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step1.单细胞sceQTL数据下载与整理 本课程模块是《免疫细胞单细胞sceQTL数据挖掘》系列教程的第一步,专注于单细胞表达数量性状位点(single-cell expression quantitative trait loci, sceQTL)数据的获取、下载和规范化整理。作为整个数据挖掘流程的基础环节,本模块将为学员建立扎实的数据处理基础,确保后续分析的准确性和可重复性。 通过本课程模块的学习,学员将能够: 1. **理解sceQTL数据的基本概念**:掌握单细胞表达数量性状位点的生物学意义,了解其在免疫细胞功能研究中的重要作用 2. **掌握数据获取技能**:学会从公共数据库和研究资源中识别、定位和下载高质量的sceQTL数据集 3. **建立数据管理体系**:构建科学合理的数据存储结构,实现数据的分类管理和版本控制 4. **执行数据预处理**:完成数据格式转换、质量评估和初步清洗工作 5. **实现标准化流程**:建立可重复的数据处理工作流,为后续分析奠定基础 本课程使用的核心数据集包含多个免疫细胞亚群的sceQTL数据: - **CD4+ T细胞亚群**:包括naive CD4+ T细胞(cd4nc)、效应T细胞(cd4et)、SOX4+ CD4+ T细胞(cd4sox4) - **CD8+ T细胞亚群**:涵盖naive CD8+ T细胞(cd8nc)、效应T细胞(cd8et)、S100B+ CD8+ T细胞(cd8s100b) - **固有免疫细胞**:自然杀伤细胞(nk, nkr)、单核细胞(monoc, mononc)、树突状细胞(dc) - **B细胞谱系**:B细胞中间型(bin)、记忆B细胞(bmem)、浆细胞(plasma) 每个数据集都包含完整的基因型-表型关联信息,为深入的免疫遗传学研究提供丰富的资源。
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