如何用snapgene查找序列

如果你需要进行分子克隆实验，那么 snap ging 软件可以说是实验必备，多方面协助载体构建。 分子克隆实验的第一步就是根据实验目的选择载体，将其线性化处理。如果通过煤切手段进行线性化处理，就需要找到煤切味点。我们打开 snap ging， 点击新 dna 或 rna 文件，输入 dna 序列及文件名。我们以构建慢病毒或表达载体为例，将 dna 序列粘贴进去，一般商家会提供其载体序列，打开后我们会看到 snapjin 会自动识别特征性序列显示出来。 点击左侧箭头符号，选择是否显示序列标签。找到 m c s 多克隆位点， 点击左侧显示，每组可以选择呈现不同类型的眉切位点。普通的过表达载体构建，我们选择显示独一内切眉即可。 点击下方的序列就可以看到 m c s 区域的煤切味点有哪些。我们现在常用的是无缝克隆技术，那么我们点击上方工具栏行动 infusion 克隆插入片段。 如果你用的还是传统克隆方式，则选择限制和插入片段。再弹出窗口，按住 control 选择选定的两个煤气位点， 如以下两个煤气味点，也可以直接在右侧输入煤气味点，即通过 snap jam 确定第一步载体 的处理中所需的酶切味点。分子克隆实验接下来的两步就是目的金获取及连接。 无缝克隆主要是通过高保真 pcr 扩增获取目的基因，通过同源币的重组实现目的基因与载体的无缝克隆连接，所以载体与目的基因末端具有十五至二十个同源剪辑 所需要的目的片段 pci 引物就包括载体与插入片段连接处引物、插入片段与目的基因连接处引物两部分。 这种方式卫电选择灵活、快速、简便精确，克隆效率高，一次性可进行多片段目的基因的重组。如果我们是采用这种方式的话，那么在 snack jean 上，我们点击上方的片段，导入目的基因的 c、 d、 s 序列， 序列信息可以从 n、 c， b， i 上获得。在片段的图谱区全选全场， 然后点击产物，选择重叠 pcr 产物，设置 t、 m 以及重叠的剪辑，也就是之前说的载体与插入片段连接处引物 部分的十五至二十个剪辑勾选，重新生成来自载体眉切位点，这样会对眉切位点的粘性末端进行补齐， 确定后就会自动生成含目的基因片段的载体图谱已误区域会显示扩增所需片段，这就是后续我们实验所 需要用到的关键信息。点击克隆生成融合 dna 图谱，我们可对插入的片段进行特征标记，按住 control 展 f， 输入目的金序列回车键， 然后点击特征，添加特征，我们更改命名，修改颜色，点击可以就完成了目的载体图谱构建。在实验中完成无缝连接后，需要挑选出阳性克隆 君乐 pci 验证或煤切验证，我们同样可以用 snap jam 进行模拟初步验证，点击工具模拟琼脂糖凝胶，在目的载体图补上， ctrl 加单机选择目标两个煤气位点左侧会出现 现琼脂糖凝胶模拟跑胶的情况等。进行实验时，我们可以拿实际跑胶情况与软件模拟的情况进行对比， 然后挑选出最接近模拟结果的克隆送去测序公司进行验证。验证完成后，测序公司会返回测序序列。同样，我们可以利用 step dream 打开目的载体图谱，基础上选择工具 比对到参考 dna 序列比对输入的序列，点击序列可查看 dna 序列比对结果。点击左侧测序文件，可以直接查看封图。 通过测序比对验证，构建载体与图谱一致，即确认载体构建成功。 snap jam 用于序列比对的优势在于其 序列是双向的，所以比对式不用考虑序列方向问题。如果区域标红，则表示与载体序列有差异。测序结果的前后一百个剪辑区域可能测不准确。若在该区域产生标红的位点， 不一定是产生了突变，我们可以加测一个反应，确保该区域没有突变。可以看出， snap jam 在我们进行分子克隆中必不可少哦。

no。

snapchain offers three basic types of annotation， enzymes features and primers by default snap jean displays enzymes that appear once in your sequence and have a six or more base pair at recognition site restriction enzymes that only cut once are marked in bold and the hover option allows you to access more detail easily snapchain allows you to remove enzymes manually either one at a time or all at once to add individual enzymes use the search field or filter by enzyme set keyboard shortcuts allow you to remove enzymes directly from the plasmid map you may want to hide some or all items without removing them there are several ways to do this by using the keyboard shortcut via the hide button in the sidebar or by selecting them from your chosen enzyme set snappedine comes pre loaded with hundreds of features found on common cloning vectors and automatically adds relevant features to any new dna sequence the detect common features option allows you to scan view sort and add features to your sequence you can also create new features by highlighting the relevant area on the plasma map or the sequence view and choosing add feature as with enzymes you can quickly toggle features on and off in both map and sequence view to see a complete list of the features in your sequence simply click the features tab here you can sort features toggle to a compact view or simply hide individual features you can create new primers via the sequence view click and drag to select your dna sequence snapped jean will automatically calculate the length and melting temperature of your ologo， it's easy to save your selection as a new primer buy a the primer menu window primers on opposing strands are clearly indicated in both sequence and map views as with other annotations you can toggle primers on and off from the sidebar and you can view a complete list of the primers in your sequence via the primer's tab snap jean can also automatically design primers for specific techniques via the actions menu watch the rest of the videos in this series at snapjin com。

大家好，欢迎收看由私房居士给大家带来的咱们进生物序的绘图软件实名教程。 那么今天我们继续接上一期的视频啊，给大家讲 x 神里面的一些操作。首先我们打开一个 clark 神吧， 呃，大家如果平时用 steam 进操作比较多的话，或者说你的序列文件比较多的话，而且你在操作的时候很容易在不同的序列直接切换， 我建议大家也可以尝试使用一下他这个可耐克森功能啊，就这样的话不用你每一个文件都去一个一个去打开了，这样的话在这个可耐克森里面就是选择或者切换就非常方便。好，我们打开这个文件之后啊，我们随便选一个，这 这次我们跟他讲什么？前面十几期视频我们一一次呢，把这个菜单栏里面这些命令基本都讲了，现在主要还剩下就是 acc 里面的有一些，因为这个里面相对来说就是他这个功能啊，比较系统比较齐全了， 前面的其他的一些功能都是一些基本的操作啊，而这个安神里面呢，就是相当于把其他的这个操作都应用起来，来形成一个完整的一个功能化的操作。 那么之前我给大家讲过了这个限制性煤气和连接，然后皮塞牙也讲过了，那么今天我们给大家讲一下这个线性化的连接，还有这个下面这几个小的选项， 那么剩余的其他这几个呢，可能每一个都需要做一个单度的一起视频来给大家讲了。好，首先我们讲这个现行化联系啊， 用他之后大家可以看到他下面有好多个选项，这个选项其实只是针对这个低音片段的数量不一样，就是从两个到十个，就是他最多可以支持连接十个低音片段。 首先呢我们选择一个啊片段，我们这里选择用线性化的片段啊，比如说这个 gfp， 然后我们再选一个下面的啊，随便吧。比如说选这个探个标签， 选中他之后，呃，如果你只是在这里看一下，操作一下的话，我们直接点中他，在这个界面就可以跳出来，你可以对下进行操作， 如果你想进一步对话操作，可以双击这个啊，双击这个文件，这样他就会以一个新的窗口这样打开了，我们这个标签先放在这里，这是我们连接的其中一条平台，那么我们 另一条呢，就用这个 gfp 吧，我们对这个 gfp 执行一下这个安生里面的现行化连接。比如我们这里选择连接两个片段，这样的话就跳出一个连接窗口， 这个窗口呢，其实在阿克斯里面除了这个连接之外，还有这个限制性煤气连接，包括后面的这个载体构建的这些过程的话，他这个窗口都是这样的，都是类似的。这个片段一就是我们刚才选中的这个 gmp， 然后我们给他指定一个片段二，片段二的话，我们在这里选 指定，就是我们刚才这个探个标签，然后选中他之后，他就自动的跳出来了，就是这里会列出来你最近打开的这些文件，如果没有的话，可以点击浏览去找你想要的这个文件就行了。然后当我们 肯定了这两个片段之后啊，大家可以观看到在这个右下角这里，他就这个体制框就变成这种淡绿色的，就说明这个操作可以直行，我们可以直接点击呃这个连接， 然后当然我们可以在这个考试大课的这个窗口里预览一下我们这个片段连完之后是个什么样的效果，如果你看到他出现的这个效果就是你想要的效果的话，那么我们直接点击这个 啊连接就好了，这样他就把这两个片段连成一个序列文件了，我们可以到序列里看一下，就从这个地方他这个连接就很简单，就只是把两个低音片段连接在一起了。 那么这个操作我们在实际的做实验的时候在操作呢，就是用 t 四低音连接门把它连接起来就可以了，但是这里同学要需要注意点啊，就是我们刚才对这个 glp 这个平台进行操作的时候，我们看一下序列啊，他这个两段啊，这个序列的两段五撇段是带了一个磷酸集团的，这个是五撇段上有的，我们下油的这个五撇段也带了一个磷酸集团的，然后我们这个探个标签呢，我们看一下啊，他也是有的， 大家知道我们在这个 t 四连接媒所行驶的这个联系功能呢，它连接的是零刷集团和一个枪机之间的零刷日子键，是吧？ 啊，如果咱们上过这个放置生物学基础的话，应该都知道啊。第一双链生连和副链就是这两条链之间的这个连接呢，是以清键的形式形成的，就是 ta 是两个清键， cg 之间是三个清键，其实上从这种结构上来说，它并没 没有存在这种物理性的连接，就是他两个其实是没有这种硬性的键的，相对来说比较弱一点的。但是这个零刷二者键呢，就是每一个剪辑，比如说每一条链上的每两个剪子之间呢，是以零刷机单和枪击这个形式连接出来的。那么具体的大家可以发现教科书啊，这就很清楚了，所以说 我在这里强调就是需要说明的是，当你想要连接两个片段的时候，必须要保证有一个片段上有一个磷酸集团，另一个片段上有一个完整的枪击，这样的话它才能连接起来，就是 t 四连接没才能形成它的功能。假如说你缺了某一个之后， 他是没办法连接的，比如说我们把这个重新操作一下啊，我们把这个现营化这个磷酸集团给他去掉。在编辑里啊，当我们对这个 末达进行编译的时候，可以直接选中这个序列，然后在 id 册里面有一个编辑 dna 的末端， 这个时候他就跳出一个对这个我们目前这个片段的啊，两个末段就是三百段和五百呢，或者说上游下游的这个一个边界情况， 在这个里面，我默认情况下他是有这个五撇磷酸化的吗？就是有这个五撇磷酸集团的，当然有的时候如果是你的自己的序列的话，经常是没有的，就是什么没有， 就是一个普通的一个平端，平末端什么也没有。那么我们这个时候 再来试一下啊，然后同样的把我们这个 gap 这个末端这个也给他，呃，先取消掉确定，然后我们再执行这个连接功能，同样的 还是一样的啊，还是指定这个序列弹个标签。这个时候大家也发现啊，我们刚才有离算精神的时候，我们这个两个序列指定完之后， 这里是不就可以提示，就是说你可以连接了，但现在发现啊，这个提示框是黄色的，然后这个连接按钮不给点的，说明 这两个序列之间呢是有问题的。他这个提示了说你要想连接的话，至少有一个定音的末端必须被五撇零算，话就是要有一个五撇零算集团，如果你要想加的话，他就让你去编辑这个功能里，然后去把它加上，这就告诉我们，其实直接的这个 干干净净的这种电音片段的两个末段之间是不能连接起来的，所以说我们必须要保证他啊，至少有一个磷酸集团了啊，不一定两个都有 中，至少有一个。然后我们把这个 glp 这个加上啊，编辑编辑低音末端，我们把它给加上， 然后这个时候我们再执行这个链接，还是一样的，我们这个选择探个标签，这个 这时候大家发现了，我们就可以正常的连接了，这里他会示意啊，末端是一样的，只不过刚才这个 gup 有了这个零算集团了，所以他就能连接了，当我们连接之后还和刚才的效果是一样的 好，这是最普通的一种连接方式啊，这种我给大家演示的这里的就是两个片段连接起来的。其实呢，嗯，我们在平时做实验的时候，就是你动手在实验室做实验的时候直接去连两个片段，嗯，我们可以把一个片段认为他有两个 两个末端吗？其实上相当于我们在这个连接反应体系里是有四个末端的，是吧？如果你只是加 t 四连接，没直接这两个片的加进去，然后直接做连接的话，如果你两端都有零算即可的话，他往往他会连成一个环状， 不会。像我们这里显示的就只有这个尾巴和这个头连接起来，然后还是成一个线性化的片段，这种情况下是比较少的， 甚至包括每一个片段，因为这个是屏幕的吗？每一个片段单独自己的末端也会连接起来，但有可能他之间会有重复好几个片段，这样首位末段连接起来都是有可能的。所以说在这里这个功能呢，基本上就只是一个 模拟演示的一个过程啊。当然情况下，如果你的条件控制的很好，或者根据你的实验要求，单独实现某两个片 段之间的连接也是有可能的。这个时候你就需要对他这两个末端进行一些修饰啊，或者一些其他的操作，就说只保证他这两端之间是可以的，其他地方不能连，那么他就能连成一个现行化的片段了。不过这种情况下，一般情况下做这个时间这就很少很少 啊，这就是常规的这个屏幕的连接。那么还有另外一种情况就是大家说了啊，我们一说连接的时候好像都跟眉切挂钩，是不是都先做眉切后做连接？那么两个地形片段之间呢？也可以通过眉切连接， 那么这个就跟上面这个就很相似了，但是这个还是不太一样，上面这个眉切连接之后，是相当于把另一个片段插入到一个片段中去，那么下面这个片段是直接连接两个眉切后的平的， 那当然这个啊，眉切为点切出来，这个切口肯定要一致，是吧？或者互补就是同尾吗？他才能连接起来。比如说我现在这个 gmp 这个片段，我只想要他哪一部分呀？想要他其中一部分和另外我们这个 t a 界这个片段连接起来，和 t 界形容的一部分连接起来，那么我就需要找一个共同的眉去把它切一下啊。比如说我们就选择这个 bsu 三四六二，因为这两个正好这两个片段都有这个眉纤维点，我们选择这个眉纤维点， 然后直接在这个操作列表里，他就有一个叫你这个片段是不是要用眉切？比如说我们直接用眉切选择这个呃， bsu 三十六二之后呢？他会提示你，当你用这个眉去切的时候，这个片段会被切成两段，那么你 需要哪一段，你就把它选中。比如我们选择这个从这个开始到这个眉切尾点这块片段，然后和这个贴近片段里面的这个眉切尾点到结尾的这部分，那这两步去连接起来， 那么我们就直接选择这个眉纤维点就行。或者如果你一看没选择的话，我们可以在这个箭头下来列表里去手动选择， 或者直接在这个图谱上直接点击都是可以的。当然除了单面切之外，你也可以用双面切，就是只要你切出来的那个片段，两个片段切出来的那个末端是可以搭上去的，那就可以的，我们可以在 选择这个片呢，我们可以在这个产物预览这里看一下啊，这里会有一个没切的一个切口， 然后下面这个序列，我们可以看到 bsu 三四六二，这个煤切完之后，他会有一个 act， 那么这个片段呢？他会无片段突出一个 tgatga， 正好和 act 互补吗？这样的话他就会形成一个连接功能， 连接完之后呢，还保持着这个 bsu 三十六啊，这个煤气费点仍然在这个地方，这个时候我们点击连接，那看一下这个煤气费点还是这里的，因为这种连接的话，他是不破坏这个煤气费点的，所以他还是保持他的原址的样子 啊。那么同样的啊，其实在做眉切链接的时候，如果你是单独到这两个片段去眉切的话，你这样切出两个同样的尾巴来，那么你上有的片段和下有的片段呢，也有可能会连起来的啊， 这个就需要大家去做实验的操作的时候去具体去考虑，我刚刚说了吗，一般很少去做这种直接去把两个片段连成一个片段的这种操作好，那么这个就把它关掉， 这个就很简单了，嗯，大家去这样拥用就行了，当然更多的时候可能会被上面这个功能所替代掉啊。那么除了这个之外呢，我们今天再给大家说一下下面这三个，这三个就很简单了。第一个叫环化，环化顾名思义就是把一个片段弄成一个环吗？ 比如说我们现在打开的这个电音序列是一个现行化的，我们就可以直接点击这个还话，然后他会提示你一下给这个还话的另一个名字啊，然后其他的是不是就需要这 指定一下这个细菌转化的这个菌珠啊？这些根据自己的需要去选择就行，然后直接点击还化，相当于自己的首尾末端连接起来了吗？就成了一个啊，环状指令的啊，不能说他是一个指令啊，就是一个环状的 dna 的。 那么当你打开的这个低音序列，如果是环状的吗，他这个安生里面这个选项，他就自然的变成这个线性化了。比如说我把一个环状的低音，我把这个光标放在某个地方啊，然后点击这个线性化， 同样他会跳出一个命名窗口，然后点击信息化之后，他就从我们这个光标所属的这个位置把这个低音片段就断开了。 但是这个时候注意啊，他自动断开的时候，首尾是无漂端，是保留这个磷酸集团的，那么我们回到刚才我们这个现银花片段的时候啊， 就是只有当这个五撇端是有磷酸集团的时候，他才能够执行缓化。就如果如果他是光头多的时候没有，那么你执行缓化的时候，他仍然会提示你需要给他加一个磷酸阶段，那个时候你就需要自己再给他加上就行了。 那么下面这两个选项，第一个这个是叫 nine oligo， 就是退火 aligo 是可以理解为引物吧，就是寡和高酸链 啊，我们之前在那个 ppt 理论补充里给大家介绍过这一部分，这个就很简单了，我们点开它之后，就相当于你把两个引物的序列，就是正序列和反序列放在这里就行了， 比如说我们再给这里加一个啊，嗯，这里没有引，我们就随便加一个，选用他之后点击一个引入 添加饮物，选择上游序列，然后给他加上这是一个正向饮物，下游添加一个就是副练，添加一个反弹饮物，就是 prom 一和二。那么一般情况下用到这个 就是啊，内购退火的时候，都是你需要合成一个短的片段呀，或者什么构建一些街头啊之类的东西的时候。 那么你这个操作呢？我们在实验室操作就是你把这两个饮物啊，你的正向饮物，反饮物合成好之后嘛，他是液体的嘛，你各吸一定的量，一般就等体积的，然后混合到一起， 一般情况下可能需要九十多度变性一下，然后让他冷却到室温，就是几秒时间，然后他就完成这个推广过程很简单的，那么在这里模拟的时候呢，就只需要把这个， 比如说复制一下这个正向引悟的这个序列，靠拍普拉麦，对哈，然后把这个正向贴在这里，当然你有名字的话，可以给他输个名字啊，然后返现的，我们也复制一下这个序列，然后也把它贴在这里， 然后这里这个时候就可以进行这个退火了。呃，为什么会退火？因为这个两个疑问，我们看到啊，他并不是完全重叠了嘛，他只是有一部分是互补重叠的，那么当你退火完成之后呢，他这 互补的这一个区段就会以清键的形式啊，连接起来就形成一个双链，我们的剐和核酸呢，也就是引卧的话，或者是其他的碳针什么的，这都是单链，然后这个退火完成之后呢，他就形成双链了。好，那么 这里就没什么好讲的了，他这个会提示你这个啊，有多少个剪辑是互补配对的，然后 tm 值是多少度 啊？一般情况下我刚刚说了，我们做实验的时候退火就基本上你九十多度，变形之后让他慢慢的降到室温就行了。当然如果你要用皮擦仪的话，给他准确的一个退火温度也是可以的。然后我们直接点击这个退火， 这样的话就出了一个短的双链，但是注意啊，这个双链就只有他互补的这一段是双链，那么两端呢？多出来的这个还是单列，这个末端就很像我们用眉切，尤其是这个粘性的眉去切一个粘性末端出来， 其实的话就是这个末端你也可以让他和另外一个他互补的这个末端去用 七四连接，没去连接就相当于是没切完的一个片段连接一个样子的。好，这个就是一个很简单的一个退火的操作。 那么还有最后一个就是 make protein， 就是翻译蛋白，这个其实不叫翻译蛋白，它就相当于把这个蛋白的氨基酸序列提取出来。我们一般情况下 就是大家可能都比较喜欢打开这个低音序列啊，如果你做蛋白比较少的话，你肯定是打开低音序列比较多，但是如果你做蛋白比较多的话，呃，往往需要把这个蛋白的氨基酸序列单独拿出来去分析， 那么他这里就给你提供了一种快捷的方式啊，就不需要你直接，当然你可以直接选中这个组件，比如说我们这个 gup， 这是一个从 atg 到 tga 吗？一个完整的开放阅读框，你可以选中这个 acgop one 这个绿色的这个组建之后，到这个 faces 里面可以看到他有一个就翻译的一个产物，你可以直接从这里复制把它复制出去啊， ctrl cctv 是可以的，那么还有更快捷的，假如说你这个很长或者很复杂的序列的话，直接选中这个组件之后，点击这个 make pro， 他就会让你给他命名一个名字，然后这里会看到他这个后，罪名变成 plt， 就是咱们进的蛋白文件了， 点击 ok 之后，他先打开一个界面，这个界面大家注意，他就是蛋白序列的这个界面了，你看左边的这个工具按钮，和那个 dn 的就不太一样了，就是图谱，然后序列 大家看到就直接是氨基酸序列了，就没有低音序列了，就相当于把它是从低音序列里面这个翻译产物里把它提取出来了，就很快捷啊，就是这么一个功能 啊，其他的就没有了。好，那么剩下的就是这个从列研商 pc 啊，还有一个突变的构建，然后就是这几个载体构建的方法了， 我们争取就是在单期上四期视频左右吧，把这个介绍完，那么基本上是咱们进那个菜单里面的这个基本操作，算是就给大家介绍完了， 后期就会开展一些案例的一些啊系统性的操作讲解了，希望大家继续关注私房居士这个系列的视频更新。好，谢谢大家。

我今天才发现 snapjin 的这些功能总是记不住氨基酸缩写，点击这个就可以显示简写和全称。。兔子直接有对应的表，，而且还有 dna 剪辑的代码， c 和 t 剪辑叫 ya 和 t 剪辑叫 w。。 每次都去查氨基酸密码子表。， 也直接有氨基酸，密码子表想要突变的氨基酸可以直接对应了，还有密码子表自己都可以做。。 密码组优化了，遇到问题的时候快试试豆包输入 snapjin 的教程，没想到有这么详细的内容，直接实质性提高我用 snapjin 的效率，还能直接语音沟通，完全免费，无限使用次数。。快点击左下角下载体验吧！！