如何用blast扩增找相似序列

界面出来之后呢，咱们点着这里核光酸比对，这里是蛋白比对，然后这边是核光酸转化为蛋白进行比对，也就是说你输入的是核光酸，他自己转帮你翻一层蛋白，然后进行一个比对，咱们现在是核光酸比对 好了，出来页面咱们从上到下往下看，这是输入序列的一个文本框，咱们把咱们复制的序列粘粘上去 好了，然后滚到下面，这也是啊，比对的是核甘酸，然后这里你可以输入你的物种， 但是咱们选择不输入，比如说你可以选择输入 野猪这个物种， 怎么说呢，如果你这次选择了野猪物种的时候，他就会专门利用野猪这个金主 啊这个文库，然后进行一个啊皮虾，你跑出来皮虾场会进行一个特质的一个啊比对，如果你不选择的话，他会根据 ancba 上啊所有的核酸血液，然后进行一个比对一个变， 然后这时也要选择勾选啊，结果在呈现在新的一个窗口上，然后这里一般是不动他的， 他是高相似性的区别啊，进行一个比对 plus 的时候，经常是要等的 好了，笔袋很快 好了，从上到下，也就是说从这边他的同学性高的会排在最最前面。 那野猪的分离猪 n 一他的 cos 万基因是吧？同源性百分之百，也就是相似性百分之百，也就是证明你跑出来的皮虾产物，它确实是野猪的 cos 万基因。 然后咱们再简介一下这个界面，这里这这些信息比较容易懂，咱们看一下这边你可以，如果你要看到你比对出来同学系高的区别，你直接点击下去， 他就会直接弹出这边的一个窗口，这里是某个基因的一个信息，然后接着咱们进入他的主界面，简直原配。 ok， 这又是回到咱们之前讲过的这个界面，然后如何换了他序列的话也跟上次所说的一样，这直接顶着 fast 的这种格式，然后直接点击 深层，然后直接这边了。好了，这节课就讲到这里，希望大家都会跑出想要的条带坐下。

大家好，我是小东北，前两天有师妹在私信问我，师姐我在文献中找到的影物怎么来验证，可不可以用呢？我说你可以 plus 的呀，他说我知道可以 plus， 但是我不知道具体怎么操作呀，所以今天我给大家讲一下，就是在影物验证中怎么去 plus。 主要是可以应用两种 blas 模式，一种是 n blas， 也就是我们这个引物本身是一个核酸序列，是核酸序列对序列的 blast。 第二种是用一个引物专用的这个一个 blast。 具体怎么操作呢？我给大家演，今天我给大家以屁股三的这个引物为例，讲一下怎么来验证这个引物能不能用。 首先我们这个 p 五三引物，有一个前引物，有一个后引物，我们知道他的这个产物的大小，然后我们打开 blast 这个界面，首先我们用 n blast 点击 n blast 这个界面，就会到这个界面，在这个搜索框中，我们把这个引物给他 复制进去，怎么复制呢？先把正一点复制进去， 然后我们中间空一个格，然后再把反一点复制进去， 然后下面这里边呢，我们选择这个转入本的这个模板， 然后这个选择 i 的这个序列，这个地方呢，我们选择种鼠，因为这个是人的，我们在这个种鼠里边选择人， 选择 home steppings， 然后呢这个地方我们不用选，下面的时候，我们选把这个精准的这个 筛选，选择一个这个，然后我们点击 blast， 然后再等一会之后，我们发现这个 blast 的结果就是这样的， 这样的一个 plus 的结果，上面有这个序列的基本信息，下面有他对应的 plus 的结果，这个结果我们怎么看呢？主要是看两个方面，第一个是你这个影物搜出来的一堆的这个序列是不是 p 五十三，然后我们大家看一下这个这个卡，我的这个序列百分之百的都是 p 五十三。 第二个是你 color 出来的这个序列有没有其他的，也就是你这个影物会不会 p 出非特异性的条带。我们再看一下这个转录的 转录本批出来的这个，这个匹配出来的这个除了 p 五三之外没有其他的是这个覆盖是百分之百的，所以说这个延误就是可以用的。然后第二个我来讲一下这个 primer blast， 我们同样点击这个 primer blast， 这样的话它就会出现这样的一个框。这个 primer blast 除了用来比对这个引物的序列呢，也可以用来设计引物，所以它第一个选框里边有 pci 的模板，我们可以在这个里边加入到 填写你的这个 pcr 模板，然后通过设计来最终嗯得到我们想要的引物。另一方面我们也可以把它用来 plus 的这个验证引物能不能用，然后在这个引物的这个参数中输入前引物和后引物都是五撇到三撇端的，我们把这个两个前引物和后引物输入进去， 输入完成之后我们可以选择这个披萨有产物的大小，这个地方我们可以先不动，但是你千万不要改小，比如说你写了个一百或者是两百这样出来的数目呢？如果是你计算错了，就是出现出不来你的这个影物，这个对应的匹配的模板 如果是正好的话，那他出来的树木也比较少，然后呢有有一些非特性的长条带可以能被你过滤出去了，所以说这个时候我们不要动这个， 然后呢这个地方可以根据我们的这个人物的退货温度来进行修改，这个不动也可以，因为我经常验证过没有什么区别。然后呢这个呃这个地方也不用选择，这个地方我们都不用进行改变，然后呢主要是底下的就是这个 总数，我们改成相应的就可以了。然后同样我们点 get premise， 然后呢就出现这样一个结果，他呢出现了 给出报告了几个几对人物都是这这个人物系列匹配出来的，这个几对的这个呃核酸序列。然后我们主要也是看两方面，第一个是他匹配出来这个核酸序列是不是 p 五三， 这样呢我们看出来确实有 p 五三，第二个是它匹配的序列除了 p 五三有没有其他的就是可以完全匹配的？我们可以看到这个地方除了 p 五三，它在下面呢还出现了这个 p s d two， 但是我们看呢它有几个剪辑是不一样的， 所以说他是没有非特异性条带的，这样的话呢我们这个影物就是可以用的，那这个就是两个影物验证的这个两个 blaster 你会用了吗？那我们下期再见。