怎么上传测序数据到geo数据库

哈喽，大家好，接下来我就接下来我会给大家讲一系列的灌入金优数据库的发掘 如何去实战，那么第一脚我就会先给大家介绍一下啊机油数据库的一些基本的信息。 首先我们要了解什么是机油数据库，机油数据库呢，它的是全程正经表达综合信息，那么它是由美国的生物技术信息中心最边创建的图形文物， 看他创建于二零两千年之后，他收入的呃各个高校及各娃眼球的高分量啊进行表达了一个数据 设计的儿歌是已发表了一些，那我呃其中涉及到的数据经表达数据都会在里面可以检测的到。那么金优数据库 呃的登的方式，第一个通过他的网址，第二个是他卖的一个入口呃三，第三点就是他的数据显示，数据显示是他的数据包含了呃 多种培养的，就是高通量实验的一个数据的存储，包括呃安通道和双通道的为真理的实验呀，以及前侧的 m i 金总的 dn 数据，以及蛋白的蛋白质的丰富数据，还有金表达系列的 wifi 记忆数据， 以及质朴蛋白质组织的数据，还有高空量特区二代。他的检测方式大概有四种方式，是根据他的四种 id 形式，嗯，数据及 id 就是 gfd， 他的区别 id 就是研究 igs e， 还有他的一个新朋 id 就是样品的 id 就是 gsl， 以及他上面一个芯片的平台 id 就是 gpl， 这四种大概就包含着这四种形式啊，数据平台包含了有什么 啊？首先就是平台记录的正品上头软件系列，例如 cba， 还有寡标酸碳针素，以及他的开放节的跑， 看不起。还有第二个就是在实验中和减肥法和定量的缝隙，定量的就是 ic 极易表情也太这样的，每个平台他都会有一个唯一的 id 号，就是机油表，专注号，机票这种设计格式， 我们可以跟在这个平台，在就是每一个相同的平台下面可以提交多个样本的数据。嗯，第六点就是怪物样本，他们 样本是记录了单个的，单个的样本的条件以及他经过经过的一个操作，这是指南的一个处理，嗯，就包含了他的遗憾， 它是可以通过 gu 的唯一 id 号 gsm 来查查找缩影的，而且每一个样本是必须要对应的。呃，唯一的 一个平台，但是他可以包含在多个的数据节里，这个需要了解一下。呃，第七点就是系列，他是系列的概念，他就是 定了一组或者被认为是一组的十组的一个相关的样本，就是多个样本的一个信息， 他分成一个组别，那么以及他们在是否排序啊，以及在实验室等待呃处理，以及他的描述信息 包含了数据，呃提取信息，以及数据专业的结论以及分析的表格等一系列的相关的信息， 你们可以在呃网上都可以看得到。我第八个就是关注他的数据进行，是，那么他是一个， 这是样板数据的惊险，这是一系列的样板组成的一个数据机，那么 gst 代表老师只有收学成绩， 生物学合同协议的一个介有有样本，但是我们可以例假为一次实验的样板是有多个多个样板的信息，那么他还有分析的概念 系列的数据，他们共同会呃发在一个组里面，就是构成的一个数据集，那么他的背景的处理啊，也标准化的很考虑的因素等基本都是一致的，所以说他是，嗯，就是类似，就是可以 可能理解就是一个实验的数据，呃。第九点就是他们的呃大小关系，我们可以看到就是理解为一个 gfd， 一个 gds 包含了多个 gs， 那么一个 gs 没有八个多，呃， gse， 对，就一次实验里面也包含了多个 gm 的样子，那么一个 包含有多个呃，他可以作为多个呃，就是做别人的面的 gsp 的做别人的面具。 而且在一个 gse 里面也是可以有多个 gim 都是 gm 样板机器的，是这样的，他们是呃已经标准化之后可以做一组实验了， 这个就是具体的他的一个界面的信息，我们可以看到哦，这里面有 了解信息，那么我们可以根据这个机油这个话题是就可以去找到他的呃 gsp id， 我们可以搜索，还有其他的 id， 其实也可以搜 手上还记得很清楚啊，这里面呢表示一就是他的电视机的 id 信息，二就是他的手续的一个发表信息，那么这个手机到底是为什么时候发表 id 的一键发表。三呢就是他的 实验的一个呃基本的总结类型，类型的总结。第四个就是呃总体实验设计呢里面的一个信息，呃就是关于实验是怎么设计的。第五就是他的数据的贡献者是谁， 那么接下来就是下面就是下面的一就是我们可以看贡献者的联系方式以及呃数据平台的一个基本的信息啊，还有他的样本的 gsm 信息，以及四就代表的就是 是我们可以利用在线的二里的工具进行一个简单的分析。五这是他的呃数据的一个基本的 下载信息。六就是支撑产量的一个延伸的一个数据信息啊。现在我 目前就给大家介绍到这么多，接下来我会一步步教大家如何去实战，那呃怎么去分析这个金腰里面的数据？好，谢谢大家。

这节课程我们来介绍一下 ncbi 数据上传，在数据处理完成之后，一般发表文章需要公开数据，因此将数据上传 ncbi 是一项重要的工作。对于 ncbi 数据上传， ncbi 官网都有详细的说明文档， 但是上传的步骤过于繁琐，新用户第一次操作还是需要非常大的学习成本。 ncbi 上传数据最重要的是两点，第一点是填好正确的信息，第二点是数据格式一定要满足 ncbi 的要求。 那么接下来我们就为大家介绍一下如何来进行 ncbi 数据的上传。首先我们来看一下可以上传到 ncbi 的数据类型， 这里面列出了 ncbr 可以接受的数据类型以及支持的上传方法， 包括拼接好的金主完成图草图、转录组数据、高通量测序位置、金主变异数据以及单条测距数据等等类型。这些数据根据不同的数据类型上传到 ncbi 不同的数据库中， 例如金主信息上传到知音、 bugriphone 等数据库，转录组数据上传到 tsa 数据库，而车区锐志则上传到 sra 数据库。下面我们来介绍一下上传数据过程需要使用的工具， 上含的工具包括钢铁的和筛和印。如果是比较小的 数据，一种十六 s 设计数据、单调基因等可以使用半 k 的在线提交就行。这里面注意，刚给的也并不是所有小的数据都可以接受， 如果剪辑小于两百 bp 就不行，除非标明这些数据来自于外弦指，外弦指有可能小于两百 bp 或者 ncra 小 ra 等。 如果是 e s t 数据，需要使用 d b， e s， t， c， c， t， c s s 数据，需要使用 d b， z， s， s， c。 四头 sts 数据需要使用 dbsts， cston 都不能使用班级的系统。 赛克印并不是网页使用，而是安装到本地电脑的软件，所以功能更多，支持的数据类型也更多， 可以完成批量上传。还有一个数据转换的工具， tbl two a s n tbl two a s a 是命令行软件，用于把序列处置信息转化为点 sq 文件，这个文件在上传金主序列的时候是必须用到的。 在数据上传过程中需要填写很多的信息，最好提前把这些信息整理好。包括联系信息，例如上传者的姓名、工作单位、部门、单位地址、日期、电话号码、邮箱等。 序列信息包括物种名、样品名、样品描述、样品特性等。还有测序信息，例如测序平台、测序类型、 稳固大小等，其他的还包括发表文章的信息等，总之需要填很多的信息。 接下来还有一件重要的工作，就是要注册 ncbi 的账号，买 acbi， 获得账号和密码， 买这边用于管理上传后的数据，如果后面数据有更新，还需要使用同样的账号进行维护，所以要保证好。这个账号注册比较简单，和其他网上账号注册的类似，这里面就不介绍了。 在获得了账号之后，登录账号，我们就可以开始进行数据的上传工作了。首先我们来介绍一下上传金主数据， 刚刚到 ncba 上传页面，里面包含很多接收数据的数据库，根据 上传的数据类型进行选择。这里我们要上传金主文件，首先点击包围 pro， 再给他创建包围 progel 号和包围三拨号， 对某一个物种进行了金属车序，就是申请包围 pro 和包围上方号各一个，点击妙三文门诊。接下来就是需要填写各种信息， 经过几个步骤之后，最后点击萨博梅特。包一 pro 债务的创建成功，我们会得到一个包一 pro 债务的 id， 以 prg n a 字母为前缀，这个号码在后面会用到。第二步要做的就是获取 sbt 文件， 在汤普勒的报复页面填写一些信息，包括刚才得到的，包括在和 id 提交完了，就会生成一个以点 sbp 结尾的文件，汤普莱特点 svp， 将这个文件下载下来，接下来一个非常重要的工作就是使用 tbl two asn 产生 sqn 文件 还是科文文件，是上面还是 bp 文件，金主序列文件以及金主注视信息文件， tbl 的一个综合体，所以需要对这三个文件进行格式转换， 这个过程比较麻烦，容易出错。其中金主注视信息并不是必须的，也可以只上传金主序列还是 bt 文件，我们已经有了， 就是从 ncba 下载下来的化身文件，就是金主的拼接结果，后缀是点 f a， 点化肥或者点 f ic 等。 注意这里面有格式要求，金主文件序列中不能有 get， 每个文件不能超过一万条。 八十 a 序列，第一行是大于号开头，后面是描述信息，下面是序列信息，每一条序列长度不能超过八十个。制服 后车为 ppl 表格格式的金属注册文件，有固定的格式要求，这个文件比较麻烦， 此文件有五列，每列用泰国分割称为飞车。泰国这个文件是最为麻烦 一部。该文件必须包含编码基因的结构注视信息、非编码基因的结构注视信息和基因的功能注视信息等。 比如前面我们系列分析中的基因预测跟 cr 分析和基因功能出事，一旦做不好， ncbi 的工作人员就会发以迈偶反馈修改意见。对于飞车推广格式，需要注意以下几点。 首先，对每条序列的所有出任之前有一行额外的内容，例如 aj 十 w 的一 该行内容，后面所有出事都属于史高否一，一定不能遗漏飞车这个单词。飞车和史高否一 用空格来分割。每个飞车使用五行内容进行阐述，并分成两个部分。第一部分是飞车在序列上的结构信息，有三列，分别是该飞车的起始微点、结束微点和飞车名。而飞车在正义链上 折起指为点，以小于号结束为点。落在复印链上折起指为点，以大于号为结束为点， 让飞车为断裂的 cds 或者海审等信息。这有多行数据，但仅在其首行的第三列显示飞车的名字。 第二部分是飞车的功能处置信息， 使用第四到第五列 前面有三个推波键，第四列对应飞车的框里菲尔，第五列是匡尔菲尔的值，库尔菲尔就是对飞车的描述标签，如果有多个框里菲尔极其值，则用多行进行表述。 黑色和快乐肥标签的具体名称可以参考这个说明。 常用的飞车名有知音 mra、 cds、 f 三、五撇、 utr、 三撇、 utr、 tra、 rincra 等。 其中 a 三 r a 是指除了 t， r a 和 r a 以外的其余 c r a 基因的高尔夫标签，一般是基因。 第五列使用金主系统化的金 id， mr 和 cds 的 coutuber 标签一般使用 pro。 第五列是安儿注视的结果。 f 三的 colower 一般使用 mate， 例如一二三的有 tr 的框里边标签使用 nott。 第五列是相应的 rv 种类。 ncra 的括列篇标签必须有 ncra plus。 第五列则是 ncra 的类别，比如 mara， sra， scra 等，主要可以使用 nott 作为框里边的标签，即使可以随意标示 m， r a 和 cds 的朋友大额取持使用安儿注视的最终结果。 这三个准备 好了之后，就可以运行 ppl two as 生成 sk 文文件了。运行程序结束之后，会生成以序列 id 命名的三个文件，分别以点 sk 文、点 v a， l 和点 love 结尾。 其中点 sk 文件就是我们最后需要的文件。点 vl 文件可以查看转换过程是否出现问题，而点 logo 文件则用来监视转换的过程。一般来说，点 vl 文件大小为零，这转换过程没有问题，否则需要根据 报出信息进行修改。另外我们还需要一个 aj p 文件，这个文件主要是列出每条 catel 的信息，包括起始和中指位置。 app 文件只需要 要写一个简单程序就可以统计，并不是特别难。那么经过以上步骤之后，现在我们就可以使用频道 macose 的上传点 sk 文件，登录频道 marpods 网页 最下方输入框中填写信息，然后上传点 sk 文和 acp 文件。如果有符合 acbi 注视标准的注视文件也可以一起上传，不过生成满足 acbi 格式要求的文件非常麻烦。 接下来再填写上传的信息，最后点击沙巴梅特数据就上传完成了。 这一数据上传到 三 a 数据库比金主要容易一些，大家可以查看相应的说明文档即可。本次课程只是做一个简单的介绍， ncbi 也会不断修改上传数据的方式，具体执行过程中也可能与本课程介绍的稍有不同。 建议大家在上传数据之前请仔细阅读说明文档。

大家好，今天给大家介绍一下微信新平台 desic two 差异分析模块儿用，点击左侧的常用工具下面的 desic two 差异分析。首先简单介绍一下转入组，入组测序以后，我们会得到每一个基因在每一个样品中的原始表达值， 这些原始表达值构成了原始表达矩阵，通过对原始表达矩阵进行标准化，然后就可以进行差异分析。最常用的差异分析工具就是 desic to， 我们以视力数据为例，展示一下 desic to 的使用，点击视力数据打开，我们来看 d， c 和 two 差异分析。呃，第一个输入就是原始表达矩阵，行是基因，列是样品， a 列是基因，然后 b 到 h 列是样品，其中 a 列不能够有重复，然后列的 h 列是零或者是忍数，嗯，是小数，不能是空或者是 na。 第二个参数就是我们的分组信息，边有三个实验组， 样品是实验组，这个样品是对照组， group a， 实验组用逗号分割，然后 group b， 对照组也是用逗号分割。 group a 的名字， b 的名字比较类型比较类型分为 pair 的和 unpair 的，我们一般情况下使用的是 unpair 的。 佩尔和安佩尔的区别在于佩尔的相当于要进行一个对应，那我们样品以致 a 患者的癌症，然后 b 患者的癌症， a 患者的癌症药也是 字 a 的的的是我们一般情况下我们会用配对比较，那情况下我们是非配对比较。我们 copy a 到 h 列，然后粘贴到我们的输入框。这边需要反复强调的是，第一 行是基因，列是样品，如果你从 a o 数据库里边得到的样品是分开的， 那么你可以进行一个合并，然后 cond 必须是零或者是正整数，不能为空或者是 n a。 然后狩猎的基因名必须是唯一的， 也就是不能够有重复，同时样品名也要是唯一的，如果你的数据较少，可以直接粘贴，如果数据较多，我们提供了 type 分割的 txt 上传。然后比较方式有五列，第一列是实验组对应的 样品，也是对照组对应的样品，实验组的名字，对照组的名字比较方式，哎这五列，然后粘贴到输入框，需要注意品名我们 尽量不要用特殊符号，然后是英文逗号分割，这样输入我们设置的低表达量过滤， 也就是因在所有的样品中他的表达值都非常低，我们在后续的分期中可以把这个基因给去掉。 acicto 官网说过滤不是必须的， 所以我们这边默认不进行过滤，也就是零，如果你想进行过滤的话，可以自行设置进行过滤以后，比如说你输入的是两万个基因，过滤以后你得到的差异基因 总表可能就是一万九，我们点击提交，由于这个模块消耗的计算资源比较大，所以大概三十秒以后会出现结果，我们的结果是 excel 格式的，点击 results， 这是也是压缩包， 需要大家解压出来，然后查看。我们点击解压，打开 excel 标，包括两列，两个 shit， 第一个 shit 是表达值，然后第二个 shit 机以后有 shit， 如果你有多个比较的话，就是有多个 shit 差异的结果。再看 expression， 这个 shit a 到 h 列是我们的输入列式基因，然后 b 到 h 列是每一个样品列表达值，爱到欧列表达值对应的是原始表达值，对应的标准化表达值 块。第一块是基因，是原始表达值，第三块是标准化表达值，是总表，也就是没有经过批值过滤的，没有经过过滤的总表。 所以第一个 shit 的基因三七四三六，第二个也是三七四三六，没有经过过滤，这个是总表。大家可以用这个表进行火山图的绘制， a 列 是基因，列是 for change， 然后 c 列是 logard f， c 列是 p value， e 列是 adjusted p value， 然后 f 列是上调或者是下调。 b 列和 h 列是每一组的标准化均值，然后二到 o 列是每一个样对应的文化表达值。 可以根据这个表进行火山图的绘制，或者是用 excel 进行筛选，获得差异版的基因。然后如果你的基因 id 是 angle id， 要进行一个转化， 转化成进森宝，然后进行 g o 或者是 pastry 的负极分析。使用 d c 和 two 差异分析模块以后，我们可以方便的进行 g o 数据库转入组测序的差异分析， 然后结合卫生性平台其他模块配置火山图，热图等等。我还可以进行 go 或者是 pastry 的功能分析，所以我们不光有 强大的绘图功能，而且有各种分析模块帮助大家零代码分析数据，零代码展示数据，助力发高分文章。好了，今天就介绍到这里，谢谢大家。

没有样本，没钱测序，如何拿别人的数据来发自己的文章呢？进入网站，首先选择只有分析模块选择数据级筛选，搜索框中直接输入心血管方向的高血压，右边可以选择是匹配标题还是粘药还是实验设计类型，点击检索后就出来匹配到的数据级，根据匹配 程度排序，然后点开数据及边上的小三角，就展开这个数据及的详细介绍，包括标题五中实验类型概要、实验设计参考文件，这些信息都适合 geo 数据库，一对一对， 直接点击 satishn 可查看对应文献。右边看到这个数据集一共六个样本，然后点开样本边上的三角就显示出各个样本了。前三个 htm 是高血压组，后三个样本是 pc 对照组，输入分组的名字，比如高血压组，点击说 就创建了样本分组。设置好样本之后，就可以开始对基友的芯片数据进行各种分析了，比如以下这个差异基因 样本，一选择高血压组样板，二组选择对照组，此时数据标准化，具体次效应会自动完成，然后点击 clock 叉以及 分析完毕。图片是高清水量图，包含了标准化后的图和去皮子效应的结果图，这两个图发文章的时候可以放在补充材料，说明你做过了。然后就是差异基因，经典的火山图、热图和 cat 通路复习和各功能复习了。