graphpadprism画火山图 你还在为不会用R语言而担忧吗?没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图 [哇R]数据预处理 将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中 点击“排列和筛选”中“筛选”,第一行的每个单元格会出现小箭头 分别点击小箭头进行筛选:UP:FDR<0.05,logFC>1;DOWN:FDR<0.05,logFC<-1;No difference:不属于UP和DOWN的其他数据 [哇R]新建GraphPad表格 新建XY表格,把LogFC粘贴到X轴,对应的Padj/FDR放在Y轴 注意这个时候可以把Y轴分别设置成UP、DOWN、No difference组,每一组单独放数据 [哇R]数据变换 点击“Analyze”后选择“Transform,normalize”中的“Transform”将“UP”“DOWN”“No Difference“进行数据变换 [哇R]火山图雏形 上一步点击完ok后会出现“Transform of Data1” 新建Graph选择表格为“Transform of Data1”,图形类型为散点图,可以得到初步的火山图 [哇R]修改坐标轴类型 Format Origin界面修改坐标轴:Axes and Colors中修改坐标轴宽度为1/2pt;Frame and Grid Line中将坐标轴类型修改为Plain Frame 修改X、Y轴:双击X轴或者Y轴,取消勾选“Automatically determin the range and interval”;将X轴长度设为自己想要的距离 X轴的刻度方向和长度改为“up”和“very short”;次要刻度改为二等分主要刻度;添加两条x=1和x=-1的辅助线 #火山图 #科研 #研究生日常
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单细胞测序生信分析RNA-seq数据预处理 (学习笔记,按着自己理解写的,如果有错误欢迎指出,感谢) 首先,为什么要进行数据处理? 虽然从GEO下载的数据(GSE263681_series_matrix.txt.gz)一般是整理过的,但是你并不知道作者都做了哪些处理(比如有没有去除批次,数据用的是FPKM还是什么,有没有进行log),而且单细胞分析数据使用的是单细胞表达矩阵(Count矩阵),所以为了分析更有说服力,拿到下载的数据后应该进行数据处理。 单细胞RNA-seq数据处理分四步走:数据清洗——质控——聚类和批次效应去除——细胞类型注释。 1.数据清洗:检查 一下数据是否是counts(主要看是不是都是整数,有小数一般不是counts) 2.质控:检查Feature数(基因数)、counts(mRNA数)、percent_mt(线粒体基因数) 聚类前,应当注意做四个事情:数据归一化、寻找高变基因(HVG)、数据缩放(消除基因间由于表达量级产生的差异)、主成分分析 3.聚类:无监督聚类,三步:neighbor、cluster、resolution。聚类分类三种:线性(PCA)和非线性(t-SNE和UMAP),注意非线性聚类是在pca找出主成分空间的基础上做的,所以聚类前先做个pca 去除批次效应(可以用Harmony、CCA):聚类分出来的簇可能是由于批次不一样导致的 4.进行细胞类型注释:建议先自动,后手动 自动:SingleR、CellMarker、CellTypist 手动:看经典标记基因(marker genes)校验 #生信分析 #科研 #生物医学科研#数据分析 #单细胞测序
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单细胞测序是什么?为什么重要? 单细胞测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)是一种先进的技术,用于测量和分析单个细胞中的基因表达水平。与传统的RNA测序技术不同,scRNA-seq能够在单细胞分辨率下获取基因表达信息。这使得研究人员能够分析不同细胞类型的基因表达差异,揭示组织的细胞异质性以及在发育、疾病和其他生物过程中细胞的动态变化。 [放大镜R]单细胞测序的重要性: 细胞异质性:组织通常由多种类型的细胞组成,即使在同一种细胞类型内也可能存在不同状态或功能。scRNA-seq能够鉴定这些细胞间的差异,从而揭示组织的复杂结构和功能。 细胞类型和亚型识别:这项技术可以识别新的或罕见的细胞类型和亚型,有助于更好地理解各种生物过程,例如免疫响应和发育。 疾病研究:scRNA-seq在识别疾病相关的细胞状态以及解析疾病机制方面具有突出作用。例如,在癌症研究中,它可以帮助识别肿瘤微环境中的关键细胞类型和状态。 发育生物学:该技术能够揭示胚胎发育过程中细胞的分化路径和分子机制,帮助阐明发育的基本原则。 [放大镜R]分析思路: 1.实验设计: 确定研究的目标和样本的来源(如组织类型、健康状态、处理条件等)。 选择合适的单细胞分离方法和测序平台。 2.数据预处理: 质量控制:去除低质量细胞(如基因数目过低或过高的细胞,以及线粒体基因表达过高的细胞)。 标准化:消除技术性差异,可能包括归一化、去除批次效应等。 3.降维和聚类分析: 通过降维技术如PCA、t-SNE或UMAP进行数据可视化,探索数据结构。 使用聚类算法识别细胞群(例如K-means、层次聚类或基于图的聚类方法)。 4.细胞类型标注: 根据已知的标记基因表达,识别和标注细胞类型。 可以使用参考数据库或在生物学专家的帮助下进行标注。 5.差异表达分析: 比较不同细胞群体之间的基因表达差异,以识别特征基因。 可以用来确定疾病相关或功能相关的基因。 6.功能和通路分析: 探索显著差异表达基因的生物功能和相关通路,这有助于理解细胞功能多样性和生物学意义。 7.整合分析(如适用): 与其他数据类型(如蛋白质组学、空间转录组学)整合,以获得更多的生物学见解。 #生物信息学 #单细胞测序 #分析思路 #scRNA
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