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蛋白表达系统是利用生物细胞或无细胞体系将外源基因转录翻译成蛋白质的技术平台,是现代生物技术研究和应用的关键工具。常见的蛋白表达系统包括原核系统(如大肠杆菌)和真核系统(如酵母、昆虫细胞、哺乳动物细胞)。 1、原核表达系统(大肠杆菌) 优点:①成本低,培养简单;②表达速度快,产量高;③技术成熟,工具丰富 缺点:①无法进行复杂的翻译后修饰;②容易形成包涵体,蛋白折叠问题;③不适合表达真核蛋白 适用场景:①简单蛋白;②抗体片段;③工业酶 2、酵母表达系统 优点:①成本较低,生长速度快;②可进行部分翻译后修饰;③适合大规模生产 缺点:①修饰方式与哺乳动物细胞有差异;②表达量可能较低 适用场景:①疫苗;②工业酶;③部分重组蛋白 3、昆虫细胞表达系统 优点:①可进行复杂的翻译后修饰;②表达量较高;③适合表达膜蛋白和分泌蛋白 缺点:①成本较高,培养复杂;②表达速度较慢 适用场景:①结构生物学研究;②疫苗开发 4、哺乳动物细胞表达系统 优点:①翻译后修饰最接近天然蛋白;②适合表达复杂蛋白和抗体 缺点:①成本高,培养时间长;②表达量可能较低 适用场景:①抗体药物;②治疗性蛋白;③疫苗 #蛋白表达系统 #原核表达系统 #酵母表达系统 #昆虫细胞表达系统 #哺乳动物细胞表达
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浅谈转录组和蛋白组的分析思路及差异 #润玥生物科技# 能否按照转录组的分析思路来进行蛋白组的分析? 一、核心前提:蛋白组与转录组的本质区别 理解二者的差异是分析基础:转录组得到的是“基因表达量”,而蛋白组得到的是“蛋白总丰度”…转录组更多回答“哪些基因被激活”,而蛋白组则回答“这些基因的产物如何影响细胞行为”。 二、分析思路的迁移:从转录组到蛋白组的核心逻辑 1、差异分析:从“基因表达量差异”到“蛋白功能状态差异” …蛋白组中,数据是连续型,可用t检验等线性模型;…除总蛋白丰度差异外,蛋白组更关注“实际功能的变化”(如某蛋白虽总丰度不变,但被修饰后活性增强)。 2、富集分析:从“基因集富集”到“蛋白功能模块富集” 在转录组中…,回答“哪些生物学过程被激活”。 而在蛋白组中,由于蛋白的功能注释覆盖度低于mRNA,…需结合结构域预测等补充;… 3、趋势分析:从“时间/条件依赖的表达模式”到“动态功能的演变轨迹” 在转录组中,通常通过时间序列聚类,…。 而在蛋白组中,蛋白的聚类还需结合“功能一致性”… 4、GSEA:从“基因排序”到“蛋白功能排序” 在转录组中,一般通过基因排序值…关联表型与功能模块。 而在蛋白组中,…需过滤低丰度蛋白或用最小非零值填充,避免高估差异,… 5、WGCNA:从“共表达模块”到“共功能模块” 在转录组中,通过基因共表达构建模块,识别核心调控基因。 在蛋白组中,共表达需结合“功能关联”,提高同一复合体或通路蛋白的相关性;最后的验证阶段,蛋白组模块需额外验证“功能协同性”(如Co-IP验证互作、免疫荧光验证共定位)。 三、为何有些文章更偏好做蛋白组? 1、关注“功能执行”而非“转录调控” 若目标是阐明“某表型如何发生”,…则可直接检测执行功能的蛋白。 2、转录组与蛋白组的相关性低:避免“伪阳性”干扰 若研究目标是筛选“真正影响表型的分子”,转录组可能引入大量“转录水平变化但功能无关”的假阳性,故需蛋白组验证功能状态。 3、技术互补性需求:转录组作为“初筛”,蛋白组作为“验证” 转录组常作为“初筛工具”,而蛋白组用于“验证功能”。… 润玥生物,拥有丰富高通量测序和多组学服务经验。提供基因组、微生物组、转录组、表观组、蛋白组、代谢组以及单细胞时空多组学的测序和分析,欢迎咨询~我们竭诚为您服务!
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