TCGA有chipseq数据吗

各位同学大家好，欢迎来到生性 a 计划，我是一峰博士，这一刻我们来学一下如何下载和整理 tcg 临床数据，通过这个 tcga berlingspr 来下载和提取相应的数据。 ok， 我们首先进入这个文件夹，那么里面文件夹里面有两个文件，一个是这个进入工作路径的一个 r project 文件，还有一个就是我们的脚本，大家只需要这两个文件就可以了，把它放在文件夹里面，然后直接点击这个 star 这个 文件，进入 ask 丢丢， 然后点击这个阿九的的右边有个 fails， 然后点击我们的脚本如何下载和整理 ppt 的数据。 ok， 我们的课程来源 a 计划，我们的十多个人是让想变得优秀的人出类拔萃。大家关注微信公众号贝尔对的三六零，回复 t 二六四可以获得脚本和一对一的指导，因为脚本将进行更新，所以大家一定要跟我取消联系。我们的教学采用保姆式教学，独特风格的脚本解读让你一眼就看明白。 ok， 我们先清清除黄金面料，点击这里就是清除这边的黄金面料，然后因为我们是直接进入共同路径，所以就不需要我们再去设置这个共同路径了，因为大家可以看到这里，对吧？这就是我们的共同路径，大家可以看到这里啊， 然后这里可以看到我们的文件，所以这些警号键后面都是注视行，是不需要运行的。然后这里呢就是调整一些系统性参数，然后这里是安装现代包，我们先安装拍个妹，这个包安装好了之后呢，再用拍个妹里面一个函数叫拼漏的函数来安装这这几个包就行了，大家不用管，就直接 直接运行就行了，直接选中，然后点击乱，而接下来我们要获取临床信息，那么怎么获取呢？如果我们可以去查一下我们的癌症的简称，比如说我们的胃癌是 stad， 那就把这个改下就行了 啊，把 ttga 干后面的癌症的简称改一下，比如说有的人是 coad， 对吧？你，你是这个的， 我们可以，你是这个癌症呢，你就写这个癌症，对吧？你是其他癌症就换一个癌症就行了，我把它换回来， ok， 我是伟爱大家，大家的数据就只需要改自己就可以了，其他的可以，其实都可以不用改，我们会一个个来运行，那么前面运行过了加载黄的相应的包之后呢？我们再来运行，可另一口又通过这个 gdc， 可另一口这个函数来获取他的一个临床信息。 那么这一步呢？可能需要点时间，因为他要从那个 gdc 官网里面去下载行程数据，大概需要五到十分钟左右，如果你的网速比较快的话，可能会稍微快一点，我们稍等片刻， ok， 等他大一号出现之后呢，那么我们的这个数据就下载完了，可以看到他总共肯定一口，可以点开看一下，对吧？他总共有 四百四十三行，六十九个列，对吧？就是九列，就是六十六九个那个变量，然后行的话就是提直接的这个样板名，他看到吗？ ok， 那么我们就可以从这个数据里面直接提取，当然大概可以直接把它输出来，就是把这个表 出来，自己用手动进行整理的，也是可以的。比如说我们可以看一下这是他的名字，对吧？然后这是什么呢？这是他的一个 stay 举，然后往后拉，这是 days， two last follow up 最后一次的水防时间，那个这个也是需要的， 以及他的一些 t 分机、 n 分机、 m 分机等， 他可以把相应的需要的东西把他提出来，我们做后续处理，那么这个听个另这个包他的他的那个 作用就处理完了，就简单的一个命令，就把相应的数据下载好了。然后接下来我们可以看一下他的一个列名，他总共有六十四列，对吧？六十四列，然后我们接着通过列名来提取相应的相应的那个相应的那个数据，这是重复了啊， 然后我们重新秘密一个变量，叫肯定一口 dad 啊，我们把复制到这里面去，然后从肯定口里面提取这些列，就是我们需要那些列，我们可以看一下， 我们再看一下同一个 data， 那么他的话就变成了十行啊，十列的，对吧？就是我们需要的这十列，包括这个生存状态，然后 死亡的一个热期，对吧？时间，死亡时间，最后一个是谁访的时间，然后性别， a 举年龄以及他的 stay 举， t 分期、 n 分期、 m 分期，就是这四列，我把它提出来，把它复制为一个新的面料。那接下来我们要对生存时间进行处理，那么生存时间怎么进行处理？分两部分，第一部分就是如果他的状态是死亡的话，就是把它复制为一，如果是 live 的话，就把它复制为零，然后他们的时间是不一样的，如果是死亡时间就是他最后一次的一个，呃，他有记录的一个死亡时间，就是比如说他是带的他是死亡，也就是六百四十天，对吧？如果他是 alright 的话，我们就取他一个水纺时间，比如说这个 alright， 因为他没有死亡时间嘛，就取他的水纺时间就可以了。 ok， 我们就通过这个命令来获取他的一个 level 的数据，还有通过这个函数来获取他一个代表的数据就行了。他通过 fiat 还有 mutat 这两个函数来做，然后再把它合并，我们可以看一下， 就是肯定就是七零后的这个数据，对吧？然后他就加了一列 water state， 就是加这一列，对吧？加这一列，然后呢 其他的数据它合并在一起了，然后我们再对它进行一个名字的转化，比如说把上面的 id 把它变成 simple 样的名字，直接把它 这个 state， 把它变为这个生存 state， 包括 h 娟的，还有个 st， stage， tnmn 等等等等这些变化。 我再看一下这个数据，对吧？它的第一列就是我们的 simple， 第二列是这个 ten 生存时间，第三列是 state， 第四列是 ag 捐的就可以了。 ok， 那么我们就把这个两个文件把它输出来， 然后我们可以通过这两种再提取，我们只需要我们的生存时间的 和生存状态的，就把提议出来，我们一看一下，这就只有生存实验生存状态，然后我们把它输出来 就可以了。 ok， 我们再来看一下我们这个数据，它就生成了，我们可以看一下这是只有生成状态的，我们可以用我们机制本打开，或者用 sudio， 或者是或者用其他的一些软件打开， 这是只有生长时间和生长状态了，对吧？ okay， 那么这个呢，就是所有的临床数据，大家可以后期进行进一步的处理的，他就把这个 h， 包括娟的 stage t， nm 等等都把它放进去了。 好的，我们的脚本就讲完了，大家关注我们的微信公众号，申请 a 计划 bid 的三六零，回复 t 二六四，可以获得脚本和一对一的指导。因为脚本将近更新，所以大家一定要跟我们取得联系，我们采用宝马车教学，读懂风格的脚本解读，让你一眼就看明白。