ppt.怎么画晶体结构图
ppt 绘制三维盖太框结构。
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00:51查看AI文稿AI文稿ppt 科研绘图教程之三维格式的运用今天来讲解一下如何利用 ppt 中的三维格式来进行科研绘图。我们以这样一副光子晶体 ph 结构图为例。首先我们打开 power， 点击插入形状，选择矩形，按住 shift 拖拉出一个边长为七点五厘米的正方形。 快速点击插入形状，选择圆形，按住 shift 拖拉出一个直径为一厘米的正圆，复制二十个，按照四行股列均匀排， 将矩形置于这些圆形的底部。全选后，点击形状格式合并形状，运行库尔运算中的剪除，得到一个二维光泽晶体结构。选中这个二维结构，在形状格式窗口中展开三维格式，设置深度为一百五十磅。然后展开三维旋转窗口， 设置 x、 y、 c 旋转参数并进行微调，再更改一下图形颜色，一个三维光子晶体结构就绘制完毕了。接下来我们为图片添加箭头和注视，将箭头和线段粗细均设置为一点五码，添加上文字注视，即可完成整幅图片。
00:35查看AI文稿AI文稿今天优化的是一张 ppt 中绘制的地址结构图，导出图像喂给 ai。 第一版的效果偏向于三维写式风格，整体感觉颜色不够清爽，画面有点混乱。 然后我又修改了提示词，尝试了第二版，还是这种平面手绘风格更好看。继续优化，去掉不需要的箭头，右下角的底层部分，增加细节，看看最终对比。
23Sondii绘图![稳妥少年【毒理学课程】07.分子对接全流程 为获取关键基因编码蛋白的三维结构，优先在RCSB PDB数据库（https://www.rcsb.org/）中下载已解析的晶体结构。蛋白结构预处理过程包括使用“PyMOL（v.2.5.4）[https://www.pymol.org/]”软件去除水分子和非共价小分子配体，并优化整体构象。TCDD作为小分子配体，使用“PyMOL（v.2.5.4）[https://www.pymol.org/]”优化三维结构并导出为*.mol2 格式。采用“AutoDock Vina（v.1.1.2）[https://vina.scripps.edu/]”软件对预处理后的关键基因蛋白（受体）与TCDD（配体）进行分子对接，并记录对接结果对应的结合能评分。结合能小于-5 kcal/mol 被认为具有潜在结合活性。所有对接结果及能量评分汇总于。最终，利用“Discovery Studio（2025）[https://www.3ds.com/products/biovia/discovery-studio]”软件对对接复合物进行三维可视化，分析潜在结合位点及关键相互作用残基#分子对接 #毒理学 #分子动力学模拟](https://p3-pc-sign.douyinpic.com/image-cut-tos-priv/f78a839408ed47d2b162062288c2d070~tplv-dy-resize-origshort-autoq-75:330.jpeg?lk3s=138a59ce&x-expires=2108307600&x-signature=VSv7dl6ZX6dd0%2FAYyYl68RoLatI%3D&from=327834062&s=PackSourceEnum_AWEME_DETAIL&se=false&sc=cover&biz_tag=pcweb_cover&l=20261026014831BCD84825F3242E869F5D)
15:55查看AI文稿AI文稿hello， 各位小伙伴，大家好，欢迎大家来到我们读理学课程的第八节课，第八节课的话我们主要是给大家介绍这个分子对接计算。分子对接计算的话，这里面我们涉及到这个， 呃小分子结构下载，蛋白质结构下载，以及啊用这个 a、 d、 t 维纳去做我们的分子对接，随后呢就是整合我们分子对接结果呢，进一步呢去用 discover studio 去可识化我们的分析结果， 这里的话就是我们呃给予的是我们前期筛选到这个关键基因的一个把，呃就是编码蛋白以及我们这个毒物啊，这是两两者之间呢去做分子对接计算。 首先呢我们这里呢先呈现的是我们小分子的一个 s、 d、 f 格式的一个下载，另外的话就是会展示一下它的一个三 d 结构图和我们的二 d 平面图 啊，这个的话看要看自己的需求，其实这一部分也并不一定是呃都要去展示，就是看大家想不想展示吧，其实都无所谓，它不是分子对接的一个核心。 然后这里的话，比如说我们首先去下载一下小分子的一个文件，就是我们在啊小分子我们进入这个 python 数据库，然后我们点去搜索一下我们这个读物的分子， 然后这里的话会有一个 best pen， 嗯， match， 然后我们直接点进来以后呢，它就会可以看到我们的这个呃二 d 结构和我们的一个三 d 结构。首先是二 d 结构，二 d 结构我们可以去啊，首先的话就是可以得到它这个图片 啊，然后我们可以去下载它的图片，比如说五百乘五百一个比例的啊，这个是可以直接下载，下载完以后呢我们也可以去进一步的去看我们三 d 的 这个结构，三 d 的 结构我们也可以去得到它这个对应的瀑布， 然后我们是可以下载它这个分辨率稍微高一点的啊，具体的我们去展示一下这个结果， 嗯，它这个是一个 png 格式，也就是说我们放在论文的时候，它这个背景是一个白色的，这个倒是不影响，我们可以直接用它现在得到这个图， 然后二 d 的 话，二 d 结构的这个图，它是一个灰色的背景，这个大家可以建筑一些 ai 或者是什么，可以把它的背景去除掉，然后让它的这个背景也没空白，之后的话放在文章里就比较好，不然的话它是一个灰色的一个图。 这里的话我们就是啊介绍一下这个结构的下载，然后的话随后我们是需要下载这个 s、 d、 f 格式的这个 啊小分子三级结构，然后有了这个三级结构，我们才可以去做它的这个分子对接嘛。所以说我们首先是把这个结构给下载下来，然后这边的话小分子就已经 ok 了，然后蛋白质的话，我这边就是以这个 n r e h 四啊给大家做一个介绍。首先我们在这个 unicorn 的 数据库里面去搜索这个蛋白基因的名称，然后对应的就是选这个物种所对应的这个基因，然后我们打开它这个链接里面有一个 structure 啊，这里面的话它其实是收入了，就是来自于 p d b 数据库的，或者是 iphone 的 预测的，还有一些别的 啊，别的数据库预测的一些蛋白质结构，我们一般的话就是优先建议大家在这里面去下载啊，当然也可以看到就是比如说方法这块，我们就选 x 进行野射，因为这个是比较精确的一种啊。方法另外的话就是我们可以选择来自于 pdb 数据库的， 这样的话我们就可以在这里面去搜索这个看到我们 pdb 数据库有哪些蛋白了啊，因为我这里当然的话这里面有个原则，就是分辨率这个值啊，越小啊，它这个结构是越好的，比如说这个一点九的 啊，它这个结构就比较好。另外的话就是看续列啊，这里面的续列大概都是在二百五十八到四百八十六，所以说这个续列的话，大家就直接按照这个去下载就行。 如果说出肉比较大，有的可能就是这个链都很短，那么这个不建议大家去选，大家就选这个啊，蛋白质啊，含量链链这个长度比较长的一些蛋白质啊，去做我们的分子对接啊，那就可以。然后我这边的话是因为之前已经做过了，所以说我们这边的话就是以 这个五 q e n 这样一个 p d b id 去给大家做这个蛋白的一个分子对接计算。这里的话因为在分子对接计算的时候，我们尽量这个呃路径下不要有中文的这个汉字，所以说我这个把 啊它单独复制出来啊，复制到我们这个全英文路径下，然后我们就是先删除一下，我之前的结果就是保留一个蛋白质的这样一个 p d b 文件，然后还有一个小分子的文件， 把其他的就可以都删除掉啊。当然小分子这个我们也不需要，我们去看一下刚刚下载的那个，因为这里面还有一个点是需要给大家呃调掉的，就是它这个，比如说我们在做的过程中啊，它怎么去转换这个格式？因为它现在是这个 s d f 嘛， 比如说这个药物就是叫 c t d d， 然后我们现在是 s s t f 格式的，然后我们首先用 pam 给它打开， pam 打开以后呢，它就是可以看到这个结构，然后我们再给它另存一下，就是给它导出成一个啊，看一下 啊，导出分子，导出分子的时候直接选择 pdb 格式就 ok 了啊， pdb， 然后啊些可以选择总的名字，把这个选一下，然后再选这个 pdb 啊，最后的话它就会储存成一个 p d b 格式啊，或者是储存成一个 mo two 格式啊，这两个的话对于分子对接来说都是啊，都是可以直接用的，然后就看大家啊，大家习惯于用的一种方式吧，建议大家用这个 mo two mo two 格式相对来说不容易出错 啊。我这边把 p d b 先删除一下，然后 s d f 也可以删除一下啊，现在的话就是整个蛋白质的文件和小分子的文件我们都已经有了啊，可以看一下这个蛋白质的文件， 如果说蛋白质文件里面有这个啊，水分子或者是离子呀什么的，大家可以需要需要先去除一下，去除完之后呢，就可以 啊，拿来做这个分子对接了。然后我这边的话就是啊做分子对接用到的工具，首先是我们去下载这个蛋白质，然后再下载小分子，下载完以后我们去用这个 auto doc 去做这样一个对接啊，这里其实就是这个 a d t 软件， 然后另外的话就是最后会生成这个集合能我们以小于负五切卡每摩尔啊作为预指来筛选我们的结果。然后这里的话我就打开一下这个啊 a d t talk， 然后这个平台去给大家做这个分子对接计算， 嗯，稍等一下，它这个软件打开的过程还是会比较慢的。这个底内，呃，这个内核呢？大家不能删除啊，不能关掉，我们直接去在这边去作份对接，然后首先第一步打开界面以后呢，我们需要去设置一下我们的工作路径 啊，在这里面去设置好我们刚刚的这个路径，当然这个路径就是不能有啊中文的符号啊。然后我们设置好以后呢，先去对蛋白质进行一个处理啊，读一下我们这个蛋白质的结构， 涂进来以后它是这样去展示的，当然这边的话是可以看到它有哪条链，然后里面哪些氨基酸啊？我们是需要去第一步是需要去水加氢和计算电核啊，第一步去水，当然你如果在 panel 里面处理了以后的话，它就没有水分子，也不用管 啊，另外的话就是去计算一下它的电核啊，电核计算完以后呢，我们去啊这里有一个加氢啊，加一加一下氢， 然后加完清以后呢，我们就其实是可以了，虽然说我们这里加的是全清，但是最后在我们导出这个就是呃 p d b q t 的 时候，它系统会识别这些非极性清， 给它进行一个合并啊。这里的话我们在这个处理好这三步以后，我们在 grade 里面去找到这个 molecule， 然后去点击点击这个簇，然后把它选择成我们的这个树体，然后有两个弹窗，我们点点击确定就可以，然后这里的话它就会提示你去输出这个 pddq t 的 格式文件， 这样的话我们蛋白质已经处理好了啊，随后呢我们去创建这个对接盒子，对接盒子的话也是在这个 grade 里面去 breakbox 啊，因为我们如果说不明确他的活性位点在哪的话，就是尽量用这个盒子来啊，包括整个这个蛋白质。然后这里的话就有几个参数，首先是这个啊，长和宽啊，就是红色的边，或者是绿色、蓝色他的一个长和长和宽的一个设置 啊，还有一个就是整整体的一个比例大小的一个设置，然后下面这三个值呢，就是对它进行平移，比如说红色的红色方向上的平移，蓝色方向上的平移等等等。然后我们可以就是去调整一下这个盒子的大小，让它尽量的把我们整个蛋白质都包括进来 啊，其实现在也差不多了，像这种边上的这种小小的，其实它也不一定能对接的上，所以说只要把中间的大部分内容啊囊括了就可以。然后设置好以后呢，我们去点击 fill， 把这个盒子进行一个储存 啊，之后呢就可以把这个蛋白质先 delete 掉，就把它删掉，然后我们再把这个小分子给它加入进来， 小分子导入进来，它是这样的，然后我们也是需要去啊计算电核啊，随后呢需要加清啊，也是加一个全清，然后加完之后呢就是，嗯，我们去把在这个 legend 这里面，我们首先是给它选择成我们的配体 啊，学成配体以后呢，我们进一步的去确定他的扭转中心啊，虽然说这个这个小分子他因为他中间全是全是一些粉环吗？所以说他想这个变化结构的话，也是啊，很难去变化结构的，所以说我们这个扭转中心的话，他可能就在这个边上， 另外的话去识别一下他的扭转键啊，其实可以看到他其实确实是没办法去转动的，所以说这个小分子来说他的柔性不是很高， 但它也可以去做对接，然后我们呃就去啊，点击完成就可以，然后随后的话就是输出一下这个小分子的 p d p q t 格式文件，然后这就蛋白质和小分子都处理好了啊，也可以多删除。随后的话我们就需要开始做这个对接了，对接的话我们首先在 dunking 里面 输出一下我们这个 vna config 文件，这是我们的一个配置文件，就在这个 dunking 里面有一个 output， 然后有一个 config， 然后这里面的话就是蛋白质的这个 p d q t 它已经写进来了，然后我们需要去读一下我们小分子的这个 p d b q t， 然后读进来以后呢其他的一些盒子对应的盒子的信息呢？它这里其实是已经给大家已经啊写好了，就是我们刚刚设置的这些，然后点击啊储存， 储存完以后呢我们直接就可以去，因为这样的话我们在我们的路径下其实就有这个 config 文件了，这个文件里面它就包含了蛋白质的这个啊文件和小分子文件，以及它的这个盒子的一个中心和它一个盒子的大小。 随后呢我们就可以在这个 run 里面去用起我们的 autodock window， 然后这里的话就是有个 window 程序，然后有一条命令，我们开始启动， 启动这个计算，启动这个计算以后，我们可以在这个啊它的后台就可以看到它输出的这个结果啊，然后就是这一列的话，我们可以这些内容我们就可以直接给它复制出来，复制出来在这里面去啊新建一个 txt 文本啊，可以输入成这个 score， 然后去粘贴一下，粘贴一下我们刚刚复制结果，其实最优的这个结合呢，它就是负八点三嘛，所以说也是，嗯，挺好的，就是结合的这个 结合呢，这个稳定性还是比较好的，负八点三，随后呢我们就可以储存一下这个结果啊，这就可以了，然后它同时也会输出一个 alt 点， p、 d、 b、 q、 t 人这个文件，这个的话就是分子对接啊，得到这个小分子啊，它的一个啊构想文件 这里的话，这个 a、 d、 t 的 这个软件我们就用不上了，就直接可以关掉它。呃，关掉它以后呢，我们可以在我们这个文件夹里面啊，就是结果文件夹里面看一下它们之间的构想。首先可以用 pam 把这个蛋白质的这个 文件打开，打开以后呢我们再把我们刚刚输出的这个 alt 点 p d、 q t 拖进来，嗯，这这种这样的话我们就可以看到这个小分子它所对接结合的这个位点了 啊，然后这样的话我们就可以去啊，当然这里可以他是有很多够呛的，比如说现在是第一个，然后后面切换这个地方他是可以变换的，就是他一共得到了九个够呛，但是这里面的第一个够呛呢，他是得分最高的，最好的，所以说我们这边的话就导出第一个，导出第一个之后我们可以在这里输出， 输出的时候选择这个 p d b 啊，这样的话就是两个，两个一起导出，我们可以设置成这个 complex， 就是 相当于是复合物，然后我们点击关闭， 关闭以后的话我们就有了这个复合物的这样一个文件。随后呢我们是建筑这个 discover studio 啊，去给它进行一个格式化。 这个 discover studio 的 这个软件呢，我们之前的这个公众号啊也有分享过啊，就是它怎么去啊？怎么去用啊？怎么去安装，怎么去使用啊。然后我们这边的话就是打开这个软件以后呢，可以把我们刚刚得到的这个啊给它拖进来， 拖入进来以后呢就是可以看到它这个构像啊，然后随后呢我们先设置一下这个背景，把这个背景呢设置成一个白色的， 另外的话就是可以去分析一下这个受配体的一个互作啊，我们在它默认打开就是这个受体配体相互作用力，然后我们先点击这个啊小分子相互作用，就可以看到这个小分子呢跟氨基酸之间的一些互作联系， 另外的话我们可以展示一下整体的这样一个结构，可以缩小一下，然后就可以看到具体的这个小分子呢，它跟哪些氨基酸有这样的一个啊互作关系。随后呢也可以直接在这里面显示这个二 d 的 图啊，这个二 d 图的话效果还是比较好的， 而且它的互作类型也比较全面啊，随后呢我们就可以调整一下呃，这个位置，调整一下这个位置呢去展示啊这两个结果， 嗯，有了，有了这个结果以后呢我们就可以输出这个图了，这个图的话我们直接点击 fill 有 一个储存，储存的时候我们直接点击下面的 jpg 或者 jpg 格式就 ok 了，然后我们点击储存，然后点击 ok， 然后二地图的话也是一样，我们点击这个储存，然后啊输出成这个二 d 的 这个玄武作用力图谱， 这样的话我们这个互作分析也已经结束了，之后的话我们就可以退出这个软件啊，然后我们就可以看到在我们的结果里面是有我们的二 d 互作的图谱 啊，以及我们三 d 互作的图谱啊，这就是整个啊分子对接的一个流程，其他的蛋白跟这个是一致的，流程都是一样的， 所以的话这边就是以第一个蛋白质给大家做一个介绍，然后后续的话大家针对自己的课题可以去个性化去分析，然后用到工具的话就是每一个软件的使用，然后也介绍的比较详细，然后感谢大家支持 啊。然后后面的话就是我们下节课就是具体再介绍一下这个啊，分子动力学模拟啊，当然分子对接的这个结果怎么去呈现呢？首先是我们蛋白质是从哪个地方下载的，这个需要明确一个数据表，另外的话就是一个得分啊，第一列是我们蛋白，第二列是药物，第三列是这个得分，后续的话就是这个 啊，三 d 和二 d 图的一个展示，这就是分子对接啊，他得到的一些结果啊。随后的话就是这个分子动力学模拟，我们留到下节课，这是一个比较大的一个模块啊，去做这样一个分析啊。感谢大家支持，我们下节课再见了。
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09:17查看AI文稿AI文稿大家好，请坐，在张家口有一个张家口地质博物馆，你们有去参观过吗？去过去过，在张家口地质博物馆，它是一家以展示和普及地质科学为核心的自然科学知识。 我在去参观的时候拍了一组照片，第一张照片是硅石，也叫块状石英，它是主要成分是二氧化硅，二氧化硅是硅原子和氧原子通过什么键形成的什么晶体？ 通过五价键形成的共价晶体非常好。第二张照片是产自德国的自然硫，它在我们张家口地质博物馆展出，那么硫分子是通过 此石墨烯形成的分子晶体。那么第三张照片呢，是贵州的银石，它是钙离子和负离子通过 离子沉淀形成的离子晶体。最后一个呢是陨石，它呢是产自俄罗斯。在自然界中的铁大多数是以化合物的形式存在的，只有极少数的铁 单质的形式存在，而这少数的单质形式的铁主要就是在陨石中这一块陨石中的铁，那么它应该是金属氧离子和自由移动的电子通过 金属电演成的金属晶体。那么我们通过这四组照片，我们回忆了这四种基本的经典的晶体类型，共价晶体、分子晶体、离子晶体和金属晶体。 我们说可以根据构成晶体密度之间的作用力类别来判断晶体类型。我们今天开始讲下一节内容，过渡晶体和混合晶体。 刚才我们通过复习已经知道我们可以通过微粒之间的作用来判断晶体类型，所以我们可以通过研究，从化学键的角度来研究物体。 离子键、共价键还有金属键都是化学键的典型的模型，但是在形成化学键的过程中，往往是典型模型之间的过渡状态。 在一九三八年， pauline 研究对化学键离子性百分数与组分元素的电负性之间的定量关系， 研究出来他们之间的一个经典的半经验公式，我们可以通过这个公式看出来，随着电负性的差值逐渐增大，化学键的离子性百分数逐渐增大。 其中当电负性差值为一点七时，离子性百分数达到百分之五十。当电负性差值为三点三十，达到百分之九十二， 我们已经知道电负性最大的非金属元素是它是。那么我们学习的金属性最强的元素是 李娜，假如色红色色的电负性是零点七，他们的差值就是 三点三，三点三。也就说，即使像这样非常经典的金属元素和非常经典的非金属元素所形成的浮化色，我们平时学习这是一个非常典型的离子晶体， 但是他们所形成的化学键的离子性百分数也只占到百分之九十二，还有百分之八就是共价键性百分之，也就说他们成键的原子之间仍然是有重叠。 所以实际上我们在研究化学键的过程中，化学键它也是存在过渡的， 那么化学键是过渡型的晶体，那么由化学键形成的简单的晶体也是介于这四种晶体之间形成过渡晶体。 严格来说，我们所有的大多数的晶体其实都是货币晶体，只不过当其中一种晶体它的性质偏向于某一种扁形晶体时，我们就按照这种晶体来进行这种处理，严格来说呢，四种晶体都有货币性， 其中当电负性大于一点七的时候，这个大家已经学习过了，那么它的我们就把它称为是一次性，为什么现在知道了，因为它的一次性百分数大于百分之五十。 在课本中给了一组数据，是第三周期元素氧化物的离子键百分数的一个表格，大家可以通过我们刚才的理论得出，其中氧化钠和氧化镁离子性百分数大于百分之五十，所以我们说它们是 氧化铝和氧化硅，小于百分之五十我们就当做氧化来处理。 在之后的几种元素，五氧化二磷，三氧化硫，七氧化二绿，那么他们的离子就百分数会越来越小，这个时候他们形成的共价键已经不能够贯穿整个分子，所以他们形成的晶体是。 那么老师在学习的过程中，我发现我套用了 power 的 半经验公式的时候，代入了我们的店铺性的差值求出来的结论。我发现了一件事， 用 power 的 计算公式，它和实际上课本中给出来的实际数据差值是比较大的。 于是我翻阅了大量的文件，我在一篇学报上发现了有一位叫王翔的大学生发表一篇论文，这篇论文的题目是一种判断化学键一次性百分数的新方法，他提出了这样的一个计算方法， 两个电阻性的差比上两个电阻性的和来，我们试着用它的这个方法来计算一下。 我们按照刚才的分组，第一组计算，第二组计算第三组，第四组，第五组。行，大家现在开始算一算，一会我们来分享我们的计算结果。 老师在 ppt 上已经写出了店附近的数据， 算得快，同学已经出来了，对不对？ 这么快 来。第一组，氧化钠的离子键百分数是第一组同学， 百分之五十九，哎，百分之五十九。来。第二组，氧化镁的离子乘百分数是百分之四十，四十九，四十九，四十九，哎，对，来第三组，第三组，找一位同学来说一下。 来来，请。这位同学说，百分之四十，百分之四十。来，很好，请坐第四组，来来采访你。 百分之三十二，百分之三十二。那么第五组和第六组和第一组和第二组的结果一样吗？一样。好，那么我们通过自己的计算和我们每个组之间的分享，我们发现王强 大学生，他找这个公式计算出来的题目更加接近于实际上他以此减百分数的真实的数据。
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02:05查看AI文稿AI文稿今天一起学习制作这样的 ppt 结构图。插入一个矩形水平居中，再插入一个椭圆，调整大小，倾斜一点，压住矩形一部分，复制一份水平，翻转一下，对称放置。 先选矩形，再加选两个椭圆形状格式，合并形状下执行剪除。再插入一个三角形，放在上方，再同时选中两个形状执行，结合运算，移动至画布底部，并调整大小。水平居中， 插入一个椭圆，再复制一个出来，缩小一些。先选大椭圆，再加选小椭圆，合并形状下点击剪除， 复制一份到上方。尺寸缩小，全选所有形状，复制一份到右侧，并执行合并形状下的拆分。 将两个椭圆上边这一部分移动至左侧，并重合删除其余部分。先选下方椭圆环，再加选对应移动过来的形状，合并形状下执行剪除。 还有杂线不要慌，在这个地方插入一个矩形，再进行一次剪出运算，然后右键通过编辑顶点删除掉里面多余的顶点。上面这一组同样方法处理， 全选所有形状，去掉线条，再分别给它们填充渐变颜色，放上引导线及文字内容。 如果想更有层次感与立体感，将两个椭圆环向下复制一份 颜色，填充同色系，深颜色，然后调整层级关系即可。这样一个向上发展的逻辑图就完成了，你学会了吗？关注我，学习更多 ppt 小 技巧！
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