gromacs中的文件有哪些

呃，我们今天接着聊下 go max 的这个教程。呃，我今年一年的话可能就是你们想听啥，你们跟我说。然后呢，我今年的话主要还是针对于这一些基础命令的，这一个讲解案例的话不讲， 然后你们需要听什么？然后你们可以跟我说啊，想针对于哪个命令对吧， ms 等或者哪个命令，或者说其他的，我说了之后呢，我针对性的直接去录。 呃，首先的话，我们这边先讲下这个 x p m two p s。 嗯， 我们其实上一张其实讲到了会生成一个对吧，就是那个二维密度的图，它呢生成的话也是一个 x p m 的格式。呃，但是呢，我们 常用的打开这个使用文件的话是 eps 啊，用这个 eps 好，这进行去看这英才说的话，他有一系列这个基础的一些命令。呃，我们接着往下讲。然后呢，实际上的话，他就是呃，这进行去处理这个 xpm 的这个矩阵。然后呢， 得到一个我们想要的一个图。呃，其实说实话呃，有很多东西的话，我是这么觉得，就是我们只需只需要考虑这两个，然后你说这些东西有没有什么必要，我其实觉得没有太多必要，就是这个 啊，然后呢，再加上呃，彩虹色，我觉得主要就是这 几个命令，然后再加上这个，这两个实际上的话是比较重要的。至于其他的，其实说实在的没有太多的这个重要性。好吧 啊，大家看好了，这就是这个输入一个两个的，然后呢输入这输出一个，然后呢，调整颜色，然后呢选择最大值，最小值。其他的没有太多意义，因为你比如说你像他现在写的啊，这个输入什么字体格式啥的，这个玩意， 呃，其实你们可以打直接打开 e p s， 用 ai 软件，就是 adobe 的 ai 那个使量绘图工具，直接这里进去啊，修改这就行了啊。其实其他的就没有太多的这种意义。你是个 什么表体啥的这个东西，呃，对吧，自己首选，你用 ppt 都可以这进行去处理啊。我们看一下，输入一个 xpm 文件啊，这输入两个，相当于是输入两个可以生成一个 这个呢，然后你也可以输这个 m r p 文件，然后呢，这个输出这个，嗯，这个是很关键的， 这个是很关键的，因为我们以后用的就是这个 e p s 啊，这个这，这个当中呢，偶尔会用得到。呃，我们其实 你说这些查看的这个标题的，这还有这一个，呃，显示哪些东西的啊，其实真的没有太多的这 意义吧。然后呃，我们就去接下去往下看吧。嗯，我们现在是把它这个输入这一个对吧，我们现在输出输出这个 e p s， 这个 x p m 啊，这两个的话，应该是这两个的话，实际上是一样的。 呃，这里面的话，你看深层的 m r p 格式，其实就是呃，对于你这个图的这个描述， 嗯，字体大小啊，对吧，尺寸啊，这一系列的这个东西啊，你们可以看到字体啊，这用什么东西啊？ 得到的话是一张这个图啊。这个图的话，上面打开这个是标度零到九十一点八，他是从白色 界面灯黑色的，然后这一圈都是零点零点零几啊，这个东西，正因为有些是零，有些零点零几啊。这个东西的话，大家可以在深层的之前去看一下你的 des 文件， 就是你在生成 xpm 的那个命令当中呢，肯定是有这个东西的，这个是对照过来的这个命令他只做一个转换，他只是做了一个转换，他不是处理数据的。重点的话，你需要看你的处理数据。 呃，这里面的话其实也是一样的。就是呃， x p m 的时候， 我上面这个弄电话啊，我其实没改这个东西，好像应该是被删掉的啊。就是当我们输入这个时候啊，其实只有 一个 s p、 m 的时候，因为这两个东西是一样的，然后呢，他就回不了错，没办法就去生成这个啊，这就是我们在处理呃，当生成的这个 s p m 文件跟前面的有不一样，嗯，然后才会自行去处理。 嗯，因此来说，你看这个啊。嗯，这个的话是之前生成的那个密度的图，这两是密度的图。然后呢，我们明显能够看得到，嗯，这地方的话，实际上是有两个。 嗯，这地方是有两个这个标度，但是生成的这是什么呢？呃， 这里面的话，大家可以看一下身上两个的话，这两个标注其实是不一样的。然后这地方的话，你看到的 粉红色是因为我的软件没有这个字体，就是这个 h e 开头的这个字体啊，如果大家用 ai 软件打开字体包圈，然后呢，这字自己切换。 还有的话，这就是你输入进来的这两个呢，尺寸不一样大小。呃，他没有办法，就是怎么说呢，你的精度不一致啊，就因为他要保证每一个，因为你都是一个点一个点的吗？ 对吧，那你这一排的点跟这排的点只要能对应的上，这个时候的话才可以直接去合并， 这样的话才能匹配吗？这个上面是第一个的，这上面是第二个的啊，所以我来做做对比的。前面大家看到如果不 输入这个的话，然后呢，这就是得到黑白的，如果输入这个，那么就可以得到一个以蓝色渐变到红色，这个的话就刚好相反。呃，这个大家了解一下。 然后这边的话就是还有这个对角的这个问题，嗯，对角的问题。其实这样的大家可以看出来，就是你用 first 找这个的话，其实是一样的， 是默认的。这所以说这玩意你说到底有没有用呢？其实你就就自己看，如果需要这一条 白色对角线，就加个那相当于就把这上面的格点，连线的格点全部扣掉了。嗯，如果你不需要扣掉的话，其实这就是 是一样的啊，就没有区别。嗯，这。然后这个还有这个显示歪轴的一次。嗯，其实说实话， 嗯，这一坨跟这一坨你觉得有必要吗？可能我的话，我可能为了做好看这个图的话，我直接会把这个全部删掉啊， 这一坨的话也会删掉，我会留下两个标注，就是留下这个标尺，这一坨东西的话我都会删掉，因为你压根就看不清嘛，因为踩的时候我觉得这这东西其实没太多意义啊。 嗯，你可以用 orange 把你的数据导入进去，然后按照这个比例，然后把这个它的标录是标出来吧， 然后这个啊，然后 e， g， n d 这个命令呢，相当于就是。怎么说呢，这就是你保留哪一个标度的一个问题， 你看清楚了，其实这两个，这一个其实标注呢啊，这因为相差不大。呃，怎么说呢，他现在这就是说只保留第一个，第二个，你会发现这个是九十一点八的你，你这个对吧， 一个是第一个，一个是第二个。这个东西的话，这里没有标度，然后根据你自身的需求直接去处理。 然后呢，还有这个 set 对吧？相当于就是你把你的尺寸调的多大，针对于这个尺寸。呃，他不是针对于精度的 调整，是这个尺寸，因为他是适量的文件。呃，我可以放大缩小，放大缩小默认的是四百啊，大家的话就采用默认的吧，没啥事，你觉得你需要放大也行，你需要放大的话，这个东西比例其实并不好看。 呃，相当于是你调到一千啊，这个东西的话就放大这个的话，其实看上去的话，这就会缩小，你放图上的话比你好看。然后的话就是这个。 呃，杠 b x 十，它呢相当于这就是自行去处理放大啊。呃，它呢，当你输入这个杠 b x 的时候，它 b y 的话，其实是等同，同样的就是 b y 跟 b x， 它是同时这进行去处理的。如果当你只输入考虑 b y 的时候，其实它就是会发生一定的变化这个东西的话，这就会 b x 它不发生变化。 这个因此来说这个东西的话，你就能看到这个，这条更窄。呃，如果你 因为你 b s 不发生变化嘛，你相当于是 b y 放大了。呃，这个几倍对吧？然后这进行去变成长条的。呃，当你如果同时输入杠 b x 和杠 b y 的时候呢，其实它的变化也是一样的，就是说按照这个来， 如果只输了一个杠 b x， 它会对吧？它就按照的是杠 b x， 和 b y 是一样的。嗯，这个呢，就是这个梯度的问题，它是调整颜色梯度的问题， 呃，你看到没有，就是说我缩放一点点，缩放零点一啊，我同时缩放了零点一，它是这个调 r g p 的这个颜色，就是大家如果对色值 呃了解的话，因为我因为我们知道就是设值的话，其实是二零到二五五这个范围。 然后呢，就 r g b 的话，它是二五五，二五五，二五五。呃，对于这个来说 哦，就是对于这个体系来说的话，我们放的是零到一，呃，它其实就是按照这个比例这进行去 调整他呢相当于就是按照之前的那个字，你看这个字缩放零点一啊，是这样缩放，缩放零点一，还是按照这个标度来缩放， 那你缩放零点五啊，从此缩放，缩放到这。然后呢，如果你就完全缩放这个标度的话，就到这看，全部缩放到一的话，这个地方，这就是蓝色，如果缩放到一半对吧，这就缩放到这个绿色的，就砍一半吧。 如果是缩放零点一，相当于是原来标度的百分之九十这个位置，这因此来说的话，这个东西的话，大家好可以用这个资金去处理啊。然后呢，这个东西的话就是跳跃，跳跃的话，相当于就是我原本 有这么多个格点，都是一个格点一个格点的，然后呢我直接去跳，当你这个跳的东西越多啊，然后呢，你的这个点的话，这就会越少，就是说你点的话，这就少很多了。 这颜色来说看上去的话啊，这个精度的话，其实你看上去没有这个高了。嗯，然后呢，这个零线，零线的话，相当于是这地方加了条零线，他是加了条横线， 这进行去处理。然后呢把一些这种领上面的这个东西去掉，找到这么一张图。 嗯，然后呢，这个的话其实也是怎么说呢，这个的话我到现在为止也没看到有太多的这个区别啊。 啊，对了，这个这个命令的话，大家需要了解一下。呃，是这样的，就是这个命令啊。呃，它是这样的，就是科目呢，查看呢，可以对于两个 矩阵对吧，就两个矩阵之间去加减乘除，加减乘除啊， 这两个命令可以自己去加点参数，然后生成一个 x p m 的这么一个文件。嗯，这个时候大家是习惯性的使用杠 o， 生成 e p s 的话，它是会报错的。 嗯，你看这个命就是按我就直接输入杠 o e p s， 杠 x p m。 这个时候的话，它实际上的话它是有个网瘾，就是它没办法去用。呃，大家的话就是用这 面的话，这就把它拆开来，拆开来先生成这个 x p m 文件，然后呢再生成这个 e p s 文件， 这样的话你就能看到这个加点乘除了，对吧，这个除除完这之后，这就是全部是这个。呃，这个零的话，相当于就它是针对于数据上的这个加点乘除的。 这英才说的话，你们看到的话会不太一样啊，就是假设这个数据是零点零零一，然后成完之后，他可能这就变蓝了。 那你们最重要的话就看下这个标注的话，这个的话除的话是因为有些东西全是零， 导致这个东西呃没办法去识别去就全变成零了。然后呢，这个 的话，这两个命令的话，大家一定注意一下，他是针对于你解锁的这个问题啊。我这边的话是我放的这两个图的话是没 这个没放好啊，我确实是用其他的这个数据啊，呃调出来的，这就是相当于就是呃输入这个最小的和这个最大的。因为这个的话我 急着弄，然后就瞎弄的。这两边的话大家一定要注意一下。嗯，他可以怎么说呢，根据你要输出的这个值这进行去调整，调整输出最大和输出最小。好吧，嗯，我们就聊这么多吧，然后大家有什么问题加我微信吧。

呃，我们今天这个聊下这个 gremax 的这个教程，然后呢，我们前两天其实已经把那个涉及到的那个建模的一个命令啊，就是 gremax 自带的建模的命令已经给大家这讲过了。嗯，这里面的话有人会在说，就是，呃， 好像只有一个大概的演示，然后呢？没有这进行一个像真正那样的，就是说去建立我所需要的这个模型。 呃，是这样的，我觉得对于大家来说，尤其是对咱们初学者来说，我们其实是对于所有的软件需要抱着一个敬畏之心，其实每一个软件呢，他都会有优势和劣势，对吧？ 因此来说，我们遇到问题的时候，我们可可能需要好几种 软件资金，同时资金去解决一个问题啊，这因此来说的话，大家的话就需要对于软件大概的东西要有所了解。 你不能说比如说我知道拍莫了，对吧？我拍莫了能够处理一下这个东西，但是呢拍莫也有些东西上不一定方便自己去做，对不对？那然后呢？比如说你用 wester 对吧？ wester 这边去建模对吧？他擅长建筑 对吧？然后呢但是他去处理一些其他的，这又不好处理。那么这个可能是大家最喜欢公用的一个软件呢，叫 m s， 对吧？但是 m s 里面他也会涉及到一些建模他不好建的问题，可能你就会使用到其他的软件这进行去 建模，所有的软件他都有优势和劣势。呃，这因此来说，大家的话一定要有一个敬畏之心，就是说慢慢的去了解各种各样的软件。 呃，所有的软件呢？对吧？我们今天的话重点的话就先讲下这个 afghadlo， 这是一个开源的一个软件，个人认为算是一个比较好用的一个软件。呃，他的软件最大的一个问题是什么呢？就是他没办法去计算一个比较大的一个工作， 呃，他这门的话就是里面很多的功能他其实都有，甚至他有生成这一系列的这一个就是书，就是说比如说你要做量化，对吧？你还需要去做其他的，其实是 会有一个可生成的一个输入文件，就是软件的一个输入文件。 然后这英才说的话，我个人还是比较好，就是比较喜欢用这个软件。然后这里面的话就涉及到的是 get 的话，它有一共是有两个版本，呃，这个带一的跟这个带二的，带二的不知道为什么，反正功能少了很多。 呃，这我就不去打开给大家看了。然后这里面的话其中有一个就是他最大的一个优势啊，就是他能够跟 vmd， 就是怎么说呢？跟做这个生物的， 呃，它的识别度的话会比较一致啊。呃，因为我不知道大家有没有用 m s， 这均就是说你画了一个文件之后，对吧？画一个， 有的时候画了一个相对复杂的还是什么？就是说存成一个 pdb 啊，因为你用个 max 的话，这里面画会用到 pdb 的这个格式，对不对？好，你一画之后呢？然后他没办法这里去识别， 就是 m s， 它识别 ok 没问题，但是用 v m d， 对吧？识别的话它会有一个问题。这英才说的话，其实我们怎么去处理？如果遇到这种问题的话， m s 我们可以先保存成 m o l two 的这个格式，然后再由 fgadlo 再进行去转成 pdb。 呃，我之前试过就是用遇到这种问题的话，用 fgadlo 的话处理这种 ms 导出识别性的这个差异的问题，用 f galer 是做的最好的，因为我不小心把这个案例删掉了，因为他是有 有的时候他能够遇到这种问题，呃，就是说这是同样的一个，呃，这个打开看的话，然后呢你看到 vmd 啊和这个 pd 就是说 pdb 格式 vmd 打开看的话，他的这个显示的话是完全不一样的。 呃，当然有人会问，就是说这个好像这个怎么全是菜啊？这个是 vmd 的显示，这个地方就是一个绿啊，呃，就是说他们的显示是不一样的，显示的颜色是不一样的，但是就是识别之后的这个键呢，经常性的会出错， 就是这个识别，你看这个就全乱了。同同样的，其实你会发现使用 m s 和 f galer 的这个就是怎么说呢？你可以看到他这两个，对吧？识别是一致的。呃， 中的 vmd 的话，它是不识别双键和三键的，这种的话大家是注意一下，就是因为有的时候为什么是说大家用 f f galer 这个进行去处理的时候是比较好的，因为它可以看到双键，你知道吧？ 就是，呃，尤其像你处理一些，比如说一些生物上的一些这东西，呃，可能会比较关注，就比如说你这个地方呢，对吧？到底是应该是个什么界？因为有的时候呢，我们可能人为的希望就是说去把这个清泉补齐， 对吧？或者说要去修正一个这个所谓的叫做残疾，这个因此来说，呃，我们很多时候如果看到的是这样的话，呃你就不清楚了，对不对？这时候的话 ufgel 的话，你就可以很明显的看得出来这到底是哪一个，呃，打开了之后的话，它会出现这种格式的问题，对吧？那就，呃我们得怎么处处理呢？因为有的时候我们可能人为的比较喜欢用 m s 这种优化， 你 m s 画完之后用这个 m o l two 的这个格式啊，对吧？然后呢使用 ab getd roll 保存为这个 p d b， 这个时候 v m d 打开的话，这就是和这个东西或者等就是一样的了。 呃，然后呢我们讲一下这个 f galo 怎么去画图？呃，这个画图啊？ f galo 这个画图呢？其实说实话他有一点的话，他不太好画的一个点是什么？他不好处理还。呃这里的话我先教大家一下这个怎么去 跨， 我们教大家一下怎么去画，比如说打开之后呢？这个地方是画的一定要点到画笔啊。 呃，他跟那个 ms 他不太一样的就是，呃，你的旋转他是单独分开的，就是他旋转就是旋转，画图就是画图，测量就是测量，那证明画的话他默认的话是你看这个是 呃碳，对吧？然后呢是单键，这里面自动补漆清，呃，演示一下就是比如说你点击一个之后他就会就生成，对吧？当然了就是我可以先也可以点中这个，然后呢往前拖， 然后呢这个地方的话就会一样的是生成是一样的，就是我可以替代。然后呢这里面的话这生成很多个这个，对吧？然后呢如果我现在觉得画的比较难看，我可以采用这个能量优化， 就是这个是几能量优化的这个工具可以这进行自动优化啊，这个也是为什么 iphone 这我觉得个人是觉得很喜欢的一个原因，是什么呢？大家可以看一下，你把这个 光标啊移过去啊，对吧？你能跟我看到有有一个解释说明这个东西到底是什么？然后呢你可以怎么去操作， 对吧？这上面的话他都有。呃，真实来说的话，我觉得这是一个非常不错的一个软件。呃，因为我个人的话比较喜欢点点 这个，因为这个是就是我们前面之前说过的这个几何优化，对吧？然后这边的话其实也可以给大家看一下 啊， beauty 的公司的，对吧？这还有 o 卡的，这里面的话，你比如说你要生成 o 卡的这个输入工具， 呃，他这里面的话他可以提供的就是，呃，你可以在这里面进行去调试啊，当然了你们要去处理的话，你们可以把这个软件，对吧？ 开源的，你们可以把它再更加丰富一下。然后呢我们接着聊一下，就是选择的时候呢，有的时候大家可能点击这个的话，他没办法自动的去使用，那是因为我用多了。呃，你们没办法用的时候呢？先点击一下这个，呃，点击分子滤选设置一下立场，因为有的时候会提示你没有 设置立场啊，比如说设置 def 的软，然后呢我们按照这个大概的做到最小的这个日出下降法的这个优化，然后呢点击好确定，然后就选选择好立场，然后我们就使用这个 好，这个时候的话，大家的话这就能够看到点击这个，这就可以这进行旋转，然后呢点击这个的话就是这个角度， 角度这个，这个都，这个都会有啊，是，对吧？你们可以就是说这进去看角度啊、面啊， 这个呢就是拖动啊啊，你可以拖动这个原则，拖动某一个原则。然后呢这个东这个的话就是选中，选中完了之后呢他会套一层球。嗯，这个东西话，就比如说这个邻居插入 的时候，你可能会用到点击左键，然后一拉就可以选中，然后你想取消的话点击右键点一下子就行了。这东西的话就是旋转 啊，你比如说你点一个 x 啊，它可以自自动旋转，你可以自自己选，然后呢需要调完之后就调为零，对吧？这就可以了。然后我们再讲讲下那个处理双键啊，处理双键的时候你选择好双键， 点击一下就变成双键，当你再点击的时候他又变成了这三键，再点击一下就单键，他是这样的，就是说你然后这边去双击双击，这边去处理啊，然后呢想换元素，其实一样的啊，对吧？这地方的话有元素周期表啊，其他的话 这都一样的，比如说我要换成氧，呃，氧连连到这个 自动换新的话，他就可以把这个东西啊这边去处理掉，对吧？就是这是这么一个工具，然后这里面话如果画环，呃，画环，说实话我没有看到这上面有一个比较好的画环的工具，然后我就给大家演示一下，如果你成天要去画环， 呃，你先把这个点掉去啊，呃，这一点的话确实它是一个很弱的一项，就是画的烦你把先把这个取掉，取消掉。呃。先单击一下，点一下，左键点一下，点一下，再点一下， 再点一下，再点一下，再点一下。好，你现在是把六个点画出来了就画本环吗？对吧？然后呢 我这个时候的话点击这一个球拖啊，因为我这地方是开了双键啊，然后我们可以先看下单键啊，拖拖拖拖再拖， 然后呢再把这个双键调出来，呃点击他一下，点击他一下，对吧？然后这里面的话这自动加清啊，是在，呃在这啊， 加轻一点。好，这轻加出来了这个地方显示这个紫色的旧环，然后呢我们再几何优化一下，这就是画好的这个本环啊，这就是画本环的这个东西。 嗯然后呢我们看下手上我也有点忘该讲些啥了。好，这里面的话这还有一个就是处理生物上的。 呃处理生物上的话经常是有人问， 呃我的这个 ph 值怎么去调？有的时候我是挺服了大家的 调 ph 值你通常你给我用什么调呢？用氢离子，氢氧根离子调，调完了之后呢？蛋白不助变性的，这这不是就是你蛋白上面的这个氨基酸的那一个，对吧？你这个口子这些从来不调的， 有些就出，就真的就是明明就是这个在这个 ph 的情况下这个氨基酸这个都不对啊，你们也拿着去算，这算了一通之后，哦吼，结果不对， 呃。我现在这就打开一个氨基酸的给你们看一下， 先把这个这个白框的话，你们因为白框的话是就是说他默认这是一个这个晶，这个机器里面呢有个盒子，我们啊这个应该是可以把这个盒子去掉的啊，把这个盒子去掉， 对吧？就是好，我们现在看一下啊，我们现在针对于这个，我们这就用去调调节这个 ph 值，打开， 我调到九点四 p h 看一下，大家就是不要闭上眼，因为这个东西我没看到就跟你们吵， 我们只能够看到瞬间的那个突然变化，好吧，看到没有，他一定是有一个变化，上面所有的氨基酸都会有一个变化，这进行去处理， 我们接着调，我们调成这个酸性的，调成二，你看这个地方的清该出来的出来，对吧？就是是这样的，就说这个东西呢，大家的话啊，用，用来处理你的那个蛋白， 不过证明这最大的问题是什么？就是你太大的那个蛋白啊，他打不开，你知道吧？就是因此你们这个要注意一下，就是 他太大的东西啊，他搞不定，你知道吧？他只能处理这个小的，我这个东西也是找了一个小的，因此来说我也挺希望就是说有谁能够把这个跟把这个 处理的更加好一些，因为说实话它的建模其实它上面带的一些东西啊，确确实蛮好的。然后比如说你像我们像 ms 当中的，这不是有些功能吗？ 对吧？哦，重新调一下， 就是它会有一些这种功能好，然后呢就是我们经常会遇到这个插入的问题，就是说这边去替代一个片段的问题，选中它 右键是取消，左键是选中，选中好，现在这个地方要替替换音色的啊，找到这个片段 我随便找一个你一样的，好，这个地方的话你就可能看到，选的话，啊，对吧？你看到这个地方添加了一个这玩意，这进来的，知道吧？一定是要先用这一个选中一个，然后再进行插入， 刚刚呢，像有的时候大家习惯就是用不同的软件习惯不一样，我个人喜欢点左键点空白，哎，怎么没取消？你取右键你知道吧？呃，然后证明的话，这还有就是什么， 呃，这几个的话，大家话就可以自己去尝试看一下，比如说这个测量的啊，顺便讲一下吧， 这地方的话这就有显示，然后呢你再点击啊，这个距离的这个显示啥的，这个都有， 然后呢可能还有你的这个箭脚，就是说他能显全部显示在这里，呃，关于这个画图呢，我们，呃再看下这还有，哦对，这还有一个，这处理高分子啊，嗯，你们这个有些这个要变高分子的人， 这这个玩意是一个挺好的一个工具，就是把这个青啊变成假机，点一下，你看变出来了，我还可以再变，对吧？就变成一坨了，就是说这个玩意，这个是一个比较好用的一个工具， 好，我们关掉。呃，然后这里面的话我们再讲一下这个处理，呃，这个地方建 tender me 管，哦，这个 tender me 管的话也给大家再演示一下，在这 建建这个管，是吧？这是 n， 这是 m， 你们这个应该是清楚的，这个建成这个周期的 也这个是否需要封端，嗯？是否找什么双键，你们自己看就行。点击 bud 出来了， 这个时候，呃得选择这个，这就去拖转，这就建出了这个碳动笔管，长度 这是纳米，然后呢这做做气性的，然后这地方呢还有其他的可供选择，你们自己看，我看不懂， 呃，你们看这个东西如果全是球，然后呢？他是宣表示 全选中啊，这个时候再点一下这个，把它取消掉，这时候你们就方便看，这个时候这就是标准的碳纤维管， 对吧？这个东西的话大家就看一下，然后呢画这个蛋白 dna 的多肽的，呃，确确实，大家的话可以再进去看一下， 怎么说呢，就是他能够去处理这个东西，但是确实有点的话，他们也不一定好用啊，比如说画这个 dna 的 a g， c t on double， 它会自动识别，然后呢我们就不画长吧，然后呢调调整这个也行，对吧？ 嗯，自己去看一下啊，设置一下。卧槽，这个数字自律已经画出来了， 画完之后说实话弄那么一丢丢卡，哎，就是这果干也是这么画的，你们就这个画出来，然后画这个多肽啊，也是一样的， 你画画画，为什么我要单独把这个多汗再给你们讲一下呢？你们是练几周都可以， 你们画完之后这就会发现有问题，看到没有？ 这个问题出现在这个关灯产上面，你们觉得这个东西如果是要去靠优化，自己去做的时候，这个也会有问题，说实话这有很多的，这个 就是这个的话我倒不是特别建议大家用，如果大家使用去优化，优化完了之后呢，你看上去，其实呦感觉好像很规整的，实际上的话全全是错的，你知道吗？就是他画这个 enrna 其实蛮好的，但是他画这个多嗨啊， 错误蛮多的，我跟你讲就是总说呢，请你不要去用这个东西画多太啊。 呃，然后呢这里面的话就是，呃，就这个就先给大家讲一下，然后呢 这边的话这还有一个其他的这个工具，他当然了他能够这么全面的话，就是他能去处理这个晶体的啊，比如说我现在找一个这个晶体的给大家看一下， 看好了这个东西的话这是一个晶体，对吧？ 然后呢这地方话是有这个金包的这个参数，然后呢这金包的这个一系列这个东西，因为你既然可以去做到 一些量化的软件，还有即兴原理的软件，说明他一定是能处理这个金包的，然后呢你要建超包呢？是用这个， 嗯，当然了就是你们不用去处理菜价，处理菜 太大的话是不需要我跟你讲，当然了你们要去接入表面使用这个工具啊， 对吧？建立这个，然后呢这个你去调，然后就去建啊，这因为这个东西它我这电脑比较挫，这然后呢没办法，然后呢你们可以去调节这个一系列这个东西啊，就是说你这些东西话你们都可以自己去处理， 对吧？然后呢你们其实可以看这个显示的，然后你看坐标这一系列，然后这个显示的单位，然后这个啊这个地方的话全部显示，然后就关于这个对称性啊，这个一系列这个东西啊， 显示的这个编辑的这个东西啊，对吧？这个这个参数信息，呃，他都能够这进行去提供。 然后呢这里的话这还有这个你们可以看看这里面还有哪些工具啊？可以在进去打开这个借电使用的啊？怎么说呢，就是在这边的话就是给大家自己去演示一下这个 该着我的这一个东西啊，然后顺顺便把我再给那个大家再把这个上面的这个演示一下啊？猫 pro 的，对吧？深层，当然了它上面小了，它上面能够带的这个东西其实很少。 呃，插到不是一个软件啊，它只是一个生成器，就是一个输入文件的一个生成器。呃，这里面画 laps 的话，其实它也有 很多他都有，你知道吧？就是说大家的话，呃，可以直接去使用一下这个 东西，然后呢他确实只是处理这种大型的这东西，他有点不是特别好使，但是对于我们去画啊，去画一个结构啥的，简单的去处理一下这这东西的话，其实是一个蛮方便的一个这东西吧， 那么你还可以再进去给大家比如说再展示一下，比如说我可以先画个金包，然后呢我这金包的话我可以画画出来之后呢，然后我在这里面去添加一些东西。 呃，这里面单位的话他已经调了啊， 其实就你们可以看就是他是有蛮多这种工具啊，这进行去处理的， 你知道吗？就是你要去画金包，去画其他的，对吧？ 他都是可以的搞定的，就是你可以去画这个，呃，金包，然后呢你去把这个水溶液再加进去，说实话啊，你既然用个 max 的话就不要去用这个，我只是告诉你可以有这么个东西，但是他不是最优的选择。好吧，今天的话我们就先聊到这么多。

看着像时代一样二级结构啊，如果我们选择卡呢啊，选择这个以残疾名显示颜色的话啊，就这样一个彩色的啊，时代结构，像我这样把这个盒子三边啊 可以显示出来深层的这个蛋白的图文件呢，我们可以看一下啊，在这个第一行啊 includ 的这一个 ops boss 表，他调用了这个 grow max 内建好的参数，我们可以计算一下这一个农机的可及表面积。像我们这个 grow max 给定的标准和这个 vmp 给定的标准啊，就是不一同的。那么 grow max 给定的一个标准是怎么样的？ 我们假设以这个给体和受体啊为例，在这里面呢，我们就算这个蛋白和水之间啊产生的清洁，我们这个分解还可以看蛋白跟蛋白之间啊，他自己内部形成的清洁。 update hands i get a half a milk on my。

呃，就今天就是看到这 b 站然后有人给我充电了，在这边的话我先感谢一下两位。呃，但是我想说的就是你们不要去充电了，因为我是查了一下，我刚查了一下这个充电的话其实还是需要费用的。 呃。你们看因为我说了很多东西呢，也不是很准确的东西，然后呢你们为了我这种说的东西就去充电，我觉得挺浪费钱的 啊。你们也不用觉得什么白条不白条，那就我愿意去做这个事情。 呃我其实没有去想过在这个地方要去赚钱啊，也因为我觉得学术圈的话还 还是得纯粹一点啊。嗯，怎么说呢，也许未来我可能 缺钱了，但是呢我要赚钱的话我可能就会跳出这个圈子去。呃我会去进入到另外这个圈层里去做其他的事情，而不是学术圈去做去赚咱们学生的钱。因为我觉得去做学生的钱 这个东西我觉得就挺无聊的。这这么一件事情，因为学生吗？生大家都是这么走过来的对吧？那也没什么钱。然后，呃我觉得 学生就好好去学就是好好去读书吧。你，你们对吧？你们去看 b 站这这啥的东西目的就是为了去更好的学习，然后， 呃可能就是有些人加了我，对吧？加了我之后然后问的问题很多。呃，这就像之前有个朋友加了我其实也问了蛮多后续。 呃。他是这么跟我说的。就是说啊，为了表示感谢，能不能就是在文章后面加上我一个名字啊？那我说可以啊，就是，呃你给我加到五座、六座、七座、八座、九座、十座，这都可以啊。 呃这因为我觉得是这样的话也挺好的。就是说，呃如果再这样觉得，呃怎么说呢？问我这经常要资料对吧？然后， 呃我这边也帮你回答的挺多的，你觉得想表示感谢啊啥的就这因为这经常 有说要送东西的，我觉得这这真没必要。如果你觉得你真的想表示感谢一下的话你或者是说你在你的毕业论文这自信提下我也行然后呢或者说你在文章， 呃在五座六座七座八座九座十座对吧？都留个名字也可以啊。这我都不介意，因为反正别人弄什么一座二座三座对吧？ 这这说实话我我确实也想过就是你给我留了这个文章那个很后面的一个名字，然后我觉得 也挺好，这因为后期后期万一哪天失业了就出去找工作对吧？这个有些文章还是挺好的。呃言归正传吧我就主要是想 跟大家聊一下就是想聊一下这个 max 的这个教程的问题，因为我最我最近两天呢确实这个被弄得挺烦的，然后打算还是想去把这些 就是这种免费的就是免费的这种开源的软件。呃因为我对 goldmax 比较熟嘛然后我可能就想把 goldmax 的教程做得更加全面一些。 呃我先讲一下我的这个大致的框架吧，你们看一下就是这个 go to max 的这个教程的框架是否可行？呃首先的话就是简单的了解一下 go to max 然后什么是分子动物学模拟。呃这个是我有些视频呢就是我这之前整理的其他的东西 有的然后大致的用，有些可能是用些很通俗的语言或者说很口语化的东西，大致讲了一下，就让你怎么去理解吧， 因为我最终的目的还是希望就是用一种比较通俗易懂的方法吧，就是我不许因为我没有这个能力，就是帮大家，嗯，拔高，我做不到这种水平，我跟那个 omax 的李老师，对吧？ 然后还有卢老师没法相提并论，人家在天上，我只能就是把这些该整理的整理，然后整理一个比较合理的一个框架，这里面的话重点的话就是讲解的一些首饰分子东西模拟 的一个理解。呃，然后呢？就是安装 go to max， 安装，你在无边图下怎么安装？ sensors read hard 的，然后怎么安装，对吧？然后这里面的话，大家比如说要去用虚拟机，虚拟机又该怎么去安装？ 呃，然后呢？训练机装完了之后怎么去装这个系统？呃，然后呢？训练机，因为我 之前用的时候这个经常会就出现一些问题，就比如说啊讯机要与这个主机怎么去共享，因为我这上面的话想做的话可能还是想给咱们这种 就是就是啥都不懂的人吗？因为我觉得是想大家如果很多东西不懂， 对吧？来学，那么那么就怎么说呢？就是我们有很多的这种， 是吧？反正我觉得就是像很多公式啊，就是怎么去叫别人上手吧。我是这么想的， 然后所有的这种方法可能会整理，这个是卢田卢老师他写的这个功能表示的 windows 的这个英语安装这一块的话，呃，可能就也都是以抄为主吧。然后呢 这个就去讲一下这种常见的建模软件，因为最终的话是回到这个问题，其实我这个问题主要是大家会去看一下，呃，这个流程，因为就是这个流程，什么叫做计算的流 流程固定这个初始模型，然后优化结构，然后这个，呃怎么去给定这个参数，然后怎么去跑，怎么去，最后去分析，就是按照这个流程来的。嗯，前面讲了这个安装，安装完了之后你对吧？你说怎么建模，对吧？ 建模你肯定要涉及到一些软件，这些软件的话，嗯，我的话肯定是会去把一个大致的一个建模的，一个就这个软件的一个大致建模的一个东西，呃，写上去，因为重点的话还是希望就是大家能够更好的去 操作一些东西，因为也是考虑到，当然了可能不可能会显得那么很详细啊，因为毕竟这个是以一个 gola max 的这个为主的一个叫 教程，可能就是会把一些大致的一些建模，大致的建模呃，给大家这个稍微写一下，然后可能不会写的很详细，然后这个拍末，对吧？ ds 有人可能觉得拍末， 呃，这个，这个可能建建不了膜啊，是这样的，就是因为比如说你下载蛋白有的时候做突变，你会用的到他的，然后 d es， 薛定鳄这个对接的，然后这个对接的，然后还有这个全部做 gy 拍个末。 vmd s 啊，可能都会有，就是我尽量的去找的稍微详细一点， 然后呢？就是这个 go max 自带的这个命令怎么去操作？然后 我们建模这个东西大致会写一下啊，这个的话是写的，然后呢？ 因为我们建模吗，肯定要涉及到一些这个数据库，比如说蛋白的，都是常见的蛋白的一些这个这数据库现在的话我也没有去，我只是找了一下，就是哪一些数据库能够去 啊？就是说能够去下载，然后具体的操作的话我现在还没有去写，因为我打算有时间吧陆续去完善吧。 呃，这边的话就是一个这晶体的这个字数据过，然后常见的建模体系，这边的话我会去写，我回去给大家写出来啊，怎么去建模啊？然后呢？比如说带分子的用，如果是用 脚本，对吧？这是这自己写的脚本，这个是别人的，就是把这个读大神的。这，然后呢我也会去把他的这个操作的东西啊，这尽量的去丰富下来，因为我是想做的一份比较厚点的这种资料 啊，比如说像我们做 gi 这个去建模体线怎么建？然后这一套的话会写出来，呃， 然后呢自己的话也会去放一些这种脚本，对吧？然后呢？建完之后怎么就是怎么去把这个模型就建的比较完善啊？ 啊？不会去尽量去写吧？做模体性，然后模里面如果有水怎么去除？然后去建成这种雕塑的螺旋的。呃， 看到没？我只去建模。石墨烯怎么去建模？粒子虫的囊破界面的怎么去？直接加溶液的，嗯，这个的话我都会去写，写出来就是，嗯，会把操作步骤，然后呢？以及 啊不同的软件，这个怎么去操作的，尽量的话我会去写出来，这个东西就是想尽量的稍微做的全一点吧，因为 啊，然后就是格式的解读吧， pdb 的一个解读，然后就是 gro 的一个解读，异常的解读， top i t p， 然后原子类型这类型，这个的话工程的话 可能可能会比较大吧，然后还有这一些内场升升器的这个操作，怎么操作的？后期的话我肯定也会一个一个的去尽量的把这些东西稍微做的比较详细一点。然后还有 soft top 的，就是 啊神的那个东西啊，我还没有去整理，因为我可能做的速度可能比较慢，因为只能晚上来做。然后还有 m d p 的这一个解读， 然后相关的这个参数是怎么去设定的，这个的话我会写进去，呃， 然后运行设置就是这个 gpu 的这个加速，呃，这个这个的 话，哦，大家可以去看下那文件，然后如何建立这个锁影，因为是这样的，就是能量建完模吗？对吧？然后呢你知道参数了，就要去 给这个做能量做最小化，然后呢这里面的话就，呃后期的话你需要知道怎么去做加速，因为你要跑平衡，对吧？然后这里面做平衡的话，这里面的话又会有一个可能会用到一个建立锁引， 因为你的 m d p 当中呢，你要分组，这个的话你就需要去有对应的缩影啊，就相当于提前准备的，我就按照一个流程来的，然后呢平衡体系平衡模拟，呃，比如说你要 这一个固定这一个骨架，然后呢让轻电平衡，或者是说啊，你固定某一样东西，这就平衡 获得平衡标准。就是什么样的东西呢？跑到什么样子叫做平衡，因为我看过有很多用 用 forsight 在跑的，可能跑的很短很短，但，但是我不知道为什么，就是，呃，有很多时候大家的话喜欢去用 imsd 去代表一切的这个平衡，我觉得这是有问题的，因为 我之前也经常犯这种错误，然后因为我之前可能跑的是那种，呃，那种中性的体系的话可能还好一些，但是我的我没跑过农业的，但是我看有很多跑农业的， 呃。用直接用 r m， s， d 去代表这一个体系的这个平衡，呃，或者是说有些可能单纯的只是以能量的吧， 但是因为能量这个东西，确实你说平衡就是为什么你跑这么短的这个时间，呃，大家有的时候这经常会是一个不一样的一个平衡，做平衡标准的话，我可能会去操心啊，我先发生的这个一个东西啊， 然后呢？就是采用的一个方法，然后如何续考啊？系统自带的一些分析的一些工具，我现在只是简单的写了一下，没有去完善， 然后如果用软件怎么去分析，然后脚本怎么去分析啊？然后数据出 处理，图片处理，动画制作，然后我们 tiny， 呃，我们 tiny 这个的话就是怎么说呢？我这次用的是我老老师之前的这个课件，呃，大家可以就是这个是在这个，是在这个群里的。 呃，我在这边的话确实也挺感谢李老师他们就是把这一个的话还保存着，在因为啊看了一下这之前做的确实做的很丑陋， 呃，当时确实，呃，怎么说呢吧，出去换这东西看的太简单了啊，又觉得认为上手能操作啊这个东西的话， 这就行了，这因此这个的话只是一个简单上手操作的，后期的话也会对出绿化的这个东西。呃，进一步完善吧。好吧，反正只能是说 你们放心好了，就是如果你们现在需要一套我也可以给你们啊，如果需要等也行，反正你们随时要都可以。然后呢，如果 觉得需要跟就是不停的去等更新的啥的也都行。好吧，可能目前只能慢慢做然后更新这事呢，只能时不时的去更新， 然后如果大家对于 max 想去学的话你也可以找我。好吧，就这么多。

啊，首先呢我们这个呢，这个蛋白通道啊，用的是这个 klp 蛋白链啊，这是一个肽链，那他还不是不能穿这个蛋白，他比较短的一个肽链， 那么他呢就一个啊，这个螺旋啊，就这样一个螺旋的结构，在这个膜的表面呢，形成了这样一个通道，那么这个我们生物体系里面很常见，真正到了这个，我们说分子模拟里面，你怎么去实现啊？ 其实有很多东西，就是不说实验怎么做，我们这个模拟就能怎么做的啊，大家一定要有一个概念，就是 实验做的过程，当你去做理论计算的时候，一定有一个这个讲话的过程啊，一定有一个讲话的过程，那模拟式辅助实验解释某些现象啊，你看他们，我通过一些讲话的手段， 然后能把我实验的某些主要现象给解释清楚，或者背后的主要的这个肌理给分析出来，那你的魔力就做到位了， ok， 那么这个呢是来自于一篇文献啊，文献，那么在这篇文献里面呢，我们用到了这个胎链蛋白质分子的一个片段，那这个结构呢，我们把它下载下来了已经。啊，我们把这个片段啊，通过他一样，他还是这个 pdb 格式的啊， pdb 格式的，首先呢我们还是要检查一下啊，得到这个片段啊，他是否还有其他的一些这个原子，比如水啊，梨子啊， 好，我们检查之后一共就两百四十九个原子啊，很短的一个片段，没有其他的氨基酸的残疾啊，也都定义好了。好，我们创建一个文件夹啊， make ad， 然后叫做 membrane 啊， 膜啊，膜啊， c d memory 啊，进到这个文件夹下，首先呢，我们把这个 k l 呃， k l p 啊，蛋白质分子的这个链啊，先复制过来啊，这个结构 啊，我们下面就有了这样一个啊， p d b 的结构，对吧？啊，有了这个 p d b 的结构，我们还是利用这个 go max 啊自带的这个工具啊， b d b to g m x 来帮助我们啊，创建这样一个蛋白质分子的这样一个立场文件啊， topology 文件， i t p 文件以及这个骄傲文件。

今天给大家这重点讲一下这个哥哥 max 的呃， mdp 的这一个比较基础的一个参数的一个设置。 首先呢大家都知道格罗麦克斯呢是一个开源软件，对于咱们很多人来说，呃，觉得格罗麦克斯这种开源软件其实很难学， 主要呢其实就是这个 mdp 就是这种参数的设置，因为咱们有很多这种参数设置，大家都不知道这个参数到底该怎么设置，然后甚至也不知道这个参数要不要去设置，这才是这问题所在。 比如说我按照别人的教程，对吧？我可以去做，做完了之后呢，可能我设置的体系我跟他类似，对吧？然后所有的命令呢， 我都可以按照他的命令去做，但是呢他研究的方向不一样，比如说我们都是做做蛋白质的，对吧？然后呢我这边的话是找了一个是研究这个相互作用能的， 我可以按照他的这个命令去往上做，但是呢我现在是要去做一个拉伸的这么一个分析， 因此来说这个时候的话 mdp 文件大家是不一样的，因此来说啊，我就蒙蒙圈了，我不知道该怎么做了。 这首先呢就是说大家需要对于咱们的参数设置需要了解知道大概有哪一些参数，然后哪一些选项，就是说每一个参数的一个选项，以及知道他的 一个最重要性，对吧？这样的话大家的话这就好这指导。然后呢从今天开始呢，我会陆续的给大家把这个 mdp 里面的这些基础的这些教师，就是基础的这些讲点呢，会给大家 整理出来，然后再进去大致的讲解，然后主要的话还是就是这个 ppt， 大家需要的话就直接直接拿过去，其实这个这个东西呢，主要还就是，呃，看 当字典用，不是不是说这个东西听我就能讲明白的，只是给大家有一个口述的东西，大家能便于理解，最好是能配套这个 ppt， 值得去学习。首先呢先给大家讲一下这个预处理，嗯，首先这个预处理 是指什么呢？就是我们对于对吧，我们要去做后续的 md 也好，或者说做这个分子力学的这个计算也好，我们需要让格罗麦克斯里面设设置的这个文件，这军区 就是这个坐标文件啊，使他他动起来啊，这里面每个分子原子动起来，那么我们动起来之前呢，我们需要有一些很基础的一些基本的一些设定。 首先呢第一个是泰欧，这个泰欧呢其实大家可以随便去洗，甚至你连这个泰欧的话你出出不出现的话，其实都无所谓，只是说大家告诉自己这个 mdp 呢到底是干嘛的， 因为大家很多时候大家都是这个学者，呃，如果写上去的话是就说大家自己进行修改的话，是有变变于告诉自己这个文件到底是干嘛的，这样的话呢，就是咱们有的时候 复制的东西乱了，因为像我也很实用的多了， max 里面的 mdp 文件的话，也是经常复制过来，复制过去，有的时候容易复制乱，复制乱，乱了之后，然后自己也分不清这个 mdp， 呃，你们想到底有啥用？真心是还得重新去看你们的删除 这个呢，其实就只是告诉并大家这个进去知道是干嘛的，然后 cpp 呢，他就是一个预处理器，这个东西呢基本上就 默认的啊，就是咱们关 max 这里面的话，这一个默认的一个预测仪器，这个东西呢，其实写不写无所谓的，只是说跟告诉大家有这么一个玩意，就是有些人比如说写了 cpp， 然后呢他写的不是一个默认的，就是他有可能写的不是一个默认，这就是，呃，他是根据他自己的安装的一个目的，对吧？因此大家呢 在使用的过程当中，如果你安装的目录不是这个，那你自己去调整，或者说你看到别人的写的不是这个，那你主要还是根据自己的这个安装物进来，然后因为困了呢，这个文件呢，就是我们这经常也会遇到的， 就是插入这里面的错误文件，对吧？那放这里面的话，其实大家一定要注意一下，有的时候咱们音库的东西多了， 就比如说会因库的东西重复了，这个时候呢，这就会爆错，比如说，呃，我因库的那个水分子， 对吧？我在 itp 文件当，就是我这里面有好多地方的话，我都重复的，因酷酷的这个文件则进去了，这个时候呢他会报错的，正因此大家在用的时候呢，就注意下知道这个东西是干嘛的，他是因酷的这个 top 文件的， 然后还有这个 dfa， 这是一个预定，对吧？就是大家这个就是这个呢，是叫做 预定，然后其实是默认的话是没有去设置的，呃，没有去设置这个就是说比如说咱们这个迪拜这个地方呢，不建议去设置呢，其实 表示的是什么呢？咱们使用的这个水分子是刚性的水分子，如果我们设置这个呢， 表示咱们用的是一个柔性的水分子。呃，咱们设置这个呢是用在这个限制动力学模拟当中， 呃，这里面的话大家资助一下，什么叫做限制动力？熊猫泥就是我们有很多东西，我们把，我们可能会把它限制进去，用一个力把它限制进去，这时候呢我们可能会用到这个， 然后呢这个呢是柔性的好， 首先呢预处理器这个东西呢就是一个大致的一个讲解，告诉一下大家，其实就是用的啊，我们可能就是用的是某种语言啊，对吧？或者说某种这个预处理的这么一个， 就是这么一个启动的这么一个软件吧，大家就就这么理解吧，这这两个东西的话其实都不是，就是怎么说无所谓的吧，我觉得。 然后最主要的话就是这个特普文件，很多时候呢，大家经常会把这里面的东西啊，就是理解错了，就是说在格罗麦克斯当中一提到特 文件，大家从印象当中的话就是理解的是 top 文件，为什么呢？ top 文件嘛，这就叫拓普吧，对吧？就是关于这个拓普文件呢，实际上的话还还有一个叫做 it 文件。其实这几个文件 大家在使用脱口令呢，你们的话也能看到前面提到的音库的，音库的这里面的 ipp， 嗯，其实他们两个呢其实是对等的，他们就怎么说呢？这个 top 呢？可以应库的这个 app 我念都进去了，对吧？这个里面的话，其实，呃， 其实他们是实际上的话都是一样的，他们主要的话就是描述咱们这里面的一些见长啊、见 脚啊，这个暗面脚啊，描述他们这里面的一些立场啊， 这个也就是我们在 mdp 文件当中的话，可以应库的这个进去， 然后这里面的话，这个还有就是说音库的包括格罗麦克斯自带的文件给出的用户文件立场， sp 文件包含，对吧？这里面这一系列的用于这个去做位置设定，因为因为有的时候呢，我们去做做限定的时候， 就会使用到这个音库的这个文件，就是把咱们整个脱口文件当中哪一些东西这进去限制。然后呢， 这还有全文提到的一个就是这个地方，哎，钢性水和柔性的水这么一个问题， 大家可能就是，呃，对于咱们很多初学格勒麦克斯的人来说的话，其实 并不是很清楚啊，就是说我这个水我到底比如说是 tip 三、 ptip 四 p， 对吧？反正各种各样的，这都有。然后关于前面为什么要去设定这个柔性水分子，这个为什么去设定这个干性的水分子，我也不清楚，对吧？ 因为呢是这样的，首先呢大家需要先了了解一下什么是刚性的这个水分子，刚性的水分子呢？其实大家都知道水分子嘛，在我们的印象当中水分子 就三个元素，对吧？两个轻，一个仰，这三个力点呢，他位置就是固定的，他是刚性的，就是他呢，他只考虑，这就相当于是他两个键啊，两和轻之间的这个键呢，其实很硬，他不能动， 这个时候呢就是相当于是他只考虑这个分子间的这个相互作用，他分子内的这一个震动啊，他不考虑， 他就把他当成一个很硬的一个治治。水分子表示柔性的呢，其实就是说明他可分子间的这一个 清键啊，和氧啊氧之间的这键啊，才可以折进去弯曲啊，也可以去震动啊，是这样的，就是我们常用的这个柔性的这个水分子啊，有 tip 四 p， 还有 fq 模型，还有流行 spc 模型，呃，关于关于怎么说呢？使用这个流行水分子呢， 我们也是就是说他其实会更贴近于咱们这比较真实的这么一个情况， 因为大家都知道你柔性的话，你的参数的就是说你的这个震动啊多了，对吧？就意味着你的计算呢也会多， 正因此来说使用柔性水分子的话，那就意味着你的计算工作量的话，你其实是会增加的。用刚性水分子呢，他的这个计算量他会小，速度快，但是大家都知道水分子的话，呃， 武术我是这种刚性的，就是说你养这和亲之间这个界的话，你还是会去震动的，这因此来说的话，大家一定是去考虑，就是说，呃，我 如果对于水的影响来说呢，不是很大，这个时候呢，你可以去考虑使用刚性的，但是对于咱们初学者来说，对吧？我宁愿让他时间跑的稍微长一点，我们都去用柔性的，因为这个用柔性的话，其实用的是比较多的， 当然了就是在这块我们使用这个柔性水分子，因此来说我们水水分子这个模型啊，这一定要选择这个柔性的，主要就是你水分子，你在水分子的立场当中你选择了一个刚性的，然后你在 mdp 文件当中你就受 成一个柔性的，这个时候呢，呃，我没试过，应该是汇报错的，就是说这一块的话，大家资助一下，然后水分子经典的几大立场呢？其实 啊，我只是告诉大家有这么多，就是有各种各样的这种水分子的这种立场，其实在我们设置 mdp 这个文件当中， 就是我们设置的 mdp 这个文件啊。这一块呢，其实只需要知道什么是柔性水分子，什么是刚性的水分子，这就行了 啊。这今天的话这就先讲到这么多后续，后续会陆续给大家把这个相关的。

呃，今天这个视频的话，其实主要是想去把这个初学者如何快速去学习这个 grow max 能上手 这个事情想跟大家聊一下，因为我之前其实有很多视频的话，呃，全部都讲过了，但是我们有很多的初学者呢？嗯，不知道为什么，反正 经常性的都是问很多很基础的问题，有的时候你说回答慢也不是，不回答慢也不是，因为。 呃，你说不回答呢？这个很多人觉得我这人人不行，有的呢，回答了呢，然后就是一连串的很基础的问题， 对吧？比如说 p d b to jam max 说为什么我这个东西生成不了榻榻米管的这一个 立场，然后你跟他解释完了之后，他问你，那我下一步该怎么做？我说你可以用 otf f 或者说用其他的这个立场分成工具， 然后他可能会问一句，那这个 p d b to james 有什么用吗？你让我怎么回答？我一天到晚去回答这些问题，我说实话我也没这么多精力啊，也因此来说这是做这个视频的目的的话是想告诉大家，嗯，其实我有很多东西的话已经整理过了，就是说大家 想去快速学习的话，可以先把这些东西先去看一下。呃，第一个的话就是关于分子动学模拟啊，这个东西的话，呃，怎么去用呢？就是你只要找到我的这个 b 站啊，球星龙分子模拟小破屋，对吧？这 东西话你可以点击这个头像点进去，然后点击正常搜索，搜索这个分子东西模拟这些做的一大堆啊，其实这些东西话不是最重要的，最重要的话是 这个这三个视频就是这个狗屁版，因为这些东西话我是全部是讲了一个大概，呃，就是这么多学模拟狗屁版上中下三级，大家可以去看一下 啊，为什么这么说呢？呃， 是希望大家先了解分子东西吗？因为咱们很多学习 go max 的人一上来就去看了这个视频，就去看了这个案例， 上去看这个案例，然后结果导致自己什么东西都不知道，简直就瞎胡闹。在这里我建议大家先去了解这个混子东西模拟的狗屁版的原因是因为我这里面讲到 有讲了一些大致的操作流程，虽然说讲的很很烂，但是，呃，我觉得应该也可以对于大家来说有一定的这个帮助。然后呢，再去了解这个初步了解分子中学模拟流程， 搜索这个点击这个就行了。嗯，这个视频的话是讲了什么？就是说分子中学的模拟的一个初步的流程，为什么要去教大家去看这两个视频前期，前期先把这两个视频先看一下， 虽然说有点乱，但是也是经过整理的。呃，整理完之后的话，先告诉大家先了解一下分子动物去模拟是什么东西，然后他的一个大致的操作流程是， 不然的话你直接上手。哎呀，很多人直接上手，喜欢去看看操作案例，很烦的，你一上来就是看这个操作案例，看完了，然后问一大堆很基础的问题，你让人怎么去回答？ 我让你们去群里回答你们也不，你们有很多人也不敢去回，就说不敢去问，生怕被人骂， 嗯，有的时候我也想骂你们。然后呢，就是说关于这个案例是去看下这个案例，这个是讲蛋白的，这个是直接去 搜索上中下。这个案例呢，很多人其实是一个很经典的一个案例，但是很多人呢，给我的感觉就是 就是说一句臭玩意，做蛋白的跟我做其他的，我做农业的，怎么能一样呢？ 这个这个老师有有病？今天推荐这种东西。这一个案例为什么是经典的案例？他实际上是把很多的这个操作命令这个流程得让你熟悉一下， 还是一句话，先熟悉操作流程，这个是介绍，介绍完了之后这边有个总结，总结完了之后有个操作流程，先把这些学会。很多很多人，哎，真的是，就是把这个流程也不去管，只管强明领，然后 说一句 good max， 很简单，我学会了，然后一用，然后说操太难了，不会太烂了。这个这这东西因为是操作，这个案例呢，相当于是把上面的这很多总结性的东西啊， 已经讲过了。然后呢，你就是知道每个命令他的目目的是什么啊，对吧？为什么要这么做？这个时候讲完了之后好核心的几个呢？这边还有个案例，搜索 gromax 加奥特 ff 开成自主装的。这个案例也是给人家讲了一个案例的一个框架， 这个呢，这个的话是教大家怎么去用 alt f f 这个去生成，然后呢以及后续我们操作的一个啊框架很多人也不喜欢去了了解这种框架，只是说一直强调啊，我需要一 一模一样的案例，滚，这个就是滚蛋吧。好吧，不可能有人会把你要做的东西全部给你写出来的这个奥特 f f 呢？去生成立场，因为这上面的话会强调 最核心的是生存立场，把这个生存立场搞定，然后呢再去学习一下其他的立场的这个生存工具。常见立场生存工具介绍，你只要搜索这个的话，呃，之前吴老师的话其实是去大致讲解过，然后大家可以直接去用， 然后再去搜索一下。终于就是聊聊了 good max 的这个 top 的解读， 为什么要教大家去学习这个 go to max top 这个解读的问题， 呃，之前讲的有没有说特别详细啊？为什么教大家去学习这个 gomax 的超级解读？原因是什么？很多人学习弄完这个立场，到现在为止，连立场里面的这东西到底是什么啥东西都不知道。 这个有的时候也是真的服气了，就是他把所有的这个有很多人喜欢拿着 pacmer 生成完了之后，直接把 pacmer 你勾到某个立场生存工具里，这个进行去生成。然后说一句，这个立场生存工具太，太垃圾了，不够智能， 我经常能能遇到，就是说这种问的问题，大家一定是去把这个生存工具先学会， 管他呢，你只要先学会怎么用，然后再去了解下这个 top。 奥特 f f 里面的话，其实也讲了怎么去，怎么，有一个大致的操作理解的一个过程，然后你再去学习一下 top 的这一个应用，你知道 top 里面到底是些什么东西， 那这个立场生成完了之后的话，基本上的话，你的分子段凶猛，你大致的这个东西的话，基本上就是说难，难点已经全部弄完了，然后再去学一个 goodnux 的一个 mdp 的一个讲解， 这个是你计算里面就需要去设置哪些东西。说实话这玩意其实最简单的是你直接去在做这个案例的过程当中，为什么叫要来就去用这个案例？这个案例是官网上的案例跟官网上的案例的话，他已经把什么了？他已经写了很 很多 m d p， 我就讲，嗯，我们直接把 m d p 打过来用就行了，去改就行了。很多人也是 今天说的就是，哎，这个 mdp 好难写，你需要去写吗？你让我去写我也写不来，说实话就是你记不住，你记不住到底有哪些东西啊？你需要就是说你，你自己手写的话肯定会漏啊。 最正确的做做法的话，就是在操作这个案例的过程当中，把所有 m d p 全部给我下载下来，下载下来之后的话就是后续在这上面去改就行了， 那是你可以改出一大堆的出来，那么就说这所有的东西就全部讲完了。这几个视频啊，这个一个小时，这个十几分钟，这个一个小时十几分钟，这个时间长点，这个也是时间，对吧？这几个 差不多加钱一天的时间，一天时间六六个小时吧，我觉得差不多可以听完了吗？因为里面有很多废话。好吧，反正就说大家直接去按照这个来吧， 你去学 gomax 就听我的按照这个来去学习，不要给我一上来直接去做这个很烦的， 因为每天我经常能遇到一大堆的关于这个基础的这个问题，还有一堆问为什么的， 自己不去了解这个东西的话，你怎么能去理解这个？好吧？

hello， 大家好，今天给大家带来的是一个 group max 模拟后进行一个分析的代码试探。首先第一个一般我们是去除水的轨迹以及蛋白文件 以及去除轨水轨迹的一个蛋白文件。之所以这样做是让我们模拟后蛋白轨迹， 因为含水往往很大，动辄十几几十 gb， 但是如果去除水之后只有几百 mb， 方便我们下载和研究。一般我们的研究体系不是水的话， 我们可以直接复制这个代码到终端直接运行这里，因为我之前已经运行过了，这里不再给大家重复运行了，大家如果有需要可以自行复制运行一下。然后用的 模拟文件呢？就是上一次给大家进行一个计算演示的文件， 这里它会选择两个 noot 选项，这里已经给大家自动选好了。最后它会提示一个名人名言，然后我们产生去掉水的轨迹以结构文件。 ls 啊，它会出现两个，一个是 md 的 noot， 叉 t c md noot 的 go 这个名字你可以随便改，这里我 为了方便将其命名为 md， 下划线 no water 点 go 和叉 tc 文件就我也可以给大家 看一下。然后第二步的话就是查看一个能量温度，压力密度的一个曲线，然后并且第二步的话，我们去进行一个体序的居中处理啊，消除它一些频动啊，移动啊的一个 no p b c 文件，我们可以复制一下给大家运行一下，看一下 这个花我看一下，最主要有可能是粘贴问题，重新粘贴一下 这个是因为我从 windows 粘到这个代码框里，它格式的话有一点不识别，所以每次运行的话都会出一点问题， 这里我就不手敲了，给大家看我以前的截图，大家可以后面自己去试一下， 它会得到一个能量相关信息的 x v g 文件叫做 energy， 点 x v g 以及另一个文件叫 m d no p b c 点叉 t c， 我 们可以利用叉 m greas 简单查看一下一个曲线，通过这个指令如果没有安装的话，可以通过搜度 app install greas 安装。 这个代码比较少，给大家看一下， 它会打开一个简单的通信界面，然后显示一些它的能量，大家看一开始能量还是比较大的，后面急速下降，因为模拟时间比较少，大家这个只是作为参考， 那我们继续朝下走，就是我们一个非常关键的分析指数， imsd， 这里我们是以股价作为一个 imsd 的 分析目标，然后同时注意这里杠 t o n s 是 让其变成一个以纳秒为单位，默认的话是提秒， 我复制一下，看它这个识别到了没，这个还是没有识别到，我就不复制了。 d k s 这里也顺着我们的结果文件，只是之前我进行一个模拟后的分析，它会出现一个 r m s d 点 x v g 文件，你运行完这个代码，然后你可通过叉 m g r s 然后 rms 点 x v g 查看这个 rmsd 的 文件，然后下一个就是一个 rmsf 的 计算， rmsf 的 计算的话也是代码给大家给了出来， 然后注意的话，这里 m s f 的 话，你要选择一个杠 i e s， 如果你它这里的话，就说我以残疾作为横坐标进行一个分期能，这是一个分期的一个代码的一个截图， 然后分析完之后也可以通过叉 m grace 进行一个简单查看一个轨迹，其中可以看到一板，这个地方波动比较大，出现一个 m s f 点 x 位置，然后是 r g， 还是同样道理，大家去运行这个代码，放在我们的一个终端，然后会出现一个 r g 点 x 位置，然后叉 m grace， r g 点 x 位置，这里之所以图像比较 尖锐啊，不圆滑，是英文，这里的话模拟的十年非常非常短。然后是二级结构，大家也可以通过 d s s p g m x 四代的进行一个生成一个 second， 然后 direct 一个 x v g 文件，然后生成的这个 x v g 文件呢？大家注意啊，如果叉 m g s 查看的话，大家注意加上杠 n x y， 它还会展示所有的一个二级结构。叉 m g s， 杠 n x y second， s e c， 然后缩写 x v g， 然后这是我们的一个结果图，然后是 s s a， 同样的还是通过复制这个指令， 然后生成一个 s s a， 点 x v g 文件，然后还是通过我们列叉 m grace 查看。然后第八个就是说我们的一个自用的形貌图的分析，我们这里是用斜方叉进行一个分析，大家可以直接复制这个代码， 当然你复制这个代码的话，它最后要用到一个一个一个叉 pm 啊 叉 p m two out 脚本文件，这个脚本文件的话是李继存老师的一个文件， 你如果没有的话，你可以自行去李继存老师的一个 get up， 也是这里去进行一个下载，然后的话就是我们最终得到一个是点 x y z 的 一个格式的文件，具体的作图的话大家可以看我另一篇 嗯，博文或者是视频。二 d 三 d f 自由能形冒图的绘制，通过点 s y z 文件去绘制一个自由能形冒图，然后这是大体的文字操作，如果大家有还有疑问的话，还是左下角呃，找我们。

那这里面呢，我们就是跟着文献一样，我们选这一个 gromos 的立场啊， grome g 九六啊，五三 a 六的这一个啊，立场用这个立场来完成， 那么他会涉及到啊，我们这个链，因为这是个片段吗？端机啊，怎么选？我们端机选择烙啊，不添加任何东西啊，不添加任何东西，那么这里的水 好，我们选择这个 spc 啊， spc 啊，也跟文线保持一致啊，选择 spc 的这样一个 容积模型啊，容积模型，我们早上选的是什么？ s p c 一，对吧？ s p c 一啊，这里选这个 s p c， 那么这个操作呢？就跟上午基本上是一样的啊， 啊，第一步啊，先给蛋白质分子建模啊，蛋白质分子建模，那么他一样给出了这么多个选项啊，这么多个选项， 那我们选这个十三五三 a 六，对吧？五三 a 六啊，五三 a 六 啊，十三是这个五三 a 六啊，十四是这个五四 a 七啊，我们这里选十三， 然后他问啊，你这个端机上面添不精调？我们啥也不添加啊，他要不添加一个 mg 或者什么的，我们选择 love 啊，不添加， 那应该都是 no 吧？对，都是 no 啊，两个断接啊，两个断接。好，那这样呢，我们下面 就生成了三个新的文件啊，生成了三个新的文件啊，一个是 propology 文件啊，一个是这个蛋白质的限制文件 idp， 还有一个就是这个蛋白的这个结构文件，那结构文件。