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单细胞多组学-预后研究中-成纤维细胞已出圈~~ 肿瘤微环境(TME)的研究风卷残云,尤其是癌症相关成纤维细胞(CAFs),从“被忽视的配角”一跃成为“顶流明星”。但相信很多深耕此领域的宝子们都有同感:CAF亚型太多、功能重叠、空间位置不清… 今天小渡挖到的这篇发表在《Gut》(IF=26.2,1区Top)上的研究,这套多组学联合解析基质细胞亚型并关联预后的打法,堪称临床科研的满分模版,做肿瘤微环境的小伙伴直接照抄就行! 思路解析 1.单细胞:对胰腺癌及正常胰腺组织测序,精细划分CAFs亚群,首次鉴定csCAFs亚型,发现其与iCAFs转录谱高度重叠,且胰腺癌中csCAFs占比显著降低; 2.单细胞核多组学:同步检测染色质可及性与基因表达,揭示iCAFs中特异性激活的通路,从转录、表观层面明确csCAFs与iCAFs的分子差异; 3.轨迹分析+跨物种验证:通过伪时间和RNA速度分析证实csCAFs可分化为iCAFs,整合人鼠单细胞数据集,完成csCAFs亚型的跨物种验证; 4.空间组学:解析肿瘤内CAFs空间分布,发现高csCAFs区域的微环境特征,鉴定出csCAFs与T细胞的特异性CXCL12-CXCR4互作,且该互作具转移器官差异性; 5.临床验证+生信反卷积:经多重免疫组化和批量RNA测序反卷积分析,证实高csCAFs与患者更长生存期相关。 #成纤维细胞 #单细胞多组学 #肿瘤预后 #反卷积 #跨物种
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