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不好说3天前
γ-环糊精包合EC分子动力学模拟 今天展示环糊精如何将EC分子包裹,不需要传统的分子对接方法,直接通过动力学模拟就能获得更合理的包合结构。 🔍 模拟过程概述: 0ns时,γ-环糊精和EC分子处于游离状态,随机分布在水溶液中。 随着模拟时间的推进,28ns 时,EC分子开始逐渐被 γ-环糊精的空腔包裹住。 到 50ns 时,形成了稳定的包合复合物。 通过这次模拟,可以分析以下几个关键数据,帮助理解这个包合过程的演化: 1️⃣ RMSD(根均方偏差) RMSD 可以用来描述EC分子和环糊精的结构稳定性。通过跟踪这两个分子随时间的相对运动,观察到: 模拟初期,EC分子和环糊精在游离状态下,RMSD较高; 随着时间的推移,28ns后,EC分子逐渐被包裹在环糊精空腔内,RMSD值逐渐降低,表示包合结构趋于稳定。 2️⃣ Rg(回转半径) Rg值反映了分子内部的 聚集程度。在模拟过程中,我观察到: 当EC分子进入环糊精的空腔时,Rg值减小,表明 EC分子与环糊精的结合更加紧密,形成了稳定的包合物。 3️⃣ SASA(溶剂可接触表面积) SASA能够显示分子与水分子的接触面积,在包合过程中: 初期,EC分子与水的接触面很大; 当包合发生时,SASA值逐渐减小,意味着 EC分子被包裹,减少了与水的接触,从而提升了包合物的稳定性。 4️⃣ 氢键分析 氢键在分子间的稳定性上起着重要作用。通过氢键的数量和强度: 在包合初期,EC分子和γ-环糊精之间的氢键逐渐增多; 到50ns时,氢键数量达到最大,表示包合结构已趋于稳定。 5️⃣ 质心间的距离 通过分析 EC分子和γ-环糊精的质心间距离,可以跟踪包合过程: 初期,两者之间的质心距离较大; 随着模拟进行,质心间的距离逐渐缩小,最终趋于稳定,表明包合过程完成。 与传统分子对接比较: 分子对接主要依赖于静态的能量最优化,虽然它能找到能量最低的结合位点,但它忽略了溶剂环境下的动态效应; 而动力学模拟涵盖了溶剂效应、分子柔性及动态相互作用,能更真实地再现包合过程与最终构型。 📣 总结: 通过分子动力学模拟,我们可以比传统的 分子对接 更加真实地捕捉到分子间的相互作用与包合过程。这对于 环糊精包合EC分子的研究 以及类似的分子体系,提供了更加 合理和细致的见解。 #分子动力学模拟 #环糊精包合 #分子模拟 #分子相互作用 #SASA
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