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浅谈转录组和蛋白组的分析思路及差异 #润玥生物科技# 能否按照转录组的分析思路来进行蛋白组的分析? 一、核心前提:蛋白组与转录组的本质区别 理解二者的差异是分析基础:转录组得到的是“基因表达量”,而蛋白组得到的是“蛋白总丰度”…转录组更多回答“哪些基因被激活”,而蛋白组则回答“这些基因的产物如何影响细胞行为”。 二、分析思路的迁移:从转录组到蛋白组的核心逻辑 1、差异分析:从“基因表达量差异”到“蛋白功能状态差异” …蛋白组中,数据是连续型,可用t检验等线性模型;…除总蛋白丰度差异外,蛋白组更关注“实际功能的变化”(如某蛋白虽总丰度不变,但被修饰后活性增强)。 2、富集分析:从“基因集富集”到“蛋白功能模块富集” 在转录组中…,回答“哪些生物学过程被激活”。 而在蛋白组中,由于蛋白的功能注释覆盖度低于mRNA,…需结合结构域预测等补充;… 3、趋势分析:从“时间/条件依赖的表达模式”到“动态功能的演变轨迹” 在转录组中,通常通过时间序列聚类,…。 而在蛋白组中,蛋白的聚类还需结合“功能一致性”… 4、GSEA:从“基因排序”到“蛋白功能排序” 在转录组中,一般通过基因排序值…关联表型与功能模块。 而在蛋白组中,…需过滤低丰度蛋白或用最小非零值填充,避免高估差异,… 5、WGCNA:从“共表达模块”到“共功能模块” 在转录组中,通过基因共表达构建模块,识别核心调控基因。 在蛋白组中,共表达需结合“功能关联”,提高同一复合体或通路蛋白的相关性;最后的验证阶段,蛋白组模块需额外验证“功能协同性”(如Co-IP验证互作、免疫荧光验证共定位)。 三、为何有些文章更偏好做蛋白组? 1、关注“功能执行”而非“转录调控” 若目标是阐明“某表型如何发生”,…则可直接检测执行功能的蛋白。 2、转录组与蛋白组的相关性低:避免“伪阳性”干扰 若研究目标是筛选“真正影响表型的分子”,转录组可能引入大量“转录水平变化但功能无关”的假阳性,故需蛋白组验证功能状态。 3、技术互补性需求:转录组作为“初筛”,蛋白组作为“验证” 转录组常作为“初筛工具”,而蛋白组用于“验证功能”。… 润玥生物,拥有丰富高通量测序和多组学服务经验。提供基因组、微生物组、转录组、表观组、蛋白组、代谢组以及单细胞时空多组学的测序和分析,欢迎咨询~我们竭诚为您服务!
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