gromacs伞形采样教程

呃，就今天就是看到这 b 站然后有人给我充电了，在这边的话我先感谢一下两位。呃，但是我想说的就是你们不要去充电了，因为我是查了一下，我刚查了一下这个充电的话其实还是需要费用的。 呃。你们看因为我说了很多东西呢，也不是很准确的东西，然后呢你们为了我这种说的东西就去充电，我觉得挺浪费钱的 啊。你们也不用觉得什么白条不白条，那就我愿意去做这个事情。 呃我其实没有去想过在这个地方要去赚钱啊，也因为我觉得学术圈的话还 还是得纯粹一点啊。嗯，怎么说呢，也许未来我可能 缺钱了，但是呢我要赚钱的话我可能就会跳出这个圈子去。呃我会去进入到另外这个圈层里去做其他的事情，而不是学术圈去做去赚咱们学生的钱。因为我觉得去做学生的钱 这个东西我觉得就挺无聊的。这这么一件事情，因为学生吗？生大家都是这么走过来的对吧？那也没什么钱。然后，呃我觉得 学生就好好去学就是好好去读书吧。你，你们对吧？你们去看 b 站这这啥的东西目的就是为了去更好的学习，然后， 呃可能就是有些人加了我，对吧？加了我之后然后问的问题很多。呃，这就像之前有个朋友加了我其实也问了蛮多后续。 呃。他是这么跟我说的。就是说啊，为了表示感谢，能不能就是在文章后面加上我一个名字啊？那我说可以啊，就是，呃你给我加到五座、六座、七座、八座、九座、十座，这都可以啊。 呃这因为我觉得是这样的话也挺好的。就是说，呃如果再这样觉得，呃怎么说呢？问我这经常要资料对吧？然后， 呃我这边也帮你回答的挺多的，你觉得想表示感谢啊啥的就这因为这经常 有说要送东西的，我觉得这这真没必要。如果你觉得你真的想表示感谢一下的话你或者是说你在你的毕业论文这自信提下我也行然后呢或者说你在文章， 呃在五座六座七座八座九座十座对吧？都留个名字也可以啊。这我都不介意，因为反正别人弄什么一座二座三座对吧？ 这这说实话我我确实也想过就是你给我留了这个文章那个很后面的一个名字，然后我觉得 也挺好，这因为后期后期万一哪天失业了就出去找工作对吧？这个有些文章还是挺好的。呃言归正传吧我就主要是想 跟大家聊一下就是想聊一下这个 max 的这个教程的问题，因为我最我最近两天呢确实这个被弄得挺烦的，然后打算还是想去把这些 就是这种免费的就是免费的这种开源的软件。呃因为我对 goldmax 比较熟嘛然后我可能就想把 goldmax 的教程做得更加全面一些。 呃我先讲一下我的这个大致的框架吧，你们看一下就是这个 go to max 的这个教程的框架是否可行？呃首先的话就是简单的了解一下 go to max 然后什么是分子动物学模拟。呃这个是我有些视频呢就是我这之前整理的其他的东西 有的然后大致的用，有些可能是用些很通俗的语言或者说很口语化的东西，大致讲了一下，就让你怎么去理解吧， 因为我最终的目的还是希望就是用一种比较通俗易懂的方法吧，就是我不许因为我没有这个能力，就是帮大家，嗯，拔高，我做不到这种水平，我跟那个 omax 的李老师，对吧？ 然后还有卢老师没法相提并论，人家在天上，我只能就是把这些该整理的整理，然后整理一个比较合理的一个框架，这里面的话重点的话就是讲解的一些首饰分子东西模拟 的一个理解。呃，然后呢？就是安装 go to max， 安装，你在无边图下怎么安装？ sensors read hard 的，然后怎么安装，对吧？然后这里面的话，大家比如说要去用虚拟机，虚拟机又该怎么去安装？ 呃，然后呢？训练机装完了之后怎么去装这个系统？呃，然后呢？训练机，因为我 之前用的时候这个经常会就出现一些问题，就比如说啊讯机要与这个主机怎么去共享，因为我这上面的话想做的话可能还是想给咱们这种 就是就是啥都不懂的人吗？因为我觉得是想大家如果很多东西不懂， 对吧？来学，那么那么就怎么说呢？就是我们有很多的这种， 是吧？反正我觉得就是像很多公式啊，就是怎么去叫别人上手吧。我是这么想的， 然后所有的这种方法可能会整理，这个是卢田卢老师他写的这个功能表示的 windows 的这个英语安装这一块的话，呃，可能就也都是以抄为主吧。然后呢 这个就去讲一下这种常见的建模软件，因为最终的话是回到这个问题，其实我这个问题主要是大家会去看一下，呃，这个流程，因为就是这个流程，什么叫做计算的流 流程固定这个初始模型，然后优化结构，然后这个，呃怎么去给定这个参数，然后怎么去跑，怎么去，最后去分析，就是按照这个流程来的。嗯，前面讲了这个安装，安装完了之后你对吧？你说怎么建模，对吧？ 建模你肯定要涉及到一些软件，这些软件的话，嗯，我的话肯定是会去把一个大致的一个建模的，一个就这个软件的一个大致建模的一个东西，呃，写上去，因为重点的话还是希望就是大家能够更好的去 操作一些东西，因为也是考虑到，当然了可能不可能会显得那么很详细啊，因为毕竟这个是以一个 gola max 的这个为主的一个叫 教程，可能就是会把一些大致的一些建模，大致的建模呃，给大家这个稍微写一下，然后可能不会写的很详细，然后这个拍末，对吧？ ds 有人可能觉得拍末， 呃，这个，这个可能建建不了膜啊，是这样的，就是因为比如说你下载蛋白有的时候做突变，你会用的到他的，然后 d es， 薛定鳄这个对接的，然后这个对接的，然后还有这个全部做 gy 拍个末。 vmd s 啊，可能都会有，就是我尽量的去找的稍微详细一点， 然后呢？就是这个 go max 自带的这个命令怎么去操作？然后 我们建模这个东西大致会写一下啊，这个的话是写的，然后呢？ 因为我们建模吗，肯定要涉及到一些这个数据库，比如说蛋白的，都是常见的蛋白的一些这个这数据库现在的话我也没有去，我只是找了一下，就是哪一些数据库能够去 啊？就是说能够去下载，然后具体的操作的话我现在还没有去写，因为我打算有时间吧陆续去完善吧。 呃，这边的话就是一个这晶体的这个字数据过，然后常见的建模体系，这边的话我会去写，我回去给大家写出来啊，怎么去建模啊？然后呢？比如说带分子的用，如果是用 脚本，对吧？这是这自己写的脚本，这个是别人的，就是把这个读大神的。这，然后呢我也会去把他的这个操作的东西啊，这尽量的去丰富下来，因为我是想做的一份比较厚点的这种资料 啊，比如说像我们做 gi 这个去建模体线怎么建？然后这一套的话会写出来，呃， 然后呢自己的话也会去放一些这种脚本，对吧？然后呢？建完之后怎么就是怎么去把这个模型就建的比较完善啊？ 啊？不会去尽量去写吧？做模体性，然后模里面如果有水怎么去除？然后去建成这种雕塑的螺旋的。呃， 看到没？我只去建模。石墨烯怎么去建模？粒子虫的囊破界面的怎么去？直接加溶液的，嗯，这个的话我都会去写，写出来就是，嗯，会把操作步骤，然后呢？以及 啊不同的软件，这个怎么去操作的，尽量的话我会去写出来，这个东西就是想尽量的稍微做的全一点吧，因为 啊，然后就是格式的解读吧， pdb 的一个解读，然后就是 gro 的一个解读，异常的解读， top i t p， 然后原子类型这类型，这个的话工程的话 可能可能会比较大吧，然后还有这一些内场升升器的这个操作，怎么操作的？后期的话我肯定也会一个一个的去尽量的把这些东西稍微做的比较详细一点。然后还有 soft top 的，就是 啊神的那个东西啊，我还没有去整理，因为我可能做的速度可能比较慢，因为只能晚上来做。然后还有 m d p 的这一个解读， 然后相关的这个参数是怎么去设定的，这个的话我会写进去，呃， 然后运行设置就是这个 gpu 的这个加速，呃，这个这个的 话，哦，大家可以去看下那文件，然后如何建立这个锁影，因为是这样的，就是能量建完模吗？对吧？然后呢你知道参数了，就要去 给这个做能量做最小化，然后呢这里面的话就，呃后期的话你需要知道怎么去做加速，因为你要跑平衡，对吧？然后这里面做平衡的话，这里面的话又会有一个可能会用到一个建立锁引， 因为你的 m d p 当中呢，你要分组，这个的话你就需要去有对应的缩影啊，就相当于提前准备的，我就按照一个流程来的，然后呢平衡体系平衡模拟，呃，比如说你要 这一个固定这一个骨架，然后呢让轻电平衡，或者是说啊，你固定某一样东西，这就平衡 获得平衡标准。就是什么样的东西呢？跑到什么样子叫做平衡，因为我看过有很多用 用 forsight 在跑的，可能跑的很短很短，但，但是我不知道为什么，就是，呃，有很多时候大家的话喜欢去用 imsd 去代表一切的这个平衡，我觉得这是有问题的，因为 我之前也经常犯这种错误，然后因为我之前可能跑的是那种，呃，那种中性的体系的话可能还好一些，但是我的我没跑过农业的，但是我看有很多跑农业的， 呃。用直接用 r m， s， d 去代表这一个体系的这个平衡，呃，或者是说有些可能单纯的只是以能量的吧， 但是因为能量这个东西，确实你说平衡就是为什么你跑这么短的这个时间，呃，大家有的时候这经常会是一个不一样的一个平衡，做平衡标准的话，我可能会去操心啊，我先发生的这个一个东西啊， 然后呢？就是采用的一个方法，然后如何续考啊？系统自带的一些分析的一些工具，我现在只是简单的写了一下，没有去完善， 然后如果用软件怎么去分析，然后脚本怎么去分析啊？然后数据出 处理，图片处理，动画制作，然后我们 tiny， 呃，我们 tiny 这个的话就是怎么说呢？我这次用的是我老老师之前的这个课件，呃，大家可以就是这个是在这个，是在这个群里的。 呃，我在这边的话确实也挺感谢李老师他们就是把这一个的话还保存着，在因为啊看了一下这之前做的确实做的很丑陋， 呃，当时确实，呃，怎么说呢吧，出去换这东西看的太简单了啊，又觉得认为上手能操作啊这个东西的话， 这就行了，这因此这个的话只是一个简单上手操作的，后期的话也会对出绿化的这个东西。呃，进一步完善吧。好吧，反正只能是说 你们放心好了，就是如果你们现在需要一套我也可以给你们啊，如果需要等也行，反正你们随时要都可以。然后呢，如果 觉得需要跟就是不停的去等更新的啥的也都行。好吧，可能目前只能慢慢做然后更新这事呢，只能时不时的去更新， 然后如果大家对于 max 想去学的话你也可以找我。好吧，就这么多。

呃，在就是学 pro max 之前的话一定要先了解一下这个分什么叫分子动物，熊猫也不要太深入，就是说去了解一些大概的意思，然后清楚到底什么是什么，然后它的一个计算的一个流程， 这个呢是会比较重要的，因为这样的话大家心里会有一个比较清楚的一个认知，这样的时候就是就相当于你去做实验一样的， 你得清楚你到底要做什么东西，然后呢这上面的东西的话跟你有多大关系？然后，呃你会涉及到哪些东西？这一系列东西的话就是对于大家来说还是有帮助的。好，我们现在就去聊一下。呃，什么是震动的声母音啊？都怎么说呢？ 呃什么很专业的这种解释的话我就懒得去说了，这里面的话涉及到的话就是一个统计学的这么一个东西，动力学，统计学，对吧？从分子动物学模拟的这个字面的话呢，我们最近去了解的话就是 分子运动的这么一个学术性的一个模拟。呃，那么他怎么运动？这就是我们要去关注的这个点。呃，因为我们都知道分子呢其实之间会有一个相互作用力，对不对啊？ 他的这个项目作用呢？因为你会运动，运动之后呢，你会跟周边的这个环境发生一系列的这个变化，他分子之间的这个作用力啊， 他也就发生变化，这个时候的话你的受力是存在的一个变化，对不对啊？那么 就是怎么说呢？你一开始就受到这个力，然后呢你会发生一个移动，随着你不停的移动呢，你受到这个 呃位置、速度各个方面他都会有一个移动，这个呢就是为什么分子动物学魔力呢？他不像做地心原理一样的，就是会出现一个词叫做收敛 啊，就是说我缩短到一定结构了之后呢？稳定了，我这个就不自进行去往下做了。呃，分子动作学模拟的话，你是给他设置时间，他会不停的往下这个进行去做计算，就是你设置让他跑一 那秒，跑一优秒对不对？呃，跑一千优秒都可以，就是你吃饱了没事，你愿意这么跑他都行，他他都能一直往下自己用去计算，一直跑。嗯，他是说的这个力会自己用去移动， 然后呢？我们其实是对他所有的这个运动的这个轨迹啊之间去做一个叫做统计分析，你知道吗？我们去分析他所有的这个平均的这样一个效果，就是采用的是这种东西。 呃，并且证明的话，他的这个所有的主运动啊，其实他都是一种概率性的一个行为， 他跑到这个地方，他跑到那一个地方，对吧？就是他有很多东西他都是这种概率性， 他不是，这也是跟大家讲清楚。呃，跑做分子动物学模拟呢？嗯，首先第一点记住就是他反映的是一个叫做概率性的一个行为，他不是叫做， 呃，固定的，对吧？像做 d f t 一样的，就是它是按照这一个东西，它就是就是自己去收敛的。 分子动物学呢，他本身他就是为了去反映一些问题，然后呢只能去通过这种统计，嗯，就是从基底学的这种角度之间去考虑他这个统计下来，然后再进行去测试， 这里面的话我们就是去最后去分析的这个是一些乐理学性质，还有一些宏观学，就是这种乐理学性， 还有些动力学性质，然后这进去延展对标这一个宏观的这个现象。在这里的话，大家一定要记住，就是你发文章啊，你发文章为主啊，因为你发文章的话，说实话， 呃，你就需要考虑的就是这个热理学性质和动力学性质能否反映出你宏观的这一个东西，如果反映不了啊，你就别去写， 免得麻烦这个东西，因为因为有些东西的话不是分子模拟呢，能把所有的这个无关的东西全部给你，反映的你宏观现象 都准，当然就是说你有可能是实验会出现问题，如果你对你的实验觉得还是比较相信的话，那你就不要这些东西吧，这些东西写出来。说实话经常有人 会问啊，我做这个分子模拟，呃，我有部分的东西呢，能够跟实验资金对的上，有些东西跟时间对不上，那我该怎么办呢？ 就去罚你的那一个能对上实验的，你不要再进去傻乎乎的把所有东西都全放上去，放上去的话， 嗯，会这个很，就这个省导流问你那边，你说你解释不清楚啊，就很头疼。这个也是为什么大家这经常去看文章的时候，能够自己去做出跟有些东西不太对的东西， 文章啊，发出来的东西，从来没有人是把所有的东西全部给你发出来，而是会挑选出一大部分比较好的数据，因为这个东西没有办法了， 然后怎么去理解这个就是怎么说呢？证，然后反正我大量的资金去写，就是以自己口语化的这个形式资金去描述了。呃，证明的话就是 概率还是指一个概率，然后正点的话，分子模拟的话就是把所有这个微观体系当中呢，他所出现的这种概率性的这种东西，他进行去这种便利性就是把所有大概可能的概率他全部是进去。 好，反正就是他尽可能跑的这种东西呢，会多，所以说，嗯， 在这里的话也会提到，就是你模拟的时间会跟你模拟时间会跟你的体系都有关系吗？对吧？嗯，这后面的话也会聊一下，就是当你的 其实小了，你有很多的概率东西，对吧？你就可能出现不了，然后呢你如果模拟的时间短了，你有些概率呢？你也可能测不到。 这这些东西的话都是基于这个分子动物学模拟来的，他跟你这个软件操作他没有太多关系，他是跟你的起就是说跟你的这个测试设置他有比较大的这关系，因为他是一个便利的行为，把干就行，这个就是便利的一个行为。 呃，它的这个基本原理呢？呃，它的基本原理的话其实就是怎么说呢？就是分子动物学就是 f 等于 f a 就是牛顿力学，对吧？它是这么一个东西，这个也是，为什么是说它是基于求解牛顿方程来确定 一直运动状态啊？如果说我知道每个例子的初始位置，速度、质量还有受力，那么我就能去获得这个轨迹，对不对？这句话的话就已经讲的很清楚了， 每个例子的初始位置，这就是我们后续要谈的这个什么建模的问题啊？速度的话，对吧？我们 都知道这个分子的话会有速度，当然你也可以考虑不设置，对吧？然后他会有一个速度，然后呢？他会有一个质量，对吧？你 f 等于 m a 嘛？这个质量的话你肯定要有，他有一个受力，就是 f 嘛， 对吧？受到这个分子间的这个作用力，嗯，这些系列的话这东西都会有。当然了他有两个限制条件，就是有限的观测时间，有限的系统大小。呃，这一系列 这个东西呢就会引出一个概念，叫做细中，对吧？我们等会也会在后面直接去讲，说白了主要的一个原因就是因为我们的计算机啊，他没有办法这进行去 能完成，对吧？就比如说你像量子号称是说反正能模拟几十个亿，对吧？啊？几十个亿？你想想看这一系列分子才多少呢？比如说你一模二的物质， 你印摩尔的物质是六点零二乘以十到二十三次方，你这个数量级，你说你相差多少，对不对？这有很多东西就是受限于此， 并且你那跑几十个亿的话也是怎么说？你要的这个挺大的，就是说你的服务器械 要很好的，后跑的时间的话也会很长。呃，这个基本原理的话，反正就是告诉大家的话啊，要有速度，要有力，对吧？然后呢？还要有环境， 呃，环境的话就是包含了温度还有压力，然后呢你还得去告诉他怎么去运动，对吧？你，你有你的这个运动方程，因为我们所有的这个东西啊，他是一个 在这里的话，就是为什么会去设置一个运用方程啊？这个大家这一定要记住啊，就是 我们的这个计算，他不是这种你给到电脑的话，你比如说你看到这个完美的一个曲线啊，正常来说的话，我们的希望当然是一个很完整的一个曲线，实际上呢 它不是一个曲线，它是一个点一个点一个点一个点的。就是大家在这个去学这个位积分的时候啊，我们在机场能看到那个一条曲线啊，怎么去求的话，它是一条一条的这个东西，就是这个地方这一条， 比如说球的这个积分，对吧？那么是一条一条一条一条的，对吧？这个大家的话都会有印象，其实，呃，做这个分子中学模拟的话，其实他为什么的话会有个这个运动方程， 他有的时候把这个东西变成一条一条的一条的，他这样的话就能得到一个很有这种光滑性的，就是相对而言光滑性的这么一条这个运动位置。然后这个计算流程的话就给大家说一下。呃 呃，计算流程的话是这样的，首先呢就根据刚刚说的原理，我们这进行的话去搭建这个结构，就是告诉他位置在这个地方的话，大家一定要注意一下，一定要在这个平衡附近搭建这个就是说 不是指的这个平衡构型啊，就是说，呃，一个结，结果很平衡的这个地方，我是根据里面想研究的这个东西，他开始这个尽量的这个结构的这个稳定的吧，就怎么说呢？ 不是指在那个啊已经达到平衡了，当然了你可以研究的是他这个平衡的这个过程，呃，比如说大家去研究这个剧集，对吧？自主装啥的，呃，你可能是研究他自主装之后的这个结果 啊，他会达到一个稳定，然后呢你可能是研究他的一个自主装的一个聚集的一个过程，那么我分析这个过程的当中呢，我可能是希望这个东西，这尽量离我的这个梦想中的这个结构，这尽量的达到这个 相近，对吧？比如说你要研究的这个东西，呃，比如说这个制装出来的材料，对吧？像以前我说的这个棒棒的这个东西， 你要答应的是一个尽量完整的，因为你不能去指望他这个聚集行为成为了一个棒，然后再进入分析，因为这样的话可能就会拖得很长很长，达不到你们想到的这个结果。因为我只分析这一个这个材料的这个稳定性，那我就需要他这题聚集到 一起，如果只是说呃研究这个要怎么去聚集，当然了你要研究怎么聚集的话，你可能就是一个比较随机的这个东西，但是呢你随机的话你也不能去乱搭啊，比如说对吧？比如说我这边， 呃，我随机插入进去，然后我这个地方的话，我再给他这个再拿个真空出来，然后呢就远离你自己的这个意义了，其实就是你意研究意义的这个旁边，好吧？就是之后呢我们可能要去优化一下这个结构， 在这里面的话去优化结构的话，这就是会缩变到这个立场的，就会涉及到这个立场。呃，在这里面的话后续会给大家讲一下什么叫立场，就是符合这 一个立场的一个模型，就因为比如说我们搭建的时候啊，他的这个角角度啊，比如说这一些之前聊的就这个的话，他可能会连在一起，这个时候呢就不符合实际，然后呢因为你连在一起啊，就是 它是属于一个不稳定的结构，不稳定呢就能量会很高，这个也叫做能量优化， 他优化完了之后的话就也会告诉电脑啊，这个到底谁跟谁是成见呢？到底谁跟谁是啊？这样的话，对吧？他就会把这个资金去优化出来，如果能量 这个量很大的话，就会叫做爆炸。画完了之后的话可以得到一个相对平稳的一个结构，就是符合这个立场 模型的这么一个结构。比如说符合我们参数的这个结构之后呢，我们可能会去给他一个速度，分子中有什么，我们可能会给到他一个速度，然后呢在设置温度环境、压力环境，然后呢可能 还要给格力这个力呢？当然了你可以是磁场，也可以是电场，对吧？这还还有呢，比如说你施加一个拉力， 这一系列的力看都在这里，就是额外的这一个力，你可以给到他，同时呢他这个力呢还有一个立场的一个内比，就是分子间的这个相互作用力啊， 之后呢就相当于是我把这个结构呢设置为了一个参数，这个时候的话我要考虑的是啊，还有一个边界的问题，就是我现在是把 这个东西设置完了，对不对？那我要考虑一个参数，就是说装在哪就是我建模的时候呢，我可能会已经有一个盒子， 相当于有了一个容器，但是这个容器呢只是目前先装进来，但是呢我要最近就是反应，对吧？我先把这个东西先装进来，装进来只是装到一个杯子里， 但是呢这个地方的话，我要做进去反应的时候呢也会有一个容器，这个容器呢我到底是要让他成为一个周期性的呢？上下左右无限变大的，还是说我这个地方去设置一条边，我让他不动， 对吧？我弄另一条边洞，对吧？就是有各种各样的这种形式都会存在，然后呢把这些东西设置完了， 然后这就是后面怎么去求解，求解的话我肯定是需要告诉电脑王一个算法，怎么自行去求解这个牛顿力学方程，对吧？在这里面的话我们又会提到是一个叫做原子运动的一个精度，一个不长， 后面的话也会给大家起就是原子运动的一个精度，因为什么个说啊？就是球的话是一个这种平滑的这种曲线，当我取的很大的时候，比如说取这一个桥状的话，取的很大的时候，这个这个地方的话可能误差就大了吧，对吧？ 那我可能是在一个进度范围内，这个就可以，然后呢就会输出帧数，帧数的话就是因为这个截取的这个东西啊， 这个针数跟不长是不一样的，因为我要统计的话，我不可能每一针的话我觉得都统计，因为这样的话 这时候的话我就要去输出一个人数，然后保证去统计分析，然后呢时长，对吧？就是我大概需要跑多久，大概需要便利大概多久的这个时长，然后呢可以分析得到一个结构，就是离我自己 所需要的这个目标当中啊便利多长时间啊？能把我的这个东西好了，然后呢过去如果觉得还不够，然后呢还可以资金去沿着这继续跑，这个时候呢就是把这个速度啊 东西啊全部给到电脑，这就能修复好。这个地方呢会有两个词，一个 叫做预平衡，一个叫采药平衡，这个就是整个计算的一个流程当中的这两步大家一定要去做一下。预平衡呢指的是因为我前面使的是能量优化，能量优化是指这个单个分子 它的这个结构达到一个相对合理的一个结构，但是与平衡呢我是希望能够达到一个我理想中的一个状态，把里面的有一些东西呢 再进去更加进一步的这个优化有进一步优化的一个功能。然后呢还有的话就是，呃， 在这个玉平衡当中呢，我能让这个结构强达到一个相对稳定。我把后续的这个东西呢，我能这就 去做采样，因为我初次的这个结构有因为有很多东西要去对比，一旦和这个前期很粗糙的这个东西对比啊，然后相差的东西会很大，因此这个东西呢就会去做两步，一步叫做预平衡，当然了有些预平衡的话他可能做两次， 做三次当都见过。呃，最后一步的话就是采用平衡，采用平衡的时间的话肯定会比这个前面一平衡的平衡的这个时间会长很多。 最后的话就是把这个轨迹，这个动画这些东西记录下来，记录下来之后呢我们就进行去分析， 嗯，就是可以达到一个稳定之后的这个结构，因为我们大部分的话都是分析这种稳定之后的这个结构，然后制定去分析他的三 单位结构。就是前面说的这个二等奖啊，这一系列的角角呢？什么分布啊？还有他的一些乐理学性质，还有一些动力学性质，这个的话就是一个大致的一个计算的一个流程。 呃，后面的话就会再给大家把这个每个流程的一些东西再给大家自行去讲解一下，反正呃后期的话都会按照这种形式一点一点的给大家自己去讲解吧，有啥问题的话啊，大家可以联系我。

呃，最近的话其实也一直在跟大家聊这个 glomax 的这个教程，然后最近的话可能会稍微放一放，呃，在这里的话先跟大家说句抱歉吧，因为确实之前的话可能 自认为呃八月底呃能写完，但实际上的话写了一半，然后发现是因为也在跟朋友的一个交流，然后就会不断的在进行去 把东西资金去做一个改进。呃，因为怎么说呢？就比如说命令对吧？比如说像这上面所有的命令的话，我可能会重新的再去弄一下，然后就 把这上面的这命呃都给大家所有的这个因素给大家测试一下，然后会放进来。然后关于这个的话，呃可能就是我会把我所有的这个 写完的教程啊，就是自己写的这个教程的话，我会陆续的放到自己的这个网站上面，然后呢以及后续的话可能 就是处理的差不多的话，我可能会把就是啊引用了一些，呃就慢慢的给替换掉吧，因为确实 呃经常有人会说啊，我就天天抄抄了，然后呃是为了给 自己涨粉，呃最近去流量变现啊，说实话这个东西确实也没有这么想过啊，什么粉丝涨 长啥样？我说实话我其实也没有太多这种想法，我只是觉得啊，比如说像有些朋友，对吧？通过 b 站或者说通过各地方认识的朋友啊，大家能坐下来一起交流，然后呃 有的时候可以一起出去吃个饭啊，我们会学习啊，工作啊，我们可以聊一聊这样的话，其实我觉得这个才是最重要的，你说至于流量变现，说实话啊，这玩意赚不到钱的， 然后呃大家要的这个课件的话，我可能我会把自己喜欢的东西吧，然后这尽量往这里面自己去放，然后呢？之前收集的 东西的话，我除了书吧，除了书籍的话我不太好放之外的话，因为可能会影响到别人就是卖书，对吧？ 然后书书本的话我就不放了，然后呃我把这些收集到的资料的话，我尽量都上传，然后后续的话，呃自己写完的资料的话，也会往这个数据库当中这边去放，因为 之前的话就是，呃大家就是可能会觉得，呃证明的话所有东西都塞在里面，然后呢？没有办法知道自己需要去看哪一个，然后呃这时候就尽量的把单独的文件给展开来放到里面，然后大家自己去看， 然后其实就怎么说呢？呃，关于这个 good max 的话，我还有一个想法的话，可能是需要求助于大家吧，呃，就是大家如果有啥问题，然后想是交流的话，你可以加我微信，然后呃我尽量的去解答，因为我是想， 呃也是今这今天有朋友吧，这个今天有朋友问他说能不能做一个 girlmax 的那一个集锦的一个工作，就是怎么说呢？就是错误的一个集锦的一个工作。呃，因为 我现在的工作性质来说的话，用到格罗麦克斯用的会比较少，然后呃就没办法去遇到那么多的这种问题。我我其实突然也想到就是想把格罗麦克斯遇到的问题啊，我到时候做成这个集锦，然后呃我就放到这个格罗麦克斯当中 啊，这样的话后续的话大家可以这边去通过呃这个首页上面的这个搜索啊，对吧？然后大家话可以自行的去学习，然后啊，对吧，反正我现在这就是这么想的，因为尽量的就是把这些能错误的这些东西啊 整理成一个集景，然后呃后期的话我我可能也会去学吧，然后啊把一些 matil studio 啊， lamps 啊，高斯啊，呃就是这一些的这东西的话，反正就尽量的去 学一些这东西吧，反正边学，然后啊这个边上传这些相关的资料，然后呃就可能就是这么一个想法吧，然后通过这种 交流学习啊，跟大家这个交个朋友啊，这个就是这样的，反正也希望大家能够把一些 good max 当中遇到的一些问题，呃，你们就是也不用担心，就是说会有太多的什么打扰，因为个人能力有限。然后呃能解答的问题其实可能不多了 啊，反正只能是说尽力的帮大家制定去解答，好吧，反正基本上的话这就是这样的。

呃已经有一段时间好像没有跟大家聊这个教程了，然后扯了 e w 其他的，呃我们今天接着聊吧，就是聊这个 go to max 教程，然后主要聊下这个镜像分布函数，嗯是这样的，就是之前呢有很多人 问我要了资料对吧？然后就是那些资料呢？是因为有很多呢是我比较早，这之前的有四点五版本的，有五点零版本的，全部是归纳在一起， 呃，因为我现在在用二零，二零的时候呢，其实我发现啊原来的资料呢，有很多东西其实都已经更新过了，但是我这边的东西没有去更新，然后大家如果有需要这个资料对吧？你就跟我说，然后我就发你。呃我这边 边的，呃。这边的话打算先把分析的东西先跟大家讲。呃前面的生产立场啥的，这个东西的话，呃之前的话简单跟大家提供嘛，然后分析的东西的话我就尽量的 呃还是按照原来的方式就是给大家进行预测，呃相当于就是把每一个命令的所有的这个内容啊给大家详细的过一遍，好吧。呃这个 g、 m、 s、 r、 d、 f 呢？是处理这个进行分布函数对吧？能分析啥呢？ 有的时候就是大家算一下这个配位数对吧？比如说我这个分子对吧？比如说他们做那个锂电池的这个锂离子，这个外面围绕几个 这个龙记对不对？这因此来说用到这个 g、 m、 x、 r、 d、 f 就可以自己进行去处理。呃插座里面的话其实可以输入的是杠 f、 杠 s 对吧？杠 n 这些是常用的，然后呢杠 o、 杠 c n、 杠 b、 杠 e， 呃这一系的话其实大家简单的看一点就行了。好，我们聊下面的 啊，它呢有一个词叫做我先跟大家把这个迹象分布函数讲一下， 印象分布函数呢？其实就是怎么说呢？我假设在这个深红色的这个地方，我要去检索检索其他的 这个原子或者说粒子，或者是说各种孙子还是什么遗传跟这个之间的这个分布镜像，呃，就是求对不对？ 我们就理解为球跟随着这个半径的这一个分布，相当于就是，呃会去找概率。 呃，为什么会是说是去概率呢？因为之前聊分子动力学的时候其实就讲过，呃，我们得到的很多轨迹啊，其实他就是一个概率性的问题。呃，如果你单纯的对你 真，对吧？就是对这一个结构字进去分析，呃，那实际上的话也是可以的，只不过可能等会 大家看的话会有一定的这个区别啊。呃实际上就是这样的，我们呢其实检索的时候呢是用这个 dr 对吧？就是这一个分子在这个 dr 内的啊，我们就默认为 看啊，就是就会被记录下来，是这样的，就是这个 r 呢，其实我们等会会看它是沿着这个东西从零开始，这一直到啊我们设定的这个阶段半径， 它它会相当于就是从这个地方不断的扩，不断的扩，然后加上这个，然后通过这里面的东西资金去检索啊，就是 这么去理解吧。好，那么看到这个图的话其实就知道啊，我们是不是需要先找到一个点 点，对吧？就是找到这一个点，然后呢我们还需要去计算什么？因此的话就设置为叫做一个参考位置级，还有一个就是其实这个的话叫做，呃计算级，怎么说呢？计我们需要去计算哪些物质？ 呃这个参考位置呢？你可以是一坨的东西，也可以是一个的，呃都可以，对吧？当然了就是在这个地方的话， r e f s e l 的话，其实是这样的，看到没有？这个地方的话叫做怎样选，对吧？就是我其实我不太愿意去去直接输入这个东西啊，我宁愿就是一个一个的做选择，对吧？ 它弹出来，然后我们这进去选择，这就行了。呃，然后呢这上面的话又提到了一个杠 x y， 对吧？然后呢这还有一个这个刚病呢，其实就是前面说的这个镜像的这个 d r， 然后还有一个字 cat， 就是这个 r， 就是我们设置到多大，呃是这样， 然后呢这里面的话其实还会涉及到的就是一个关于循菌粒子密度的这么一个东西，以及还有涉及到的话就是，呃关于皈依化的这么一个问题 啊。这上面的话就是跟大家简单的去描述一下这东西，因为最好还是以实际的操作跟大家讲一下。 呃关于这个文件呢，其实我们输入的话，我们通常习惯性的去输入杠 f 和杠 s 这两个，然后呢我们处理的时候呢？呃通常其实是选择这个 x t c 轨迹文件，或者说 t r 文件。呃输入进去，然后呢选这个单独选择这个胶的其实会比较少，等会我演示给大家看一下， 然后呢杠 s 我们习惯性的通常是什么？什么就是对应的这个 t p r 文件啊，通常来说关于我们的这个计算，其实 啊怎么说呢？使用这个缸盗，恩，就是用这个锁引其实也会挺多的。呃，但是怎么说呢，就是经常会有很多人 呃，他可能不太愿意去用这个东西，因为做这个所以呢其实会比较麻烦。 呃，主要是很多人如果对这个键锁影的话，他不太了解的话，他其实不愿意去做。呃，如果咱们这里面就是可以识别出来的这个锁影文件呢，大家可以直接去用啊，这个杠 o 呢一定要做去输输出啊， 这个杠 c n 呢叫做累计 r d f， 呃，累计 r d f 呢？其实就是一个叫做 关于就是我们的这个计算，其实它就是一个求涉及到一个求基础的这么一个概念性的一个东西，它呢其实就是一个 应该叫累积，在这个地方写它是累积数 r d f 距离 r 内离子的平均数 等会大家就是看一下。呃，这么的话还有几个东西呢？这个杠 b 杠 e 呢？其实， 呃是我们这个比较常见的，呃，怎么说呢？就是大家很多时候呢喜欢去跑，就是跑这个结果会跑的很长， 对吧？就是我们呢通常会去截取后续平衡的平衡较好的一段，这里去分析， 因为如果我们诊断去分心呢，其实可以去看到他前面的话，可能还有一定的小的一个波动，或者说这波动还比较大， 如此来说我们经常会去用钢臂钢翼啊，这个用去处理，当然让你因为就是说你偷懒去用这个也行，好吧。然后杠 d t 呢，就是跳帧数， 对吧？就是本来这上面的话是每一针都会去做计算，这个呢相当于是我输，比如说输入一个二，就是每两针 去做一次这个计算。那我们 tu 呢，就是我们生成的这个单位，对吧？就是时间的这个单位呢，实际上是有这几个秒自定义构成的。 呃，这个 f group 呢，也是就是我们自己手中去输入的，但是这个东西呢，它是用来表述 这个存储在轨迹中文件的这个原则，让 x 为 g 呢，就是我们生成文件的这个格式，就是跟 o 的。 呃，这两个的话大家可以去了解一下。那 r m， p， b， c 呢？它默认的是 yes 啊，我今天其实也在做的时候呢，其实也老犯错，错的原因呢是我忽略了这两个东西呢，其实我们不输入的话，他是默认的，就是默认的他会给你带上去啊， m p， b， c 以及跟 p b c 这两个东西的话，他会默认带上去， 因此来说呢，我们这就会出现错误。呃，就是我或许会讲到我的理解上的一个错误。一开始，呃，这个上面的话就是刚 ppc 呢，其 就是使用周期边界条件的经去处理，然后这个的话就是保证每一个真的分子会完整。哦，怎么说？就是我们很多的同学啊，初学者在做的时候 经常会来问哦，昨天的话也有一个同学做这一个组装的，然后他的那一个纳米胶塑跑到了边界上出现了分裂，他一直在跟我说，为什么我的东西呢会分裂啊？ 实际上因为周期性的问题，他会默认为就是初学者，他会认为像是分裂了。呃。后面的话会给大家演示一下这两个，这个东西 呢，大家也要注意一下， tom 呢是是默认的，就是默认的原则，呃，这个呢就是残疾的 com 呢就是日新 c o g 呢，就是几何中心，大家的话，呃，就是学过这个数学的话应该能了解到，就是自心，对吧？跟几何中心呢，其实是有区别的，然后这后面的话有 world， 还有这个 part， 还有 d y n 等会话我们后面讲一下，这个呢就是选择参考位置， 这个呢就是我们输出位置，相当于就是指的是计算，这个 是参考组的，这个呢是计算组。然后并呢其实就是前面是提到 d r， 对吧？应该叫规范化，应该叫做归一化。这个呢是杠 x y 呢是使用距离的 x y 的分量， cat 呢就是考虑的最远距离，呃，杠 r m 零 max 的话，就是这个是最大距离，然后这个是参考表面这两个号其实就跟大家说了啊，无所谓， 这地方的话跟大家讲清楚，就是 word 的意思呢，就是你选中一个分子或者残疾的一部分，他会去计算整个分子或者残疾的这个字星。 d y n 呢，就是你选中多少算多少。比如你用距离选中了一批原则， 但是有的残疾他只选中了一半，那么 d y n 呢，他就只去算了一半，这就是相当于是我们前面说的用的那个 d r 的这个距离，这进行去检索，检索多少算多少。 pass 呢？意思是交举。比如你选的在一个残疾里 就选这个残疾，你选的一个分子里就选中整个分子啊。 pat 和 d y n 只有动态选取才有区别啊，否则 pat 和就是 d y n 啊，这个东西呢 大家就了解一下。呃，我这上面的话就找了一个六 p 的水模型，然后之前做的，然后简单的测试了一下，呃，到时候大家需要的话就是我上面的话，就是相当于是把我上面所有的测试的命令全部给大家资金去演示了一遍 啊，这这个结果的话大家能够看得到这个一些的话，我都是放在 orange 的图啊，你们可以打开直接去看数据啊，第一个呢就是这个 rdf 啊，我们可以看到这上面的话就是很长，对吧？ 这个是红色的啊，你看这个的话，其实就是我们大家这经常会提到的 r d f 规划，这个是农业才会规划，经常 有人来问为什么我的体系他不是规划的，没有办法去运营，因为他的不是农业，他是一些乱七八糟的这个东西，反正什么表面的，对吧？也在问 为什么我的表面不是这一个，呃，皈依的，还有这个什么高分子材料的，这个研究一坨的这个东西，研究一坨的胶塑，在这里也是问为什么不是皈依化的 这个归音呢？曲径音呢？指的是这个龙叶，为什么这两个会有区别呢？给大家看一下输入的命令， 这个呢，如果不输入自新选择自新，就会造成这样的结果， 因为是这样的，就是如果我们不去给他考虑这个字型去，他相当于就是默认全部是以原子出现，这样的话，其实我们会把这上面的原子啊全部考虑进去， 就相当于是我选择水分子，对吧？那么我就会把水分子上面所有含的原子全部考虑进去，而不是考虑这个水分子，因此是这样的，所以说他会多出很多很多东西出来。 这个的话大家看到啊，这就是氧 cn 的这个累积的这个结构，就是这个 通过这个积分，对吧？这定向积分证，然后得到这个数据，然后 会越来越多。然后这里面的话我就跟大家说一下，这个地方的话，就是我出现了一个问题，因为这个杠啊， m p b c 和 p b c 啊， 我是今天写的时候我自己忘了这两个东西呢，实际上的话它是默认的，所，所以说会出现这种结果，然后我们可以直接跳到后面来看。呃， 大家看吧，这个的话其实我是用的这个体系啊，用的这个也是一个，就是一个聚集的一个体系。呃，大家可以看到 我这地方输入是 no i am p b c， no i am p b c no p b c no p p c， 你知道吗？就是这个东西呢，你不用就是默认的，你写了这个 r m p p c， 它本身就是默认的，你就看这个五七八九，对吧？ 你看到这个八黑色的就是说明啊，他还是不会重叠这东西呢，大家需要这个注意一下，反正就是这个默认的。然后大家的话其实我觉得也无所谓了，记与不记的话其实真没有太大差别啊， 真的就是这个东西我其实他没有太大差别。然后这两个的话就是大家去听前面说的这个概念，就是这个母乳制新，对吧？就这个分子制新，如果 你没有写那个 were， 其实跟写不写的话其实都是一样的。这两个呢， 其实它也是有一定的，这一个其实也是差不多的这个东西， 然后我们再看上面的， 呃，这个呢，就是 rdf 啊，这个的话就是你使用 no， 就是那个规划，后面输了一个就是这个规划，这个 你先看这个吧，这个二八就是这个结论距离， 呃，结论距离呢？就是你那个 d r， 就那个病，对吧？病的话我 我默认的话实际上是零点零二，我这个时候调到零点零一，其实大家看的话， 其实大家看上去他的长度是一样的，就是他的长度是一样的，但是呢其实他得到的数据其实是会少很多， 因为你的那个并越大，对吧？然后呢你的就是数据的间隔宽度，他也会有变化，这因此来说的话，他整体的趋势其实是一样的， 但是因为你的这个检索的间隔越大呢，指的你计算得到的这个经络其实没有那么大，就是说会没有那么好精彩。说这个词啊，大家没啥必要的话，就调成默认的用他的零 零点零啊，那如果你想更加精确，你可以缩小，但是我觉得就没有必要试着去放大， 这样的话明显能够看到说你看这个疤明显往这边偏了，对吧？数字还矮了一些，然后这个呢就是九啊，九十二，九十啊，我们再看一下这个二九十呢，其实大家可以看一下啊， 就是这个关于这个密度的，还有一个不设置的，因此来说大家看到哈就是这个，这就是不设置的，会不断的上涨。 这个黑色的话，这就让我们全部看到那个规划的那个数据啊，就是 d f 的 g i， 但实际上的话这个东西的话它 啊是不一样的，这个这一坨红色的呢，实际上是关于密度的，关于密度的这个变化就是，呃，关于这块公式大家可以看一下，了解一下。看 x y 呢，其实就是没有去分析，这它相当于是 这个就是 on， 请问看到没有？我在这边第一个方的话，相当于就是这个配位数吧，大家理解的配位数，然后这个东西区域一对吧，然后 x y 这个东西话就是设定 x y 的话，相当于 大家可以看到明显缩短了，实际上的话它其实是去分析这个平面的，它不像原来的它是分析怎么求，然后就是二 十二、十三十四啊，这是一个总的图，大家其实可以看到这个二呢，是这样的十二十三，因为这个地方的话我是设置的他从一开始的就是这个值，我们看一下，看一下 刚 cat， 对吧？就是它从一开始这进行去处理， 因此它的这个分析的话，它是在这里我们找到这个字，一分析，相当于说是前面 这一坨全部归零，从这地方发现，因此这段数据跟这段数据是一样。然后还有的话就是这种三看到没有？我最多减少到三， 就是我最大距离解锁的这个范围是到三，前面的话是保持重复，对吧？这段是跟这里是一样的，然后这地方的话就趋近于零了。 当如果我使用这个十三十四啊，就是我去设置了一个最软的，然后到一个最大的求这个中间的这个范围，相当于是这段是 里面的不计算，对吧？这个呢是多少最多啊？我都计算的，这因此他们之间的这个交集，这就会形成这样的这么一个状况， 其实说白了这段都是零，这这一段后期就是分析的这段数字啊，这个呢就是这个 cat 跟那一个 r max 的这个 mini 的这个使用，然后呢就是十五十六， 呃，十五十六的话大家也可以去看一下吧。十五十六，呃，这一个的话就是一关于一个表面的这个选择，然后呢这一个就是排除的，呃，这个东西话就大家看一下反正榨汁的效果吧。 这是十五十六啊，对吧？其实因为太小了，那个排除的话相当于是会删除一部分，就是排除掉一些，因此他的这个峰值肯定是是长成这个 样子。那个十五的话相当于是我是考虑表面啊，这应该说，哦，那个数字的话，你可能会计算的特别特别大，因为你要去考虑那个接触，就是说计算出来的那个值啊会特别大，然后后续的这个的话， 这个讲过了啊，这个我就懒得删了。然后还有这个是否处理轨迹周期的话，其实也是一样的，他是会有区别的，是因为那个东西是默认的这个导致我没有去 解释说明。呃，还有这个关于智星的，还有几何中心的，像六 p 的水这里，然后跟大家说一下，呃，六 p 的水的话，其实他是有些虚拟危点的，然后虚拟危点的话，呃，他是不考虑这个几何中心的，他本身他 呃有的也没有质量，他是分一些电核，对吧？这英才说的话，哦，其实这个东西的话基本上算是相符的。 然后我们再看下这个输入结构的，因为这个地方的话，我可以对应一针，这进去输入 一针，自己连续输入时候啊，关于这个几何中心的啊，就会有区别了，他就会有一定的区别。就是怎么说呢？我输入的这就是说我参考的几何中心和字形 他是有关系的，如他会有一定的区别，但是跟你去计算这个自行和几何中心的时候，其实 啊都没有太大的差别啊。这一块呢就是告诉大家的话，就是我们为什么要去分析轨迹啊？尽量这个帧数稍微多些，这样的话就会得到一个相对 相对好看的这种图形，不然的话你得到一针的话就是，嗯，像像这种一竖一竖的， 甚至这一个数值他也会偏高。整体来说的话我们其实用的是轨迹，这用于处理。这里刚话就跟大家说一下，尽量去用轨迹吧， 这样轨迹这个的话其实就是分析结构的时候，嗯，分析你后续的这个结构的时候，你回去考虑用这一个输，输入一个结 结构就是我们如果去分析整个动态过程的时候的话，我们最好是用平衡后之后的啊资金去分析啊，然后就没了，就这样吧，来。

呃，今天这个视频的话，其实主要是想去把这个初学者如何快速去学习这个 grow max 能上手 这个事情想跟大家聊一下，因为我之前其实有很多视频的话，呃，全部都讲过了，但是我们有很多的初学者呢？嗯，不知道为什么，反正 经常性的都是问很多很基础的问题，有的时候你说回答慢也不是，不回答慢也不是，因为。 呃，你说不回答呢？这个很多人觉得我这人人不行，有的呢，回答了呢，然后就是一连串的很基础的问题， 对吧？比如说 p d b to jam max 说为什么我这个东西生成不了榻榻米管的这一个 立场，然后你跟他解释完了之后，他问你，那我下一步该怎么做？我说你可以用 otf f 或者说用其他的这个立场分成工具， 然后他可能会问一句，那这个 p d b to james 有什么用吗？你让我怎么回答？我一天到晚去回答这些问题，我说实话我也没这么多精力啊，也因此来说这是做这个视频的目的的话是想告诉大家，嗯，其实我有很多东西的话已经整理过了，就是说大家 想去快速学习的话，可以先把这些东西先去看一下。呃，第一个的话就是关于分子动学模拟啊，这个东西的话，呃，怎么去用呢？就是你只要找到我的这个 b 站啊，球星龙分子模拟小破屋，对吧？这 东西话你可以点击这个头像点进去，然后点击正常搜索，搜索这个分子东西模拟这些做的一大堆啊，其实这些东西话不是最重要的，最重要的话是 这个这三个视频就是这个狗屁版，因为这些东西话我是全部是讲了一个大概，呃，就是这么多学模拟狗屁版上中下三级，大家可以去看一下 啊，为什么这么说呢？呃， 是希望大家先了解分子东西吗？因为咱们很多学习 go max 的人一上来就去看了这个视频，就去看了这个案例， 上去看这个案例，然后结果导致自己什么东西都不知道，简直就瞎胡闹。在这里我建议大家先去了解这个混子东西模拟的狗屁版的原因是因为我这里面讲到 有讲了一些大致的操作流程，虽然说讲的很很烂，但是，呃，我觉得应该也可以对于大家来说有一定的这个帮助。然后呢，再去了解这个初步了解分子中学模拟流程， 搜索这个点击这个就行了。嗯，这个视频的话是讲了什么？就是说分子中学的模拟的一个初步的流程，为什么要去教大家去看这两个视频前期，前期先把这两个视频先看一下， 虽然说有点乱，但是也是经过整理的。呃，整理完之后的话，先告诉大家先了解一下分子动物去模拟是什么东西，然后他的一个大致的操作流程是， 不然的话你直接上手。哎呀，很多人直接上手，喜欢去看看操作案例，很烦的，你一上来就是看这个操作案例，看完了，然后问一大堆很基础的问题，你让人怎么去回答？ 我让你们去群里回答你们也不，你们有很多人也不敢去回，就说不敢去问，生怕被人骂， 嗯，有的时候我也想骂你们。然后呢，就是说关于这个案例是去看下这个案例，这个是讲蛋白的，这个是直接去 搜索上中下。这个案例呢，很多人其实是一个很经典的一个案例，但是很多人呢，给我的感觉就是 就是说一句臭玩意，做蛋白的跟我做其他的，我做农业的，怎么能一样呢？ 这个这个老师有有病？今天推荐这种东西。这一个案例为什么是经典的案例？他实际上是把很多的这个操作命令这个流程得让你熟悉一下， 还是一句话，先熟悉操作流程，这个是介绍，介绍完了之后这边有个总结，总结完了之后有个操作流程，先把这些学会。很多很多人，哎，真的是，就是把这个流程也不去管，只管强明领，然后 说一句 good max， 很简单，我学会了，然后一用，然后说操太难了，不会太烂了。这个这这东西因为是操作，这个案例呢，相当于是把上面的这很多总结性的东西啊， 已经讲过了。然后呢，你就是知道每个命令他的目目的是什么啊，对吧？为什么要这么做？这个时候讲完了之后好核心的几个呢？这边还有个案例，搜索 gromax 加奥特 ff 开成自主装的。这个案例也是给人家讲了一个案例的一个框架， 这个呢，这个的话是教大家怎么去用 alt f f 这个去生成，然后呢以及后续我们操作的一个啊框架很多人也不喜欢去了了解这种框架，只是说一直强调啊，我需要一 一模一样的案例，滚，这个就是滚蛋吧。好吧，不可能有人会把你要做的东西全部给你写出来的这个奥特 f f 呢？去生成立场，因为这上面的话会强调 最核心的是生存立场，把这个生存立场搞定，然后呢再去学习一下其他的立场的这个生存工具。常见立场生存工具介绍，你只要搜索这个的话，呃，之前吴老师的话其实是去大致讲解过，然后大家可以直接去用， 然后再去搜索一下。终于就是聊聊了 good max 的这个 top 的解读， 为什么要教大家去学习这个 go to max top 这个解读的问题， 呃，之前讲的有没有说特别详细啊？为什么教大家去学习这个 gomax 的超级解读？原因是什么？很多人学习弄完这个立场，到现在为止，连立场里面的这东西到底是什么啥东西都不知道。 这个有的时候也是真的服气了，就是他把所有的这个有很多人喜欢拿着 pacmer 生成完了之后，直接把 pacmer 你勾到某个立场生存工具里，这个进行去生成。然后说一句，这个立场生存工具太，太垃圾了，不够智能， 我经常能能遇到，就是说这种问的问题，大家一定是去把这个生存工具先学会， 管他呢，你只要先学会怎么用，然后再去了解下这个 top。 奥特 f f 里面的话，其实也讲了怎么去，怎么，有一个大致的操作理解的一个过程，然后你再去学习一下 top 的这一个应用，你知道 top 里面到底是些什么东西， 那这个立场生成完了之后的话，基本上的话，你的分子段凶猛，你大致的这个东西的话，基本上就是说难，难点已经全部弄完了，然后再去学一个 goodnux 的一个 mdp 的一个讲解， 这个是你计算里面就需要去设置哪些东西。说实话这玩意其实最简单的是你直接去在做这个案例的过程当中，为什么叫要来就去用这个案例？这个案例是官网上的案例跟官网上的案例的话，他已经把什么了？他已经写了很 很多 m d p， 我就讲，嗯，我们直接把 m d p 打过来用就行了，去改就行了。很多人也是 今天说的就是，哎，这个 mdp 好难写，你需要去写吗？你让我去写我也写不来，说实话就是你记不住，你记不住到底有哪些东西啊？你需要就是说你，你自己手写的话肯定会漏啊。 最正确的做做法的话，就是在操作这个案例的过程当中，把所有 m d p 全部给我下载下来，下载下来之后的话就是后续在这上面去改就行了， 那是你可以改出一大堆的出来，那么就说这所有的东西就全部讲完了。这几个视频啊，这个一个小时，这个十几分钟，这个一个小时十几分钟，这个时间长点，这个也是时间，对吧？这几个 差不多加钱一天的时间，一天时间六六个小时吧，我觉得差不多可以听完了吗？因为里面有很多废话。好吧，反正就说大家直接去按照这个来吧， 你去学 gomax 就听我的按照这个来去学习，不要给我一上来直接去做这个很烦的， 因为每天我经常能遇到一大堆的关于这个基础的这个问题，还有一堆问为什么的， 自己不去了解这个东西的话，你怎么能去理解这个？好吧？

疫情挺严重的，然后弄完很多这种杂事， 朋友就是说想学一下 max 吗？然后我说我这边还是录一下吧，就是结合我之前学习 这个经验，然后，呃，以及之前的问题啊，结合到一起，然后给大家补一个这个关于学习哥的这一个 教程。首先呢，呃，我是一四年这个读研的，当时啊，就是咱们现在比较火的这个李菊李继纯老师，对吧？他们翻译的那个作文教程，其实 这应该是跟我是同时是在学习的，因为我因为我记得很清楚，是啊，当时格尔迈格尔迈克斯的那个群刚建的时候啊，我算是比较早这加入这边去， 然后之前易老师也有邀请过自己英语翻译，但是出于英语水平实在是太烂，一个 一个高考英语只考四五十分，字本来说确实很烂，不敢吃翻译，然后也没有吃，也没有吃翻译，然后唯一有 唯一的，这就是有一次，就是啊，比较是让我去做一个妈听腻的一个这教程，说实话其实也挺后悔的，当时没有，就是去认认真真做，还是出于 一种胆怯吧，就是觉得不是很熟，然后就会有胆怯，然后就不敢去啊，个人深入的真心去讲解啊。然后就是说，呃，经常呢，我觉得现在 现在呢，然后也有这么多朋友想学的 max 呢，我就打算录一期这个视频，录完然后去看一下这这世界杯了。嗯，首先呢，其实大家 看到最多的就是这个水中的龙君梅的这么一个案例啊，这个也是在李老师的那个作文教程当中呢 啊，最优先让大家做去学的这么一个这教程，呃，这里面的话就是大家呢还是按照这顺序来去学 说我呢是之前是做这个生生物材料，就是两千多肽自主装这个超分子材料的 啊，当时一上来这就想去摸你这一个啊，平均逆势啊，就是做那个闪行抽样的，当时去学的时候，因为钥匙那边不是还没翻译吗？当时，呃已经正在学了，然后就去瞄准那个方向正在做，然后就 会出现很多很多的问题，然后也没有一个人能够就是资金去指导，然后就是答应， 后面呢我其实也是发现了就是，呃，只有怎么说呢，大家按照那个公纳斯教程来说的，其实大家 这就能去好好的去学，因为之前不懂，觉得先找到一个啊很类似的案例，我就能去把我所有的东西都能学会，实际实际上不是的，实际上是我们先得找到有一天讲解比较全方位的这么一个流程， 我们他是把整个格罗麦克斯的流程全部了解一下，知道他里面大概有什么东西需要去设置，需要有哪一些步骤， 然后这里面大概有什么东西我们可能会遇得到，只有我们先把大概的东西了解清楚之后呢，我们才能这进入去做后续的东西，而不是一上来就是我带着我的很专业的一个目的资金去学习。那这样的话你这个是 实际上是学不好的，因为我之前就是犯了这么一个很严重的一个错误，虽然说我导师很很牛逼，就是在格外 max 方面的话他很牛逼啊，但是呢就是你作为一个学生而言，你 会犯很多很多种低级的错误，对吧？然后你去跟老师沟通，老师说实话他也会心里很烦，他觉得你作为一个学生而言，很多东西你应该自己能解决的问题，不是很复杂的问题，比如说报错了，你应该自己去看到底有什么问题。 这里面呢是因为我之前呢，呃，导师就他我一个学生，这个时候他可能就会给大家就是给我呢，呃，让我自己去慢慢摸索。但是对于现在咱们 这个比较内卷的这个社会来说，咱们很多同学也挺内卷的，就是说想尽快的去学会，能尽快的上手去用。呃，大家呢就还是 有时间呢，就去看下李老师的那一个教程，我这次呢其实就是拿着他的这个教程把它扒下来，扒下来呢，然后我给大家最近去讲解一下里面的一些东西。首先呢准备的是错误结构啊， 嗯，大家就是怎么说呢？我们其实 就是去网站把这个下载下来，有一个数据库，这个网站呢大家可以直接输入这个网站，但是很多时候我我也挺懒的，我不喜欢就是直接去输入这个网站这边去下载， 实际上我最通常用的方法就是这个百度 pdb 数据库往下拉，看到没有这个东西就跟这个东西是一一样的，大家只要看到这个样子，我们就可以点击进去， 当然这个是一个外网的这一个数据库，他进去呢稍微有点慢啊，这因此大家就是说记不住这个没有关系，我们直接从这里面去找蛋白质的这个下载，这个数据库呢啊，里面有很多蛋白质的结构的这个下载， 但是呢，这里面的话就会注意一下，就是这里面很多的这个结构啊，他多少他都会有一定问题，这就是我们在 在做后续的时候，我们经常会遇到的很多的问题。 好，就是这个是显示清楚了，然后就是 aki， 其实就是这里面我们打打字啊，我们可以大点，小点的话其实就是大写，小写其实都都无所谓啊， 我个人喜欢，我是喜欢打小写的，因为不喜欢去按那一个这样调整。大写这个东西的话，其实无所谓的，然后只需要点击这个 这个放大镜自己去检索，他就会弹出这个页面，就会弹出响一个页面。 啊，这个九点半我把我这边已经下载好的放到 vmd 软件当中展示给大家看一下， 就这么一个东西。呃，就是在这里面的话，我不去着重去讲一下 vmd 的这一个操作， 但是，呃，就是大家要去学过 max， 你一定要去学会 vmd 或者拍么？就是这两个软件你最起码会一个，这最好。是呢，都会， 因为，因为就是还没有更偏向于生活这一块，为什么呢？他会更全面一些，但是在生活 方面的一些专业性的话，可能就是没有拍过强，对吧？就是一个全面，一个在某方面更强，这个时候呢看一下。好，这个时候其实就是已经打开了，然后我们下载文件啊，这个是显示文件，这，然后这下载文件点击这个下拉按钮， 下单按钮呢，正常后这里面的话，大家可以直接按照这个格式去下载这个 pdb 格式，咱们就去下载这个 pdb 格式做就行了，不要去下载这个 cif 格式，我们把这 pdb 格式下载一下。 哦，我之前下载的这一个是一个 谁喊 f 歌声，因为有时候电脑读这种网外网，它有时候就是挺 low 的啊，这就是我们这边下载好了，然后我们就可以用威武的自己去查看，这个时候我们其实查看的是什么呢？ 洁净水啊，你看这教程里面其实也洗了，其实就是说我们要去查看一下， 因为蛋白质这个晶体啊，我们在做的时候呢，就是它这里面会有一个结晶水，就是根据我们做后续这个分子动力，熊猫里呢，这个结晶水是不是我们需要去分析的？如果不是，那么我们就需要把它删掉， 当然了我们怎么去看他们有没有几斤水？其实一个是从 vmd 当中，我们可以去把它显示出来啊，大家可以看下这个一个基本的一个操作，点击这 这个图像显示，然后我们再选择这个这个东西，对吧？选择第一个，然后我们就会弹出这一个框，这里面呢我们想去查查水，我们这时候呢我们生成一个新的一个显示， 我们把这个去掉，然后我们找到水 water 点击应用，这个时候呢看上去是没有变化的，是因为这个显示，这个显示我没有去调整，我现在只需要把这个显示调整一下，改成 cpk 的这个形式，这个时候呢就看到很多很多小球出来，如果大家想让他看到大一些的话，那我们就对吧，就看出来了，哇，这里面有好多的这个 是水，这个水呢我们肯定是不需要的，就是我们看教程重点是大家去结合这个教程，发现这这里面有这个节点水，对吧？我们需要把它去掉。 呃，怎么去呢？就是这里面的话就涉及到几个软件的一个问题。 首先呢我们常用的是这个，因为我们很多时候用过路 max 呢，用的是这个 linx 版的， 这个时候呢，这里面有个软件就是 vi， 咱们都会自带的这一个软件，我是觉得大家最好是能把它学一下，因为涉及到后续一些编写脚本的时候会去用的，到有的时候编写脚本的时候会去用录那个，然后这里面呢？ 呃，当然了，就是说如果大家不习惯的话，其实呃命，可是系统的话我不是很熟，就是说红帽和这一个其他的这一个 有没有就是很好操作这种界面的软件？我知道那一个无版图，因为我常用的是无版图，做无版图的话它是自带的那一个软件，它可以直接打开，打开呢，其实就跟这个软件是一样的。 notepad， 对于咱们来说，我们如果是用 windows 系统来操作的话，我们下载一个 note pad 哦，我更不是很建议去用记事本打开，记事本打开操作不是那么特别的方便，然后我个人建议呢，还是使用咱们 的这一个很慢 啊，证明的话我就是说还是就是回到这个吉林水这个问题啊，大家一定要注意，就是有些东西呢需要把这个吉林水给 刚看了，对吧？就是说这个文件里面有指定水。呃，我们可以使用 vmd， 这通过保存自己去去调整，也可以使用这个， 呃，使用记事本的这个方法，我先展示一下使用这个记事本的这个方法，给大家自己去展示。 哎，这个电脑比较慢，比较慢，使用这个轮胎的加加，然后这边去展示展示出来，因为这个是考虑到，呃，驾驶证上面是有显示的， 教程，上面的话其实让我们显示的就是这个 ho 啊，看到没有？ hoh， 这就是水，这就是洁净水，其实我们就是把这个东西给全部删掉，这就好了，这就完成了，我们就直接保存， 我们直接保存这个文件，然后呢我们现在可以打开看一下， 就是说直通过的话，这是没关系，我只需要把这个图标这就行了，你看啊，现在这里面的话，其实这就是已经没有水了，就是那个红点啊，其实大家的话这就已经看不到了啊，大家可以再看一下， 把握手，应用上去 是需要你要查看新的一个图层的一个界面的话，你要新增一个， 然后呢再选择你需要表现的这个元素应用，然后再改显示 cpk， 对吧？这个时候这就是没有了，就说明刚刚那个方法呢，已经把精髓给删掉了。 然后呢这里面的话还有一种方法的话，就是我再给大家演示一下 啊，这个地的话也给大家显示讲一下，这个地呢就是隐藏和显示的这个，大家使用这个 vmd 的时候可以去考虑使用一下这个。然后呢我们其实还有一种方法是什么呢啊？把这个显示去掉， 就是我们 把这个去掉，然后改成 not， 就是但是 not water 这个显示啊先删掉，然后我们只保留一个显示，我们刚看到前面是有水的，对吧？然后我们现在只需要把这个改成 not water， 会保显示出一个没有水的一个结构，看到没有前面的那个点啊，他已经去掉，然后呢我们只需要把这个结构保存一下，这就行保存这个结构， 选择这个拉手握手，然后保存保存这个 pdp。 呃，这个我就不演示了，就是告诉大家有用一个方法，然后呢 把这个节饮水去掉，就是有这两种方法可以自己去展示。然后我们现在这就需要生成一个 top top 文件，我们需要针对于我们的结构做第一步处理 啊？什么叫做第一步处理呢？是因为我们现在是下载了一个文件，对吧？这里面的话其实是有有有一定的参数，然后呢里面其实有很多的是 是这个原子的一个坐标的一个参数，这个坐标参数呢，其实大家都应该知道做分子中的学模拟， 我们一定要的是这里面需要有力，对吧？就是说设计到他的一个力， 因为牛顿第二定律吗？这里面的话是力、速度还有位置以及时间的这么一个变化。这个时候呢我们里面的话需要有一个立场文件，然后我们需要给这里面的原则赋予一定的这一个讲解。 你一个介绍相当于就是我们之前下载的人呢这个 pdb 文件呢，其实里面很多东西没有讲解， 这个时候呢他需要有一个讲解的，就是这个错误的一个结构，把它综合在一起之间去讲解，这个时候我们有第一步的命令，就是这个 啊，这这个魅力呢，大家记住啊啊，这个波罗麦克是五点零之后的呢，他都有这个几，这 gmax 开的我啊，我相信大家现在应该也都在用五点零之后的，因为我之前学的时候呢啊，这个是没有的，是之前学的是四点五版本的， 这个时候呢，这个大 f 是输入这个文件啊，大家注意一下。呃，因为之前也有大家会遇到一个问题，就是 eaki 点 pdb 啊，大家是按照那个操作把它下载下来，然后直接复制这个命令之去啊，汇报错，就是说这个文件找不到， 但是我确实下载了，大家看一下看到没有？这是一 aki 小写字母，但是咱们的教程呢，给的是大写字母 这种棉花，经常会有同学犯犯这个问题，就是一个大小，大小写的问题， 对于 pdb 的数据库来说，你大小写无所谓，但是对于咱们的这个操作的命令来说，大小写他一定是有关系的，不管你是多一杠还是少一杠，这里面都有问题的 啊。这里的话就是输入这一个文件，然后生成一个这加微文件，然后还有一个钢窝头这个立场参，就是这个水模型的这么一个参数，生产完了之后呢，就是这个命令执行完了之后啊，他会得到三个文件，就是一个限制 位置，限制文件就是 app 文件，还有一个处理过后的一个之交的一个文件，交文件的跟 pdp 文件呢，其实呃， 他有一定的区别，但是在高 max 当中呢，其实我们可以认为他没有过多的区别，因为对于我们来说都是输入这一个坐标的一个结构，但是如果 大家用 vi 软件或者说用 notepad 打开查看之后呢， pdp 的里面的信息他会更多，他多与结交为文件， top 文件呢跟 it 文件呢，也给大家讲解一下。 top 文件呢是一个描述的一个参数， 这个文件呢他会多，就是他会包含很多个 itp 文件， icp 文件呢，这里面的话大家注意一下，就是在这里面他会生成一个 位置限制文件点 atp 文件，但是 app 很多的文件呢，又是属于这个点 top 文件里面的，就是这个点 top 文件啊，它会包含很多点 atp 文件，这里面有一些参数呢，大家啊也了解一下， 因为我之前在去做这个时候呢，我经常会包错，有的时候是我的结构会出错，出错呢？呃，当时不是做的这个教程，是是拿他自己的东西，然后就是去尝试的，去按照案例的这去做， 这个时候呢会报错，报错的时候有一个他会弹出一个让你使用高迷性这个文件，我之前一开始呢挺傻的，他们说他告诉我用这种选项，我为什么 不用了，用完了之后我才发现，我是因为咱们初学的时候，有的时候纹就是原子啊，他丢失了，丢了原子他还不是缺原，还不是缺那个青， 你缺青的话咱们这个还可以忽略一下，但是那个东西呢，他不是缺青，他是缺了一个，他是中间，我当时画的时候是没有连上，然后我就报了这一个问题，大家在注意的时候就是， 呃，我们跑今后跑这一步的时候啊，遇到这个杠你醒，他让你弹出这个，就是你的原子结构发生丢失了，这个时候呢，你千万不要就傻乎乎的就把这个设置上去， 因为你的文件都是不对的，他只是告诉你你文件不对，你可以使用这个，但是你使用了那就是错的。 然后呢这里面的话啊，我们也在这个案例当中啊，我们虽然说没有使用这个杠 hnh 这么一个命令，那是因为什么呢？ 就是我们，呃，我之前做的时候呢，我挺喜欢用的一个是为什么呢？是因为我们很多时候呢，我们考虑那个轻啊，就是我们下载完了之后，或者说用其他的软件啊， 尤其在 ms 吧这，然后最终回到以前处处理的时候，那个青他有的时候他不识别，就那个命名的规则他不是很统一，然后有的时候那个用创立场的时候他没法识别，这个时候呢 我们就考虑会使用这个当 ignh 这么这么这么一个命令，然后把它识别就进去处理一下那个清，他这个不是 说我们的这个结构不对，而只是清命名的规则有有问题。然后呢杠剔牙还有这个 imt 牙，大家都记住了，就是咱们就是给末端， 呃，就是一个是给给咱们这个末端的指定一个电盒，这个时候呢记住了，就是这个呢是调节 ph 的一个一个做法， 大家，呃一定要注意啊，就是我们很多时候做分子动的熊猫脸，我们很多时候我们要去调节 ph 值，其实是通过调节电盒，尤其是咱们做这个蛋白的时候，我们往往是想通过这两个选项 去调节这个蛋白质带多少电，他根据他的一个带电量，然后我们就去分析他的这一个 ph 值的这一个， 就是啊，我们可能是需要自己去这计算一下这个片具值，我们试色的是这个多少，但实际上的话就是通过这个来制定去调节 啊。大家反正记录一下，第一第一个命令就是 pdb rgmx， 这命令呢就是去为了生成一个兼容的一个文件，兼容的 top 文件， 这，这就是，呃，去讲解的是这一个 有分配电合的这这么一个问题。然后我这边的话是给大家这边资金去显示出来了，其实我们主要是给给哪几个资金去调节这种什么带电的？