mega7.0构建进化树的详细过程
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04:44查看AI文稿AI文稿大家好，今天和大家分享一下用 mega 去建这个系统发育数。呃，建系统发育数之前呢，我们需要去准备一个序列文件，这个文件呢，它是一个 fast 文件，就以这个 f a 作为后缀的这样一个文件， 那这个文件呢？它包含这个序列和这些物种信息啊，这个名字的信息，像我们的这一个格式的话，他就要求你是呃 接一个英文的这样一个大于符号，然后后面的是一个这个叫做标签的一个名字， 可以把它就是在这做自由的调整。像我们这的话是把它放成一个，呃，像一个拉丁名，然后加一个朱系，然后加一个登录号，就代表这个相当于是代表这个种的这个基因的这个，嗯，这个 基因嘛，然后的话在这个地方空一行，然后去粘贴这个序列，粘在这上面，然后每一条序列呢都是按照这样的格式就给他 啊，全部，呃准备在这个文件中，那么值得呃注意的一点就是他这个地方里面如果有括号的话，你不能够用中文的输入法去啊，就是用中文的括号，这种是识别不出来的，必须要用英文的括号。 那准备好了这条呃这个文件之后呢，我们就把这个 maker 软件给它打开， 打开之后把这个序列，呃，点击鼠标左键给它推拉到这个序列，呃软件中去，就会弹出一个弹窗，然后呢点这个 online， 就是这个比对，它就会比对，就会出来这么一个呃 界面。这时候的话，我们去把这个点这个 class to a line dna， 就把这个 dna 序列比对，然后选择 ok， 呃默认的一个参数，它就会自动的进入到一个比对的这样一个过程中， 好比对完成之后，我们可以看到它很多序列，就是呃，已经是呃，相当于是多重比对，已经比对好了，然后它有一些呃 gap 呢，就已经加进去了，这时候我们把这个比对文件导出， 导成这个 mega 模式的呃格式的这种比对文件就放到桌面就好了， 这时候我们看到桌面已经导出了一个 make up 格式的文件，我们把这个 make up 格式的文件呢，在鼠呃鼠标左键给他拉到这个软件中去拉这个软件中去呢，他这时候就已经啊加载进去了，这时候我们在这个这个的这个地方呢，去点这个， 去下拉这个选项，去选这个零接数，就这个 n 接数点击他，然后他就会问你是否用使用当前的这个数据点击 yes， 然后呢他会有一个系统的呃，就是一个键数的参数啊，一般的话又默认的是 ok 的。那要注意的话，可能这个地方要选择这个叫 boost tram method， 这个就是要做一个 boost tram 检验，那这个地方的话， 嗯，把这个值调成一千，然后去执行啊，这时我们就可以看到这个数就已经 出来了，这个时候见出来之后呢，嗯，你可以把它就直接呃导出啊，去做这种保存，或者是把它剪， 把这个复制下来，然后再到其他地方去做一些编辑。那这个地方的话其实也可以做一些选项，像你在这个地方，你比如想调整他的这个分支的一些参数啊，或者是一些他的那个 嗯，它的字体啊等等的这些都是可以调的。那么在这个地方的话，比如说我们去抢，想想把这个 o t u e 这个 基因就去给他。呃，这个物种呢？就是去给他单独标出来一下，比如我们可以给他一个特殊的标志啊，在他前面比如加一个红色的圆圈， 在这个地方加一个红色的圆圈，好，然后点 ok 它就出来了。对，就是可以去这样做一些改动。那么在这个地方的话，你也可以把当前的这个数用这个就是数文件的格式给它导出来，导成这个格式的话是可以后续在其他的软件 也是去，可以，呃，打开去编辑的。对，那么 以上的话就是，嗯，把这个系用这个 maker 软件去见这个系统发育数的这么一个过程。
810Senn生物学长
11:11查看AI文稿AI文稿同学们大家好，学生信，做分析就上凌波微课，欢迎大家扫描视频下方的二维码，关注凌波微课，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我是本期内容的主讲人小杨老师， 本期我们给大家分享的内容是麦盖软件构建系统发育进化术。第二弹，本期 微课主要包括以下三个方面的内容，第一，上期进化术构建的内容回顾。第二，进化术节点的标记以及风之美化。第三，进化术样式的调整。在上 日期凌波微课当中，我们介绍了进化术构建之前数据的准备，通过不同的方法构建系统发育进化术以及获得系统发育进 化数之后对外群根的调整，对分支和整个拓谱结构的调整。接下来我们就来看一下通过麦嘎软件对系统发育进化数的美化。如果我们 在进行研究时发现某一个物种非常重要，我们需要对这一个物种进行标注，例如一五零五八三，那么我们可以选择 vivoop， 选择类宝，标签 下方列出了进化数构件当中的所有物种，我们找到第五零五八三，选中选择形状，例如可以选择圆点，选择颜色，例如我们选择红色， 点击 ok， 这样就对这个物种进行了一个符号的标注。同样我们可以双击该物种名称，该物种的名称就处于一个可编辑的状态，例如标注 这是斯达的，后面的括号不显示是因为物种名称太长的缘故，叫物种名称进行调整，这样我们 就对这个物种完成了标注。在整个净化术中，我们可以看到下方有净化距离，净化距离为零点二。如果我们想要对这个净化距离进行修改， 同样点击 vivo 选择 style 标签。第一步可以选择限行， 同样可以将净化距离的线形进行加粗。接下来我们可以调整净化距离的长度，例如将零点二修改为零点一，点击 ok， 这样下方的净化距离就变成了零点一。 在这个金花树当中，我们可以发现除了外群可以分成两个大枝， 我们希望对两个大支的不同分支进行区分，例如，将这个分支当中的物种进行一个标注，用鼠标点击该节点，选择左侧 工具栏当中的节点，修改工具出现一个对话框，我们可以对这个分支进行一个秘密，例如命名为 bcrh c 浦选项当中我们可以设置不同的标记，在精华分支当中，默认的颜色是黑色，例如我们可以设置为红色。设置线条的宽度， 例如设置为二，选择线条的类型可以是实线，也可以是虚线。参数确定好之后点击 ok， 这样我们就将这个分支进行到标处， 同时进行了分类。同样的方法，我们可以标注其他分支，例如选择该节点，选择分支 的颜色。下拉菜单当中我们可以选择不同的分支类型，例如选择第三个，选择颜色，选择为绿色。设置线形宽度，点击 ok。 这样就对第二个分支进行了标注。同样左侧就出现了分类选项，设置分类的名称设置为 a pro， 点击 ok。 如果我们希望对单个线条进行标注，那么选中需要标注的精华分支， 同样通过净化分支修改选项，设置线条的颜色，例如设置为蓝色，点击 ok。 这样就对单个线条的分支进行了设置。 同样，我们可以对这些分组名称的格式进行设置。选中节点，选中修改工具。 在风阻名称当中点击右侧的 fot， 我们可以对字体，字形以及大小进行设置，例如选择新罗马加粗 十四号字体，点击确定， ok。 同样的方法，我们来设置第二个分组名称，选中节点修改工具。 如果我们不希望在右侧出现这个分组的标识，例如在单个分支当中选送该分支。分支修改工具， 点击对话框当中的迪斯普赖标签，在斯达尔类型当中，我们可以选择那，点击 ok。 在麦嘎进化数当中，我们同样可以将一些样本进行合并。 选择左侧工具栏中带黑色小三角的工具，例如，我们将这四个物种进行合并，点击该节点， 这样就出现了一个合并的箭头，我们对这个风阻可以进行命名，例如命名为太死者。 设置标签的样式，点击 ok。 这种情况主要出现在一些具有相同物种的时候，例如在进化数分析当中，如果这一个分支的样本都来于同一个物种的不同亚种， 那么为了将金桦树变得紧凑一些，我们可以选择将这个风之中的所有样本进行合并。 在麦嘎当中，关于进化术的美化大概就是这几个方面，如果老师有其他的需求，我们可以留言进行讨论。麦嘎当中同样提供了不同进化术的样式， 在上方选项当中，我们可以选择进化术的类型，这里给出了不同的类型， 包括最常规的类型，三角形的线条，带有弧度的第二个大类的雷达图 以及第三个大类的圆形净化术。我们可以根据 需要进行不同的设置。如果我们想要将进化数进行右对齐，那么可以选择该选项。我们将进 画数的样式确定好了之后，接下来就是对进化数进行保存。在银麦这里边提供了不同的保存格式， png、 tf 和 pdf。 例如我们首先保存为 pdf， 同样可以输出 png 格式的文件。在结果文件夹当中，我们就得到了保存好的进化数。 在这里我们再给大家介绍另外一种保存方式， 可以将进化数复制到剪贴板上。在 word 当中新建一个空白文档，反戳微进行黏贴。如果各位老师有安装 office 软件，那么打开一个 office 的 word 文档， 同样粘贴进去。在这里我们可以在图片上点击右键 选择编辑图片，这样我们就发现这个进化术在 word 当中处于一个可编辑的状态，让进化术挪动位置。例如我们可以 选择改变标签的颜色，添加不同 颜色的底纹。总之我们就可以对进化术进行进一步的编辑。 通过这两期课程，我们整体介绍了麦嘎软件构建系统发育进化术的方法以及进化术美化的方法。同学们 如果有其他疑问，欢迎加入宁波微客交流群与我们共同探讨。玩转科研，就来宁波微客，更多精彩内容，我们下期再见！
426凌恩生物
10:35查看AI文稿AI文稿同学们大家好，学生系做分析就上凌波微课，欢迎大家扫描视频下方的二维码，关注凌波微课，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我是本期内容的主讲人小杨老师。 本期我们给大家分享的内容是通过麦嘎软件构建系统发育进化术第一期。 本期凌波微课的内容主要包括以下四个方面，第一，数据准备。第二，通过麦嘎软件构建系统发育进化术。第三，进化术外群的调整。 第四，净化术拖布结构的调整。我们首先来看一下数据的准备。卖价软件是物种 系统发育尽快数分析的常用软件，在内价软件的官方网站当中提供了不同平台和不同版本的软件程序，我们根据需要下载并安装程序。 在物种计划数构建过程当中，我们可以选择通过物种的全基因组序列单考被核心基因序列或者是单个基因序列来构建系统发育术。那么如果我们选择通过单个基因来构建系统发育术时，需要遵循以下两个原则， 如果 dna 序列两两之间的移植性大于百分之七十时，那么序列的相似性很高，所以建议选择 dna 序列。 反之，如果 dna 系列之间的相似性小于百分之七十是，那么选择 dna 系列或者蛋白质序列都可以。 我们将准备好的序列合并成一个大的发斯塔格式的序列文件。接下来我们就来看一下通过麦杆软件构建系统发育进化术的方法。 首先，我们需要准备好一个序列文件，可以是核氨酸序列，也可以是蛋白质序列， 在这里需要注意的是后缀必须是点 fastar。 例如在这里我们准备了和视觉细胞相关的蛋白质序列文件， 我们可以直接选择将该文件用麦嘎打开。 选择麦嘎程序， 我们可以看到麦嘎程序的主界面以及打开的 序列文件。在进化数构件之前，需要对序列进行比对。美感软件一共提供了两种比对方法，克拉斯却 w 和 maxcow 是应用最广泛的多重序列比对软件，码数的速度非常快。 当然我们之前给大家介绍过， max 比对软件具有速度快，准确性高的特点，在这里我们不再追数。首先我们来看一下序列比对，在序列上任意点击 ctrl a 进行选中， 选择通过克拉斯 w 进行比对。比对蛋白比对的参数可以默认，点击 ok 等待序列比对完成。 这样我们就得到比对后的序列文件。我们可以看到最上方有一个信号， 这个星号代表的是在所有的序列当中，该位置的氨基酸是一个保守位点，例如在这个位点，所有序列当中氨基酸都是 e。 为了精华术构建的美观性，我们可以选择将后面的序列进行一定程度的裁剪，使序列保持整齐。 点击工具栏中的迪丽特， 我们就将后方的序列进行了删除。 同样对于开头部分的序列，我们可以进行相同的操作。 将序列裁剪好了之后，我们来开始构建进化术。首先输出序列比对的数据文件，点击 dottle， 点击 xpart， 我们可以选择输出麦嘎格式的文件。 我们得到一个后缀式 m e j 格式的文件，点击保存，点击 ok， 接下来我们来进行清华书构件。 来到麦嘎程序的主界面，在导航栏中选择 flogy。 下拉菜单当中我们可以看到构建进化术的不同方法，包括吉他自然法、临近法、 m 一 upgm a 以及 mp 法。 极大自然法的准确性高，但是速度非常慢。作为视力我们来看一下临近法选择，临近法选择我们刚才保存好的后缀是 m 一七格式的文件。打开 进化数构件的参数选择当中我们设置自盏值为一千。模型选择按照默认的颇松分布，参数确定了之后，点击 ctrl plus 进行 计算， 这里我们就得到临近法构建的进化术， 下方是净化距离。得到净化数之后，我们首先来看一下净化数的拖谱结构是否符合我们的预期， 这里可以关注一下外群，查看外群和我们需要研究的序列是否分开。 对于需要调整外群的，我们可以重新设置进化数的根。在软件的左侧，我们可以看到一系列的小工具， 点击第三个小工具，重新设置进化术的根。例如在这里我们做一个视力， 我们需要将这三条序列作为外群，那么选择更设置的入工具，点击这三个样本的距类节点， 这样在进化术的拖布结构当中，我们就将这三个样本设置成了一个新的褥子。 外群的设置主要针对一些保守性非常强的序列，例如十六 s 持家基因业立体先立体基因组等等。 这些序列因为具有非常强的保守性，所以在进化术构建的时候，外群可能不能很好的分开， 因此我们可以重新根据入的小工具对金花树的根进行设置。本视力中我们设置为原来的根。返回去， 在左侧的小工具当中，第二个和第四个都是对净化树的分支进行调整。我们来看一下 stypard， 点击进化数当中的任意一个节点，将该节点当中两个分支的位置进行了交换。 我们来看一下第四个， blubs top 锤，同样点击任意一个节点， 我们可以看到将该节点当中两个分支进行的翻转，分支的位置不仅发生了交换，虚拟的位置同样发生了交换。 返回去看一下 x 六八七七七。最开始在下方交换了之后 变成了上方。这两个小工具适用于净化枝的微调，可以酌情使用。 接下来我们来看一下对进化术整体外观的调整选择， vivo， 点击 out， 这里一共给出了五个标签， 如果样本过多时，我们构建的净化数会非常的长，这里我们可以调整一下净化分支之间的距离来改变净化数的长度。分支之间的间距默认是二十四，我们可以调小一些， 例如调整为十八，点击 ok， 这样整个进化数就变得紧凑。同样我们可以调整进化数的宽度，点击 vivo opps， 净化术的宽度默认是四百，例如我们可以设置为三百五十，点击 ok， 这样我们就得到一个瘦身版的净化术，但是整体的拖布结构并不发生改变， 点击 vivoopen。 在不让场分支当中，我们可以首先调整线形的宽度，默认是一，可以调整为粗线型。 在这里有一个重要参数需要注意该参数我们在构建进化数之后，在风之上边会出现进化数的可信度，有些分支的可信度并不高，比如三十二，我们在这里可以设置隐藏可信 度在百分之五十以下的数字，点击 ok， 可以发现我们将这个数字就进行了隐藏，这样就提升了数据的美观度。 通过 mata 软件构建系统发育进化术以及进化术拓补结构的调整就介绍到这里， 下一期我们将带来麦嘎软件构建系统发育进化术第二弹进化术的美化。玩转科研就来宁波微课，我们下期再见！
1532凌恩生物
01:17查看AI文稿AI文稿下面进行实战演习，导入我们刚刚从 n、 c、 b、 r 上面下载下来的序列。 然后这边呢，是可以进行一些参数调整，建议大家就用系统默认的参数。这个 model 的意思呢，就是氨基酸替换模型 oto， 就是系统会根据我们上传的序列自动选择最合适的模型。 这里可能要稍等一下，渲染是一个大工程，这里展示的呢，就是分析结果，大家可以点击上面的图标进行切换展示模型。 像这个他是经典竖琴，可以清晰地展示出样本间净化距离和净化分支。这是圈图，本质上呢，其实是是将竖图及作标画， 这种图在分析样本量比较大的时候效果更佳。像这一个图呢，它其实是经典树形的另一种展示，可能视觉效果没关系， 这是辐射术，这种图用于跟不确定的进化术构建，它可以将相似度高的样本序列聚集在一起，因此呢，更适合做亲缘关系近的物种或差异小的基因样本。
30:53
03:54查看AI文稿AI文稿好，我们今天一起来解决， 就是 软件从麦克七以后就是一个小 bug， 它的键 m p 数，也就是最高简约数 的时候，建完数之后我们需要保存相关的这个数文件，那么他从开始这个保存 为 nwk 格式的四文件呢？他就出现这种对话框， 那么一般的操作就是 strong value， 他不是就直接保存为系统发育式的格式，而是一个长文本的格式，那么需要进一步的保存， 保存点保存好， 我们回到保存的位置去打开这个文件， 双击打开 我会发现并不能正常的打开这个文件， 有些时候他提醒 提醒是 不合归的 nwk， 我们再用他自己的文件打， 有时候有时候压压根就打不开，有时候就是来了。那么这个问题怎么解决呢？实际上 生成这个数文件的时候，他默认已经选择一个自动计算压缩的一个数，就是有些支持率达不到一定法则，他就不显示， 那我们把这个选项给他取取掉，取掉之后再来保存， and with this job too ok， 再跳出来这个完整框里面 保存， 这时候我们再回头桌面就是文件保存的地方，双击高层保存这个文件， 这个时候就 能够顺利的打开了， 这问题就这么解决了， 今天我们就交流到这里，再见。
58爵士熊
09:12查看AI文稿AI文稿哈喽，大家好，今天来为大家继续分享系统发育件数方法的这个过程。今天我们要来分享的是 nj 数的建立。呃，在开始之前，我们先来复习一下 nj 法的一些特点。 首先他是基于最小净化原理，然后假设比较少，速度快，最后只产生一棵树。他的缺点是对于所有未点都等同的对待，所以分析的序列净化距离不能太大，只适用于净化距离较短， 信息位点比较少的短序列。所以说，呃，在认可度比较低的情况下，我们还要学习。他的原因是比较简单，可以 以以这个为例去首先熟悉一下建树的这个流程，那么我们开始今天的介绍。 首先要获取序列。呃，这个序列可以去 ncbi 上下载，下载的时候尽量选择可限度比较高的一些序列，如果是发表在一些 知名的气刊上，那么他的可信度就会高一点。这是一个比较简单的判断方法。呃，这里我们有已经下载好的序列， 打开呃，全选，将他们一起拖到麦克兰中。 首先第一步是提取基因， 呃，这里我们在麦克拉中全选基因，双击第一个序列。 呃，这里这里他会列出有很呃编码一些 rna 的这个片段。呃，如果说 这一段基因编码的是 rna， 比如说我们常会用到的十二 s 和十六 s 等， 以及一些编码蛋白质的基因，比如说常用的 n 第一， n 第二等等。 如果是编码 rna 的基因，我们就正常选择，然后点击 next， 进入到下一条即可。 但是对于编码蛋白质的基因，我们后边会多一个步骤，在这里我们首先把它都选择出来，我们以 n d 为例， 就这样一直重复，这个过程需要一点耐心， 有的时候会表达成这个 nadh， 一 就一只重复选择，然后点击 next， 到这里我们的所有基因的第一片段都已经筛选了出来， 全选之后我们来对他进行一些处理。首先点击 option 下边的 genetic codes， 选择一下他的这个编码方式， 然后再点击 align， 选择这个方式去进行排列。 这里可以看出他的这个空隙是比较大的，因为对于这种 有编码蛋白质的基因，我们通常会首先把它转化为氨基酸序列，然后再进行比对，比对完成后再转回，这样可以避免有比对引起的密码纸被破坏的剪机移位。 我们回到上一步， 首先点击这个按钮，把它转化成蛋白， 然后重新比对， 这里很 快就比对完成了，然后再转化为， 这样后边就会对齐。在比对完成之后， 将序列保存， 保存一个能找到的位置就可以，我们把它命名为 n d 一， 一般选择的这个格式为 msf， 这个格式可以保存多个序列。 接下来我们要要要来进行格式转换， 这里使用到的是这里使用到的是 gene studio pro 软件级里面的 sick water， 点击 input sequence， 然后导入我们的序列，刚刚保存到的位置应该是在这里， 我们要选择保留 gap， 然后全选，最后在这这个按钮把它另存为别的格式。 保存好之后，我们打开这个，打开这个文件所在的位置， 这个是刚刚保存的一个， 我们再来看一下这个位置， 这里我们可以把它扩展名修改一下， 在把文件的扩展名改为 fast 之后，我们把所有改好的文件都复制到 j blocks 所在的目录下。 j blocks 是软件及 cvo 下边的一个软件，当然我们也可以只去安装 j blocks， 有这个就可以了，然后把它贴过来。 接下来的数据该如何处理呢？我们且听下回分解。
59科易课堂
03:14查看AI文稿AI文稿大家好，今天来为大家分享一下系统发育见述的过程。 相信大家对系统发育数不会陌生，在很多网站或者文献中都会看到类似这种类似多级列表的数，这是一种能够直观的表现基因、个体、种权和物种等 之间的起源和演化，演化关系的方法非常常见，也非常实用。那么这种树该如何建立呢？ 话不多说，接下来我们来介绍一下系统发育件数的流程。如图是一个非常完整的过程 序列，首先在进行比对之后，然后进行饱和度的检测，如果饱和度 较低，则可以见数，如果已经非常饱和了，则不适合见数。我们手中的数据特点不同，适合的数也不同，所进行的流程和使用的软件也不一样，所以在开始前就要进行一些评估， 比如看一看有没有合适的进化模型，或者说进行一些遗传距离的计算。 几种数各各自有各自的特点，也有他们的相似之处，最本质的区别就是背后的计算模型不同，但是对于普通的使用者来说，我们了解他的特性就可以了，但如果能结合背后的原理理解 就更好了。在计算参数之前，看看数据的类型，可以估计一些，估计一下大致他适合的数，也可以为我们节省时间。 除了表格里面内容以外，几种数还有一些特点或本身的特性需要注意， 有时候也可以几种树连用，如果结果的相似度比较高，则他的可信度就会提升。 我们来总结一下，如果模型合适， ml 法最好，对于近人物种来说， m p 法更合适一些，远远物种则用 m l 法，简单的短序列 用 ng 法，大而复杂的数据则用贝叶思。总的来说，从认可度来看，贝叶思会比 ml 法 比 m p 法比 mj 法更有可信度一点。 接下来我们会逐个详细讲解各个数的剑法，相信经过学习和练习使用，这些特点会更加生动并深入。欢迎继续关注学习干货， 今天的分享到此结束，谢谢！
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