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NC好思路!细胞状态综合分析!纯生信!细胞状态在复杂生物过程中扮演的角色、变化规律及其分子调控机制一直是生物医学领域的热点,随着单细胞数据完成原始积累,时序时空单细胞多组学数据的增加,这个方向的关注度又迎来新一轮提升。 最近读到NC这篇工作,全文以生信分析为主,难度不大,胜在研究思路。这种系统性的分析思路泛化能力最强,适合迁移到各种复杂生物过程中,推荐大家学一学。 回到原文,这篇关于小儿横纹肌肉瘤(RMS)的研究通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤内细胞状态的异质性,特别关注了肿瘤获得的和治疗抵抗性的细胞状态。研究通过分析来自患者肿瘤、异种移植模型、原代细胞培养和细胞系的scRNA数据,深入探索了肿瘤细胞的分子特征和行为。 研究背景与目的: RMS是一种主要影响儿童的恶性肿瘤,与未分化的肌肉细胞相似。尽管治疗方法多样,但许多患者的预后依然不佳。 研究方法与技术: 使用单细胞RNA测序(scRNAseq)技术分析了多个样本,包括直接来源于患者的肿瘤样本、患者衍生异种移植物(PDX)、体外细胞系。通过对比肿瘤细胞的转录组数据与人类肌肉发育过程中的细胞,确定了肿瘤特有的细胞状态和潜在的治疗靶点。 主要发现: 作者确定了RMS中的四种主要肌肉系细胞状态:祖细胞、增殖细胞、分化细胞和基底状态细胞。这些细胞状态在不同的RMS亚型(融合阳性和融合阴性RMS)中表现出不同的分布和特性。作者发现,融合阴性RMS(FN-RMS)中的祖细胞与胎儿肌肉发育中的双潜能骨骼肌间充质细胞有转录组相似性,而融合阳性RMS(FP-RMS)中识别出具有神经细胞标志的肿瘤获得细胞状态,这些细胞状态可能与治疗抵抗有关。 文章亮点是作者对细胞状态进行了综合分析。文章通过综合分析不同来源(患者肿瘤、异种移植物、细胞系等)的数据,识别出具有代表性的细胞状态。这种跨样本和跨条件的分析增加了发现结果的广泛适用性和验证性。此外,研究不仅分析了肿瘤细胞内部的状态,还将这些细胞状态与人类肌肉发育过程中的细胞状态进行比较。这种方法可以揭示肿瘤细胞可能回顾性地采用或变异自正常发育过程的特征,为理解肿瘤发生提供了新的视角。 #生信分析 #生物信息学 #科研 #SCI #科研学习
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