 格式。呃，这证明的话就是呃，你给到这个格式输入相应的数据。然后呢，用专业的软件，就是 有些软件的话，他打不开这个胶，呃，这个文件。但是 pdp 的话，通常来说的话是比较通用的。呃，他们就可以打开这进行去读取相应的这一个 数据。然后呢，就可以呈现。因此只是告诉大家，其实所有的模型本质，它就是一套完整的坐标体系。呃，当然了，比如说 p、 d b 格式的话，它里面的话会含有很多很多的一些其他的一些信息弹进去。嗯，在这里的话，大家的话，这就一定要自己注意。 呃，后期讲 pdb 格式的这个信息的时候，大家可能会了解到啊，我一个 pdb 格式里面的话，里面可能有好里面还还有轨迹的，就是说这边的话其实可能还有好几个这一个 文件。当然了就是说我在做的时候的话，我可能会挑选出一个，因为他有些不同格式的话，它里面有不同的这种，呃，这种信息啊，这里面的话就大家的话可以去。呃，这里的话有个东西 大家可以记住一下，就是这个 go max 啊，它的这两个格式呢，一个叫交，一个叫 p t b。 呃，我们在做生物的体系当中的话， 有的时候可能会遇到的一个问题叫做什么呢？比如说删除这个水分子对吧？呃，我们有些人可能就是没有去看格式啊，把自己的胶这个文件拿着进去删除，这个时候的话你是读不出来的。 呃撸就是怎么说呢，我给大家演示一下。 嗯，可以给大家演示一下，就是说这个 l a p p d 的这个格式啊。嗯，我们 啊这个的话我想起来了，这之前的话应该也是录过这个视频的啊。 呃，这个的话就是胶的，嗯，大家可以打开看一下，这个是读出来的。呃，这个的话是 pdv 的， 这个是删除，同样的删除一个原则，同样的这个是删除了一个原则之后啊，他可以读出来，但是同样的这个东西的话，大家就自己去试试一下，这个就是刚刚的那种情况。然后 这个时候的话我们就是说只是知道了啊，这个具体的内核是什么，但是依然不知道怎么去搭建这个构型。那么这个时候的话，我们需要去一定要去分析 下自己到底为什么去做这个研究。呃，就像做自主装一样，好吧，我比较因为这个的话，我比较稍微有点了解吧。呃，自主装呢，有些 大家知道自主装呢，他是这种，他可以形成这种膜状的对吧？呃，比如说形成这种胶塑的这种形状，他在上下成膜啊。我这时候的话，如果只是分析他这个稳定性， 我分析稳定性，那这个时候的话，我就把它当成稳定的这个结构，这个结构呢，是靠自己去拆的，怎么拆呢？你要考虑它的一个浓度的问题， 因为很多时候的话，我就是有的时候大家在跑 n v t 对吧？何止不变。但是这个时候呢，我的农 浓度过高，因为你是初始自己自己去搭建的这个浓度呢，有的时候不太符合一个真实的你，可能会造成什么呢？ 这一块的浓度过高，他要往往水里面走，要不往上面走，这就意味着他并不合理。这个时候的话，大家可以先做一些小的模型，再进行去跑着看一下，看一下是否有问题。然后呢，再进行去做一些大的， 这样的话就是我们先把浓度给确定下来，因为你有些浓度的话过高啊。当然了，也有大家 会去按照一个什么叫浓度的，就是说分子模拟里面设定的，就是对照你实验的这个浓度，因为曾曾经我见过，就是说有些大家 可能做的浓度或者说很高啊，然后呢，要不就是说做的浓度很低呀， 对吧，就是做浓度很低之后的话，导致我的盒子可能会溅的很大，然后呢，里面的话只能放到两根三根， 这个然后你就意味着你这两三根的话，你肯定是没法变利出来对不对？那我只能放到多少呢？我只能放到呃扩，再扩大一百倍， 那我本身我就已经放到十五纳米了，我再扩大一百倍的话，我就到了一百五十纳米。这个时候的话啊，我才里面的话可能会有一百多根。这个时候的话就不对了， 就是说这个模型他可能没有问题，就是符合你的理想中的这个浓度，但实际上的话，你去考计算对吧？这就不合 合理的。就不合理，是因为你需要投入大量的这个计算，因为我们知道就是浓度低对吧？当他要聚集的时候，他会逐渐的往这个高浓度，这个音距运转，这个时候的话，我们可以这适当的这样去忽略掉这个浓度的这个影响， 因为因为是这样的，就是我要聚集在一起吗？对吧？我对不对？我本身就从地浓度会逐渐的朝着这个高浓度这个地方去运作。那我是去分析什么？ 就是说当我去分析这个呃具体的这个过程，形成这个稳定的这个过程对不对？我不一定非要去研究这么低的浓度，因为我浓度在低，我在局局部当中的话，我浓度还是会很高的。就是我局就是在我 形成聚集的过程当中，我也会有一个比较高的一个浓度，对不对？这个时候啊，我就去研究这个快聚集之前的这个浓度，这就好了。 然后这里面的话还有会提到一个叫做分子数量的这个问题哦，对这个浓度的话怎么去测试啊？是大家比如说见证模型的时候， 你可以先放的密集一点，然后呢聚集看看是否会有问题，有问题的话说明浓度太高，或者说浓度太低，怎么去判断？就是看他是否合理性的这个问题，如果合理，符合预测，预测 ok， 那你就按照这个浓度来。一定要去对比实验啊， 不要把这个分子模拟当成就是神，一定要自己做完实验，然后再进行去预测，之后 来验证出这浓度合理，符合你的实验要求，然后你再去分析。然后这还有分子数量的问题。分子数量的话就是呃我的这个构型，如果我就比如说我刚刚说的这个浓度问题对吧，我 按照我刚刚说的啊，符合浓度的，但是我十五纳米里面的话，十五纳米里面盒子后，我就放了三根，我三根，我三根这个分子 去剪对吧？我死我肯定是看不出太多的，这种形状出来的就意味着我三根的话，我没有办法去便利出很多的可能性的行为。 这个时候的话，那我肯定有问题对不对？我都没办法再进去用来分析说明我的分子数量，这个我这个就少了。这个时候的话我要需要调整于这个分子数量，我同 只要保障我计算的这个数量直减直减少。然后这里面的话还有预测的这个位置， 呃，比如说咱们做做一定的这种吸附啊，或者说对吧，药物当中的这个能量之间的这个结合对不对？这个里面的话，这就涉及到的是什么， 你需要先做分子对接，找到一个可能性的一个概率，然后呢，把这个分这个东西啊 结合到一起，目的是什么呢？我是让他尽量达到一个平衡的一个状态，就是说预测的一个可能性的一个结构，这个结构呢，是属于一个稳定性的一个结构。 这个时候啊，我靠近，那就意味着什么呢？对吧， 意味着我更容易稳定，能达到这个稳定。这时候的话我去分析就 ok 了，没问题。然后这里面的话还有一个叫做盒子形状，盒子形状的话，在后续的嗯，到 max 的操作命运当中的话，我会给大家单独资金去讲这里面好，就先口述一下。呃，盒子形状呢， 这个目的是什么？就是相当于说我有一个容器去装这个我的这个反应的这个东西对吧？ 怎么去装？那么第一呢，我要保证他数量少，第二呢，我要保证他盒子能够形成一个我计算当中的一个合理的一个行为。 盒子的话，它会有好几种，这个 max 当中，呃，我可以先开给大家看一下。 嗯，先可以给大家先处理的看一下，比如说这种是盒子的形状啊，对吧，这种三斜的，这种，还有一些这种其他的形状的，对吧？还有这种等边十二面体的，还有这个几角旁面体的，这个都都有 啊。就说在这里面的话，大家就是一定要去注意一下，就是这个鸽子形状，目的呢是为了提高速度，因为比如说有些对吧，做那个三面体的 啊，你可以提高速度提高很多了。相当于就是说我可能比如说原本对吧，要一百个小时呢，算完了，我现在使用这个盒子的话，我可能七十多个小时能够算完， 能节省出来时间的话，其实能节省很多。在这里的话大家就会去注意一下。还有的话就是呃，比如说大家有些做口服材料的，或者说做一些什么木服材料的，对吧？然后这里面的话还有一些做成这种周记性的 对吧？结构他也要考虑盒子的形状使得他什么呢？形成一个周期性的一个变化，就是说能形成一个周期性的一个结构。 还有的话就是合理性的问题啊。嗯，合理性的问题就是大家去研究的这个过程当中呢，你这个东西呢，是否合理的？呃， 怎么说呢？比如说不合理的假设，这个假设这个是清这个疏水集团对吧？如果我把这个疏水 集团往这个水里面这进去塞，然后我这进去搭建模型，他本身就不稳定，跟你分析，那你又要分析他的稳定对吧？这个时候的话就是不合理啊， 你把这个带电的，这个清水的往这个空气当中放啊，这个疏水的就往这里面塞啊，你说你要研究他的这个反转啊，这个可以，但是如果你是研究他的这个稳定性哦，这不可以， 这个因为远离了你的这个平衡结构，那你这个时候这就需要很长的时间形成这个平衡，达到达到一个平衡的一个状态，那么这个时候形成这个平衡的这个状态呢，有需要大量的时间，这就不合理了。 然后分子数量啊，这个东西的话也是跟大家这还用为前面也刚提了吗？就是这个东西的话，还是个便利 性的一个问题，因为我们是希望啊，我们分子模拟能够稍微多一些，能够呢把所有的概率性的这东西呢进行便利出来，因为有了这一个概率啊，我们就能知道。 讲个举个很简单例子，我之前其实有看过，就比如说做了这个，呃， 就是说他可能他做纸装的话，他就放了十根，然后呢，就是体体积也很小，然后这装了十根的话，你怎么聚集呢？你看不出来就是说对吧。其实 你说你要去变成那种什么纤维的结构，其实很难看得出来，就是说当你只放十根对吧？如果你放多一点，稍微加大点浓度，你忽略浓度的这个 影响问题，你就比如说你就分析这种局部的对不对？这就像我刚跟大家说的，你在局部当中有些东西话，你是需要去考虑浓度的，比如说你做电子液对吧，这种溶液的时候，你有的时候需要去考虑这浓度， 但是有的时候去研究这种聚集的时候，你有时候你这个浓度的影响，你可能跟你就没有太多关系对吧？他会这个从市面包装，因为他有聚集吗？他在这个聚集的过程当中，这个时候呢，他局部浓度会很高，其他这个地方是没有的吗？那你分析这个的时候对不对 啊？这个东西的话，你为了让他能够看得到，因为有些东西的话你放三根， 看你的时间，明明聚集成了一根纳米纤维，但是你放三根，放十根，然后最最终只形成 那个什么呢？叫做一个，就是形成了一个很短很短的一个小的浇筑，跟你形成的碳纤维，这个就是 就是说达不到这个时候的话，你只能去提高这浓度。增就是说增加这个数量，把这个便利出来的可能性全部搞，就是说能出来，你一定要保证你的这个数量能够去便利出你要分析结果的这种可能性的这个行为。 你不能是说我可能出现的这个结果呢，但是就是说可能会出现这种结果，然后这是我想要的一个结果，需要有预期的， 你预期希望成为这个结果，但是你放的这个东西数量太少，但是基本不可能能达到这个结构的时候，你这么做那肯定就不合适。 因此大家的话一定要去保证一定的这个分子数量的这个问题。嗯，这里的话也跟大家再强调一下，就是啊，为什么模拟的这个图的话是我这是乱画的，这是有问题的。 其实的话就是只是告诉大家话，为什么我们只分析了这么一点点，像模拟的话啊，飞秒那秒尤秒对吧？ 这个纳米、优米毫米这一系列这个东西呢，它是一个叫做多尺度这东西呢，我们分析的是在这个叫做经典的这个分子洞穴这个时候的话，这个分析经典分子洞穴呢， 因为我们要分析一些微观的这种现象，你体系大了啊，一样的没有这个必要。呃，然后呢，我们整体的话是通过这个便利性的这种概率 后之间去反映出来的，这个就是说通过这种他所有出现的这种概率性的东西，相当于你宏观上对吧，假设这是宏观的，然后呢，我把这这一块这一块，这一块，这一块，这一块这一块的所有的微观的这种现象，他会变化的这种现象， 然后这通过这种便利的这种行为，这进去了解到，然后呢，通过自己卸的东西这进去综合得到这个有点像。怎么说呢，假设你这一块的这个变化，其实他也会有可能变化成那种结构，就说在你一个稳定的一个结构当中啊。 当然就说这个你分析的话，你也不可能就是把宏观当中所有的这个东西全部分析出来嘛，他就是分析他所有可能会出现的这种概率型的这种东西，这进行去分析 统计出来。嗯，基本上就是也是说明不同的话，我们模拟分析的话，目前只能也是分析，只能分析这么点嘛，因为你分析的这个主要还是这个计算机不够快，当你的计算机很快很快很快很快的时候， 对吧，像说量计算机出来之后啊，你也许有可能资金去像我刚说的，你分析两用了的碳纳米管的话，你可以做分子动物学啊。好吧，这个就聊到这么多，然后下面的话我们再去聊聊这个立场。

away， we mess you 那么打开这个分子模型之后，我们会看到一个黑色的对话框啊，黑色的对话框。 在这个对话框里面，他这个软件的好处就是提供一个画笔，你选择不同的元素呢，他可以画不同的原则。那么这里有常用的一些原则，比如氢呐，碳呐，蛋呐，氧啊。如果不常练的， 点最下面的这个元素周期表会弹出这个表框来。那你也选择其他的元素都可以啊。通过画笔啊，可以构建我们需要的分子。今天我们构建的第一个分子啊点没错，二甲这样封，它包含了 牛羊，探亲啊这四个元素。首先我们点开这样一个新的对话框啊，新建一个这个三 d 文件。那么三 d 文件里面，这下面啊有 properties 啊性质。 那么在这个里面我选择画笔。我先画一个牛。好，先画一个牛。画完之后我再选择画羊。 氧化完之后，我选择画这个 pad 好。那么画完碳，我需要画第二个碳。那这个怎么办？我点键盘上的 ese 键啊，它就断掉了。那我重新选择扭，再画一个碳。 这个时候我就把这个分子的主要股角给画好了。