粉丝4.2万获赞32.5万
相关视频
![graphpadprism画火山图 你还在为不会用R语言而担忧吗？没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图
[哇R]数据预处理
将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中
点击“排列和筛选”中“筛选”，第一行的每个单元格会出现小箭头
分别点击小箭头进行筛选：UP：FDR<0.05，logFC>1；DOWN：FDR<0.05，logFC<-1；No difference：不属于UP和DOWN的其他数据
[哇R]新建GraphPad表格
新建XY表格，把LogFC粘贴到X轴，对应的Padj/FDR放在Y轴
注意这个时候可以把Y轴分别设置成UP、DOWN、No difference组，每一组单独放数据
[哇R]数据变换
点击“Analyze”后选择“Transform，normalize”中的“Transform”将“UP”“DOWN”“No Difference“进行数据变换
[哇R]火山图雏形
上一步点击完ok后会出现“Transform of Data1”
新建Graph选择表格为“Transform of Data1”，图形类型为散点图，可以得到初步的火山图
[哇R]修改坐标轴类型
Format Origin界面修改坐标轴：Axes and Colors中修改坐标轴宽度为1/2pt；Frame and Grid Line中将坐标轴类型修改为Plain Frame
修改X、Y轴：双击X轴或者Y轴，取消勾选“Automatically determin the range and interval”；将X轴长度设为自己想要的距离
X轴的刻度方向和长度改为“up”和“very short”；次要刻度改为二等分主要刻度；添加两条x=1和x=-1的辅助线
#火山图 #科研 #研究生日常](https://p3-pc-sign.douyinpic.com/image-cut-tos-priv/59bcd8a74728ccd8d5a2a3f9e0c04486~tplv-dy-resize-origshort-autoq-75:330.jpeg?lk3s=138a59ce&x-expires=2099390400&x-signature=LaYTgGxJbO98WoRRzKXH88TIdzA%3D&from=327834062&s=PackSourceEnum_AWEME_DETAIL&se=false&sc=cover&biz_tag=pcweb_cover&l=202607142022434A72912E38FA21CB7EA1)
02:36761Poppy读博版
01:04查看AI文稿AI文稿大家好，今天给大家讲的是多组多指标，如何用 graph pad 作图？实验中通常会设置多个实验组，而多个实验组中又会有很多个计量组， 对于这种图，如何使用 graphpad 很方便快捷的来做图呢？一打开 graphpad 软件，点击 next， 选择样本数据进行作图，选择第一个，单音速放叉。第二步，这里就出现了三组数据，如下图。 第三步，我们直接点击作图。第四步，选择图形展示的类别，选择数据展示的方式， 这里选择均值标准差即可。第五步，选择更改颜色。第六步，图形展示出来，蓝红绿分别代表三个实验组，里面分为不同的剂量，使用 graphpad 可以很快的做好。第七步，我们用自己的实验数据试试， 直接输入数据，分为三个组，每个组三个剂量，然后看看我们的图，最后数据就展示出来了。图片内容大家可以暂停观看，小百讲科研，下期再见！
11中科百测官方号
01:22查看AI文稿AI文稿当我们绘图的时候呢？ 像这种图，我们像这两个图，我们格式可能一样，我们要是一个图一个图的去调就很麻烦， 那我们可以怎么样剪辑一些呢？就像这个图和这个图的格式一样，我们可以点， 我们可以点这个更改，然后使图形保持一致， 选择你想要跟他一致的那个图，然后这边都可以选， 然后再看这个，这个鼠标柱可以自己调节。嗯，我这个是跳到八十五、 五到一百，八，八十到一百也行，就双击 下划线，这线也是可以调节粗细的，我一般都用这个。
81恸
08:40查看AI文稿AI文稿哈喽，大家好，我是小东北。我们在查找文献的时候，经常会看到这样一个现象，有些人的图表并不是很多，但是他却可以发更高的文章，那 找寻其中的原因呢？除了这个人的逻辑思维和讨论的深度比你强之外呢？还有一个更呃直观的方面，就是他画的图表比你的好看。那么我们这一期来介绍一下如何使用格尔菲派的规则来统一 图表格式。比如说你有这样五个数据，你做了五个图表，其中这个五个图表的，比如说坐标轴，坐标轴的宽度啊，每一个柱子的宽度，以及横纵坐标的字体呀，是否斜体，以及这个柱是不是有一个 边框，或者是他这个瓣，也就是这个标准差，标准物是不是这个形式，是一个宽的还是窄的？还是没有 这个？还有他的整体配色是不是统一啊？都影响你这个文章图表的这个美观。比如说你把这样五个图直接放到一个组图里边来发表一篇文章，人家会觉得你这个人特别不认真，也不专业。那么我们怎么样来用这个 派的来统一这个图表格式呢？先给大家介绍一下，当你有这样一个图表来做图的时候，我 就会呃，就是你首先要做一个相当于一个模板，就是把所有的图表都相差对齐。首先有这样一个图的话，我会把它的横纵坐标统一一个字体，比如说我把这些横纵坐标 都统一艾瑞，然后一般都会用这个这个字体来作为这个图表画的这个数据的这个图里边的字体。 然后呢，你发表文章的这个呃手稿的字体可以用星罗马，当然你你主要是还是看他这个杂志的这个对作者的一个要求，但多数的情况没有要求呢，都用这两种字体， 然后呢我给他改成，比如说都是十二号字体，然后我都不需要写题，然后都需要加粗， 然后横纵坐标，同样是这样的方式。然后呢我这个呃坐标轴统一的，比如说我现在这个是标准的格式，也可以把它变宽，如果你觉得这个注宽不是你喜欢的，然后还有哪方面呢？我可以把这个颜色改一下啊，这个地方是改 他这个标准物的这个形式，我一般都用这个中间的这个，然后呢然后把这个柱的宽度，然后改成柱的宽度就是。呃，现在这个还是可以的，如果你觉得这个宽或窄，我可以改 这个坐标轴的宽窄，然后我把这个配色改一下，比如说稍微带点颜色是不是好看一些，然后改坐标轴呢？这个地方我就不细讲了，因为那个格外派的大家都会用。然后这个是改坐标轴， 现在我这个是标准的一个正方形，然后有长的、宽的、高的、宽的，然后还有一些这些我们可以来，嗯整体的来改一下，然后呢这样做完了，这样做完了这样一个图表之后，然后呢 我们要按照把这个刚才这个五个图表都按照这种形式来改。这时候我主要告诉大家这样一个技巧，其实在 派的里边有一个魔棒，他相当于 word 里边的格式刷或者是 ps 里边的这个魔棒，然后我们可以利用这个魔棒工具，首先呢我们选择这个 作为一个呃模模板，也就是一个三宝。然后呢我们把其他的这些格式都按照这个来统一来刷一遍，都变成这个格式，来，我给大家演示一下。 然后，嗯，我先把这个关了，我把这个我感觉这个图表还可以，然后把它当成一个模板，我把它打开，然后再把你需要修改的这个打开，比如说这一个，我想把这个 然后换成那个，换成那个形式，我这个地方呢这个模板就选择了这个，然后 nice， 然后我需要把这个宽的改成这个 这个窄的形式，我们可以看出这个地方有一个性能的呃来选择，这个是坐标轴，坐标轴这个宽的窄的，这个我们如果不不来选择的话，发现他和原来的这个宽窄一样没进行修改，我这个地方进行了添加的话，把它划勾就 变成了跟你这个模板一样的形式，这个是坐标轴的一个呃范围，这个一般都都 就是呃呃，不需要修改，呃不是，这个是这个坐标轴的一个呃对取值范围可以不进行修改，按照他原来的这个取值范围就行。如果是，比如说如果你这个坐标 最大到一点五，但是你按照这个模板来变成一百五，那肯定也不好看。然后这个是是否加粗这一些字体，当然我们要需要修改，他是不是，呃 就是格外额，另外又添加了一些辅助线，这个也可以不进行修改。然后呃另外你看是否出现了这些是否有坝呀？这些我们 一般做文做那个图表的时候啊，都需要标下他的棒，也就是标准差、标准物，然后这些没有的话他可能就没有显示，有的话你可以按照这个地方来具体来修改。然后 是不是改这个航空坐标，比如说我现在这个航空坐标是 m i 和时间，然后呢你这个新的图标可能跟他不一样，比如说， 呃，我们举另外一个例子，比如说这个，呃，然后同样是用这个魔棒工具，呃，我刚才这个模板换了，比如说这个吧，同样尝试一下，然后因为我刚才没有关，比如说这个，我就给他讲一下这个， 打个比方，比如说这个横竖坐标和原来这个模板不一样，我们嗯当然是不要勾选这个，因为勾选之后他横竖坐标会跟模板变成一样的，我们不要勾选这个。然后后边的这个 我们是否要应用，也先不要勾选这个，具体大家可以来使用一下，使用习惯了就发现特别好好用，然后点 ok， 他就会变成和模板一样的形式。 然后我们还是用刚才这个模板，因为他特别就是嗯看起来比别的好看。然后嗯， 他会把最先选的那个当成模板，然后我们后选这个，好，都变成这个 形式，然后我们点击 ok， 就可以发现，哦这个图表都变成这个形式了。然后，呃最终的时候你把所有的都变成这个形式，因为我们下期想给大家讲一下怎么用 ai 来组图，我告诉大家怎么来输出整体的图啊？在 组图之前呢，你最好把所有的图表都嗯变成一个亮的形式，也是先组一遍图，然后我们可以这个地方先给他。 比如说我刚才做这两个，我们主要是来把它选中之后选择什么呢？选择的是对齐方式，这个地方有个排布方式，有一个左对齐、右对齐， 这节我们呃主要来进行修改，然后呢？修改之后我们通过一个 spa 格式，一般导出的都用 emf 这个格式，这个格式为什么用这个？这个是导出的图片是个使量图，就是他放大缩小多少倍他都不失真。 然后并且这个图片在 ai 上，也就是 elaschat 上边是不会是可以更改他的横幅坐标的？下期我们再具体讲，然后修改完之后我们保存就可以了。那么这一期我们都讲到这里，就是主要是一个小知识点，也就是这个魔棒的使用，然后你学会了吗？我们下期再见。
300小东北
04:54查看AI文稿AI文稿大家好，欢迎来到小恒学术啊，上期的视频呢，我们介绍了一个注状图的绘制方法，那我们今天呢介绍一下这个 插图呢，这个助长图呢，如何的修改啊？达到我们预期的一个效果啊。首先 首先是这个插图的这个柱状图的一个颜色的问题啊，目前我们也很多的杂志呢，是一个彩色的，是吧？那我们先把这个柱状图更改一下颜色啊。首先呢我们看这个上面这个欠记上面有一个啊，奇迹卡拉这个改变颜色这个地方，然后我们点一下 啊，他有一个黑白或者是一个彩色，是吧？我们点一个彩色之后，他会自动的一个预设改成一个不同的颜色啊不，当然呢，他有一些其他的一些 格式的，有预设格式，我们给点一下更多的一个彩色的一个选择啊，你可以点这个向左一回家，有不同的颜色跟不同的背景，哎， 我们可以将可以作为一个参考会使用啊，然后如果，如果我们想自己设置的，我们给他写，首先我给他改回原来的黑白啊，然后我们想自己设置的颜色呢？一般我们可以用这个点击这个柱状图双击他 双击的之后呢，这会这上面有开始我们看第一个啊，第一个在这个世界，在第一个里面啊，有一个那个数据的选择，我们可以在上面分组吗？这分成这四个组，我们选择每一个组之后进行一个颜色的更改，比如我们选第一个组啊，第一个组或者是所有的组，我们点第一个 组啊，第一个组的时候，我们看一下他的颜色是黑色，是吧？然后我们可以给他改变一个其他的颜色，比如我们选一个，呃，蓝色，选一个蓝色， 选一个蓝色，我们应用一下，我们可以看一下。哎，他就变成了一个蓝色，但是他的外面这个框是黑的，是吧？我们可以把他框改成一个黑色，改成一个紫色，是吧？那外框就变成了一个紫色了啊？太丑了。 how？ 然后他这里面还可以改一个其他的啊，就是这个这里面的颜色呢是一个纯色，我们可以改变一些其他的，帮你们填充一些网格啊，线条之类的，你可以看一下啊，可以加入一些点，不过这种的这种的格式可能稍微的有点显得老气啊，我们把它给它取消， 哎，改上一个纯色，然后然后呢是这个新 pose 啊，就是新 pose， 就是说我们啊主要多显示的是每个数据的点的位置，我们可以改，我们可以看一下，首先我们就可以用用一个用黑色啊，用圆点来代替， 哎，他就在上面显示我每一个数据的所在的一个位置啊，是多少，然后求就求的是这样的一个平均值，是吧？一般是用不上的，我把它关掉。然后后面呢是这一个，就是这个 标准叉的这个范围。然后我们可以有一个不同的一个格式，首先这是颜色，我们给他改成一个黑色，看着显眼一些， 看黑色，然后我们可以给他改成一个，他是只显示上面一部分，或者是啊显示一个上面一个杠的一个一个格式啊，样式啊，我们就选第一个，就不用动了。然后是这个，是这个他显示的 一个范围啊，本来是显示的是上半部分的范围，我们可以改成一个，他是显示也可以显示下半部分或者是全部显示啊，一般我这个都不用改，默认上我们都是啊，是显示上半边的一部分，也是文章，文章上常见的啊， 常见的，然后还有就是他的一个宽度啊，那改成五五个像素点之后是感相当粗是吧？啊，常用的，常用的自动的就是二分之一像素啊，是非常常见的。然后呢是这一个， 这个线性是这个线性的是指我们做的是一个曲线的时候啊，曲线图的时候是可以改造的，我们比如说换一个数据的模式。嗯， 我得换成一个数据的模式啊，稍等一下啊，比如说一个这个，哎，宝宝所有的数据改成一个这个，等一下啊， 哎，他可以改一个这个，上面就可以设置这个线，看见没有？哎，可以改一下这些线的颜色啊，宽度什么的啊，一般一般这个也很少用的到，我们继续，我们再给他恢复到原来的状态啊。 好了，那今天的分享呢就到这里了，我们下期再见。
69小恒学术
00:49查看AI文稿AI文稿大家好，经常有网友问我就是自己做了分组重要图组明显示不对，和我做的图里面不一样，哎，其实这是一个很简单的问题啊，我简单录个屏给大家看一下啊。大家做出的分组重要图组明可能是这样显示，其实修改很简单啊，双击这里， 大家看一下这个，呃，兰博 floormates 就是选择数字格式，然后我们把它显示改成为柱状图图明，呃，就行了， 大家看他这里面就三个选项，第一个就是分组柱状图组为，第二个是单独的，每一个柱状图的组为。第三个呢，就是可以根据序号给柱子秘密呃，行了，给大家录个屏。
120stupidman1
03:43查看AI文稿AI文稿大家好，今天教一下大家，就是用格瑞派的做图的时候如何修改动作表达数字格式啊，主要演示五种啊，第一种呢就是加百分比，第二种呢是科学技术，第三种呢就是密此方啊，第四种呢也是自己定义，第五种也是自己定义 这种。呃，这几种主要大家问的比较多，我下面给大家简单演示一下。呃，我们来到格瑞派的页面啊，第一种大家问的最多就是如何在动作标素纸上面加上百万号，我原来说我可以直接在这里面加 啊，当然也可以直接在原数值上加，双击送坐标上面的数值，然后回到这个页面，大家可以看一下这里啊，这里和这里一个代表是前缀，一个代表是后缀啊，后缀你可以直接在这里面加上百分之百， 嗯，自己点相册加五，大家看他全部加上了。这是第一种 啊，你也可以在前缀加啊，也是谢福的加入啊，大家看到没，就是通过这个前缀，后缀就可以直接加上， 我刚说了，大家用好前缀，后缀能干好很多事，你就比如说我所有的后缀，我统一要加上一个十到二次方， 那么一样，这个时候你要把它调成到大型模式啊，然后按卸五层加上六，然后你再加个二啊，大家看这个时候 所有的中左边的数字，他都是用已经换成了多少的二次方，多少的二次方了啊，然后演示第二种也是双击中左边的数值， 呃，就是科学技术法啊，他这四个分别是小数科学技术法，呃，十的密次方以及对锁，后面两个用的比较少，我现在演示科学技术法就这个点，这里， 呃他就是所有的以实为底的形式密次方，这就是刚才演示的那种样式。二，我在后台看到有网友问我，所以我就今天做一个视频再回答，原始模式。 呃，第三种呢？就是说就是这种， 呃，是的，密斯邦这种用的比较少，给大家看一下啊，他就是这种斜式， 呃，对出的形式呢？就是最后一种，也是差不多的，也用的比较少，大家都点开试一下就知道了。这种 啊。最后再教大家一种万能模式啊，双击动作标数值， 这里面是可以改的，你可以一个个对动作标上的数值进行修改啊，比如说我要写改一下六十，六十，我把它改成呃，六十的二次方， 我再改一个，比如说四十，我可以给他改成一个八， 大家看到没有？这个时候你就通过这种定义的方式，你就对动作标的数字格式进行到修改，你想换其他的也是一样的。呃，今天就教大家这么多。
224stupidman1
