哈喽,大家好,今天来为大家进行系统发育建树的最后一次分享贝叶丝树的建立流程。 贝斯数是基于进化模型的一种统计推论法,他将现有的系统发育知识体现在先验概率中,通过后验概率反映出各分支的可能性,不需要通过自举法检验。 呃,他的缺点是对净化模型比较敏感,如果开始选取的 模型不合适,后边可能会有比较大的差异,一般适用于比较大而复杂的数据级。我们使用到的建树软件是 master base。 贝斯数的整个建立流程其实是非常简单的,首先我们把 我们的序列保存成一个 n e x 的格式,然后在这个格式序列文件中进行一些编辑,就是添加他的代码, 然后最后把这个文件保存之后运行 master base, 然后耐心等待结果就可以了。 我们来演示一下,还是用到之前使用过的这个 一个文件,我们使用 sick voter 来进行转换。 先全选,然后导出, 首先选选好我们这个导出的位置, 然后选格式,这里选这个泡泡的第一种格式, 好了之后就 ok 可以关闭 seqver 了,我们来打开一下,现在可以看到这个文件就在这里。接下来我们使用 notepad 佳佳来进行编辑, 使用 notepad 大家打开这个文件, 打开之后我们需要有两个地方是需要编辑的,第一个是前面这里的三行,我们要根据情况来写,这里我直接复制好了 张贴过来。 ppt 里显示的红色的地方都是要根据实际情况改变改改写的,这里表示的是你使用的序列的个数, 这里是他的位数,然后这是他的序列数据类型,都是根据实际情况修改。 然后第二个要修改的地方是他的文档位,我们把这么一大段代码要复制过去, 来到文档的最结尾处,然后这里是我为了, 呃,为了表示清楚写的,注视实际运用不,不会需要用到它,直接删除就可以了。我们来继续看这段代码, 红色的地方仍然是可以根据实际情况改动的地方,然后这里是他需要进行比对的一个次数, 一般情况下我们可能写二百万次差不多,但是今天为了演示我们删掉一个零,这里是对于这些代码的一些详细 解读,有兴趣的同学可以截屏看一下。 那么这个代码修改就完成了,我们点击保存, 然后把这个文件复制到 mister base 所在的这个 路径下边。 呃,这个时候打开 mr base, 然后输入指令, exc 加文件的名称,记得一定要打全称, 然后按回车就开始运行了。接下来这里是一个计算次数,由于要比对二十万次,他需要跑很久很久的时间。呃,可以为大家看一下。 结束的时候这里就会显示一个值,如果说这个值大于了零点零一, 那么说明我们两次运行的结果差异较大,就可以输入 y 继续运行, 但如果这个值小于零点零一,那么差异显著。就这次分析就一个已经比较好的结束了,我们就点 n 就可以了。 这里有事先运行好的 文件来带大来带大家看一下这个结果里边。 这个结果里边 p 文件是一个模型文件,而 t 文件是一个竖文件,我们使用吹水来打开, 需要注意的是 tracer 的运行需要家暴的环境,要预先安装一下,我们来打开 trace, 使用吹色打开刚刚的文件, 这里选择所有文件,然后我们把所有 p 文件全部选择打开, 或者说你也可以打开一个,然后通过这里的加号来添加。 打开这些文件之后,我们要查看什么呢?首先可以对这四个文件进行一下全选, 全选之后我们来看这里这个 e s s 值, 这个值他为红色及小于一百,这个值是比较不可信的,大于一百会判定为可接受显示为 黄色或者绿色,而大于二百则非常可信,就是黑色, 我们可以大概看一下。然后第二个要看的部分是这里这个命值,如果说这几个文件的结果都比较接近的话,也可以说明 本次的结果比较可信,以及最下边的这个图,那么这些文件都比较可信的话, 我们就可以来查看我们的数了。使用吹废物来查看数 用,却被我打开文件, 这里可以看到刚刚建的数就显示出来了, 那么本次关于系统发育件数的分享到这里就结束了,如果还有疑问,欢迎与我们交流,我们下次再见,拜拜!
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下面我们就讲解一下这个安装的这个步骤, 首先我们把这个 app 工具下载下来之后进行解压, 首先我们需要先运行一下这个 a, d, b, e, f, e, 然后运行完之后,然后我们再运行这个 cmd, 首先我们需要检测一下这个工具是否安装成功,输入 app 微诊, 然后这个跳出这个安卓这个第八个 这个背景位置的一个安顿号,说明已经安装成功了。然后我们下面呃 用这个 type c, 然后连接电脑和我们这个安卓主机完了之后,然后我们这个时候检测一下设备 a, d, b, d, s, 这个时候他就会这个输出出来,我们现在连接这个对白色的这个 id 这个 id, 然后我们下面就安装我们这个应用包到这个设备上去。 lumdapk, 没问题,正手回射看一下,应该输入有错啊, 我们少输了一个。呃,这个伊斯特注,那个安装 在这个 id 后面需要输入 i, s, t, l, 这个时候就会自动安装这个,我们这个安装包到我们这个设备中去,然后输出这个所有 cs, 准备安装成功了,好,我们关闭掉。

好,接下去我们来看一下这款软件界面,你进去正常情况下就是这样的,我现在位置是定在温州,正常情况下你在位置在哪个城市,他就会自动定位到哪个城市。 假如他没有正确的定位到你们所在的城市,你可以打开这个所在地点,或者直接按键盘上的 f 六键。比如你是上海的,那你就搜上海,他就出来了。假如你是北京的, 你说北京他就出来了,这点我们已经定好了,那这里面呢?会有一个时间窗口,这个时间窗口呢,我希望大家就放在这里好了,方便你知道你现在看的星空是几月几号的,那星座只显示这里的话,正常情况下面,作为作为我们初学者 或者说初次使用软件,你不要去调他,那你可以调的。是啊,假如你的系统是英文版的,你一定要记得在这个主要设置里面去调出一个简体中文啊。假如你英文很棒,那就不用,不用管我现在说了什么好不好。呃,另外一个, 你在这个地方不要开启全部显示,不然的话你会很很痛苦的。比如说我现在点一下金星,你看全部显示显示器上面会有这么多的内容,那假如你把全部显示改成自定义的话,你看干净多了好不好? 那附加设置里面请大家勾选这两项。嗯,没有的时候,你看 这边只有三个东西,星座连线,星座标签跟星座绘图。当我们把新群连线跟 新群标签打开的时候,你看这边就多了一个新群连线跟新群标签,因为等一下我们要用到,那其他的你都不要去管他, 其他都不要,那时间点的话,我们不用去管他,等一下要调的时候就直接在这个对话框里面调,那工具的话,请大家选上选择单一星座,这个比较好用啊,这是一个非常好用,就当你点到哪颗星的时候,假如他这颗恒星是属于某一个星座的,他就直接会把星座给显示出来, 那所以要调的我都已经调完了,接下去呢,我把地平线先开回来,大家看一下。我们现在假设正对北方的天空, 那么我们先把流星群这些都关掉,把卫星也关掉,免得他干扰我们。接下去我们来找找看这个星空里面有没有 北斗七星呢?好像没有,那我们让他旋转起来, ok, 转起来之后大家有没有注意到这里有七个勺子一样的星星,那我们现在把新群星座连线给他打开,先把星座连线打开,我们去找一下那个 这七颗比较亮的星星,你点一下之后,他马上就会把星座给跳出来, 很明显这个是大雄星座,大雄星座的北斗七星,大家看一下这七颗星星勺口方向延长大概五倍距离,一倍, 两倍,三倍,四倍,大概五倍距离,会有一颗比较亮的星星,我们 看一下是不是这颗,这颗就是小熊星座的北极星,大家来看一下 一二三四五六七。大雄星座的少口方向,两颗星星延长大至五倍距离,一倍、两倍,三倍、四倍,五倍距离,可以找到小熊星座的 北极星。那我现在呢把星座的图形给他显示出来,大家来看一下,我让他转起来,大家来看看我们北半球天空的星空是否会围绕着北极星在那边做逆时针的旋转, 大家现在只能看到两个星座,我等一下 星座长多了之后再给大家演示。好了,接下去我们来看夏季星空, 我们回到八月份,好了,请看夏季星空,现在比较有名的已经出来几个了, 织女星,他的亮度非常好,现在北极星是一点九五,大家看一下那织女星,你点下去你会发现他是零点零零,比北极星还要亮。那么天鹰座的河谷啊,天鹰座都直接出来了, 他是零点七五,也是比较亮的啊,作为夏季大三角中的另外一颗星星,我们感觉好像这一颗比较亮,我们点一下看看是不是这一颗,好吧,天鹅座的天津市,那我现在把新群连线给他打开,大家看看 心情,连线打开之后可能旁边会有一定的干扰,没关系,我们把它放大一点,大家看看天鹰座的何谷二,其实就是牛郎星,天晴座的织女星, 天鹅座的天津市,这三颗星星会连成一个三角,这三角我们会称他为夏季大三角,大家可以把这个新群标签打开, 那全部打开之后会非常多的干扰,当然你想学习更多的话,这是必要的。在这个夏季大三角里面涉及到三个星座,分别是天鹰座、天晴座跟天鹅座。 那我们在记忆的时候,老师给教大家一个诀窍,你可以这样记,织女他在弹琴,牛郎他在放音,天鹅呢,飞到 天上去找天津市了,这里面我们牛郎放的不是牛了,放老鹰了,这是主要是为了记忆啊,老是瞎编的一个,大家如果觉得 ok 的话,你可以踩他一下,如果觉得不 ok 的话,麻烦你自己再想一个好不好?那我们再来看天空当中比较亮的星星, 其实你会发现月亮是非常明亮的,他的心等量都在负十二点五五,除了太阳月球就是二号的,那我们再看木星,他也是比较亮的,土星呢,他也是比较亮的,所以这几颗行星对我们比较。除了这 太阳系的几颗行星比较亮的之外,还有一颗月球比较亮的,其他我们在天空当中看到的全部都是恒星,所有星座里面那些比较亮的都是恒星。那我们来看一下其他星座,比如说我们看一下这个大角星,他是属于 木肤做的大小心,他的亮度也是挺好的,在夜空当中非常的明亮。还有这个天蝎座里面这个星宿啊,大家看这颗是红色的星星,他的颜色就有点不一样,我们可以看一下 这个天蝎座星宿二,对吧?点一下看看 天蝎座的新秀啊,他的亮度也比较好,那我们再去看一下别的亮度比较好的,看看他们都分别是什么。在整个星盘里面这颗好像也比较亮的, 南渝州的北洛斯门。还有一个比较好的方式是我们把大气层给他关掉,大家看一下大气层关掉之后,你可以看到银河,也就是你可以看到更多的星星,可能会对我们有 更多的干扰,但是其实我们看起来能够有更多好的选择,比如说这是先后做的王良一、王良士 这些我们可能平时都不怎么关注的,只是我们点一些比较亮的星星,看看他们出去分分别属于什么座的,仙女座这个也有点亮。好,现在呢?我们把时间回到一九九七年 三月二十二,大家看到天空当中有一颗很亮的彗星,先后坐边上, 这颗彗星他其实就是海尔波普惠星,我们教材第一节课里面提到海尔波普彗星,他的亮度新的亮度是负一点七四。 不得了了,我告诉大家,比那个织女性还要亮哦,他的工转周期是两千五百年, 也就是下一次回来是两千五百年之后的事情。上一次来的时候大概是公元前五百年左右,那也就是说是春秋战国时期。好吧, 男即兴。好,我们来看一下。男即兴是什么鬼 哦,果然是男子星,你看果然是围绕着他旋转的, 太快了太快了,我把它降一下,这个南极星也 算是名副其实啊,那我们现在去北极看一下,你看北极星也不过如此,对吧?是男子也有一颗男子星。 南极星,大家看一下,在南极座的边上有一颗南极星。 ok, 那么我们现在能看的可能差不多就这些加去,我们要用一下一个搜索功能,假如你想去看北极星的星系,你就这样子,他就会自动给你跳到 北极星的边上。假如你看木星,你可以选,也可以这样缩放,假如你想看火星, 也差不多也是这样子,你可以直接看到火星,当然他看的不是很清楚,那接下去我们还可以看什么呢? 升空天体,我们来看一下,来看看啥叫升空天体, 其实就是天王已经拍的那些比较远的恒星,比较多的一些场景,你看还是比较好看的。有些地方灵魂星云 成勾一,其实就是北极星了。 ok, 那但是呢,大家要知道就是这一条其实就是银河了,好吧?这一条其实就是银河,我们把它关掉, 声控天敌关掉,这一条其实就是银河,银河的样子还是要有的。
