emt相关基因数据库使用教程

嗯，大家好，我们这次就来开始我们的 tz j 课程之旅。呃，我们首先来说一下就是这个数据库的话，呃，就是美国的 n h i， 包括这个下面的这个 national cancer institute， 就美国癌症中心所，呃开发的一个项目，总共资金大概是一个亿美元。嗯，然后我们首先，呃怎么进去这个数据库，就直接百度搜 tc 街就可以了。 然后我们在这里看到有个 gdc 的电特 pot， 呃，剩下的话都是一些他的官网，一些搜索啊，包括一些发的一些文章和杂志都可以在这里看到，包括一些就是通过贴贴机做的相 相关的研究，都在他的这个地方。呃，我们先直接就是开始说讲解一下，怎么就是说啊？来看他来查看他的数据，就是点击就 access tcd data， 那么点这个流之后呢，就会 直接进入到这样一个页面，呃，那么这个页面的话就是说是美国这种刚才我们上面讲的他是所收入的所有的，包括也不光是 tct， 还有很多其他的癌症项目， 这种数据都是 solo 到这个 gdc data 里边的。呃，我们可以看到这里面的 project 总共有六十五个，也就是说不光是 tcga 了， 然后包括是六十八种的这种癌症类型啊，然后包括两万个这种表达基因，这就是大概我们人体正常的这种基因 差不多也是两万个。嗯，剩下的话我们就看一下他整个界面就是这样的，呃，这里边就显示了总共有多少里样本啊？你看到这里边这种 费是最多的啊，大概有一万两千个这种数据样本。然后我们呢就是在搜索数据的话，就在可以选择这个 project 这个选项，这里面就包含了很多这种选择的这种这种方式就是给我们很多这种选择方向。 首先我们一个一个来说 primer side 就是说你要癌症的，你要研究这种肿瘤，癌症的部位啊，这里面写的很清楚，包括什么乳腺啊，这种卵 卵巢及这种胃上面的这种肿瘤，然后皮肤如果说可以随便选择一个， 假如说我们研究这个 stomach 啊，就是胃上面的这种肿瘤， 那后面呢这些就会给我们显示出来，就是，呃，在这个位上面这种测序， 他所包含的这种 project 有哪些？你说这里边不光是有 tcga 了，我们可以看到这里面这是 tcga tcgstad 这种 tcga 的在位上面的测评项目，像后续这些就有些就不是 tcga 的数据了， 但是他们就说有些也是写的相对是比较清楚的看一下， 比如说这边 primer site 给你就是写好了这个 project 里面包含是哪些这种测序的 这种部位或者类型啊，如果你想要 t 恤除了 tcjy 的数据的话，也可以从这里面进行查找 啊，这个我们再不不再就是多做这个详细的解释，大概明白这个意思就可以了。呃，那首先这是 prime set， 后边的话就是一些这个 project 了， 这个 project 呢，我们可以看到对于这种胃癌的话程序，一般来说我们可以选择 t j j， 那么这面这里面我们就拿到了这种 tcg 数据啊。第剩下两个就是可能和这种 tcd 关系都不是特别大了，主要是就是第一个，第一个就是我们拿到的真正的这种胃癌的 tcc 数据， 呃，那么后边这个选项就是 this type 啊，就是说有些是让你选择这种 癌症类型，因为胃里面肿瘤，包括尖脂瘤，还有这种胃癌，如果说你想选择这种限流的话，一般是腺癌 或者说这种这种呃纤维结力组织这种兼职流的话，有可能选择这个 fibrosis， fiber metosis， 那就应该这种兼职性啊，纤维性左右这个的话就属于这种线线上的作用， data calculatory 就是这个，简单说一下，这个就是说你要选择这种呃数据类型啊，可以看到这里面写的很清楚， 一种一般这种 boss space man 结果很少用 clinical 就是临床数据 copy number variation 就是 cnv， 也就是考不出变异 dna mascination 啊，这个 dna 假计划包括这个啊， sixty three， 也就是说原始的社会数据，还有这个 cnv， 也就是点位点的图片啊，一般来说我们研究这种表观遗传学就是研究 cnv 啊，但是研究表达量的话就是 transcripted 啊，包括 tdg 假句话是另一个方向。 这里面我们可以最简单的开始啊，就是用转录本数据，这是我们研究一个基因最触及的一种表达的， 就是研究方式，就是研究他的转路本，那在这里面的话，我们可以看到他有很多这种啊转路本的类型。 呃，一般来说我们是选择 r a， c k， 对吧？如果你也你想研研究这个 m r a 呢？选 m r c k， 包括 a t a c 啊，这是一个新的一个 c 个方式。当我们也会讲到这个，我们首先以最简单的开始就 r a c c， 那么后边呢，我们就 啊可以拿到，这样就经过一些选择，我们拿到了啊这些数据题，但是第一个我们写的很清楚， primer side stomach， 对吧？那我们就选择这个就可以了。 在这里边呢，我们就可以看到在这个数据集他里边的一些数据啊，包括四百四十三个这种 ks 就是他的样本数， 病例术就是一种四百四十三个，呃，然后剩下的话都是一些，呃，发油的话就是一些他所需要的这些样本啊，就有不同的可以点击看一下， 那么这里面就包含了，呃，总共是我们可以看到刚才我们点进去他是四百四四百四个样本，但是有一千八百个，一千八百四十五个这种 flow， 呃，我们以这种转录本的数据作为这种 研究，可以看一下这里边我们选的转六百。那所以说这里边为什么会是一千八百多个？因为包含了不光是基因 expression 啊，也包含了这种微小而已的，在这里面我们就我选择百大量，就选择这种基因 expression 就可以了。 同样的还有啊，总共有三种这种不同的数据表达格式， hcc com fpkm， 都是 在测序啊，分析数据软就是测序，分析数据软件一种处理的方式，尤其 h j c count。 是啊，运行在 linux 系统上的一种生物信息软件，它就是会自动帮我们从这种测序下面的半部文件 b a m， 这是一个测试文件上面去获取这种大量的计算，这就是 htc account， 我一选到这里面就可以看到有四百七粒的这种样本， 当然下次我们会讲到这个数据的下载，这次我们就不再多对数据下来，多做这种深度的剖析， 来看一下我们刚才的这种，嗯，假如我们选择了一个 project， 我们可以去一是下载他临床数据，二是这个 manifest 的话，就是和他的这种数据下载有关系。 下节课我们也会讲到，我们可以点一下这个 explore 与 project data， 就是它里面自动给我们处理和分析数据的一个这种啊，数据可视化的一个一个一个工具。 这里边的话你看到他总共写的很清楚，里面包含了这种多少这种性别啊？包括生存 生活数据以及这种可以看到，呃，这是线癌，呃的 nomas， 这是线癌数据样本和这种其他的数据样本，就是说这个样本主要 以下为主， proper side 点这个基因，在这里边就是可以看到他这种啊，就是突变概率最高的基因， 可以看到这里面写的很清楚，就是第一个就是 ttn， 就所有测讯样本这个数据的话就是 snp 的数据，第二个就是 tvb 三，这是大概他给你一个总揽，然后这是他总共这些测序样本的这些生存率，他给我们画了一个图， 呃，在这里面的话就有这种更详细的这种对于这种排名前几的这种数据分基因的 这种突变概率的基因的分析，可以看到替天，同时他也给你画了这种替天的相关 生存这种表达曲线，看到就说，呃，贴心。这种图片的和没图片的之间的生存差异，可以看到这个的话基本上是应该说是没什么差异的，看一下 tp 五三的， 当这张图的话，就是你也可以直接下载使用，下载 sv 机， png 都是可以的。 这个大概他提供给我们的工具，但这工具还是相对是比较简陋的。后面呢，我们可以看一下，这个没有太深思， 这个的话就是一些点位点图片，呃，当然这里面就是会相对复杂一些，他这里面就给你写了这种点位点图片的，这种啊，首先是染色体，另外是染色体的坐标啊，然后剩下的话，他 一个什么样的图片态度给你写上就是滴滴性，对吧？就是一个缺失，当然还有一些货增都是有可能的，看看后边有没有其他的 substitution， 这个是缺失。 deletion 应该是 看一下 这个地方啊，就给你写的是一些啊，他是首先是位置，二是这种类型，三是这种 可以看到它是一个内弦子，对吧？ cdh 这个基因上面这个内弦子它的图片你写的就很清楚这个所以说呢，你也可以通过这种表格下载， 在这里面进行一些搜索，都是可以的。这就是他的名称选，看到是非常多，有二十一万个点图片， ok， great， 就是最后是他是帮我们画一张图看一下， 这个数据是非常慢的， 这个的话也是一些图片表达量，他把就是这这种排名前几的这种数据的， 这种图片啊进行表达，包括的时间也都换在一张图上了，然后这张图我们也可以用这种偶尔语言进行绘制，这张图看着还是很不错的。 呃，其他的话就大致就是一些安德拉斯斯，这个的话就没有什么特别的，其实和 我们上面，呃，最多就是我们自己，就这个事的话我们是很少使用的，因为我们会使用自己去下载数据，自己去做图做特的这种数据分析，就是这种 临床数据分析，他这个数据分析来说还是很简陋的。 最后呢我们说一下这个 gdcapp， 首先是这个 api api 下载，我们讲到这三个的话，包括这个 dator， transfer to 这些都是用来数据下载的。 呃，那么所有所有的其他的，你所见过市面上的所有软件，包括 r， 他们拿 gdp 数据都是通过这个，通过这个 api 进行拿出数据的。嗯，还有这个的话， 在下节课就会深度的给大家讲一下这个 api 是如何使用的。这次 tdj 的第一讲就到这里，谢谢大家。

科研未动，工具先行。大家好，我是科研老许，今天给大家推荐的工具啊，是一个全新的类型的，那就是基因差异性表达的数据库， 涉及到相关研究的朋友啊，一定要关注后面这几期。今天我们来介绍的是一款非常容易上手的数据库 和 g e p i a two， 该数据库呢是基于 t c g a 与 g t e x 数据库，不过呢， g e p i two 呢，对 t c g a 的数据经过了筛选，具体筛选的标准并没有详细的介绍，该数据库仅限基因和令 r a 的差异性表达和生存曲线的预测。 看屏幕上的截图哦，详细的展示了怎么分析的功能，那在这里我就不一一的讲讲讲解了，主要还是靠各位自己去试，那数据库的网址就放到了这里好，如果觉得今天的分享对你有用呢？记得点赞收藏， 您如果有好用的科研工具，也欢迎在评论区留言分享，我是科研老许，我们下期再见！点赞加关注，科研不迷路！

acoustic audio 的这个 abne 这款插件呢，实际上是基于 emt 幺四零而打造的一个整体的通道条插件，也是他们比较少有的套装里面带混响的插件，所以咱们一起来看一看。 大家好，我是 alex。 这个 applene 这款插件真的是挺挺老的了，而且它的它甚至都没有 vst 三的支持，所以你如果用像 qbs 最新的版本只支持 vst 的三的话，可能会有些问题，但是呢，我特别希望他们赶快升级这款插件，因为这个是他们相当好听的一个插件套装， 这个虽然里面有各种各样的压缩、均衡、前集等等的，但是他核心，核心核心的功能还是他的这个 emp 幺四零的这个模拟，你可以认为他是基于这个混响去打造的整体 的一个通道条的插件，所以我们就是看它一个整体的这个它里面有拆分的单独的部分，但是我们来看一看它整体这个哦，还有另外一款带混响的插件相当不错，是这个 ultramarine 奥驰门二零一四，那是我经常用的一款，也是非常非常好听的，所以我很快给大家拆分一下这个插件里面的这些模块都是什么。首先这边是均衡这两条，然后上面有 e 幺幺幺四，幺幺八二，这三个呢实际上是代表不一样的均衡的模他模拟的设备，这个幺幺幺呢，实际上是 emt 他自己的这个 幺幺的调音台，四幺幺呢，也是另外一款调音台。然后一八二呢，是他当时一个广播的一个品牌，叫伊拉，好像就是。所以你会发现，其实 emt 不光做混响，他是因为做混响出了大名了，但是呢，他其实也自己做这个调音台， 三个不一样的均衡的模拟，然后往下中间这一条是它的核心，也就是至少我认为是这个插件的核心，就是 emt 幺四零的平板混响的那个模拟非常好听，然后这个区块呢是前级，你会发现他给你模拟了各种各样不一样的东西，他这个 e 呢是代表均衡， d 呢是代表动态，但是这六个东西都是前级的 晕染木块，再往这边呢是动态，动态一共给了你四个，包括纽曼的四七三的模拟， e m t 自己的二七七， e m t 幺幺二，这就是 e m t 的这个 幺幺幺调音台上的那个亚素，然后这个 d 八二呢，是这个一八二，那个伊拉那个调音台上的亚素，非常丰富的一个插件套装。在我们看每一个模块之前呢，我们先来看一下他这个地方，这个控制有的时候有一点晕，这个控制呢，你会发现他的信息信号进来，从输入进来以后分成了两路， 右边这路呢，你可以选择前级 filter， filter 的话只能要不然在左边，要不然在右边，所以就是只有线路一或者线路二，你任选一个，然后接下来 e q 也一， 线路一或者线路二任选一个。动态也是一样，所以呢， filter 滤波器， filter 在底下这个地方，滤波器均衡和动态只能在一条线路里边，所以你自己需要去搭配一下，那区别是呢？第一条线路呢，一这个地方呢可以 进混响，二呢可以进前机，所以如果你把它放在一个插入轨上，比如我现在把它放在一个唱的一个轨上，如果你希望就用这么一个插件的话，那你就同时用两路，一路呢用混响，一路用， 剪辑下来以后呢，你会发现输出一，输出二的输出的音量，那这个自然而然就变成了你的干湿信号混合的一个音量，然后下面有 mut， 如果不听的话，你可以把它给关掉。咱们先来听一下这个混响这一边，我们现在只听混响的师声，中间的这个条呢是 幺四零的这个混响，那这个就是时长，你动它的时候，上面这个小针会跟着你跳，它这个插件是特别特别早的那一带的，所以呢会比较的卡， cpu 占用力还行，但是就是使用的时候他有时候要反应一下，你会发现我现在转完了以后，等一下他在动，然后预言时，他这个 drive 呢，实际上是 emt 里边的那个前期放大的装置，声音还是相当好听的，他会，尤其是他会根据你的动态 增加音乐，这个单独听有时候你会觉得很奇怪，但是呢放到音乐里面还是增加，会能增加很多色彩。然后呢， red reflection 和 later reflection， 这个咱们以前都讲过了，大家应该都明白， 这边就是完全的第一时间反射，往右边就完全的英文， 这 quality 呢，基本上是调到最上面的话是质量最好，你往下的话明显会觉得高频没有了， 基本就是模拟那种特别早期的事，那种有点类似于单凭的那种感觉吧，咱把它先放在中间，所以有了混响这一路呢，你可以看到我的混响的这一路呢，走了混响，走了滤波器，就是你可以用滤波器，比如说滴切 把稍微切掉一些， 因为平板混响有时候低频堆积会比较多，比如你把一百二十的切掉，留到高频的部分，这样你再把杆声打开， 非常非常非常好听的一个混响的声音，我特别希望他们赶快升级到他们的最新的版本，这个插件一定是一个特别受欢迎的，我对 emt 幺四零的声音是非常非常喜爱的。 ok， 看完了混响呢，我们再看看他的均衡的部分， 前集的部分我就不得给大家过了，因为每一个声音都有非常非常微小的区别，你可以自己去听一下。然后呢推荐你用立体声的话，你就用 d 八二零或者是四七三，这两个是专门的立体声的音规的，上面是完全一样的，上面的话就是单声道，但是左右完全一样的。 我们现在右边的这条线呢，从前极进来，进到均衡，然后进到动态，咱们先看看均衡， 打开这个地方要点上才能打开。第一个是办的是十四 k 固定的， and we afford corian in the mission will。 我给你增加一点点，你能你他这个有点慢，所以你可能不是特别容易能听得出来。 现在差不多是在六百左右 剪掉的话，是那种特别面面的那种空灵一些的声音，如果假如他有这种中气十足的话，你可以把他推下来， 如果你换成四幺幺的话，长相就不太一样， 八二八二的话，这边就是一个钮固定频段， 所以就是均衡的部分。压缩的部分呢，四个不一样的压缩，比如咱们先看四七三点，这个地方要打开 inside， 这个地方呢，是你可以把它关掉， inside 就是压缩比较的明显的那种。好，我们来听一听这个放三比一 这边是压缩了多少？ 你现在听到是百分之百的压缩过的信号。 火箭的一部分。 二七七， i'm desperate to preserve her you are some sacred things and i am holding it。 记住了，我只有百分之五十的这个压缩过的信号。 rubbish my brain to think i was of you。 对，大概是这样，所以你要用这个插件，你一定要记住了，你的信号进来了以后已经被拆分成左右了。 所以你有一鬼是完全没有动过任何东西的信息进到混响，不管你在这个插件里面调什么均衡，什么压缩，他都不会进到混响里面去。然后另外一鬼呢，进到了前极，进到了均衡，进到了压缩， 你这个地方再用百分之五十的压缩锅的信号的话，相当于你其实整体的信号里边只有只有四分之一的信号。可以这么算是怎么理解吧，只有四分之 一个信号真正被压缩过的，这是为什么？他这种设计，这种插件的设计听起来声音特别特别自然，你总是有一个非常 基础的干声在那个地方。很多时候，在我们做这种音频处理的时候，你会发现，很多的平行处理反而会让你的声音听起来更真实或者是更好听，因为你始终保持着最原来的那种感觉。所以呢，这就是 cosic 的 app 的这款插件，非常非常好听的一个 emt 幺四零， 虽然他们也有 suver， 然后也有各种各样的这种 convolution 的那些混响，但是呢，我觉得配合各种均衡压缩等等的这种通道条，加上混响的插件，还是相当相当好用的， 而且他也有低延迟的版本，所以呢，期待他们赶快升级，也可以让这个茶叶变得更有用，声音更好听。好吧，那咱们今天先聊到这，感谢大家支持。别忘了订阅频道，咱们下次再见，好好学习，天天向上，拜拜！

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