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韩幸怡8月前
国自然 几种单细胞文章中的常见图解🌟 1️⃣t-SNE图:单细胞t-SNE图是一种可视化工具,用于展示单细胞测序数据中细胞类型或状态的分布。它通过将高维的基因表达数据降维到二维或三维空间,使得不同类型的细胞在图中形成聚类。聚类分析后的t-SNE展示图,每一簇颜色代表cluster后鉴定到的不同细胞群。 2️⃣UMAP图:UMAP图和t-SNE图具有相同的含义,都是主成分分析的降维结果,但它们使用了不同的技术来保持更多的结构信息(通常会出现更多的空白区域)。这两种方法都得到了广泛的认可。每种颜色表示在聚类后识别的不同细胞群体。 3️⃣ 基因表达热图:细胞簇基因表达热图分析揭示了聚类分析中细胞的差异基因,并通过热图呈现这些结果。热图的横轴显示了6种细胞群,纵轴则列出了差异表达的基因,其中黄色表示高表达水平,而紫色表示低表达水平。 4️⃣Dotplot图:横轴为细胞簇,纵轴为基因名,点的大小代表这个簇中高表达该基因的细胞占比。点的颜色深度代表基因表达量的高低。 5️⃣小提琴图:横轴一般为各细胞簇,纵轴选定基因的表达量。同一水平线小提琴形状宽度越宽,代表该水平细胞数量表达越多。例如图中lgkc基因在第11群细胞中表达最高。 6️⃣弦图:用于展示多种细胞群之间的关系,图中圆上任意两点的线段叫做弦,弦代表着两种细胞之间的互作关系。其中弧线的宽度则代表互作强度。 7️⃣ KEGG/GO富集分析图:一般做到后续分析时我们会聚焦于某个信号通路进行讨论,其中柱形图长度越长表明与富集到本条通路的基因越多,与这条通路越可能相关。 #国自然 #国自然标书 #国自然青年基金 #国自然标书撰写 #国自然标书撰写 @DOU+小助手
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