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中科科英11月前
MS软件-分子力学及分子动力学理论 定义与基础: 分子力学(Molecular Mechanics),又称力场方法(Force Field Method),是建立在经典力学理论基础上的,借助经验和半经验参数计算分子结构和能量的方法。 该方法的基本思想是将分子看作是一组靠弹性力维系在一起的原子的集合。原子间若过于靠近则相互排斥,若远离则会造成化学键的拉伸或压缩、键角的扭曲,引起分子内部引力的增加。真实分子的结构是这些作用达到平衡的结果。 应用: 分子力学方法广泛用于计算分子的构象和能量,特别是在药物设计、材料科学和生物化学等领域有重要应用。 分子动力学 定义与基础: 分子动力学(Molecular Dynamics,MD)是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。 发展历程: 早在1941年,人们就在模拟计算机上进行了多体运动方程的积分运算。 20世纪50年代早期,分子动力学首次被提出。 1957年,Alder和Wainwright使用IBM 704计算机模拟刚球之间的完美弹性碰撞。 1964年,Rahman使用兰纳-琼斯(Lennard-Jones)势函数进行了液氩性质模拟,并模拟了系统性质,如自扩散系数,该模拟结果与试验数据相近。在此基础上,人们发展了一系列的分子动力学方法。 基本步骤: 确定起始构型:一个能量较低的起始构型是进行分子模拟的基础,一般分子的起始构型主要来自实验数据或量子化学计算。 赋予原子速度:根据波尔兹曼分布随机生成各个原子的速度,并调整使得体系总体在各个方向上的动量之和为零。 构建平衡相:对构型、温度等参数加以监控,使体系达到平衡状态。 进入生产相:体系中的分子和分子中的原子开始根据初始速度运动,发生吸引、排斥乃至碰撞。根据牛顿力学和预先给定的粒子间相互作用势来计算各个粒子的运动轨迹。 抽样计算:用抽样所得体系的各个状态计算当时体系的势能,进而计算构型积分。 应用: 分子动力学方法可以模拟温度、压力、流体动力学以及物体的力学性质等,提供关于分子结构和行为的动态信息。 它在理解生物分子如蛋白质、核酸和多肽等的功能和性质,以及物质设计和材料科学等方面有重要应用。 #科研 #吹爆美好目的地
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为什么知识分子是白痴? ►要避免自己成为聪明的白痴 这个视频引发了我深度的思考!如何避免成为聪明的白痴!那些知识渊博的知识分子,固守自己的模型(理论,观点等),无视模型与现实之间的巨大扭曲,最终做出愚蠢的判断!从考德维尔教授,到坚信数据分析能打赢越战的麦克纳马拉,他们都掉入了同一个陷阱,把自己的模型当成了现实本身!这个是真正的聪明的白痴,当然,除了聪明的白痴外,还有一种就是绝对的坏,他明知道自己的模型(理论,观点)是错的,但是还是在大力的宣扬和鼓吹,用来迷惑那些没有思考能力的人!所以有个词,叫非蠢即坏!当下的我们就陷入了这种“模型即现实”的幻觉中,对复杂现实,潜在问题,不同声音选择性失聪,对任何事物的客观审视,对任何不足的善意提醒,甚至不用力吹牛都可能被视为杂音,那么只剩下蠢人和坏人继续发声,他们选择捍卫模型,而非修正认知!压制与自己任何不同的模型!特别是社交媒体时代,最能吸引眼球的,能引发强烈情感共鸣的模型往往传播最广,而这类模型通常是不准确的,甚至是破坏性的,我们在社交媒体(屏幕上)花越多时间,我们就越脱离真实世界的复杂性和多面性,也就越难以承受错误模型带来的认知偏差!毕竟世界不会因为你相信某个模型就自动变得和模型一样完美!所以,关键在于我们要保持清醒的头脑和批判性思维,多接触真实的世界,多听取不同维度的信息,勇于承认任何模型都有局限性!不要僵化我们的思想,不要被蠢即坏的人洗脑!别让廉价的口号片面的信息,把你喂养成自以为是的“聪明白痴”! ►版权:Mark Manson ►剪辑/翻译/字幕:tiantiancoffee 天天咖啡 ►此频道所有影片皆为教育用途,希望让更多人能够从中收到启发,学习和受益,如果您认同我的理念,请转发此影片 #人生智慧 #心理学 #认知陷阱 #英语 #知识分子
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