tbtools使用教程火山图
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04:29查看AI文稿AI文稿朋友们大家好，我们今天一起来学习 t b tools 这个软件平台。首先第一节课呢，我们讲讲如何一步构建 imos。 所谓的一步构建就是说跳过序列的比对，修剪模型筛选，选择合适的系统发育软件， 那么输入序列，输出 m l 数。好，咱们直接开始。打开软件后，在 others phylogenities 中选择一步构建 m l 数。在跳出的 对话框中有上下两个框，上面是输入，下面是输出，那么在上面的对话框右边点击按钮，之后跳出对话框，选择你要输入的序列文件，打开 在 start 旁边这个对话框，检查一下各种参数的设置，那么只需要改动竖行这地方一比例，这样我们可以看到字长。 然后在下面这个输出区域的对话框中，同样的点击右边这个按钮，设置你的输出文件放在哪个文件夹，设置好之后点打开，然后点击 start， 就可以开始构建系统发育数了，然后到你指定的文件当中生成了一系列的文件文件，根据他们的时间可以看到进度。 当系统发音处建建好之后，他会跳出一个对话框，点击确定，跳出一个竖文件，可以保存成图片。 同时呢，在他的生成的文件中有一个重要的日字文件，我们选择用记事本打开 查看相关的重要信息，比如开始的时候，他对序列进行一个分析，其实有些序列是一样的，然后进行比对 和模型筛选，他用的是 model fonder 进行模型筛选，给出了模型的清单，也给出了在 aic 和 bic 标准下最优的模型， 那么在这个模型下进行，使用 iq tree 这个插件构建系统发育数， 首先是抽样五百棵树，然后进行一次数的统计， 最后一字数放在 ctrl 这个文件中，而抽样的数放在 u u f boot 啊 这个文件中。好， ctrl 这个文件我们可以重命名， 为了备份，我们可以以副本重新命名为 m l， 后缀名以 n w k 格式， 这样的话方便我们使用 mega 等软件打开查看， 这样就出来了一个带支持率的系统发育术。 好，这就是我们今天一起学习的内容。如何使用 t p two 是一个软件非常简单的，非常便捷的构建系统发育数。 那么这个文件不需要比对，也不需要我们自己进行模型的筛选，只要输入这个文件，最终输出我们所需要的最大自然数，也就是这个 ml 数这个文件。好，今天的学习就到这里了，朋友们再见。
70爵士熊
08:02查看AI文稿AI文稿哈喽，大家好，我是赵啊，今天我跟大家分享一下这个由我开发的 omega trust 来绘制火山图。批量绘制火山图是那种分类的或者颜色渐变的火山图的方法，首先我们打开， 我们也是车钥匙，然后在绘图可人画这个地方火山图我是把它归类，归类为三点图了，然后这个差异分析，首先要一份差异分析结果，如果要是没有差异分析结果，也可以到我这个前面这个地方，这个地方 做差异分析，他支持尼玛第三个 q e， d， g， r 三种方，还有批量的差异分析，这个都可以。然后假如说你做完差异分析，有差异分析结果了， 就可以去绘制这个火山图了。火山图的话就是你首先要有一个文件，我这个是用的柠檬茶分析的一个火山图 文件，然后你还要的话就是打开这个文件或者 cstv， 或者也是要看看他需要一些重要礼物，当然很重要。参数就是那个你要找到哪个列式否 logo for 了， 有个 fc 的列列名，把它填在这框里面，还有较真后的批值的这个这一列他的名字在我的那个文件表里面是这个 padg。 对， 比如说打开这个密码 tyce m r a 这文件，我们看到它这个是多个 f c， 这是 padg， 这是基因列，主要就是这三列这个列面是比较重要的，需要把它填一下，填完之后的话，还有一句话，就是你那个 我们一般会对这个火山图取一些玉值，比如说你这个高表达的玉值是多少？ 高表达我这个地方默认是 logic 是一，低表达是负一，也就是我的庆绩是二倍，低表达是零点五倍，到时候皮质的预制设置零点零五。要不要标记高表达记或者标记低表达记，或者的话就 你也可以标记一些特定的记忆，比如说你不是想标记所有的高表达或者所有的低表达记忆，而是想标记一些感兴趣的，比如说我这个地方可以你可以填个 tp 五三、 tp 六三、 tp 七三 这些金，然后他就只标记这些你感情的金，而不是标记所有的金。这个地方默认设置的咱点涂的颜色就是是以那种分类的高表达、低表达，高表达设置分类着色成一种颜色，低表达分类着色成一种颜色， 不表达左侧成一种颜色，默认是这样的。当然很多人对那种渐变的那种翻脸图也感兴趣，我这个地方你可以把开了开的路口这个跟他改一下，改成 ctrl 四，就是连续的，他就可以绘制简便的画图。我们先看一下他分类的画图的，他这个地方 行的时候你提交的话，他就会在执行中，然后现在他显示执行已完成了，我们就可以看到他分析的目录是在五点二这个地方，我们的车钥匙， 这个我们可以看到刚刚最新的，这个最新的是这个 catalogicle 这个火山图，我们可以看到我这个设置火山图，放大一点看，他就是这种高表达设置成红色，低表达的 设置绿色，然后中间不表达设成蓝色，同时对这个剪刀影形状进行了，就是说选择还要看皮质，不选择是圆点，选择的是三角形，同时的话这个佛头清洁，高表达是 logo full 清洁师一 log f c， 低表达是 负一，然后皮质的话是零点零五度去了一个线，所以这样就是有意义的。该选到的题表达是一百七十九个 mra， 高表的是一百一十个 mr， 大概是这个样子，这是一个视力。还有的话就很多朋友可能想绘制那种渐变的那个颜色渐变的那种三点多，这个也可以绘制，如果你把这个地方不是设置分类的，他就是一个分类主要色，你设成 ctrl 这个地方 就点击提交，他现在还在执行中，他等等一会就可以绘制出简便的那种三点图了。有的有的分析分析的快，有的分析慢，但是他这个三点图还好 好吃，不是很久，这个现在执行已完成，我们看一下，看一下最新的结果，我们看到他这个连续的火山图已经绘制好了，颜色渐变的这高表达的点就给他标成红色，低表达标成蓝色，中间不表达就给他标记成 这种白色的，这种渐变的形式就可以看到，这种的话很多人也喜欢这种，有的文章也会发这种颜色渐变的花儿图， 这个也可以划船，而且同时画还是跟前面一样，不显著的，就是圆点显出了三角形，这样也是可以，只要把那些高 表达有差异的跟他重点的显示出来，低表达有差异的同时也跟他重点显示出来，同时把那些有差异的都跟他在显示出来。这种文字信息就是把您的名字或者什么 rna 的名字给他列出来这个，否则亲戚也是 高表的是 logo f c 十一，低表的是负一让皮质零点儿零五这样的忽然度。同时我们也可以看到，就是 这个地方的话，也绘制了一个 h t m l 格式的混乱图，你可以点击每个点的话，打开它的话文件，就可以点击每个点看到这个平台信息，比如说它的机的名字叫什么 log， f c 是多少批值是多少 level 是高表的，低表的，显不显著， 限不限重，所以这个这个结果我也绘制了，有大家得到的结果，除了有一个那个编辑的文件， pdf 的文件还会得到一个 html 文件， html 就是这种小虎吃的，小虎吃的，你可以点到每个点，看到他详细的 表达信息地址显不显著，水平高不低的这种信息，像那种非小故事的偏激，或者 pdf 的形式，比较适合发文章放到文章论文图片里面的那种格式。小故事啊，你自己 私下里面一个个看看哪些金的详细信息的，就可以看这种我做出来的 html 格式的这种图，这个也可以，都可以用 omixtel 做出来，当然的话这个地方是我们也 就是比如说这个地方，当然这是买口二，买口二，如果不是买口二的话，我们就可以看看这个买口二的名字，搞几个买口二的名字看看。这个地方我们可以直接标记部分感兴趣的， 因为他标记的经营很多，有的时候你可能会看到很多文章，他只标记了少数感兴趣的滤镜。这个地方我我们也可以，比如我就标记两个 mac 二 a 的 两个金，感兴趣的金，跟他做一个图看一下，现在在体验中，在体验完之后看一下结果，现在运行已完成了，我们看一下，我们看到了 这个，他就标记了这两个技能信息，因为我就在那个光头或者参数里面只填了这两个，所以他就只标记两个。假如你你 感兴趣的可能不并不是这两个 maker 名字，而且他的你就可以让火山图标记出你感兴趣的两个 maker 或者两个字的名字，他就会给你标记在火山图上面，这是现在 一个火山图的回纸，跟大家讲了一下，还有这种批量火山图的回纸，批量火山图的需要传一个文件，我办起 defrance， 这个里面可能话有一个或者多个火山图的结果，他就会读取你这里面到底有几个差异分析结果，他就会火山图出来做几种火山图。
01:36查看AI文稿AI文稿凌波微视组学小视频生命大视野 t b toos fast 序列处理小工具之 t b toos 提取目标序列片段当我们进行基因组学研究时，有时需要从生物的基因组中获取某些特定的基因序列或者是部分序列片段，那么这就是对基因序列进行部分提取。 t b toos 是一种简单易操作，适合大众化的基因序列提取的小工具。下面我们就如何使用 t b toos 众 fast 完成对基因或蛋白质序列的部分提取，和大家做一个简单的展示。 本期视频演示的是 faster abstract recommend that 功能。首先进入 t b tools 程序，从左上角 sequence tokid 中的 faster tools 里打开 faster abstract recommend that 界面，界面如图所示。第一步，再 set up input faster file 栏，导入 faster 格式的文件 和点击右侧链接按钮，关联文件、 dna 或蛋白质序列均可。第二步，点击右侧的 initialize 完成初始化，随即会在 相应的路径中生成该序列的 fa 和 fai 格式的两个文件。第三步，在 set and output fast file 指定输出路径和结果文件名用于输出结果。第四步，在 set input id 类似的栏中输入序列 id 起始位点、中指位点使用 type 键进行分隔。 第五步，在 other options 重选中 use tapped as column separator。 第六步，点击 start 后即可生成如下结果， 这次的分享就到这里，后续会继续推出 t b tooth 系列其他课程。 t b tooth 是研究基因序列的实用工具，而 关于基因组学技术，灵恩商务整合多种优势技术及信息分析平台，提供高难度基因组解决方案，多种技术组合实现完整基因组组装，为复杂研究提供基础框架。实力雄厚，经验丰富，为广大科研工作者提供国际领先的动植物基因组 dnobo 测序方案，测序找灵恩组学科研好伙伴。
61凌恩生物
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01:08查看AI文稿AI文稿大家好，这里是有关火山图曲线的科研小课堂。先看图一，电催化夕阳反应里自由能图，找到反应限速步过电式和中间体结合能的关联图，就是典型火山曲线。 横坐标式结合能，纵坐标式过电式峰值对应最低过电位，帮我们快速锁定最优催化材料。再看图二，石墨烯基催化剂的极限电位与中间体结合能关系图，也是火山图思维 从纯石墨烯到多原子修饰的结构曲线，峰值对应的 sno 结构就是活性最高的催化剂设计方案。最后看图三，有机交叉藕联反应的自由能对比图， 用火山图的逻辑对比不同反应路径的能量差异。横坐标是反应自由能，纵坐标是能垒峰值对应的反应步骤就是效率最高、最容易发生的反应路径。 简单说，火山图就是用中间体结合能、自由能做横坐标催化活性电位反应能累积作纵坐标。画一条火山曲线，精准找到活性最优的催化剂和反应路径，是催化科研从理论到设计的关键工具。
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