薛定谔分子对接教程

大家好，欢迎来到薛定谔软件线上教学，我们是 taurus tech， 即美国薛定谔软件经销商。接下来由我为大家讲解本次教程交叉对接与 i f d m d 方案。 首先我们先来了解一下旭定额公司。旭定额公司成立于一九九零年，公司总部位于纽约，是一家专注于开发和应用先进的计算方法的科技公司，只在改变科学家设计治疗方法和材料的方式。 旭定额在二零二零年二月成功在纳斯达克上市，成为行业内第一家计算化学上市公司。 ifmd 方案是在没有实验结构的情况下，预测一个已知药物分子会如何与靶点蛋白结合，可以把它想象成一个蛋白质药物分子的三 d 建模与动态模拟过程。 教程的主要内容是预测一个名为 e s l 三的分子如何与凝血酶结合已知零四年才解析出它的真实结构。 但教程假设我们回到零三年，手头只有一个零三年的，且结合了其他分子的凝血酶结构 e n z q。 整个流程共分为四步，第一步，准备模板，精修和准备好已有的蛋白质结构 e n z q， 去除无关的部分，优化轻件网络，为模拟打好基础。第二步，准备新兵，准备好需要被预测的活性分子 esl 三，生成其合理的三维化学结构。 第三步，使用 i f d m d。 工作流程进行模拟预测。首先进行初时对接，先忽略蛋白的柔性，将新分子对接到旧分子的位置附近，生成大量可能姿势， 然后进行诱导契合，考虑蛋白质侧链等局部结构的灵活性，调整蛋白以适应新分子的不同姿势。 最后进行分子动力学进修，引入水分子进行短时间、短时间的动态模拟，评估各个结合姿势的稳定性，并筛选出最可靠、能量最有力的预测结果。 第四步，分析答案。将 i f， d， m d 预测出的结最佳结合构像与零四年解析出的真实晶体结构进行对比，验证预测的准确性。 教程演示的结果显示，预测结构与真实结构在关键相互作用上高度一致。首先更打开文件，更改工作目录，找到自己的文件夹。 然后打开预存的项目， 选择文件，将项目另存为更改文件名称，点击保存。首先包括并选择 e、 n， z q 调目。 在常用工具栏中点击蛋白质置备。 蛋白质置备工作流程面板随即打开，然后即用交互式工作流程已逐步置备结构。 在二域处理步骤中展开更多选项 勾选，删除非配体元端水分子， 并将距离设置为零， 已删除所有现存的水分子。 然后点击预处理。 作业完成后，输出的预处理结构将自动被选中，并加入到工作区中。 在整三诊断和分析中点击检查结构， 这里显示部分环区存在残疾缺失。然后切换到亚结构选项卡， 在亚结构选项卡中按住 ctrl 键并点击链地和链 l。 链地和链 l 在 工作区中被选中，点击从条目中删除， 这里删除。远离配器集合位点的链不会受影响，但会加快计算的速度。如果配器 s i n 五五仍然存在， 在表格中选中它。然后点击从条目中删除， 点击工作流程，返回到制定工作流程选项卡，在第四项优化新建分配部分展开设置选项，勾选第三项， 然后点击优化按钮， 在第五项最小化并删除水分子部分，展开设置选项，勾选仅优化清源字，然后点击清理按钮， 然后关闭面板。 下面进行配体模板制背。首先选择 esl 三配体条目，从任务中打开 leak prep 面板， 在结构来源处选择项目表一个，选择条目，然后更改作业名称。点击运行，运行结束后关闭面板， 之后运行 i， f， d， m， d 交叉对接作业。从任务中搜索 i， f， d， 选择 i， f， d， m， d。 在 条目列表中包含已知五个水分子的 e、 n， z， q 复合物， 同时选择输出的结果中的 e、 s、 l 三配体。 在目标配体旁选择项目表一个选择，点击加载，这里已经加载，加载出来， 在模板符合物旁点击加载配体 h 冒号一六二二四八将会自动填充。点击面板中的齿轮按钮， 作业设置面板将打开在 job 下更改一下作业名称 的一个 cpu 子主机，并指定该 cpu 子主机要使用的处理器数量。 然后点击运行。由于这项工作需要大量的时间，这里我们直接导入预生成的结果。 针对 e， n， z， q。 蛋白与 esl 三配体的预测结合构象， i， f， d， m， d。 运行，最终输出了五个按 i， f， d， m， d 评分排序的结构， 前两个结构应经过分子动力学 m d 进一步优化，包含水分子，其余输出的结构未经历 m d 优化，仅具有部分评分。 然后我们选择输出条目，点击添加属性选择， 选择 i、 f、 d、 m、 d 评分， 向右拖动调目可以看到新增的属性。我们可以看到这五个构像按 ifdmd 评分从低到高排列，排名第一的构像是最佳构像。 选择预设应用默认自定义预设就可以看到工作区显示的这个结构。 将 f、 d、 m、 d 预测出的最佳结合构像与零四年解析出的真实晶体结构进行对比显示，预测结构与真实结构在关键相互作用上是高度一致的。 感谢您的观看！最后，薛定鳌诚挚邀请您与我们取得联系，我们专业团队将为您提供软件销售及全方位的技术支持服务，助力您的科研与业务发展。感谢您对薛定鳌公司的关注与支持！

hello， 各位宝宝们，今天给大家带来的是一期我们的科研计算环境 linux 的 一个快速搭建。 首先 linux 环境的优点和缺点如下，它是一个开源的，并且它的安全性相对较高，而且它的效率 较高，可以多人同时使用，常常被用于部署各种计算软件。但它的缺点在于它学习曲线 比较高，就说不像 windows 上手那么简单，同时还涉及到软件兼容性、硬件兼容性以及标准化的缺一。但是我们本身研究的，比如说 我们的 pro max 各种 ai 模型，本来就是一个需要我们自己在这个基础上去进行简单翻译，然后我们自己去进行一些快速脚本 开发的，去使用各种小工具，所以说它的优越性是完完全全超过它的缺点的，并且服务器也大都采用或者是基本采用 linux 系统。 那么 linux 系统的部署有三种方式给大家逐一介绍一下，大家可以根据自己的需求选择。 第一种就是虚拟机，所谓虚拟机，它本质上是一个软件，你可以理解为在你的电脑里装了一个 app， 这个 app 就是 一个虚拟机，然后这个虚拟机里面可以装，比如说装 linux 系统，再装一个 windows 系统，再装一个 max 系统啊， 它本质是一个软件，你可以这样理解，这个软件里面可以装 好几个系统，你可以在这软件里面装一个 linux 系统，然后通过这软件使用。它的缺点是算力一般较低，因为它是和你的 windows 系统共享的，你比如说你要把你的 windows 系统的一部分 cpu 内存储存空间分给它， 然后最大最大的缺点就是不能调用一个显卡驱动，比如说你需要显卡加速或者 ai 模型的时候，你在虚拟机里面是没法用的，但是它的优点是可以同时部署多个环境 系统，同时可以使用多个系统，比如说你可以使用你原生的 windows 系统，也可以使用 linux 系统，也可以使用 max 系统。图形化友好，相对受一定图形化的小白新手友好。 所以说试用人群就说同时使用 windows linux， 然后在一台电脑上，嗯，而且只有一台电脑，如果你有两台电脑推荐的话，还是另一台电脑，专门搞一个 linux 系统，然后不需要使用显卡，如果你需要使用显卡，比如说 gpu 加速，比如说 ai 模型， 一个驱动的部署，那么它这种是无法满足你的需求的。但是它的优点在于你可以用它作为一个练习，快速获得一个 mini 环境，而且有一定的桌面图形化，是相对友好的。 第二种就是我们的一个双系统安装，或者是单系统直接安装在服务器上， 那么我们知道双系统的意思，就是说我们在这个电脑上装两一两个系统，比如说 a 系统是 win 十一， b 系统是 uban 二，那么它的缺点是你只能使用 linux 系统或 windows 系统，你不能同时使用，你只能 a 或 b。 但是它的优劣在于它可以充分花费硬件的计算性能，服务器的话一定要装的是一个单系统的 linux， 或者是你可以双系统， 平时打游戏的话可以用 windows 科学计算切 linux， 但最好的选择肯定是找一台专门的服务器装在 linux 系统，一直让它开机运行， 它适用于长期高性能计算，这里为什么强调长期呢？因为比如说我们的 linux 服务器有可能是部署在课题组，有很多个人使用， 或者是我们自己使用，但是我们需要长期计算，比如说连续计算一周两周，那么这种情况下的话，我们去搭建一个双系统 linux， 它是更稳定的，如果是 windows， 运行这么久的时间，很有可能会报错崩溃掉，而且占用的资源也高。 然后适用于服务器搭建，如果服务器搭建，大家肯定是要装一个单独的 linux 系统，然后堆出来的话，显卡加速 ai 模型，这个是可以调用的。 第三种就属于一个折中的策略， ws l ws l two， 它本身是在 windows 下，不属于一个子系统，但是这个子系统它没有图形化界面，它占用了一个虚拟的空间。 缺点，它是完全一个键码代码的界面，可能对于小白来说不是非常友好，但是稍微熟悉之后是完全可以使用的。性能的话，相对于 直接部署 linux 系统，在上面会有一小部分的损失，而且长期运行的话，本质它还是在 windows 的 层面上，所以它不如直接原生的 linux 系统那么稳定。 它的优点是可以同时使用 linux 和 windows， 而且也可以调用显卡的一个驱动，不是长期运行的，可以选择 事务运行的话，相对短时的计算，比如说本身是一个我们的学生群体，那么只有一台电脑，然后电脑又有显卡，那可以安装一个 wsl， 那 比如说我可能只是发论文的时候算，我并不是说计算， 计算或者是训练的程度很重，重度用户，我属于轻度中度用户，然后可以显卡加速， ai 模型部署啊，都是可以做到的。 但如果你要长期运行，比如说我希望他长期运行几个月不要关机，或者是连续几周都不要关机，那还是需要单独的 link show。 那 么我们这次的话 就给大家介绍 wsl 系统的安装，因为它对于练习和短期我们入门学习来说是非常方便的，所以我们给大家介绍一下它的安装。首先我们打开我们的任务管理器，我们找到我们一个 cpu， 然后右下角有个虚拟化已经开启。 进一步我们找到我们的控制面板，有的同学问控制面板在哪里找？我们在我们的设置里搜索控制面板，然后找到程序，点击程序，然后会出现如下界面，然后我们点击启用或关闭 windows 功能， 打开 windows 虚拟化以及 linux 子系统，但这个的话可以不用，打开之后我们就会下载一个东西进行一个更新，这里我给打开给大家看一下。首先我们设置找到控制面板， 我们直接在搜索里可以更改控制面板， 点击程序，然后再点击启动或关闭 windows 功能，它会出现一个小小的目录， 来，我们找到第一个 windows 虚拟化，虚拟 windows 虚拟机监控程序平台，这个我们要给它选中， 然后还有一个 linux 的 windows 系统也给它选中，这两个选中之后它会搜索你需要安装这两个 选项的文件，搜索之后它会提示你重启，然后你这时候需要重启电脑，重启电脑之后你打开终端，右下角点击这里，然后点击终端管理员，然后进入这个界面， 然后点击开启一个虚拟服务，点击开启之后，我们就点 wsl 杠杠 in style 杠 d 右班图二点零四， 然后我们点击安装之后，它需要重新重启，有时候会提示 让你重启 wsl 杠杠一 style， 它会先安装 wsl， 然后 wsl 杠杠一 style 杠 d 优班图杠二点零四，它会让你在 windows 里安装一个优班图二点零四，我们重启之后再次进行安装， 它会显示一个下载界面，然后它会提示你输入用户名和密码名，在输入用户名的时候和密码名的时候，大家要记住啊，自己设置的密码，你在输入密码的时候，它是在终端是不进行显示的，这是正 常的，大家正常输之就好，输完之后回车 打，输完之后正常回车就可以， 然后最后它会出现一种界面，这里会提示可言出你的名字，然后主机名能出现如下代码框，你也可以通过你的左下角搜索 u 班兔， 它会出现一个 uuntime， 二点零四，你可以点击这个入口就可以进去，比如我给大家看一下， 点击打开 uuntime， 它会进入一个终端代码框， 那么这里比如说我们进行基础的指令 ios 列出当前文件，我们会进入这一个代码框。当然更推荐大家使用的一个中终端神器是 mobite， 这个软件的话，如果大家也可以直接搜索下载，有免费版本可用， 我们打开这个软件非常方便，它会自动检测你的系统中的终端，也可以用于远程连接你的服务器啊等等操作非常好用的终端神器， 强烈推荐大家，它这里已经自动检测出了我的一个科研猪 w s l 我 可以点击 id 给大家看一下， 大家可以看见它会自动提示 basic w s 飞行它会显示，当然也包括优班兔啊 s s h r， 它会自动提示这是一个优班兔二点零四。然后我选择我的用户直接科研中登录， 然后我双击它就可以进入一个终端， 它会提示优班兔二点零四。 那我们可以在这里进行操作，比如说 l s 啊 p w d 一 些基本的操作， l s 列出当前路径下的文件以及文件夹， p w d 给我当前我所在的路径，哼，可见出这样我们就得到了一个 linux 环境， 感谢大家的支持和观看，如果大家有这些需求的话，也可以联系我们。

今天为大家示范的实验是小孔丞相沈阔的梦溪笔坛中有这么一句， 窗系中楼塔之影，中间为窗所竖一节倒锤，描述楼塔的影子在经过窗隙，在墙上呈现倒立的像。这样的现象我们要怎么解释呢？接下来我们通过实验来一探究竟。 本次实验我们将通过以下几个环节来探究，一、观察小孔成像的现象。 二、探究小孔成像的规律和原理。在实验中，我们需要 要用到以下实验器材，成像板、小孔板、光源刻度尺一、四指。 我们在桌面铺一张白纸， 将刻度尺放在白纸上， 分别放上成像板、小孔板光源， 让光源和成像板分别置于小孔板的前后两侧，使小孔方向对准光源。 我们将室内光线降低，打开开关观察发生的现象。 我们可以看到此时光源在成像板上呈现倒立等大的像。 观察并记录此时光源到小孔板的距离以及小孔板到成像板的距离。此时光源到小孔板的距离为十厘米，小孔板到成像板的距离为十厘米，并记录表格。 保持小孔板和成像板的位置不动，调节成像板到小孔板的距离，观察到小孔板上呈现倒立放大的像， 此时光源到小孔板的距离为十厘米，小孔板到成像板的距离为十五厘米，并记录表格。 我们再次保持小孔板和成像板的位置不动，调节成像板到小孔板的距离。观察到小孔板上呈现到 力缩小的像， 此时公园到小孔板的距离为十厘米，小孔板到成像板的距离为五厘米，并记录表格。 由实验数据我们发现，当光源到小孔板的距离等于像到小孔板的距离时，成等大的像。当光源到小孔板的距离小于像到小孔板的距离时，成放大的像。 当光源到小孔板的距离大于相到小孔板的距离时，呈缩小的像。因为光源直线传播，光源上 部的光线通过小孔后就射到了成像板的下部，光源下部的光线通过小孔后就射到了成像板的上部，这样成像上就出现了光源倒立的像。 由实验可知，一、在小孔成像中，物体通过小孔成一个倒立的象，象的形状跟物体的形状相似，跟孔的形状无关。 二、当物体到小孔的距离等于公平到小孔的距离时，成等大的象。三、当物体到小孔的距离小于公平到小孔的距离时，存放大的象。四、当物体到小孔的距离 大于光平到小孔的距离时，呈缩小的像。实验结束后，要将实验器材整理好。

然后我们再说一下这个对接的一个过程啊，其实你不管是用什么软件去做对接哈，基本上呢都分为以下这一部分， 那还有呢，就是大家可能会觉得，哎，我学了这个哦，到可我再去，比如说我下次要用到啊，其他的我会不会就不会了啊？其实呢，呃，这个所有的对接的软件呢，都是通用的哈，因为我自己做这个 啊，业务设计这块做的比较久啊，其实很多对接软件呢，也都是用过的啊。然后呢，我我个人的感觉就是你只要好好的学会了一种，那其他的呢，基本上都大差不差啊， 就是因为他的步骤呢，都是相通的啊，像我们这个课程呢，可能会给大家讲这个啊，多口和 m e 的啊，那你其他的呢，你只要了解这两种，其他的大概的看一下，你基本上看一下说明书呢，你基本上都能看明白啊，那很快呢你就能够上手啊，其他的很快自己也能学学会啊。 然后啊，我们来给大家讲一下这个一般的过程哈，适用于所有的，基本上所有的这个对接软件啊，那我们基本上呢要做的事情呢，就是有，首先呢我们要准备这个蛋白啊，这个蛋白呢就是我们因为我们要把 ktv 佩奇对接到蛋白，所以蛋白呢，我们如果从晶体复合物啊，就是咱们的 pdb 网站去下载呢，可能啊， 下载下来不能直接用啊，为什么呢？因为我们下载下来这个 pdp 蛋白呢，它大部分是啊，就是结晶出来这个大部分是没有这个清原子的啊，大家如果不相信呢，你可以回头自己去观察一下啊，你用拍膜打开，然后你会发现它其实是没有清原子的，然后 所以的话，我们一般对接的时候呢，因为清颜值呢，其实还是非常重要的，还是比如说我们的这个，我们都知道蛋白的氨基酸里面很多的这个氨基啊，或者是缩肌里面的，其实都是由我们 这个清原子的，如果结晶的清理结构里面，如果把这个清原子没有显示出来呢，其实我们去做对接呢，是没有办法去形成他的一些相互作用力的，你比如说我说的清键，他就肯定是需要有清原子的一个参与，对不对？ 然后呢所以的话我们这个地方呢，首先呢就要对瘦体呢做一个栀子化的准备，所谓的栀子化呢，其实就是一个加轻的操作啊，那这个呢就是为了我们啊，能够更好的去和这个配体形成一些相互作用。那另外呢我们刚讲相互作用还有一个类型呢，就是我们的这个 啊静电的相互作用啊，那静电相互作用呢，自然是有蛋白呢，是需要添加一个电鹤啊，咱们的电鹤呢是根据蛋白本身它的一个状态，然后去自动去添加一个电鹤，这样的话才有利益和咱们瘦体这个配体呢，去形成一个啊这种静电的相互作用啊，所以这个瘦体呢， 我们是要做一个准备的，然后准备好这个，当然这个附体的准备呢，其实他除了这个栀子化和电荷呢，我们还需要啊，告诉我们， 其实我们还要在这个瘦体的基础上呢，去准备我们所谓的隔点文件啊，那这个隔点文件呢，其实就是要告诉我们的这个软件，我想在这个想把配体对接到瘦体的哪个位置啊？那这个隔点文件呢，也可以称为啊，你可以认为是这个蛋白 这个结合空枪啊，空枪的一个设置啊，那你你比如说我叫设置哎，告诉佩奇，我要比如说要对接在这个位置啊，你就不要乱对接啊，不要去到处去跑啊，这样的话对接代价比较大，你就基本上对接在大概在这个位置啊，是比较合适的， 这个呢就是肉，这就是这个步骤呢，就把它称为隔点的深层啊，隔点就是产生我们的隔点文件啊，不一定要这么 这么叫，但是呢他的目的其实就是告诉我们的软件啊，到底小配条该对接到大概哪个范围啊？不是说整个，除非是你跟他，让他随便对接 哪里都可以，那你就不用告诉他具体的范围，那一般告诉呢，我们会给他啊，如果空枪在这啊，我们也会给他把这空枪呢，给他一个六面体的盒子啊，这六面体的盒子呢就是一个三维的啊，这个盒子把它包起来呢，哎，我们就可以啊，大概在这个范围之内呢，我们都可以啊，小佩奇呢都可以，还去找一个最 最舒适的一个位置啊，这是隔点文件的一个生成，那隔点文件生成这是蛋白准备啊，因为蛋白准备的基础上呢，可以生成我们的隔点， 那我们还有呢，有我们的小佩奇呢，其实也是需要去准备一下的，比如说他的一个啊，用小佩奇我们的构象呢要去发生一个改变，所以的话他可能这个啊这种科学 旋转键啊，他要去进行一个设置，然后呢这个还有一些电赫啊，也有有的时候也会单独需要做一个设置啊，那这个可旋转键呢，就是告诉我们的啊，告诉我们的啊，这个程序啊，他可以哪些键是可以动的啊？可以旋转的，他可以升就键的旋转，他就可以啊，生成不同 的勾向啊，不同的勾向，然后这个呢是佩奇要准备一下，然后都准备好之后呢我们就开始做对接啊，对接呢他一般就是三种模式啊，就是我们之前给大家讲的根据这个啊索要原理和咱们的这个诱导契合的原理呢，我们分为啊这三种对接啊，刚性、柔性和半柔性啊， 那我们这地方呢给大家说一下这个啊啊，后面呢还有这个这个的一个啊详细的介绍啊，这地方先先讲在这啊，然后呢我们对完之后呢选择一种对接的方式对接， 然后最后呢我们根据对接呢，我们根据对接之后得到的这样一些复合物的这种构象呢，然后进行一个打分哈，然后打分就是这个构象的一个打分，然后呢根据这个打分的这个高低呢去选出啊，我们想要的这样的一些，可能有啊火性的这样的一些啊苗头分子， 那这个呢就是我们整个分子对接的一个过程啊，给大家讲这么多啊，然后就是让大家呢能够啊深刻的去理解为什么要做这几步啊，在我们后续的一个啊，不管是奥多卡还是 m 一的对接当中呢，都让大家去理解啊，我们啊其实 这些对接的方法都是相通的啊，都要走这几个过程啊，只是他走的啊，可能啊，有的地方比如说是先准备配点瘦体，有的地方呢，是瘦体准备好之后产生一个隔点，然后再准备配体，其实都可以啊，这步骤也可以，比如说瘦体配点的准备，你可以先准备配体，再准备 没受体啊，都是可以的啊，这些呢都不影响啊，但是对接肯定是在这二的准备好之后才开始啊，才开始啊，我们其实打分呢，他一般是在英雄还在对接的过程中对接结束，一般呢就打分呢，就结束了啊， 这个呢是我们的分子对接的过程，那刚讲了这个分子对接的这三种模式，其实我们上周呢，也是给大家做了一些介绍的，那这个地方呢，给大家再说一下啊，他们的一个适用的场景啊， 相更新对接哈，虽然说是上体和配体呢，都是不发生改变啊，只是两个哎，你比如说他是放在这还是放在这，他其实本身他是还 本身没有，他只是一个位置的一个改变。那这种对接呢，并不是说现在就没有了哈，大家看上去好像不是很合理啊，因为觉得诱导契合好像更合理。那这种对接呢，其实目前还经常用在这种啊，蛋白蛋白啊 间的这样的，这种大分子和大分子这样的一个对接的情况，因为这种蛋白蛋白，他本身这种啊，这种啊可旋转的键特别多，他反他的构向也特别多，所以 如果你用柔性去对接呢，其实这种代价是非常大的，所以我们啊一般的蛋白蛋白呢，目前啊还都是采用这种啊刚性对接的这样的方法啊，那我明天也会给大家介绍的更新这蛋白蛋白的对接啊，其实他就是一种刚性的对接， 而我们目前用的最多的呢，就是我们的这种半柔性对接啊，一般我们甲方的对接，如果不是特别的去强调，那我们一般做的都是半柔性对接，那就是小配体啊，因为比较小，所以他的这种可变的构象呢，是比较有限的，就他的构象去发生改变啊， 正体的构象呢，是不改变的啊，所以改变一个，我们把叫淡柔性对接，我们今天早上给大家讲的呢，就是这种啊 半柔性对接，他是大分子和小，比较适合处理这种大分子和小分子这样的对接，但是如果啊，你觉得你这种啊，比如说我有时候这个结合口袋啊， 蛋白的结合口袋，有时候啊会真的会有这样的一个情况啊，像我们有的蛋白他有一个啊，比如说一个活性环啊，有个叫露谱，他一吹就 可能或者是 open 啊的一个状态，他可能这种可能是的状态，或者是啊他可能就对接不进去啊， open 的状态他就可以对接进去啊，这个时候呢，如果出现这种情况啊，或者是我们的有的时候这个蛋白的结合口袋啊，他可能没有啊，那么的 啊，它解析出来的清理结构啊，它结合口袋可能还没有展开啊，这些呢，我们都可以采用一些柔性对接，让我们的结合口袋的周围的氨基酸呢，也能够发生一些构向的变化，然后呢去更好的和我们的小佩奇结合，那这个呢都是就叫做我们的柔性 对接啊。柔性对接大多数情况下呢，其实也只是啊，将我们这个活性口袋的氨基酸设置成柔性啊，当然也可以把全部的氨基酸测试成柔性，那全部的氨基酸测成柔性这种呢可能计算代价就很大啊， 这个全部氨基酸射程柔性的，其实就有点类似咱们的分子动力学了，分子动力学的话，就是这一整个蛋白所有的氨基酸他都会发生一个动态的一个变化啊， 对，这个一般情况下啊，如果是你特别需要，那我们才会做这种柔性对接，那明天咱们也会讲到一个更加对接，那就是小配体呢，直接就结合到我们啊，这个瘦体直接和瘦体呢形成一个更加健，但其实本质上呢，他可能只是 这个形成公家镜的氨基酸啊，然后还有我们的就是也其实他也是一种柔性对接啊，因为他这个公家镜进行附近的这个氨基酸的可能会发生一些构想的改变啊。啊，这个 中调对接呢，应该可以把它归为柔性对接的一种啊，特殊的情况，这个呢就是给大家再强化一下啊，大家知道，那平时你如果是大分子小分子的话，那你就选段柔性对接就可以了啊，如果是蛋白蛋白呢是刚性对较，是刚性对接啊，然后这个呢是咱们的这样的一个介绍 构象呢，就是咱们的对接的结果，咱们总共对接了十个啊，哎，看这个构象哎，合不合理呢？我们可以看一下他的打分子啊，这个绿色的呢，其实就是晶体复合物里面的结构， 你们也可以看一下啊，咱们对接的这个紫色的这个啊，这个呢就是我们的对接的这个相互作用，这样的话一对比你就知道对接的结果的相互作用和原始配接相互作用是不是非常类似啊？ 这个灰色的部位啊，都是一些疏水能够形成疏水作用的。而我们的其他的这个有颜色的部位呢，都是一些可能 都是清水或者是有静电性的这样的一些部位。