mega12构建进化树步骤
大家好，今天和大家分享一下用 mega 去建这个系统发育数。呃，建系统发育数之前呢，我们需要去准备一个序列文件，这个文件呢，它是一个 fast 文件，就以这个 f a 作为后缀的这样一个文件， 那这个文件呢？它包含这个序列和这些物种信息啊，这个名字的信息，像我们的这一个格式的话，他就要求你是呃 接一个英文的这样一个大于符号，然后后面的是一个这个叫做标签的一个名字， 可以把它就是在这做自由的调整。像我们这的话是把它放成一个，呃，像一个拉丁名，然后加一个朱系，然后加一个登录号，就代表这个相当于是代表这个种的这个基因的这个，嗯，这个 基因嘛，然后的话在这个地方空一行，然后去粘贴这个序列，粘在这上面，然后每一条序列呢都是按照这样的格式就给他 啊，全部，呃准备在这个文件中，那么值得呃注意的一点就是他这个地方里面如果有括号的话，你不能够用中文的输入法去啊，就是用中文的括号，这种是识别不出来的，必须要用英文的括号。 那准备好了这条呃这个文件之后呢，我们就把这个 maker 软件给它打开， 打开之后把这个序列，呃，点击鼠标左键给它推拉到这个序列，呃软件中去，就会弹出一个弹窗，然后呢点这个 online， 就是这个比对，它就会比对，就会出来这么一个呃 界面。这时候的话，我们去把这个点这个 class to a line dna， 就把这个 dna 序列比对，然后选择 ok， 呃默认的一个参数，它就会自动的进入到一个比对的这样一个过程中， 好比对完成之后，我们可以看到它很多序列，就是呃，已经是呃，相当于是多重比对，已经比对好了，然后它有一些呃 gap 呢，就已经加进去了，这时候我们把这个比对文件导出， 导成这个 mega 模式的呃格式的这种比对文件就放到桌面就好了， 这时候我们看到桌面已经导出了一个 make up 格式的文件，我们把这个 make up 格式的文件呢，在鼠呃鼠标左键给他拉到这个软件中去拉这个软件中去呢，他这时候就已经啊加载进去了，这时候我们在这个这个的这个地方呢，去点这个， 去下拉这个选项，去选这个零接数，就这个 n 接数点击他，然后他就会问你是否用使用当前的这个数据点击 yes， 然后呢他会有一个系统的呃，就是一个键数的参数啊，一般的话又默认的是 ok 的。那要注意的话，可能这个地方要选择这个叫 boost tram method， 这个就是要做一个 boost tram 检验，那这个地方的话， 嗯，把这个值调成一千，然后去执行啊，这时我们就可以看到这个数就已经 出来了，这个时候见出来之后呢，嗯，你可以把它就直接呃导出啊，去做这种保存，或者是把它剪， 把这个复制下来，然后再到其他地方去做一些编辑。那这个地方的话其实也可以做一些选项，像你在这个地方，你比如想调整他的这个分支的一些参数啊，或者是一些他的那个 嗯，它的字体啊等等的这些都是可以调的。那么在这个地方的话，比如说我们去抢，想想把这个 o t u e 这个 基因就去给他。呃，这个物种呢？就是去给他单独标出来一下，比如我们可以给他一个特殊的标志啊，在他前面比如加一个红色的圆圈， 在这个地方加一个红色的圆圈，好，然后点 ok 它就出来了。对，就是可以去这样做一些改动。那么在这个地方的话，你也可以把当前的这个数用这个就是数文件的格式给它导出来，导成这个格式的话是可以后续在其他的软件 也是去，可以，呃，打开去编辑的。对，那么 以上的话就是，嗯，把这个系用这个 maker 软件去见这个系统发育数的这么一个过程。
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10:35查看AI文稿AI文稿同学们大家好，学生系做分析就上凌波微课，欢迎大家扫描视频下方的二维码，关注凌波微课，加入凌波微课交流群，参与我们的课程和课下交流。我是本期内容的主讲人小杨老师。 本期我们给大家分享的内容是通过麦嘎软件构建系统发育进化术第一期。 本期凌波微课的内容主要包括以下四个方面，第一，数据准备。第二，通过麦嘎软件构建系统发育进化术。第三，进化术外群的调整。 第四，净化术拖布结构的调整。我们首先来看一下数据的准备。卖价软件是物种 系统发育尽快数分析的常用软件，在内价软件的官方网站当中提供了不同平台和不同版本的软件程序，我们根据需要下载并安装程序。 在物种计划数构建过程当中，我们可以选择通过物种的全基因组序列单考被核心基因序列或者是单个基因序列来构建系统发育术。那么如果我们选择通过单个基因来构建系统发育术时，需要遵循以下两个原则， 如果 dna 序列两两之间的移植性大于百分之七十时，那么序列的相似性很高，所以建议选择 dna 序列。 反之，如果 dna 系列之间的相似性小于百分之七十是，那么选择 dna 系列或者蛋白质序列都可以。 我们将准备好的序列合并成一个大的发斯塔格式的序列文件。接下来我们就来看一下通过麦杆软件构建系统发育进化术的方法。 首先，我们需要准备好一个序列文件，可以是核氨酸序列，也可以是蛋白质序列， 在这里需要注意的是后缀必须是点 fastar。 例如在这里我们准备了和视觉细胞相关的蛋白质序列文件， 我们可以直接选择将该文件用麦嘎打开。 选择麦嘎程序， 我们可以看到麦嘎程序的主界面以及打开的 序列文件。在进化数构件之前，需要对序列进行比对。美感软件一共提供了两种比对方法，克拉斯却 w 和 maxcow 是应用最广泛的多重序列比对软件，码数的速度非常快。 当然我们之前给大家介绍过， max 比对软件具有速度快，准确性高的特点，在这里我们不再追数。首先我们来看一下序列比对，在序列上任意点击 ctrl a 进行选中， 选择通过克拉斯 w 进行比对。比对蛋白比对的参数可以默认，点击 ok 等待序列比对完成。 这样我们就得到比对后的序列文件。我们可以看到最上方有一个信号， 这个星号代表的是在所有的序列当中，该位置的氨基酸是一个保守位点，例如在这个位点，所有序列当中氨基酸都是 e。 为了精华术构建的美观性，我们可以选择将后面的序列进行一定程度的裁剪，使序列保持整齐。 点击工具栏中的迪丽特， 我们就将后方的序列进行了删除。 同样对于开头部分的序列，我们可以进行相同的操作。 将序列裁剪好了之后，我们来开始构建进化术。首先输出序列比对的数据文件，点击 dottle， 点击 xpart， 我们可以选择输出麦嘎格式的文件。 我们得到一个后缀式 m e j 格式的文件，点击保存，点击 ok， 接下来我们来进行清华书构件。 来到麦嘎程序的主界面，在导航栏中选择 flogy。 下拉菜单当中我们可以看到构建进化术的不同方法，包括吉他自然法、临近法、 m 一 upgm a 以及 mp 法。 极大自然法的准确性高，但是速度非常慢。作为视力我们来看一下临近法选择，临近法选择我们刚才保存好的后缀是 m 一七格式的文件。打开 进化数构件的参数选择当中我们设置自盏值为一千。模型选择按照默认的颇松分布，参数确定了之后，点击 ctrl plus 进行 计算， 这里我们就得到临近法构建的进化术， 下方是净化距离。得到净化数之后，我们首先来看一下净化数的拖谱结构是否符合我们的预期， 这里可以关注一下外群，查看外群和我们需要研究的序列是否分开。 对于需要调整外群的，我们可以重新设置进化数的根。在软件的左侧，我们可以看到一系列的小工具， 点击第三个小工具，重新设置进化术的根。例如在这里我们做一个视力， 我们需要将这三条序列作为外群，那么选择更设置的入工具，点击这三个样本的距类节点， 这样在进化术的拖布结构当中，我们就将这三个样本设置成了一个新的褥子。 外群的设置主要针对一些保守性非常强的序列，例如十六 s 持家基因业立体先立体基因组等等。 这些序列因为具有非常强的保守性，所以在进化术构建的时候，外群可能不能很好的分开， 因此我们可以重新根据入的小工具对金花树的根进行设置。本视力中我们设置为原来的根。返回去， 在左侧的小工具当中，第二个和第四个都是对净化树的分支进行调整。我们来看一下 stypard， 点击进化数当中的任意一个节点，将该节点当中两个分支的位置进行了交换。 我们来看一下第四个， blubs top 锤，同样点击任意一个节点， 我们可以看到将该节点当中两个分支进行的翻转，分支的位置不仅发生了交换，虚拟的位置同样发生了交换。 返回去看一下 x 六八七七七。最开始在下方交换了之后 变成了上方。这两个小工具适用于净化枝的微调，可以酌情使用。 接下来我们来看一下对进化术整体外观的调整选择， vivo， 点击 out， 这里一共给出了五个标签， 如果样本过多时，我们构建的净化数会非常的长，这里我们可以调整一下净化分支之间的距离来改变净化数的长度。分支之间的间距默认是二十四，我们可以调小一些， 例如调整为十八，点击 ok， 这样整个进化数就变得紧凑。同样我们可以调整进化数的宽度，点击 vivo opps， 净化术的宽度默认是四百，例如我们可以设置为三百五十，点击 ok， 这样我们就得到一个瘦身版的净化术，但是整体的拖布结构并不发生改变， 点击 vivoopen。 在不让场分支当中，我们可以首先调整线形的宽度，默认是一，可以调整为粗线型。 在这里有一个重要参数需要注意该参数我们在构建进化数之后，在风之上边会出现进化数的可信度，有些分支的可信度并不高，比如三十二，我们在这里可以设置隐藏可信 度在百分之五十以下的数字，点击 ok， 可以发现我们将这个数字就进行了隐藏，这样就提升了数据的美观度。 通过 mata 软件构建系统发育进化术以及进化术拓补结构的调整就介绍到这里， 下一期我们将带来麦嘎软件构建系统发育进化术第二弹进化术的美化。玩转科研就来宁波微课，我们下期再见！
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