分子对接是什么

今天看到一篇文章，零基础的小白可以五分钟完成分子对接。首先我们打开 pdb， 随便下载一个蛋白的三 d 结构，选择下载这种 pdb 格式的，然后我们再抛 com 数据库，随便下载一个分子的 sdf 结构，最后打开我们的主角工具。 cb doctor 上传蛋白和分子，很快就可以看到对接结果了，而且准确率高达百分之八十五点九，真是小白都能够实现分子对接。 多亏豆包啊，看到这篇文章的时候，我都懒得看了，我直接打开了豆包拍照实图，他就给我讲了大致的内容。 一看这工具好啊，我立马接着提问了更多的信息，，这工具怎么用？？具体操作的流程，激动的我都用语音输入了，大家都赶紧用起来吧！完全免费不限使用次数的豆包评论区下载体验吧！！

啊，各位同学大家好，上一节课呢，我们学习了如何对这个配体以及受体啊分子啊进行处理，那么我们的配体分子呢，进行了一个能量最小化受体蛋白呢，进行了 去水去配体的一个操作，那么这节课呢，我们来学习啊，如何用这个额头 dog 软件啊进行这个分子对接的一个研究。 这一课的内容主要分为三个部分，第一个是要转换我们的分子，包括啊蛋白的一个格式，第二的通过蛋白申请一个活性口袋啊，通过这个活性口袋的这个数据的 用这个 winner 软件进行一个分子对接，我们来演示一下，我们在文件夹 里面新建第二十五小节课，然后把我们第二十四小节课的处理好的这个配体文件和数体文件把它拷贝过来。 那么考虑到我们第二十五小节课之后呢，会留下这些东西， 然后把里面的处理好的这个文件把它挪出来啊，两个文件分别把它挪出来， 那留下这些文件哈，一二三四五六这六个这六个文件。那么首先呢，我们需要对我们的蛋白进行处理，我们打开我们的软件，包括 dog 软件，大家稍等一下， 然后点击这个，然后点击取消这个软件。打开之后呢，第一步大家注意，第一步就是要设置他的工作目录，我们找到我们文件的工作目录， 那工作目录在这里对不对？我们把这个工作目录复制下来，大家注意我们的工作目录一定不要有中文 啊，工作目录这里一一定不要有中文，如果有中文的话啊，提前把它修改好啊，比如说我们是在桌面上，对吧？啊，一定不要有中文哈，把这工作目录复制一下，然后呢 在我们这个软件里面啊， autodoctors， 这个软件里面点击 fair 啊，点击一个属性啊， reference 属性，点击 set， 在的话，呃，在这里是设置功能目录的， 我们把我们的公路目录粘贴过去，如果是，然后点这个或者这个，如果是点击这个 make the fourth， 这个默认啊，默认的话就是以后永远就都是这个啊位置哈，然后赛的话就是临时的啊，临时设置这个位置， 因为我们每次做的位置不一样，那么这是我们点击 set， 那么下次每次开机的时候打开这个软件的时候，第一步就是设置功能目录，这样的话方方面，我们后期后期进行这个对接哈，点击 set 啊，设置好了之后呢就点击啊关闭。那么接下来呢，需要对我们的蛋白进行处理，我们点击这个菲尔，点击 read molecule 的读取蛋白，然后找到我们的瘦体啊，这是处理好的这个瘦体蛋白啊，就也就是去的，呃，去的水，去的配的一个蛋白，把它打开， 打开之后呢，需要进行一个加轻的一个处理，那么就点击啊这个 id， 点击这个嗨 jokes， 然后点击艾特，那么其他的啊，默认就可以了，不需要进行修改，点击， ok， 大家看到哈，他会有个变化啊，看到有变化，这就是啊，看一下啊， 看到没加这些白色的这些键啊，这些棍状的，他就是这个清，那么加完清之后呢，我们只需要进行保存就好了，然后点击这个， 点击 greet， 然后这几个 mechanolo， molecular 是大分子啊，大分子意思，点击 choo 子啊，选择哪个大分子啊？啊，这个大分子对吧？然后 简直十来个 t 的摩莱可乐， ok， 点击确定，那在我们的文件里面他就保存好了啊，然后这里保存就好了，点击保存，可以看到哈，在我文件里面多了一个 啊， pdbqt 格式的一个文件。那么接下来呢，我们还要需要对我们的配理分的进行处理，那么点击这个 legend， 点击 input， 点击 open， 找到我们的配体分子，大注意，我们配体分子是摸兔格式的啊，这里要选择摸兔， 哎，你出来了，点击他，然后打开，点击，确定，他，可以看到我们的配体分子啊，就在这里了，那么有 有的人的配体分子呢？会离我们的大白比较近，比如说在这里面，那么就会影响到我们，呃，一会他的活性口袋的一个生成，那么需要对他的一个距离进行一个处理 啊，怎么进行处理呢？那么我这个是不需要处理的，如果你们的这个配体离他比较近，非常近的话啊，比如说在这里，在这里面，那么怎么进行处理？点击这个按钮，这个图标啊，这个图标，然后呢？点击这个属性， 把这个锅，把它去掉，然后点击这个有一个加号录制，有个加号，那么选中他， 对吧？然后右键就可以移动了，右键按住不动就可以移动他了，因为我这个已经比较远了，那么，呃，其实无所谓，对吧？如果你们这么近这里面，对吧，那肯定影响了， 拖到，拖到下面来啊，不会影响他一个活性口袋，那么这个处理完了之后怎么办呢？就呃把它复原， 对吧？复原这次打勾吧啊，打勾把它关掉就可以了啊，那这样的话你去移动，移的话你就不能移动了啊，不能移动了，它的箱的位置就不会移动，那么这个就是呃它的位置的关系。那么接下来呢，我们需要把这个分子也打，也把它转换格式，那么点击， 点击这个 other pot， 那么 save at 这个 pdbqt 的格式就行了， 这已经自自动生成了，直接保存。那么到目前为止我们两个配体啊，一个配体一个瘦体的格式就转换完了，那么接下来呢，需要对呃 呃我们的蛋白进行一个活性口袋的一个处理。那么接下来呢，需要对我们的啊蛋白的二位结构进行处理，我们可以点击这个 display， 这有个 secondarly structure， 就是它的二位结构， 那么这里 display only 啊，只展现这个二维结构，这就 ok， 可以看到哈他这已经调带的一个形式就展现出来了。那么接下来呢，我们怎么把这些不需要的把它呃不显示呢？比如说更大的不显示呢？那么也是点击这个 display， 我们这有个 lines 啊，点击 display lines， 然后呢不让他显示安 display， 点击 ok， 那么剩下的这个就是我们的啊一个蛋白的一个 结构了，那么接下来呢，需要找我们这个蛋白的活性口袋，大家点击这个 啊，那么出现了这么一个界面，那这个界面的话就是呃，对我们这个活性口袋，那还没有，已经出来了，对它的一个位置进行调节，那到目前为止的话，因为我们我们把它的配点已经把它删掉了，所以其实我们是不知道它的活性口袋具体的位置是在哪里的，那么怎么办呢？我们只能啊通过这个活性口袋把它全包围， 全包围的话要改几个数据，第一个就是这几个数据要改啊，这几个数据要改，比如说这个是红色界面的话，看挪一下啊，红色啊， 我们先把这个数据把它改改成一啊，这个数据偏把它改成一，让它放大，对吧？啊？看到没有？那么有的话，它这里的话没有包裹住，那么我就把它移动一下，这是红色这一部分 就这里，对吧？我们点动滑轮往左右滑的话，他可以移动，哎，我看下有没有抱不住，哎，这边也露出来了，对吧？那怎么办呢？上面怎么都抱不住，对吧？那我就这个调调大一点，对吧？这样子可以抱不住，看到没啊？抱不住了， 那么接下来是这个绿色这一部分，对吧？绿色这部分，呃，我们再把它位置是不是调一下绿色部分，真的啊？ 这是 x y 轴调的啊，把全部包包裹住， 那基本上的话，呃，这个就已经包裹好了，包裹好的话之后呢需要对我们这个活性口袋进行保存哈，我们看一下啊，基本上包裹好了，那么呃 呃，这就是通过啊，没有配体怎么进行确定？这个货箱口袋，那么只能是全包围哈。这里有几个主要注意的地方就是这个一定要是设置为一哈，其他的就要随便调整，就是依据你的需要，然后点击这个飞啊 啊保存啊， close saving parents， 那就会把这个数据保存保存下来， 那么接下来呢，我们需要把这个活性口袋哈啊，现在虽然看不到，但是我们要把它倒出来，连着不绿的， 然后这里有个 other pot， 然后 sale 啊， gpf 格式的，然后把它命运为 agreed， 然后点 gpf， 就是一定要做， 所以这里要输入他这个呃格式哈，点 gpf， 然后前面的话，前面名字你可以随便进行命名啊，但是这个的话一定要有后缀啊，点击保存，那么这样的话他的呃一个活性口袋就保证好了，我们可以打开看一下 啊，鼓励的，这是我们刚刚生产的，可以右键用这个技术文把打开可以看到他的数据，那这些数据呢？就是他的什么 xy 轴，对吧？ xy 轴也是他的一个金格，金格金格的一个素养啊，那么这个数据是要用到的，那么还有呢，就是他的 呃中心位点的一个位置，也是 x y 轴的一个中心位点的位置，那么接下来我们需要进行一个处理，大家打开我们的一个脚本文件，就是个呃孔夫一个 test 啊，把它打开，用记字文打开啊，我们 需要对他进行一定的修改， 那么首先是他的名字要进行修改，比如说这个瘦体是什么名字？大家看到哈，我们瘦体是这个，对吧？你把它名字把它复制下来，如果你是其他的一些瘦体，对不对？那么你也把它名字复制下来，这是瘦体蛋白吗？把它复制一下 love， 把它修改一下，对吧？修改一下， 然后还有他的一个配的，配体的一个文件的名字也是一样的啊，配体的我们是这个对不对？刚刚处理好了的啊，复制一下，这是全称号，复制一下，然后把它粘贴一下，把它换换到这来，对吧？如果你是其他的话也是一样的， 然后这就这里就做的修改，接下来呢对他的其他数据进行修改 啊，一个是他的 xy 的，一个是他的金格的一个大小，那么这个是在这里对不对？这大小晒子吗？这五十六吗？这是四吗？ 然后接下来对 x 走， y 走，直接走进行修改， ex 走，拐走 以及他的椅子，这一走就能修改， 修改之后呢把它保存啊，那注意哈，这几个部分要修改，那么这里呢是默认的，默认的哈，那么这里的话一般选择他一个，对吧？如果距离他的一个最佳的一个构象呢，或他能量为五的话，我们就不进行选择，那么这个呢是他有二十个构象啊，最多选二十个构象， 我们点击这个保存，那么接下来呢就需要运行我们的呃，一个脚本文件了，我们可以干嘛？按就按住晕斗式键加 r 键啊，打开我们的运行窗口，输入 cmd， 点击确定，那么进入我们的工作目录，工作目录的话，复制一下他的工作目录。复制啊，复制一下工作目录 ncd， 对吧？ 粘贴到这里，然后按确定，他就进入我们的工作目录，那么接下来只要运行一行命令，就这个 cmd， 打开 cmd 这一行命令，把它复制粘贴过去就可以了啊， 看下这里，点击确认， ok， 可以看到的话，他的数据慢慢就跑出来了啊，因为根据他的一个工作对接的一个工作量的话，呃，他可能需要一点时间啊，这个进度对吧？非常快， 我们稍等一下，那他这里会产生，嗯，几个文件哈，一个是个 aatpot， 呃，点 pdbqt 的一个文件哈，那这个数据产生了，可以看到呢，他的一个能量啊， 千卡姆尔的能量是负六点八，那这什么意思呢？比如说他选了二十个不同的这个分子的一个构项，比如说我们配体他有不同的一个构象嘛，他的键可以旋转嘛？我们采用的方式叫做半柔性对接，半柔性对接就是配体分子 啊，小分子它的结果会变化的，我们的蛋白它是不会变化的，叫做半柔性啊对接方法。 那么这里呢就有个数据，我们就可以用选择这个绝对值最大的六点八啊，作为我们那个对接能量，说明他可以自动进行对接，不需要是吧？不需要外来能量进行啊处理，呃， 一般来说，呃，我只要小雨淋，对吧？小雨淋就可以说明我们的风水对接是成功的啊，他能很好进行对接，他的绝对是越大说明他的，呃，对接的效果越好啊，越 越紧密，那么一般的话就选择这个负六点八的这个数据对吧？负六点八的数据就可以写到弄到里面去了， 那么可以看到他已经产生了，呃，几个新的文件，一个是这个奥特普特啊，奥特普特，那么一会的话我们是要对他进行一个可视化的一个处理， 那么这节课呢，我们就上到这里，下节课呢，我们用这个 pam 软件对他进行一个可视化一个处理。好，谢谢大家。