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4分钟学会全基因组关联分析GWAS(第二集)
#生信分析
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gwas基因数据怎么提取
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发布时间:2025-10-29 09:38
临床兔学姐
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07:32
全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies, GWAS)
是一种用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。该方法通过检测各类生物基因组中数百或上千万的遗传变异,以找出那些与特定表型或疾病具有显著关联的变异位点。指在全基因组层面上,开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究,是通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记(如SNP或CNV等)分型,从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素的研究方法,全面揭示疾病发生、发展与治疗相关的遗传基因。
以淋巴癌为例,国外已通过全基因组遗传流行病研究,找到超过20个可能导致这一病症的基因点位,如果人体的基因组符合这些特征,并结合"种族"这一因素进行综合判断,该个体得淋巴癌的最高可能性将达52%。GWAS为全面系统研究复杂疾病的遗传因素掀开了新的一页,为我们了解人类复杂疾病的发病机制提供了更多的线索。科学家已经在阿尔茨海默、乳腺癌、糖尿病、冠心病、肺癌、前列腺癌、肥胖、胃癌等一系列复杂疾病中进行了GWAS并找到疾病相关的易感基因。
我国科学家也在银屑病、精神病和冠心病等方面开展了GWAS研究并取得成效。如安徽医科大学张学军研究团队就处于GWAS研究的领先水平。#医学论文 #生信分析 #医生 #医学生 #医生评职称
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临床兔学姐
08:20
生信分析之GWAS里有哪些信息?#生信分析 #gwas#医学论文#医学生#医学论文
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临床兔学姐
14:07
UKB数据库下载的GWAS数据如何在r中读取与处理 #r语言 #GWAS数据 #UKB数据库 #生信分析 #生信
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小碗爱科研
04:31
最近火出圈的#孟德尔随机化 备受关注,那就来一篇QTL and GWAS的相关介绍吧~#生信分析 #生信人 #科普 #关注我每天坚持分享知识 @概普生物
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生信人
05:24
全基因组关联分析GWAS(6)#医学科研 #医学论文#医生#全基因组分析#生信分析
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临床兔学姐
00:40
IEU GWAS 数据库使用方法更新! #医工科研云上GWAS #医工科研kim老师 @抖音小助手 @抖音创作者中心
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孟德尔随机化课程客服
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GWAS+转录组数据这么用拿下IF9.8分 #科研 #论文 #文献综述
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CNSknowall数据分析大师
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孟德尔随机化重要数据更新--473肠道菌群GWAS 该研究的GWAS数据已公开属于很新的数据,其中新发现的三个基因位点与肠道微生物变异密切相关。最新的一个MED13L基因座可能与癌症密切相关,可能有助于与癌症有关的MR分析哦!
但该肠道菌群的原始数据无rsid数据,下载处理较慢。医工科研团队Kim老师已下载并清洗好上传云上GWAS数据库,大家无需下载处理,直接调用数据编号名,抢占先机,快捷使用,详细信息见下面介绍~#医工科研kim老师 #医工科研云上GWAS #数据分析 #生信分析 @抖音创作者中心 @抖音小助手
9
孟德尔随机化课程客服
07:07
PCR鉴定基因型(实验流程+原理+引物设计✅
已知基因突变位点之后,每次送测序鉴定基因型还要等结果反馈,其实自己在实验室就可以用PCR鉴定啦~
✅基因组提取
剪尾放入50mM NaOH中,95℃裂解15-30min,加入1/10体积ph=8的TrisHCl中和
✅双引物法
在敲除位点上分别设计WT、MT特异性上游引物,公共区域设计下游引物,分别扩增WT、MT通过琼脂糖凝胶电泳条带有无判断基因型
✅酶切法
在敲除位点上下游200-300bp分别设计上下游引物,PCR扩增后选择敲除前后酶切位点改变的限制性内切酶,酶切后进行琼脂糖凝胶电泳区分条带大小(看运气有时候未必有就只能双引物啦)
🔥注意事项🔥
需要提前摸索好扩增条件,结合测序结果得到特异性引物及扩增条件。需要大量鉴定时可以使用吉尔森多道移液器一次在96孔板中加入8/12个样品,十分钟完成96孔板体系配置~
#PCR #基因敲除 #科研大G #PipetmanL #超吉移液器
333
Poppy读博版
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单细胞转录组简介 #单细胞测序 #测序 #生信分析 #转录组 #生命科学
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大数据与AI时代的GWAS与基因挖掘培训班圆满结束!
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章老师教您做GWAS
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Cell新思路!GWAS+基因型跨界乳腺癌转移“遗传元凶”! 既往认为乳腺癌转移是体细胞突变驱动的,然而,Cell最新研究颠覆传统,开启转移事件靶点鉴定新纪元!该研究从基因遗传变异入手——跨多学科分析整合,最终鉴定出乳腺癌临床转移事件“遗传元凶”!证实了影响胆固醇代谢的基因PCSK9的遗传变异rs562556通过LRP1受体驱动乳腺癌转移!更令人振奋的是,PCSK9抑制剂可能抗击乳腺癌的新武器!
为科研人员开辟了全新的研究方向!!!值得反复研读!思路打开!!未来已来!#乳腺癌 #遗传基因 #孟德尔随机化 #内容启发搜索 #DOU上热门
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Origin绘制曼哈顿图(Manhattan plot)-全基因组关联分析GWAS#sci #科研 #科研狗的日常
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Fasta序列处理-截取-批量提取 #生物信息 #转录组测序 #高通量测序 #生命科学 #NCBI
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基因组关联研究🧐 基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies, GWAS)是一种用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。该方法通过检测各类生物基因组中数百或上千万的遗传变异,以找出那些与特定表型或疾病具有显著关联的变异位点。指在全基因组层面上,开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究,是通过对大规模的群体DNA样本进行全基因组高密度遗传标记(如SNP或CNV等)分型,从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素的研究方法,全面揭示疾病发生、发展与治疗相关的遗传基因。以淋巴癌为例,国外已通过全基因组遗传流行病研究,找到超过20个可能导致这一病症的基因点位,如果人体的基因组符合这些特征,并结合"种族"这一因素进行综合判断,该个体得淋巴癌的最高可能性将达52%。GWAS为全面系统研究复杂疾病的遗传因素掀开了新的一页,为我们了解人类复杂疾病的发病机制提供了更多的线索。科学家已经在阿尔茨海默、乳腺癌、糖尿病、冠心病、肺癌、前列腺癌、肥胖、胃癌等一系列复杂疾病中进行了GWAS并找到疾病相关的易感基因。我国科学家也在银屑病、精神病和冠心病等方面开展了GWAS研究并取得成效。如安徽医科大学张学军研究团队就处于GWAS研究的领先水平。
#生信分析 #医学科研 #sci论文 #GWAS
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科研小虎子
01:15
快速获取decode冰岛4907pqtl数据,助力高分SCI #医工科研云上GWAS #医工科研kim老师 @抖音小助手 @抖音创作者中心
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孟德尔随机化课程客服
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6.基因家族分析(顺式调控元件分析) 利用tbtools软件提取基因家族中2000bp启动子序列,并用其在plantcare网站上进行顺式调控元件名字以及功能的预测,最后利用tbtools将顺式调控元件的位置和功能进行可视化#基因家族 #研究生日常 #教程 #生信分析
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gali
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IF29 孟德尔随机化+GWAS来搭档 不用做实验#云生信#生信分析#医生#研究生
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云生信课代表丰恒
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120万一针的car-t治疗
#car-t治疗#淋巴瘤 #医学科普 #癌细胞 #医疗健康创作训练营
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淋巴瘤科医生赵培起
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