graphpadprism画火山图 你还在为不会用R语言而担忧吗?没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图 [哇R]数据预处理 将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中 点击“排列和筛选”中“筛选”,第一行的每个单元格会出现小箭头 分别点击小箭头进行筛选:UP:FDR<0.05,logFC>1;DOWN:FDR<0.05,logFC<-1;No difference:不属于UP和DOWN的其他数据 [哇R]新建GraphPad表格 新建XY表格,把LogFC粘贴到X轴,对应的Padj/FDR放在Y轴 注意这个时候可以把Y轴分别设置成UP、DOWN、No difference组,每一组单独放数据 [哇R]数据变换 点击“Analyze”后选择“Transform,normalize”中的“Transform”将“UP”“DOWN”“No Difference“进行数据变换 [哇R]火山图雏形 上一步点击完ok后会出现“Transform of Data1” 新建Graph选择表格为“Transform of Data1”,图形类型为散点图,可以得到初步的火山图 [哇R]修改坐标轴类型 Format Origin界面修改坐标轴:Axes and Colors中修改坐标轴宽度为1/2pt;Frame and Grid Line中将坐标轴类型修改为Plain Frame 修改X、Y轴:双击X轴或者Y轴,取消勾选“Automatically determin the range and interval”;将X轴长度设为自己想要的距离 X轴的刻度方向和长度改为“up”和“very short”;次要刻度改为二等分主要刻度;添加两条x=1和x=-1的辅助线 #火山图 #科研 #研究生日常
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